# TARGET T0219 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0219.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 364 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.005 0.009 0.016 0.130 0.826 2 S 0.038 0.011 0.033 0.041 0.202 0.675 3 A 0.036 0.016 0.066 0.048 0.235 0.600 4 V 0.040 0.041 0.050 0.055 0.263 0.550 5 T 0.056 0.020 0.040 0.066 0.308 0.510 6 E 0.040 0.005 0.092 0.216 0.267 0.379 7 S 0.043 0.005 0.084 0.461 0.248 0.160 8 V 0.121 0.014 0.071 0.363 0.267 0.164 9 L 0.207 0.019 0.042 0.323 0.148 0.261 10 E 0.300 0.013 0.055 0.390 0.104 0.139 11 S 0.351 0.014 0.057 0.344 0.107 0.127 12 I 0.312 0.020 0.034 0.275 0.144 0.215 13 I 0.169 0.028 0.021 0.143 0.242 0.398 14 S 0.062 0.008 0.010 0.038 0.373 0.509 15 P 0.038 0.009 0.019 0.036 0.398 0.500 16 V 0.029 0.040 0.007 0.016 0.268 0.640 17 T 0.015 0.020 0.004 0.028 0.130 0.804 18 M 0.001 0.001 0.030 0.961 0.005 0.004 19 S 0.001 0.001 0.036 0.958 0.005 0.001 20 E 0.001 0.001 0.042 0.950 0.007 0.001 21 F 0.002 0.001 0.014 0.972 0.007 0.003 22 L 0.002 0.001 0.023 0.961 0.008 0.004 23 E 0.002 0.001 0.054 0.926 0.012 0.005 24 E 0.003 0.001 0.067 0.880 0.025 0.024 25 Y 0.011 0.015 0.141 0.513 0.124 0.196 26 W 0.023 0.013 0.050 0.057 0.653 0.204 27 P 0.020 0.002 0.036 0.024 0.726 0.192 28 V 0.054 0.009 0.024 0.021 0.660 0.232 29 K 0.199 0.014 0.006 0.005 0.494 0.282 30 P 0.361 0.007 0.006 0.007 0.158 0.461 31 L 0.896 0.011 0.003 0.006 0.023 0.062 32 V 0.959 0.006 0.001 0.005 0.008 0.022 33 A 0.923 0.004 0.001 0.006 0.031 0.035 34 R 0.597 0.006 0.003 0.013 0.207 0.174 35 G 0.234 0.007 0.013 0.010 0.439 0.296 36 E 0.286 0.036 0.037 0.027 0.396 0.218 37 V 0.203 0.061 0.126 0.035 0.386 0.189 38 E 0.138 0.026 0.146 0.047 0.488 0.155 39 R 0.077 0.011 0.129 0.049 0.547 0.188 40 F 0.160 0.032 0.074 0.035 0.495 0.204 41 T 0.225 0.039 0.054 0.032 0.317 0.333 42 S 0.182 0.082 0.049 0.036 0.302 0.349 43 I 0.056 0.035 0.038 0.027 0.608 0.236 44 P 0.020 0.013 0.130 0.038 0.657 0.141 45 G 0.012 0.004 0.116 0.034 0.717 0.117 46 F 0.027 0.016 0.135 0.059 0.632 0.132 47 E 0.057 0.061 0.038 0.082 0.290 0.473 48 K 0.057 0.034 0.029 0.152 0.228 0.500 49 V 0.008 0.002 0.066 0.807 0.057 0.060 50 R 0.014 0.003 0.060 0.823 0.053 0.047 51 T 0.010 0.002 0.050 0.872 0.040 0.026 52 L 0.002 0.001 0.017 0.963 0.010 0.007 53 E 0.004 0.001 0.022 0.955 0.012 0.007 54 N 0.006 0.001 0.035 0.905 0.037 0.016 55 V 0.009 0.003 0.029 0.839 0.064 0.056 56 L 0.009 0.005 0.032 0.751 0.092 0.110 57 A 0.013 0.004 0.046 0.340 0.210 0.386 58 I 0.017 0.004 0.043 0.143 0.278 0.516 59 Y 0.054 0.008 0.031 0.109 0.319 0.480 60 N 0.095 0.015 0.012 0.057 0.274 0.547 61 N 0.113 0.008 0.006 0.020 0.227 0.625 62 P 0.250 0.008 0.016 0.028 0.178 0.520 63 V 0.658 0.022 0.033 0.035 0.083 0.169 64 M 0.782 0.011 0.023 0.030 0.057 0.096 65 V 0.761 0.009 0.018 0.025 0.070 