# TARGET T0217 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0217.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 66.4773 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.025 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.967 2 V 0.628 0.013 0.001 0.001 0.005 0.003 0.350 3 Y 0.889 0.008 0.001 0.001 0.010 0.001 0.089 4 V 0.973 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.018 5 G 0.894 0.004 0.003 0.002 0.006 0.004 0.087 6 T 0.842 0.008 0.004 0.002 0.026 0.012 0.105 7 S 0.640 0.008 0.009 0.003 0.049 0.033 0.259 8 G 0.393 0.013 0.033 0.005 0.172 0.071 0.312 9 F 0.422 0.021 0.039 0.011 0.257 0.077 0.173 10 S 0.294 0.078 0.041 0.016 0.157 0.048 0.366 11 F 0.124 0.024 0.143 0.070 0.149 0.068 0.421 12 E 0.025 0.012 0.362 0.124 0.118 0.250 0.111 13 D 0.007 0.002 0.445 0.109 0.048 0.313 0.076 14 W 0.019 0.020 0.388 0.144 0.054 0.277 0.097 15 K 0.011 0.011 0.169 0.051 0.045 0.665 0.048 16 G 0.014 0.002 0.091 0.015 0.119 0.680 0.079 17 V 0.066 0.032 0.048 0.012 0.180 0.080 0.580 18 V 0.116 0.301 0.034 0.013 0.139 0.059 0.338 19 Y 0.032 0.032 0.017 0.006 0.141 0.023 0.749 20 P 0.009 0.010 0.196 0.012 0.047 0.110 0.615 21 E 0.001 0.002 0.276 0.014 0.052 0.608 0.046 22 H 0.004 0.007 0.239 0.019 0.117 0.483 0.132 23 L 0.007 0.024 0.023 0.009 0.472 0.022 0.444 24 K 0.005 0.017 0.010 0.006 0.053 0.020 0.890 25 P 0.003 0.007 0.267 0.304 0.046 0.198 0.177 26 S 0.002 0.004 0.281 0.510 0.022 0.124 0.057 27 Q 0.002 0.003 0.198 0.666 0.019 0.082 0.030 28 F 0.003 0.005 0.035 0.858 0.010 0.055 0.035 29 L 0.001 0.002 0.019 0.946 0.004 0.014 0.014 30 K 0.001 0.001 0.021 0.956 0.004 0.013 0.006 31 Y 0.004 0.001 0.043 0.907 0.004 0.035 0.006 32 Y 0.006 0.004 0.053 0.825 0.009 0.090 0.014 33 W 0.015 0.006 0.075 0.600 0.046 0.218 0.039 34 A 0.056 0.009 0.066 0.299 0.147 0.296 0.127 35 V 0.062 0.022 0.083 0.155 0.138 0.104 0.434 36 L 0.051 0.012 0.084 0.130 0.176 0.269 0.278 37 G 0.053 0.017 0.042 0.015 0.097 0.364 0.412 38 F 0.144 0.019 0.010 0.001 0.080 0.030 0.715 39 R 0.197 0.003 0.005 0.001 0.297 0.032 0.465 40 I 0.861 0.002 0.006 0.001 0.023 0.012 0.095 41 V 0.976 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.017 42 E 0.991 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 43 L 0.959 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.034 44 N 0.612 0.003 0.001 0.002 0.034 0.021 0.326 45 F 0.339 0.005 0.008 0.005 0.145 0.122 0.377 46 T 0.298 0.038 0.027 0.011 0.164 0.145 0.316 47 Y 0.294 0.046 0.047 0.018 0.163 0.150 0.282 48 Y 0.123 0.023 0.053 0.011 0.227 0.138 0.423 49 T 0.094 0.019 0.039 0.009 0.255 0.135 0.450 50 Q 0.038 0.019 0.008 0.005 0.223 0.033 0.674 51 P 0.018 0.023 0.002 0.008 0.175 0.018 0.756 52 S 0.011 0.023 0.002 0.019 0.115 0.009 0.820 53 W 0.001 0.001 0.019 0.954 0.002 0.021 0.004 54 R 0.001 0.001 0.016 0.966 0.002 0.014 0.002 55 S 0.001 0.003 0.011 0.966 0.003 0.005 0.012 56 F 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.002 57 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 58 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 59 M 0.001 0.001 0.005 0.991 0.001 0.002 0.001 60 L 0.002 0.001 0.022 0.963 0.001 0.010 0.001 61 R 0.001 0.001 0.016 0.877 0.003 0.102 0.001 62 K 0.003 0.001 0.016 0.719 0.024 0.228 0.010 63 T 0.009 0.018 0.001 0.023 0.379 0.014 0.557 64 P 0.003 0.003 0.011 0.003 