# TARGET T0221 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0221.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 338.336 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.821 0.129 0.034 0.013 0.003 0.001 0.001 2 K 0.829 0.130 0.030 0.009 0.002 0.001 0.001 3 T 0.711 0.186 0.069 0.027 0.006 0.001 0.001 4 I 0.650 0.219 0.083 0.037 0.009 0.001 0.001 5 Q 0.646 0.218 0.093 0.033 0.009 0.001 0.001 6 P 0.801 0.146 0.038 0.012 0.003 0.001 0.001 7 C 0.511 0.273 0.136 0.060 0.017 0.003 0.001 8 S 0.354 0.289 0.186 0.122 0.042 0.006 0.001 9 V 0.171 0.271 0.266 0.210 0.073 0.010 0.001 10 E 0.542 0.340 0.092 0.022 0.004 0.001 0.001 11 D 0.210 0.310 0.278 0.157 0.040 0.005 0.001 12 I 0.023 0.030 0.059 0.196 0.425 0.257 0.009 13 Q 0.019 0.112 0.260 0.406 0.173 0.029 0.001 14 S 0.133 0.517 0.251 0.081 0.015 0.003 0.001 15 W 0.008 0.040 0.206 0.407 0.289 0.049 0.001 16 L 0.002 0.003 0.007 0.032 0.206 0.652 0.098 17 I 0.003 0.033 0.145 0.391 0.317 0.102 0.008 18 D 0.043 0.382 0.318 0.176 0.062 0.017 0.002 19 Q 0.004 0.032 0.165 0.422 0.303 0.069 0.004 20 F 0.005 0.008 0.018 0.088 0.312 0.506 0.063 21 A 0.022 0.099 0.238 0.338 0.241 0.058 0.003 22 Q 0.161 0.499 0.220 0.088 0.026 0.006 0.001 23 Q 0.031 0.116 0.265 0.355 0.183 0.046 0.003 24 L 0.018 0.032 0.093 0.281 0.403 0.164 0.009 25 D 0.252 0.409 0.210 0.089 0.031 0.008 0.001 26 V 0.117 0.178 0.243 0.277 0.157 0.027 0.001 27 D 0.373 0.400 0.166 0.048 0.011 0.002 0.001 28 P 0.206 0.241 0.263 0.215 0.067 0.009 0.001 29 D 0.597 0.255 0.093 0.038 0.014 0.002 0.001 30 D 0.359 0.352 0.187 0.077 0.021 0.004 0.001 31 I 0.057 0.091 0.180 0.342 0.252 0.075 0.003 32 D 0.239 0.401 0.213 0.101 0.035 0.010 0.001 33 M 0.094 0.164 0.265 0.298 0.149 0.030 0.002 34 E 0.371 0.310 0.173 0.098 0.038 0.009 0.001 35 E 0.378 0.348 0.186 0.069 0.016 0.003 0.001 36 S 0.262 0.319 0.219 0.133 0.051 0.015 0.001 37 F 0.050 0.091 0.182 0.333 0.271 0.069 0.003 38 D 0.256 0.369 0.238 0.102 0.028 0.006 0.001 39 N 0.284 0.323 0.200 0.122 0.050 0.019 0.002 40 Y 0.069 0.110 0.193 0.276 0.246 0.097 0.010 41 D 0.153 0.240 0.243 0.185 0.109 0.058 0.011 42 L 0.042 0.055 0.093 0.196 0.299 0.260 0.055 43 N 0.046 0.088 0.147 0.216 0.255 0.200 0.048 44 S 0.054 0.061 0.076 0.126 0.202 0.337 0.144 45 S 0.047 0.066 0.102 0.175 0.243 0.258 0.109 46 K 0.028 0.099 0.176 0.229 0.198 0.188 0.081 47 A 0.011 0.022 0.037 0.102 0.216 0.379 0.233 48 L 0.025 0.067 0.101 0.187 0.255 0.292 0.073 49 I 0.033 0.155 0.245 0.250 0.179 0.109 0.029 50 L 0.003 0.008 0.020 0.079 0.261 0.503 0.126 51 L 0.008 0.059 0.155 0.312 0.286 0.158 0.021 52 G 0.139 0.397 0.250 0.135 0.055 0.021 0.003 53 R 0.016 0.104 0.320 0.371 0.154 0.032 0.002 54 L 0.010 0.010 0.027 0.147 0.449 0.338 0.019 55 E 0.063 0.266 0.371 0.230 0.062 0.008 0.001 56 K 0.401 0.451 0.109 0.029 0.007 0.002 0.001 57 W 0.106 0.207 0.305 0.265 0.098 0.018 0.001 58 L 0.104 0.136 0.218 0.320 0.182 0.040 0.002 59 G 0.411 0.319 0.161 0.075 0.027 0.006 0.001 60 K 0.350 0.335 0.183 0.095 0.030 0.006 0.001 61 E 0.234 0.358 0.235 0.117 0.042 0.012 0.001 62 L 0.042 0.051 0.108 0.274 0.343 0.165 0.016 63 N 0.089 0.240 0.297 0.220 0.104 0.042 0.007 64 P 0.057 0.076 0.106 0.191 0.259 0.261 0.050 65 V 0.081 0.149 0.193 0.236 0.203 0.110 0.028 66 L 0.032 0.057 0.100 0.191 0.262 0.284 0.075 67 I 0.039 0.059 0.082 0.141 0.204 0.320 0.155 68 F 0.026 0.048 0.077 0.132 0.227 0.349 0.140 69 N 0.080 0.160 0.179 0.208 0.181 0.140 0.052 70 Y 0.048 0.128 0.179 0.240 0.238 0.143 0.026 71 P 0.129 0.232 0.215 0.184 0.136 0.082 0.022 72 T 0.022 0.082 0.161 0.260 0.268 0.177 0.030 73 I 0.004 0.009 0.022 0.114 0.338 0.435 0.077 74 A 0.026 0.183 0.340 0.312 0.115 0.022 0.001 75 Q 0.024 0.138 0.309 0.329 0.159 0.039 0.002 76 L 0.005 0.007 0.011 0.039 0.216 0.628 0.095 77 A 0.003 0.017 0.063 0.246 0.408 0.250 0.012 78 K 0.041 0.313 0.370 0.222 0.048 0.007 0.001 79 R 0.014 0.052 0.219 0.439 0.237 0.038 0.001 80 L 0.017 0.007 0.010 0.048 0.281 0.587 0.049 81 G 0.072 0.173 0.314 0.302 0.118 0.020 0.001 82 E 0.376 0.456 0.126 0.034 0.008 0.001 0.001 83 L 0.190 0.250 0.285 0.213 0.055 0.007 0.001 84 Y 0.211 0.190 0.204 0.236 0.130 0.028 0.001 85 L 0.695 0.197 0.070 0.026 0.010 0.003 0.001