0.116 66 V 0.553 0.018 0.013 0.030 0.148 0.238 67 G 0.350 0.010 0.030 0.041 0.272 0.297 68 D 0.215 0.007 0.057 0.083 0.342 0.297 69 A 0.257 0.016 0.078 0.159 0.278 0.213 70 V 0.402 0.025 0.074 0.172 0.168 0.160 71 I 0.417 0.020 0.077 0.191 0.136 0.160 72 E 0.338 0.014 0.108 0.222 0.170 0.148 73 E 0.317 0.016 0.121 0.204 0.186 0.155 74 S 0.149 0.018 0.081 0.150 0.366 0.235 75 E 0.084 0.011 0.083 0.094 0.455 0.273 76 G 0.089 0.016 0.057 0.043 0.501 0.294 77 I 0.096 0.032 0.072 0.040 0.525 0.236 78 T 0.107 0.027 0.078 0.037 0.484 0.268 79 D 0.122 0.014 0.125 0.057 0.438 0.243 80 R 0.175 0.013 0.084 0.057 0.399 0.271 81 F 0.338 0.028 0.047 0.041 0.270 0.277 82 L 0.472 0.042 0.018 0.029 0.162 0.276 83 V 0.395 0.060 0.011 0.030 0.126 0.379 84 S 0.161 0.022 0.007 0.024 0.191 0.594 85 P 0.056 0.007 0.027 0.070 0.310 0.529 86 A 0.027 0.006 0.197 0.256 0.307 0.207 87 E 0.042 0.012 0.201 0.300 0.317 0.127 88 A 0.036 0.012 0.259 0.315 0.254 0.124 89 L 0.035 0.011 0.221 0.393 0.181 0.161 90 E 0.052 0.012 0.217 0.376 0.196 0.146 91 W 0.057 0.012 0.164 0.337 0.249 0.180 92 Y 0.082 0.018 0.087 0.262 0.287 0.265 93 E 0.069 0.017 0.055 0.284 0.288 0.286 94 K 0.042 0.009 0.039 0.289 0.321 0.300 95 G 0.051 0.011 0.045 0.193 0.324 0.377 96 A 0.105 0.030 0.079 0.191 0.219 0.376 97 A 0.101 0.023 0.211 0.299 0.177 0.189 98 L 0.097 0.015 0.241 0.324 0.160 0.163 99 E 0.122 0.016 0.210 0.304 0.207 0.141 100 F 0.121 0.022 0.114 0.262 0.287 0.193 101 D 0.086 0.026 0.071 0.219 0.343 0.254 102 F 0.043 0.023 0.053 0.152 0.415 0.315 103 T 0.020 0.013 0.154 0.189 0.364 0.260 104 D 0.011 0.008 0.391 0.197 0.283 0.110 105 L 0.007 0.008 0.368 0.322 0.217 0.077 106 F 0.009 0.011 0.175 0.496 0.183 0.126 107 I 0.012 0.008 0.077 0.593 0.160 0.150 108 P 0.006 0.004 0.066 0.683 0.133 0.108 109 Q 0.004 0.003 0.070 0.827 0.058 0.039 110 V 0.002 0.002 0.028 0.926 0.024 0.018 111 R 0.002 0.001 0.018 0.942 0.022 0.016 112 R 0.002 0.001 0.013 0.953 0.017 0.014 113 W 0.002 0.001 0.009 0.964 0.013 0.011 114 I 0.001 0.001 0.008 0.976 0.007 0.007 115 E 0.001 0.001 0.012 0.972 0.009 0.005 116 K 0.001 0.001 0.021 0.940 0.022 0.016 117 L 0.002 0.003 0.037 0.832 0.060 0.065 118 K 0.004 0.005 0.074 0.717 0.114 0.087 119 A 0.002 0.001 0.184 0.696 0.070 0.048 120 E 0.005 0.003 0.234 0.580 0.085 0.095 121 L 0.015 0.013 0.160 0.483 0.154 0.176 122 R 0.022 0.012 0.030 0.105 0.187 0.645 123 L 0.024 0.010 0.009 0.018 0.167 0.772 124 P 0.057 0.022 0.018 0.018 0.374 0.511 125 A 0.055 0.022 0.045 0.020 0.481 0.377 126 G 0.040 0.022 0.040 0.016 0.511 0.370 127 T 0.075 0.033 0.032 0.013 0.509 0.337 128 S 0.109 0.029 0.023 0.013 0.379 0.447 129 S 0.161 0.016 0.021 0.016 0.406 0.379 130 K 0.299 0.009 0.015 0.016 0.368 0.294 131 A 0.648 0.004 0.005 0.009 0.132 0.202 132 I 0.933 0.002 0.002 0.006 0.020 0.037 133 V 0.979 0.002 0.001 0.006 0.005 