# TARGET T0221 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0221.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 338.336 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.109 0.190 0.058 0.010 0.207 0.011 0.031 0.177 0.108 0.061 0.038 2 K 0.089 0.162 0.065 0.017 0.178 0.022 0.057 0.165 0.107 0.094 0.042 3 T 0.092 0.227 0.125 0.017 0.221 0.012 0.040 0.110 0.059 0.065 0.032 4 I 0.075 0.283 0.164 0.028 0.161 0.016 0.034 0.096 0.052 0.056 0.034 5 Q 0.030 0.343 0.226 0.035 0.129 0.016 0.024 0.112 0.047 0.023 0.014 6 P 0.066 0.168 0.069 0.009 0.109 0.021 0.054 0.187 0.145 0.114 0.057 7 C 0.037 0.371 0.196 0.017 0.133 0.010 0.028 0.089 0.042 0.053 0.024 8 S 0.024 0.583 0.191 0.003 0.064 0.001 0.002 0.083 0.017 0.025 0.008 9 V 0.002 0.009 0.003 0.001 0.005 0.001 0.002 0.794 0.172 0.009 0.001 10 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.952 0.038 0.001 0.001 11 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.024 0.004 0.001 12 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.031 0.002 0.001 13 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.024 0.001 0.001 14 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.008 0.001 0.001 15 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.014 0.001 0.001 16 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.035 0.002 0.001 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.037 0.001 0.001 18 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.008 0.001 0.001 19 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.964 0.028 0.005 0.001 20 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.925 0.069 0.004 0.001 21 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.913 0.074 0.001 0.001 22 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.865 0.087 0.006 0.001 23 Q 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.006 0.191 0.679 0.101 0.014 0.001 24 L 0.002 0.850 0.075 0.002 0.055 0.001 0.002 0.005 0.003 0.003 0.001 25 D 0.069 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.004 0.009 0.496 0.408 26 V 0.014 0.482 0.316 0.006 0.156 0.003 0.008 0.005 0.003 0.003 0.003 27 D 0.087 0.346 0.083 0.001 0.469 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 28 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.137 0.847 0.007 0.002 29 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.490 0.457 0.023 0.001 30 D 0.003 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.157 0.229 0.595 0.002 31 I 0.157 0.125 0.059 0.003 0.222 0.002 0.010 0.113 0.060 0.151 0.097 32 D 0.085 0.317 0.241 0.010 0.222 0.006 0.011 0.041 0.014 0.015 0.038 33 M 0.015 0.026 0.005 0.001 0.026 0.001 0.002 0.378 0.463 0.071 0.014 34 E 0.015 0.015 0.004 0.002 0.015 0.003 0.017 0.442 0.308 0.162 0.017 35 E 0.012 0.092 0.046 0.005 0.052 0.004 0.020 0.632 0.110 0.024 0.003 36 S 0.015 0.127 0.064 0.004 0.052 0.003 0.013 0.592 0.089 0.033 0.008 37 F 0.013 0.010 0.003 0.002 0.018 0.004 0.012 0.607 0.242 0.075 0.014 38 D 0.003 0.007 0.005 0.002 0.003 0.006 0.025 0.629 0.297 0.019 0.005 39 N 0.007 0.015 0.006 0.002 0.013 0.003 0.071 0.616 0.183 0.080 0.005 40 Y 0.015 0.554 0.222 0.011 0.098 0.005 0.011 0.021 0.017 0.039 0.007 41 D 0.129 0.035 0.032 0.030 0.050 0.014 0.012 0.036 0.028 0.280 0.355 42 L 0.120 0.135 0.034 0.017 0.209 0.026 0.037 0.128 0.104 0.121 0.069 43 N 0.064 0.077 0.080 0.050 0.089 0.040 0.070 0.144 0.086 0.234 0.066 44 S 0.047 0.045 0.014 0.003 0.094 0.002 0.006 0.487 0.247 0.042 0.014 45 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.740 0.238 0.010 0.001 46 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.856 0.110 0.022 0.001 47 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.046 0.004 0.001 48 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.029 0.001 0.001 49 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.012 0.001 0.001 50 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.965 0.030 0.002 0.001 51 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.938 0.054 0.001 0.001 52 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.951 0.033 0.001 0.001 53 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.929 0.039 0.014 0.001 54 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.792 0.159 0.033 0.002 55 E 0.002 0.013 0.002 0.002 0.005 0.010 0.028 0.790 0.146 0.002 0.001 56 K 0.002 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.104 0.749 0.115 0.018 0.002 57 W 0.003 0.004 0.007 0.004 0.004 0.048 0.389 0.428 0.074 0.037 0.002 58 L 0.034 0.639 0.087 0.016 0.126 0.004 0.007 0.030 0.010 0.021 0.025 59 G 0.034 0.012 0.018 0.065 0.012 0.046 0.014 0.044 0.067 0.536 0.153 60 K 0.018 0.512 0.173 0.005 0.194 0.002 0.008 0.045 0.022 0.015 0.005 61 E 0.264 0.121 0.021 0.001 0.401 0.003 0.014 0.035 0.021 0.046 0.073 62 L 0.044 0.425 0.237 0.015 0.205 0.007 0.016 0.018 0.008 0.012 0.013 63 N 0.093 0.432 0.126 0.002 0.326 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.011 64 P 0.019 0.013 0.002 0.001 0.031 0.001 0.003 0.308 0.563 0.050 0.009 65 V 0.006 0.011 0.003 0.002 0.018 0.008 0.035 0.736 0.167 0.012 0.002 66 L 0.035 0.018 0.003 0.003 0.058 0.003 0.025 0.666 0.118 0.066 0.006 67 I 0.036 0.023 0.004 0.003 0.083 0.010 0.047 0.561 0.135 0.082 0.016 68 F 0.047 0.103 0.027 0.006 0.113 0.015 0.053 0.357 0.116 0.121 0.041 69 N 0.037 0.045 0.024 0.015 0.070 0.026 0.104 0.122 0.093 0.375 0.090 70 Y 0.144 0.304 0.177 0.007 0.255 0.003 0.003 0.024 0.013 0.024 0.046 71 P 0.014 0.376 0.137 0.021 0.121 0.027 0.040 0.174 0.055 0.027 0.008 72 T 0.005 0.710 0.177 0.001 0.016 0.001 0.001 0.076 0.004 0.009 0.001 73 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.898 0.101 0.001 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.015 0.001 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.016 0.001 0.001 76 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.022 0.001 0.001 77 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.030 0.001 0.001 78 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.972 0.022 0.001 0.001 79 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.942 0.044 0.009 0.001 80 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.850 0.123 0.022 0.001 81 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.805 0.173 0.005 0.001 82 E 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.059 0.829 0.092 0.010 0.001 83 L 0.002 0.006 0.006 0.003 0.005 0.012 0.121 0.686 0.115 0.041 0.002 84 Y 0.036 0.026 0.006 0.003 0.032 0.004 0.017 0.533 0.175 0.138 0.029 85 L 0.019 0.051 0.015 0.009 0.034 0.025 0.054 0.507 0.204 0.070 0.012