# TARGET T0221 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0221.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 338.336 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.431 0.126 0.057 0.108 0.081 0.064 0.054 0.034 0.025 0.014 0.006 2 K 0.557 0.159 0.050 0.085 0.054 0.034 0.030 0.016 0.010 0.005 0.002 3 T 0.196 0.157 0.073 0.143 0.129 0.089 0.094 0.060 0.035 0.017 0.007 4 I 0.233 0.215 0.036 0.108 0.123 0.088 0.082 0.053 0.034 0.020 0.008 5 Q 0.408 0.188 0.087 0.121 0.078 0.047 0.036 0.016 0.010 0.006 0.003 6 P 0.559 0.116 0.054 0.116 0.059 0.032 0.036 0.013 0.009 0.004 0.002 7 C 0.238 0.128 0.064 0.095 0.082 0.076 0.119 0.084 0.060 0.037 0.017 8 S 0.049 0.338 0.123 0.191 0.095 0.079 0.060 0.028 0.018 0.012 0.006 9 V 0.039 0.061 0.092 0.146 0.181 0.210 0.168 0.059 0.028 0.010 0.004 10 E 0.499 0.180 0.209 0.085 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 11 D 0.036 0.081 0.156 0.387 0.200 0.087 0.042 0.008 0.002 0.001 0.001 12 I 0.001 0.003 0.020 0.008 0.010 0.023 0.104 0.161 0.246 0.247 0.178 13 Q 0.001 0.002 0.061 0.099 0.200 0.304 0.251 0.058 0.018 0.005 0.001 14 S 0.005 0.030 0.762 0.153 0.035 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 15 W 0.001 0.003 0.020 0.046 0.098 0.235 0.390 0.133 0.048 0.019 0.006 16 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.029 0.089 0.232 0.332 0.310 17 I 0.001 0.001 0.043 0.059 0.173 0.274 0.297 0.094 0.034 0.017 0.008 18 D 0.004 0.020 0.731 0.163 0.057 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 19 Q 0.001 0.001 0.007 0.016 0.046 0.129 0.413 0.196 0.109 0.057 0.026 20 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.021 0.070 0.209 0.317 0.375 21 A 0.001 0.001 0.035 0.054 0.151 0.241 0.279 0.120 0.068 0.034 0.017 22 Q 0.010 0.029 0.649 0.179 0.077 0.037 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 23 Q 0.001 0.003 0.006 0.014 0.044 0.126 0.419 0.205 0.120 0.047 0.016 24 L 0.003 0.001 0.002 0.003 0.005 0.012 0.065 0.125 0.216 0.281 0.286 25 D 0.366 0.287 0.099 0.140 0.066 0.025 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 26 V 0.005 0.008 0.012 0.027 0.044 0.085 0.200 0.211 0.197 0.143 0.069 27 D 0.325 0.499 0.059 0.080 0.026 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 28 P 0.061 0.038 0.022 0.101 0.162 0.208 0.226 0.095 0.057 0.021 0.009 29 D 0.634 0.178 0.041 0.068 0.038 0.019 0.011 0.005 0.003 0.002 0.001 30 D 0.073 0.157 0.091 0.280 0.180 0.115 0.072 0.019 0.009 0.003 0.001 31 I 0.005 0.002 0.001 0.005 0.014 0.037 0.122 0.182 0.223 0.219 0.189 32 D 0.246 0.506 0.098 0.105 0.031 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 33 M 0.031 0.041 0.020 0.070 0.089 0.108 0.195 0.151 0.137 0.103 0.056 34 E 0.352 0.208 0.066 0.160 0.108 0.055 0.032 0.010 0.006 0.002 0.002 35 E 0.217 0.192 0.148 0.234 0.108 0.055 0.029 0.009 0.005 0.002 0.002 36 S 0.080 0.096 0.050 0.150 0.140 0.131 0.155 0.084 0.058 0.034 0.022 37 F 0.035 0.014 0.012 0.023 0.037 0.076 0.176 0.176 0.183 0.146 0.122 38 D 0.212 0.220 0.185 0.196 0.095 0.045 0.027 0.009 0.005 0.002 0.002 39 N 0.103 0.109 0.089 0.180 0.140 0.132 0.113 0.057 0.036 0.024 0.017 40 Y 0.042 0.028 0.013 0.049 0.070 0.095 0.179 0.167 0.156 0.125 0.075 41 D 0.317 0.154 0.060 0.105 0.074 0.069 0.083 0.044 0.044 