0.008 134 Y 0.983 0.001 0.001 0.006 0.003 0.007 135 A 0.954 0.002 0.001 0.005 0.011 0.028 136 A 0.694 0.016 0.002 0.005 0.088 0.196 137 K 0.207 0.017 0.011 0.004 0.522 0.238 138 N 0.050 0.011 0.026 0.006 0.722 0.186 139 G 0.022 0.018 0.032 0.007 0.776 0.146 140 G 0.045 0.035 0.016 0.008 0.710 0.187 141 G 0.062 0.042 0.010 0.011 0.409 0.464 142 F 0.104 0.072 0.012 0.021 0.358 0.433 143 K 0.158 0.035 0.022 0.033 0.333 0.418 144 A 0.201 0.034 0.043 0.089 0.351 0.281 145 H 0.228 0.045 0.051 0.109 0.302 0.264 146 F 0.284 0.039 0.054 0.135 0.278 0.209 147 D 0.200 0.030 0.076 0.086 0.407 0.201 148 A 0.123 0.018 0.118 0.076 0.524 0.140 149 Y 0.105 0.011 0.147 0.060 0.538 0.140 150 T 0.127 0.006 0.122 0.054 0.554 0.138 151 N 0.256 0.008 0.067 0.037 0.413 0.219 152 L 0.656 0.011 0.030 0.023 0.138 0.143 153 I 0.889 0.008 0.008 0.017 0.033 0.044 154 F 0.928 0.003 0.006 0.014 0.019 0.032 155 Q 0.903 0.003 0.004 0.012 0.025 0.054 156 I 0.817 0.014 0.005 0.010 0.066 0.090 157 Q 0.510 0.009 0.006 0.007 0.231 0.237 158 G 0.368 0.003 0.012 0.006 0.309 0.301 159 E 0.707 0.010 0.008 0.005 0.156 0.114 160 K 0.862 0.006 0.004 0.004 0.052 0.073 161 T 0.939 0.004 0.003 0.004 0.019 0.032 162 W 0.954 0.001 0.005 0.006 0.013 0.021 163 K 0.945 0.002 0.006 0.011 0.012 0.023 164 L 0.885 0.007 0.007 0.015 0.023 0.063 165 A 0.527 0.013 0.010 0.014 0.117 0.319 166 K 0.241 0.016 0.014 0.015 0.262 0.453 167 N 0.060 0.016 0.097 0.032 0.529 0.266 168 E 0.039 0.023 0.143 0.048 0.551 0.196 169 N 0.023 0.012 0.125 0.027 0.662 0.152 170 V 0.016 0.014 0.108 0.083 0.561 0.218 171 S 0.027 0.020 0.053 0.088 0.412 0.400 172 N 0.024 0.013 0.050 0.066 0.510 0.336 173 P 0.024 0.010 0.126 0.140 0.405 0.295 174 M 0.069 0.027 0.142 0.164 0.318 0.280 175 Q 0.139 0.025 0.128 0.165 0.266 0.277 176 H 0.150 0.022 0.057 0.162 0.185 0.424 177 Y 0.145 0.047 0.037 0.106 0.191 0.474 178 D 0.093 0.034 0.051 0.053 0.348 0.421 179 L 0.037 0.025 0.265 0.073 0.413 0.187 180 S 0.034 0.021 0.296 0.045 0.424 0.178 181 E 0.028 0.028 0.234 0.043 0.488 0.179 182 A 0.010 0.020 0.032 0.012 0.845 0.082 183 P 0.005 0.008 0.045 0.017 0.849 0.075 184 Y 0.006 0.012 0.040 0.023 0.837 0.081 185 Y 0.023 0.036 0.019 0.022 0.793 0.107 186 P 0.025 0.022 0.042 0.077 0.400 0.433 187 D 0.034 0.030 0.167 0.218 0.368 0.183 188 D 0.055 0.022 0.204 0.209 0.371 0.139 189 L 0.089 0.022 0.224 0.303 0.237 0.126 190 Q 0.123 0.018 0.156 0.330 0.214 0.158 191 S 0.098 0.018 0.127 0.356 0.228 0.174 192 Y 0.113 0.018 0.092 0.154 0.372 0.250 193 W 0.097 0.023 0.061 0.105 0.425 0.288 194 K 0.056 0.023 0.038 0.078 0.458 0.347 195 G 0.040 0.016 0.021 0.039 0.355 0.530 196 D 0.026 0.021 0.011 0.017 0.260 0.665 197 P 0.018 0.036 0.026 0.023 0.341 0.557 198 P 0.008 0.029 0.157 0.056 0.423 0.327 199 K 0.003 0.006 0.556 0.058 0.315 0.062 200 E 0.005 0.004 0.543 0.058 0.315 0.075 201 