0.043 0.057 0.880 65 P 0.002 0.001 0.056 0.003 0.151 0.776 0.013 66 D 0.060 0.001 0.102 0.001 0.176 0.624 0.036 67 F 0.809 0.006 0.005 0.001 0.004 0.002 0.174 68 Y 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 69 F 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 70 T 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 71 V 0.956 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.037 72 K 0.810 0.004 0.001 0.001 0.030 0.002 0.152 73 T 0.565 0.004 0.001 0.002 0.089 0.006 0.332 74 P 0.203 0.007 0.017 0.015 0.220 0.068 0.469 75 G 0.145 0.009 0.087 0.055 0.322 0.174 0.207 76 S 0.323 0.014 0.105 0.130 0.115 0.120 0.192 77 V 0.313 0.032 0.078 0.159 0.083 0.078 0.258 78 T 0.299 0.032 0.053 0.164 0.124 0.121 0.208 79 H 0.120 0.014 0.070 0.269 0.150 0.103 0.273 80 V 0.044 0.006 0.169 0.450 0.073 0.087 0.172 81 L 0.028 0.010 0.225 0.433 0.046 0.140 0.118 82 W 0.023 0.023 0.258 0.411 0.038 0.109 0.139 83 K 0.018 0.012 0.204 0.292 0.080 0.244 0.151 84 E 0.009 0.006 0.138 0.162 0.067 0.513 0.106 85 G 0.011 0.008 0.076 0.082 0.233 0.300 0.289 86 K 0.012 0.017 0.045 0.074 0.314 0.202 0.336 87 D 0.009 0.020 0.011 0.011 0.255 0.036 0.659 88 P 0.006 0.011 0.078 0.110 0.089 0.244 0.462 89 K 0.006 0.012 0.102 0.425 0.095 0.157 0.202 90 E 0.006 0.010 0.074 0.581 0.146 0.062 0.121 91 D 0.006 0.012 0.034 0.734 0.031 0.033 0.150 92 M 0.001 0.001 0.010 0.980 0.001 0.004 0.004 93 E 0.001 0.001 0.007 0.989 0.001 0.004 0.001 94 N 0.001 0.001 0.005 0.986 0.001 0.008 0.001 95 F 0.001 0.001 0.011 0.972 0.001 0.013 0.002 96 T 0.001 0.001 0.011 0.978 0.001 0.009 0.001 97 R 0.001 0.001 0.018 0.949 0.001 0.031 0.001 98 Q 0.001 0.001 0.016 0.925 0.003 0.048 0.007 99 I 0.001 0.001 0.015 0.918 0.010 0.040 0.015 100 E 0.002 0.001 0.028 0.796 0.058 0.046 0.070 101 P 0.002 0.001 0.044 0.834 0.014 0.060 0.045 102 L 0.003 0.002 0.056 0.754 0.029 0.085 0.072 103 I 0.004 0.006 0.062 0.743 0.019 0.105 0.060 104 E 0.005 0.003 0.051 0.643 0.021 0.253 0.024 105 E 0.005 0.001 0.046 0.298 0.066 0.530 0.055 106 Q 0.016 0.003 0.088 0.178 0.123 0.334 0.257 107 R 0.058 0.033 0.146 0.216 0.101 0.182 0.263 108 L 0.108 0.023 0.154 0.136 0.149 0.159 0.271 109 K 0.153 0.009 0.071 0.062 0.223 0.219 0.262 110 M 0.494 0.008 0.037 0.036 0.059 0.052 0.314 111 T 0.876 0.013 0.010 0.017 0.017 0.010 0.057 112 L 0.953 0.003 0.005 0.008 0.005 0.004 0.021 113 A 0.932 0.003 0.004 0.006 0.009 0.005 0.042 114 Q 0.801 0.009 0.005 0.006 0.039 0.007 0.133 115 F 0.280 0.012 0.003 0.003 0.100 0.005 0.597 116 P 0.063 0.009 0.010 0.002 0.064 0.017 0.836 117 F 0.024 0.010 0.098 0.018 0.153 0.231 0.466 118 S 0.025 0.017 0.185 0.031 0.165 0.256 0.321 119 F 0.029 0.011 0.106 0.030 0.349 0.138 0.338 120 K 0.025 0.021 0.056 0.021 0.175 0.236 0.466 121 F 0.024 0.061 0.016 0.014 0.292 0.055 0.539 122 S 0.014 0.016 0.007 0.008 0.060 0.010 0.886 123 R 0.001 0.002 0.278 0.598 0.014 0.086 0.021 124 K 0.001 0.003 0.255 0.598 0.010 0.118 0.014 125 N 0.001 0.001 0.158 0.766 0.005 0.049 0.021 126 V 0.001 0.001 0.020 0.965 0.002 0.007 0.005 127 E 0.001 0.001 0.027 0.959 0.001 0.010 0.002 128 Y 0.001 0.001 0.026 0.957 0.001 0.014 0.002 129 L 0.001 0.001 0.017 0.971 0.001 0.009 0.002 130 E 0.001 0.001 0.025 0.945 0.001 0.028 0.001 131 K 0.001 0.001 0.027 0.864 0.001 0.107 0.002 132 L 0.001 0.003 0.061 0.758 0.020 0.101 0.055 133 