0.028 0.021 42 L 0.031 0.023 0.019 0.056 0.057 0.073 0.122 0.128 0.177 0.162 0.151 43 N 0.016 0.082 0.038 0.112 0.129 0.148 0.187 0.121 0.087 0.049 0.032 44 S 0.018 0.027 0.022 0.058 0.071 0.094 0.170 0.164 0.166 0.120 0.088 45 S 0.153 0.038 0.039 0.082 0.121 0.153 0.163 0.090 0.077 0.050 0.034 46 K 0.012 0.042 0.059 0.172 0.147 0.163 0.199 0.097 0.060 0.032 0.017 47 A 0.002 0.006 0.024 0.022 0.020 0.030 0.107 0.147 0.213 0.231 0.200 48 L 0.020 0.012 0.139 0.055 0.040 0.051 0.129 0.121 0.154 0.153 0.127 49 I 0.004 0.012 0.195 0.254 0.226 0.142 0.105 0.038 0.015 0.006 0.003 50 L 0.001 0.001 0.021 0.008 0.009 0.019 0.096 0.133 0.226 0.268 0.220 51 L 0.001 0.001 0.003 0.009 0.028 0.089 0.299 0.199 0.171 0.123 0.080 52 G 0.046 0.047 0.550 0.158 0.079 0.050 0.045 0.014 0.007 0.003 0.001 53 R 0.001 0.004 0.017 0.078 0.189 0.289 0.290 0.086 0.028 0.013 0.005 54 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.015 0.047 0.184 0.325 0.419 55 E 0.001 0.001 0.018 0.049 0.160 0.271 0.345 0.094 0.044 0.012 0.005 56 K 0.036 0.044 0.797 0.102 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 W 0.001 0.008 0.013 0.027 0.073 0.219 0.420 0.137 0.066 0.025 0.010 58 L 0.003 0.003 0.003 0.006 0.009 0.021 0.102 0.168 0.224 0.204 0.258 59 G 0.704 0.181 0.080 0.028 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 K 0.017 0.046 0.078 0.167 0.189 0.218 0.182 0.063 0.027 0.010 0.003 61 E 0.535 0.259 0.058 0.087 0.036 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 62 L 0.002 0.002 0.001 0.006 0.011 0.034 0.110 0.122 0.210 0.205 0.297 63 N 0.161 0.343 0.145 0.173 0.090 0.044 0.026 0.008 0.005 0.003 0.002 64 P 0.021 0.010 0.005 0.025 0.036 0.067 0.149 0.157 0.189 0.168 0.173 65 V 0.098 0.111 0.052 0.163 0.148 0.131 0.122 0.064 0.045 0.033 0.034 66 L 0.010 0.022 0.016 0.081 0.109 0.147 0.205 0.154 0.124 0.078 0.053 67 I 0.013 0.010 0.009 0.027 0.035 0.056 0.135 0.157 0.191 0.186 0.181 68 F 0.009 0.015 0.021 0.046 0.064 0.075 0.152 0.156 0.180 0.152 0.129 69 N 0.058 0.228 0.100 0.229 0.131 0.076 0.076 0.042 0.030 0.018 0.011 70 Y 0.012 0.018 0.010 0.044 0.067 0.107 0.198 0.163 0.175 0.121 0.086 71 P 0.362 0.133 0.078 0.135 0.098 0.069 0.063 0.029 0.019 0.009 0.006 72 T 0.004 0.064 0.027 0.126 0.141 0.160 0.205 0.114 0.081 0.048 0.031 73 I 0.001 0.002 0.003 0.006 0.012 0.030 0.105 0.152 0.231 0.226 0.233 74 A 0.099 0.060 0.071 0.221 0.224 0.186 0.101 0.024 0.010 0.003 0.001 75 Q 0.013 0.048 0.240 0.337 0.194 0.097 0.056 0.012 0.003 0.001 0.001 76 L 0.001 0.001 0.004 0.004 0.004 0.008 0.044 0.091 0.199 0.299 0.347 77 A 0.001 0.001 0.004 0.005 0.013 0.037 0.212 0.211 0.235 0.172 0.110 78 K 0.007 0.014 0.696 0.218 0.051 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 79 R 0.001 0.002 0.014 0.028 0.095 0.327 0.423 0.078 0.023 0.008 0.002 80 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.018 0.071 0.217 0.327 0.360 81 G 0.006 0.014 0.052 0.078 0.130 0.212 0.296 0.111 0.055 0.031 0.015 82 E 0.025 0.039 0.759 0.118 0.040 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 83 L 0.017 0.022 0.044 0.048 0.086 0.179 0.347 0.132 0.071 0.036 0.017 84 Y 0.043 0.035 0.052 0.049 0.038 0.052 0.126 0.130 0.178 0.166 0.131 85 L 0.102 0.121 0.144 0.135 0.128 0.108 0.101 0.061 0.047 0.034 0.020