D 0.008 0.006 0.284 0.068 0.389 0.244 202 L 0.015 0.014 0.015 0.007 0.351 0.598 203 P 0.019 0.009 0.006 0.004 0.245 0.717 204 D 0.059 0.024 0.014 0.007 0.315 0.580 205 A 0.261 0.014 0.018 0.006 0.295 0.405 206 E 0.580 0.007 0.015 0.006 0.113 0.279 207 I 0.896 0.007 0.007 0.004 0.030 0.057 208 V 0.934 0.004 0.002 0.005 0.015 0.039 209 N 0.910 0.004 0.001 0.002 0.020 0.062 210 L 0.752 0.018 0.002 0.001 0.053 0.175 211 T 0.345 0.008 0.011 0.002 0.549 0.085 212 P 0.101 0.005 0.035 0.004 0.795 0.058 213 G 0.031 0.002 0.020 0.002 0.885 0.059 214 T 0.443 0.009 0.010 0.002 0.468 0.069 215 M 0.948 0.009 0.001 0.001 0.012 0.030 216 L 0.994 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 217 Y 0.994 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 218 L 0.949 0.002 0.001 0.005 0.007 0.036 219 P 0.490 0.006 0.005 0.010 0.157 0.332 220 R 0.159 0.007 0.023 0.013 0.408 0.390 221 G 0.079 0.009 0.031 0.007 0.450 0.425 222 L 0.327 0.024 0.047 0.024 0.404 0.174 223 W 0.355 0.018 0.032 0.016 0.275 0.305 224 H 0.434 0.025 0.037 0.028 0.243 0.233 225 S 0.540 0.009 0.021 0.018 0.201 0.212 226 T 0.675 0.014 0.026 0.025 0.108 0.152 227 K 0.618 0.053 0.017 0.035 0.116 0.161 228 S 0.363 0.029 0.018 0.030 0.333 0.228 229 D 0.109 0.008 0.030 0.040 0.536 0.276 230 Q 0.093 0.005 0.062 0.064 0.609 0.167 231 A 0.247 0.011 0.050 0.090 0.492 0.110 232 T 0.517 0.010 0.023 0.071 0.218 0.162 233 L 0.828 0.007 0.007 0.042 0.058 0.058 234 A 0.912 0.002 0.003 0.037 0.020 0.026 235 L 0.927 0.002 0.002 0.040 0.011 0.018 236 N 0.887 0.002 0.002 0.063 0.016 0.030 237 I 0.813 0.005 0.005 0.067 0.034 0.076 238 T 0.619 0.012 0.010 0.049 0.131 0.180 239 F 0.277 0.022 0.017 0.038 0.287 0.359 240 G 0.065 0.024 0.011 0.026 0.345 0.528 241 Q 0.015 0.010 0.009 0.028 0.399 0.539 242 P 0.001 0.001 0.315 0.487 0.155 0.041 243 A 0.001 0.001 0.262 0.644 0.076 0.016 244 W 0.001 0.001 0.217 0.733 0.040 0.008 245 L 0.002 0.001 0.013 0.949 0.015 0.020 246 D 0.002 0.001 0.007 0.972 0.009 0.008 247 L 0.002 0.001 0.006 0.983 0.005 0.003 248 M 0.002 0.001 0.002 0.991 0.003 0.003 249 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 250 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 251 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.003 252 L 0.001 0.001 0.004 0.980 0.007 0.008 253 R 0.001 0.001 0.007 0.981 0.007 0.004 254 K 0.001 0.001 0.010 0.975 0.007 0.006 255 K 0.001 0.001 0.013 0.907 0.020 0.058 256 L 0.006 0.005 0.019 0.395 0.102 0.474 257 I 0.013 0.013 0.017 0.325 0.183 0.449 258 S 0.010 0.007 0.012 0.200 0.228 0.543 259 D 0.006 0.002 0.038 0.422 0.209 0.322 260 N 0.014 0.004 0.050 0.528 0.196 0.209 261 R 0.029 0.010 0.049 0.650 0.156 0.107 262 F 0.046 0.009 0.056 0.677 0.112 0.099 263 R 0.075 0.005 0.077 0.691 0.079 0.073 264 E 0.076 0.003 0.111 0.683 0.069 0.058 265 L 0.075 0.005 0.066 0.698 0.063 