R 0.001 0.002 0.161 0.667 0.021 0.102 0.046 134 E 0.001 0.001 0.148 0.484 0.026 0.325 0.016 135 S 0.002 0.001 0.126 0.220 0.096 0.491 0.063 136 Y 0.013 0.005 0.014 0.032 0.360 0.085 0.491 137 P 0.017 0.006 0.006 0.002 0.108 0.048 0.812 138 Y 0.176 0.009 0.006 0.001 0.215 0.020 0.574 139 E 0.447 0.005 0.005 0.001 0.153 0.013 0.377 140 L 0.970 0.001 0.002 0.001 0.006 0.001 0.020 141 A 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 142 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 143 E 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 144 F 0.724 0.002 0.001 0.001 0.016 0.005 0.251 145 R 0.286 0.018 0.002 0.002 0.181 0.021 0.490 146 H 0.072 0.021 0.017 0.012 0.241 0.036 0.600 147 Y 0.021 0.006 0.118 0.036 0.207 0.374 0.239 148 S 0.008 0.010 0.166 0.034 0.128 0.457 0.198 149 W 0.007 0.016 0.147 0.070 0.171 0.440 0.148 150 D 0.005 0.018 0.049 0.089 0.155 0.325 0.360 151 R 0.003 0.009 0.026 0.232 0.224 0.046 0.460 152 E 0.001 0.001 0.023 0.919 0.009 0.040 0.009 153 E 0.001 0.001 0.019 0.954 0.002 0.020 0.005 154 T 0.001 0.001 0.009 0.984 0.001 0.004 0.002 155 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 156 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 157 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 158 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 159 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 160 N 0.001 0.001 0.002 0.927 0.001 0.070 0.001 161 H 0.001 0.001 0.003 0.201 0.007 0.785 0.004 162 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.982 0.010 163 I 0.031 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.961 164 T 0.689 0.002 0.001 0.001 0.097 0.001 0.209 165 F 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 166 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 167 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 168 V 0.883 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.105 169 D 0.297 0.006 0.002 0.001 0.136 0.007 0.553 170 E 0.046 0.010 0.066 0.005 0.224 0.032 0.617 171 P 0.009 0.008 0.234 0.007 0.214 0.278 0.251 172 K 0.007 0.019 0.246 0.014 0.131 0.380 0.203 173 L 0.010 0.015 0.077 0.011 0.336 0.044 0.506 174 P 0.008 0.010 0.132 0.018 0.110 0.501 0.221 175 G 0.015 0.011 0.086 0.010 0.170 0.577 0.131 176 L 0.073 0.048 0.061 0.011 0.264 0.092 0.451 177 F 0.089 0.028 0.012 0.004 0.209 0.017 0.641 178 P 0.122 0.022 0.012 0.004 0.073 0.028 0.739 179 Y 0.182 0.076 0.017 0.008 0.112 0.029 0.576 180 R 0.267 0.043 0.016 0.009 0.158 0.018 0.489 181 P 0.244 0.031 0.032 0.010 0.078 0.030 0.574 182 I 0.228 0.052 0.039 0.008 0.118 0.057 0.497 183 T 0.175 0.043 0.033 0.008 0.157 0.117 0.467 184 T 0.102 0.027 0.023 0.003 0.191 0.083 0.571 185 T 0.077 0.010 0.027 0.005 0.404 0.173 0.304 186 D 0.068 0.009 0.021 0.002 0.489 0.215 0.197 187 Y 0.392 0.018 0.018 0.002 0.113 0.027 0.431 188 A 0.705 0.005 0.006 0.002 0.066 0.008 0.209 189 Y 0.971 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.018 190 F 0.982 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 191 R 0.982 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 192 F 0.948 0.003 0.001 0.004 0.002 0.005 0.037 193 H 0.707 0.008 0.004 0.006 0.064 0.045 0.167 194 G 0.259 0.013 0.004 0.003 0.397 0.058 0.267 195 R 0.060 0.014 0.009 0.006 0.361 0.100 0.450 196 N 0.035 0.015 0.046 0.033 0.310 0.137 0.425 197 