# TARGET T0221 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0221.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 658 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.609 0.229 0.104 0.045 0.011 0.002 0.001 2 K 0.627 0.245 0.085 0.033 0.009 0.002 0.001 3 T 0.396 0.187 0.156 0.145 0.090 0.024 0.002 4 I 0.644 0.224 0.080 0.036 0.012 0.003 0.001 5 Q 0.598 0.222 0.100 0.059 0.017 0.003 0.001 6 P 0.597 0.248 0.088 0.047 0.015 0.004 0.001 7 C 0.387 0.276 0.185 0.101 0.043 0.008 0.001 8 S 0.268 0.300 0.192 0.151 0.068 0.020 0.001 9 V 0.139 0.273 0.286 0.202 0.077 0.022 0.001 10 E 0.412 0.387 0.148 0.042 0.009 0.001 0.001 11 D 0.108 0.308 0.300 0.211 0.066 0.008 0.001 12 I 0.012 0.027 0.061 0.207 0.413 0.267 0.012 13 Q 0.006 0.068 0.187 0.369 0.297 0.071 0.002 14 S 0.037 0.412 0.370 0.148 0.030 0.003 0.001 15 W 0.001 0.011 0.115 0.429 0.362 0.080 0.002 16 L 0.001 0.001 0.001 0.009 0.121 0.712 0.156 17 I 0.001 0.021 0.129 0.375 0.345 0.120 0.009 18 D 0.010 0.243 0.424 0.244 0.067 0.012 0.001 19 Q 0.001 0.005 0.043 0.249 0.462 0.230 0.010 20 F 0.001 0.003 0.006 0.042 0.310 0.593 0.044 21 A 0.010 0.116 0.343 0.392 0.121 0.017 0.001 22 Q 0.061 0.369 0.305 0.183 0.068 0.014 0.001 23 Q 0.003 0.028 0.139 0.379 0.343 0.104 0.004 24 L 0.013 0.050 0.151 0.361 0.351 0.072 0.001 25 D 0.258 0.495 0.185 0.051 0.009 0.001 0.001 26 V 0.121 0.240 0.302 0.255 0.073 0.009 0.001 27 D 0.613 0.295 0.072 0.018 0.002 0.001 0.001 28 P 0.553 0.274 0.116 0.044 0.012 0.001 0.001 29 D 0.775 0.166 0.041 0.015 0.003 0.001 0.001 30 D 0.455 0.356 0.132 0.043 0.012 0.002 0.001 31 I 0.107 0.139 0.217 0.308 0.189 0.038 0.003 32 D 0.311 0.367 0.200 0.089 0.026 0.005 0.001 33 M 0.229 0.261 0.208 0.197 0.085 0.017 0.002 34 E 0.252 0.325 0.219 0.138 0.052 0.012 0.002 35 E 0.275 0.325 0.207 0.132 0.048 0.010 0.001 36 S 0.206 0.274 0.219 0.175 0.089 0.032 0.005 37 F 0.127 0.119 0.125 0.188 0.234 0.174 0.034 38 D 0.153 0.258 0.243 0.202 0.100 0.037 0.006 39 N 0.178 0.252 0.217 0.179 0.113 0.052 0.009 40 Y 0.075 0.097 0.124 0.206 0.241 0.193 0.063 41 D 0.068 0.111 0.148 0.206 0.211 0.188 0.067 42 L 0.083 0.093 0.124 0.173 0.196 0.217 0.115 43 N 0.063 0.075 0.086 0.162 0.240 0.257 0.117 44 S 0.048 0.058 0.068 0.112 0.194 0.337 0.183 45 S 0.049 0.049 0.069 0.119 0.170 0.302 0.242 46 K 0.032 0.092 0.125 0.237 0.208 0.209 0.098 47 A 0.010 0.024 0.050 0.118 0.270 0.390 0.138 48 L 0.041 0.088 0.147 0.207 0.220 0.213 0.083 49 I 0.026 0.113 0.184 0.271 0.217 0.141 0.048 50 L 0.003 0.007 0.013 0.055 0.246 0.542 0.135 51 L 0.006 0.043 0.117 0.263 0.346 0.210 0.017 52 G 0.062 0.344 0.305 0.186 0.078 0.024 0.002 53 R 0.010 0.070 0.275 0.396 0.199 0.047 0.003 54 L 0.011 0.016 0.025 0.136 0.464 0.337 0.012 55 E 0.076 0.357 0.356 0.173 0.034 0.004 0.001 56 K 0.395 0.466 0.116 0.021 0.002 0.001 0.001 57 W 0.081 0.240 0.316 0.268 0.085 0.011 0.001 58 L 0.065 0.122 0.238 0.352 0.194 0.028 0.001 59 G 0.504 0.386 0.083 0.021 0.005 0.001 0.001 60 K 0.145 0.314 0.264 0.191 0.070 0.015 0.001 61 E 0.178 0.383 0.275 0.131 0.028 0.004 0.001 62 L 0.023 0.058 0.117 0.262 0.402 0.131 0.007 63 N 0.116 0.303 0.327 0.209 0.040 0.005 0.001 64 P 0.102 0.154 0.153 0.236 0.238 0.107 0.011 65 V 0.117 0.269 0.271 0.207 0.097 0.034 0.004 66 L 0.029 0.090 0.146 0.258 0.280 0.178 0.018 67 I 0.033 0.060 0.109 0.197 0.278 0.281 0.043 68 F 0.032 0.080 0.113 0.224 0.288 0.220 0.042 69 N 0.124 0.290 0.254 0.186 0.097 0.041 0.007 70 Y 0.039 0.150 0.230 0.264 0.213 0.091 0.013 71 P 0.101 0.206 0.209 0.232 0.155 0.081 0.016 72 T 0.032 0.111 0.176 0.265 0.253 0.137 0.026 73 I 0.008 0.030 0.073 0.168 0.340 0.335 0.045 74 A 0.058 0.264 0.289 0.246 0.111 0.028 0.003 75 Q 0.050 0.217 0.323 0.269 0.108 0.029 0.005 76 L 0.005 0.008 0.014 0.054 0.233 0.564 0.121 77 A 0.004 0.022 0.061 0.226 0.367 0.285 0.034 78 K 0.037 0.269 0.347 0.245 0.081 0.020 0.001 79 R 0.010 0.047 0.202 0.394 0.279 0.065 0.002 80 L 0.015 0.025 0.024 0.074 0.286 0.501 0.075 81 G 0.051 0.144 0.262 0.325 0.170 0.046 0.003 82 E 0.267 0.450 0.206 0.065 0.012 0.002 0.001 83 L 0.177 0.252 0.283 0.213 0.064 0.010 0.001 84 Y 0.235 0.242 0.222 0.182 0.093 0.025 0.001 85 L 0.263 0.171 0.166 0.205 0.153 0.039 0.002