0.093 266 A 0.110 0.009 0.040 0.456 0.106 0.280 267 V 0.098 0.013 0.032 0.414 0.128 0.314 268 N 0.088 0.013 0.033 0.290 0.178 0.399 269 H 0.100 0.010 0.091 0.255 0.210 0.333 270 Q 0.114 0.013 0.104 0.260 0.201 0.309 271 S 0.082 0.013 0.085 0.288 0.238 0.293 272 L 0.047 0.012 0.074 0.331 0.229 0.306 273 H 0.065 0.010 0.070 0.276 0.265 0.314 274 E 0.071 0.009 0.103 0.363 0.245 0.208 275 S 0.060 0.022 0.048 0.415 0.196 0.259 276 S 0.036 0.018 0.028 0.402 0.169 0.348 277 K 0.004 0.001 0.100 0.761 0.071 0.063 278 S 0.003 0.001 0.146 0.773 0.054 0.023 279 E 0.004 0.002 0.163 0.753 0.056 0.022 280 L 0.005 0.003 0.037 0.869 0.038 0.048 281 N 0.003 0.002 0.014 0.894 0.033 0.055 282 G 0.001 0.001 0.012 0.967 0.011 0.009 283 Y 0.001 0.001 0.009 0.970 0.011 0.009 284 L 0.001 0.001 0.002 0.990 0.003 0.004 285 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 286 S 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 287 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.003 288 I 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 289 Q 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 290 T 0.001 0.001 0.004 0.987 0.004 0.005 291 L 0.001 0.001 0.006 0.963 0.009 0.020 292 S 0.001 0.002 0.022 0.900 0.041 0.035 293 E 0.001 0.001 0.033 0.845 0.070 0.050 294 N 0.003 0.003 0.053 0.615 0.166 0.160 295 A 0.002 0.003 0.168 0.520 0.209 0.097 296 E 0.006 0.002 0.254 0.367 0.260 0.110 297 T 0.009 0.005 0.200 0.390 0.260 0.137 298 L 0.021 0.018 0.063 0.261 0.289 0.348 299 T 0.020 0.013 0.024 0.205 0.257 0.482 300 P 0.007 0.002 0.106 0.584 0.173 0.128 301 E 0.007 0.001 0.143 0.704 0.105 0.040 302 Q 0.015 0.004 0.143 0.717 0.091 0.029 303 I 0.021 0.006 0.065 0.779 0.071 0.058 304 F 0.027 0.005 0.053 0.763 0.075 0.078 305 Q 0.037 0.006 0.051 0.706 0.096 0.104 306 S 0.041 0.012 0.045 0.600 0.128 0.174 307 Q 0.028 0.012 0.055 0.525 0.146 0.234 308 D 0.021 0.010 0.146 0.315 0.246 0.261 309 S 0.016 0.007 0.236 0.252 0.278 0.212 310 D 0.013 0.010 0.138 0.159 0.308 0.373 311 F 0.009 0.015 0.010 0.035 0.193 0.737 312 D 0.005 0.005 0.002 0.019 0.114 0.855 313 P 0.005 0.002 0.054 0.642 0.144 0.153 314 Y 0.013 0.005 0.080 0.641 0.168 0.094 315 Q 0.032 0.011 0.070 0.626 0.159 0.103 316 S 0.052 0.009 0.017 0.572 0.095 0.255 317 T 0.030 0.003 0.007 0.803 0.042 0.116 318 Q 0.021 0.001 0.003 0.906 0.016 0.053 319 L 0.021 0.001 0.002 0.949 0.008 0.019 320 V 0.021 0.001 0.002 0.958 0.007 0.010 321 F 0.047 0.002 0.006 0.901 0.017 0.026 322 R 0.056 0.002 0.012 0.883 0.018 0.030 323 Q 0.043 0.001 0.021 0.867 0.025 0.043 324 L 0.032 0.002 0.021 0.857 0.032 0.057 325 L 0.054 0.004 0.019 0.691 0.071 0.161 326 T 0.092 0.005 0.035 0.571 0.102 0.195 327 S 0.178 0.007 0.043 0.411 0.110 0.250 328 Y 0.171 0.012 0.037 0.294 0.107 0.378 329 K 0.119 0.016 0.017 0.134 0.095 0.619 330 F 0.043 0.006 0.003 0.019 0.063 0.865