E 0.020 0.004 0.225 0.207 0.124 0.341 0.081 198 R 0.037 0.009 0.305 0.291 0.056 0.206 0.096 199 W 0.080 0.032 0.239 0.336 0.056 0.128 0.128 200 F 0.123 0.037 0.139 0.287 0.069 0.129 0.215 201 E 0.089 0.011 0.113 0.273 0.079 0.215 0.220 202 A 0.052 0.008 0.111 0.206 0.171 0.242 0.210 203 E 0.045 0.011 0.060 0.131 0.173 0.368 0.211 204 G 0.067 0.011 0.049 0.084 0.196 0.295 0.299 205 E 0.108 0.021 0.042 0.125 0.141 0.044 0.519 206 E 0.189 0.025 0.070 0.159 0.068 0.043 0.446 207 R 0.205 0.033 0.094 0.255 0.064 0.054 0.294 208 Y 0.156 0.026 0.123 0.244 0.058 0.096 0.296 209 D 0.125 0.012 0.147 0.158 0.134 0.143 0.280 210 Y 0.149 0.009 0.156 0.160 0.114 0.197 0.215 211 L 0.137 0.040 0.079 0.091 0.160 0.191 0.303 212 Y 0.086 0.062 0.015 0.038 0.203 0.080 0.516 213 S 0.022 0.014 0.004 0.014 0.155 0.018 0.773 214 E 0.001 0.001 0.050 0.903 0.008 0.025 0.013 215 E 0.001 0.001 0.049 0.930 0.002 0.018 0.001 216 E 0.001 0.001 0.065 0.913 0.001 0.016 0.004 217 L 0.001 0.001 0.014 0.978 0.001 0.003 0.003 218 K 0.001 0.001 0.006 0.991 0.001 0.003 0.001 219 T 0.001 0.001 0.007 0.979 0.001 0.014 0.001 220 L 0.001 0.001 0.005 0.975 0.001 0.017 0.002 221 F 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.006 0.001 222 E 0.001 0.001 0.005 0.985 0.001 0.008 0.001 223 D 0.001 0.001 0.003 0.977 0.002 0.016 0.002 224 V 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.010 0.001 225 V 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.008 0.002 226 E 0.001 0.001 0.006 0.978 0.001 0.011 0.003 227 L 0.001 0.001 0.012 0.956 0.004 0.020 0.008 228 S 0.002 0.002 0.050 0.852 0.010 0.065 0.020 229 R 0.002 0.001 0.077 0.604 0.021 0.283 0.011 230 R 0.008 0.001 0.055 0.170 0.086 0.576 0.104 231 V 0.029 0.005 0.018 0.019 0.137 0.084 0.707 232 K 0.051 0.005 0.017 0.004 0.285 0.124 0.515 233 E 0.628 0.007 0.004 0.001 0.052 0.011 0.299 234 T 0.890 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.091 235 Y 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 236 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 237 F 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 238 F 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 239 N 0.492 0.004 0.002 0.001 0.047 0.008 0.447 240 N 0.124 0.005 0.008 0.006 0.309 0.095 0.452 241 C 0.027 0.010 0.037 0.027 0.256 0.227 0.416 242 Y 0.019 0.012 0.069 0.090 0.196 0.437 0.178 243 K 0.013 0.008 0.031 0.124 0.172 0.513 0.140 244 G 0.023 0.018 0.019 0.256 0.245 0.233 0.206 245 Q 0.022 0.019 0.014 0.579 0.113 0.102 0.151 246 A 0.013 0.010 0.008 0.749 0.071 0.026 0.124 247 A 0.005 0.003 0.010 0.894 0.014 0.018 0.056 248 I 0.003 0.001 0.011 0.953 0.008 0.015 0.009 249 N 0.003 0.003 0.009 0.924 0.010 0.026 0.024 250 A 0.001 0.001 0.004 0.984 0.001 0.007 0.004 251 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.001 252 Q 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.005 0.001 253 F 0.001 0.001 0.006 0.984 0.001 0.006 0.004 254 K 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.003 0.001 255 K 0.001 0.001 0.003 0.984 0.001 0.011 0.001 256 M 0.001 0.001 0.005 0.971 0.001 0.018 0.005 257 L 0.001 0.001 0.005 0.942 0.004 0.040 0.007 258 E 0.001 0.001 0.025 0.809 0.016 0.117 0.032 259 E 0.002 0.001 0.039 0.580 0.076 0.240 0.062 260 R 0.003 0.003 0.015 0.282 0.063 0.317 0.318 261 V 0.002 0.002 0.002 0.018 0.017 0.008 0.951