# TARGET T0215 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0215.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.028 0.604 0.007 0.034 0.060 0.001 0.002 0.009 0.091 0.090 0.012 0.059 2 G 0.010 0.047 0.472 0.005 0.036 0.066 0.001 0.003 0.016 0.141 0.122 0.048 0.031 3 T 0.008 0.030 0.478 0.005 0.025 0.059 0.001 0.004 0.014 0.237 0.063 0.020 0.057 4 S 0.014 0.024 0.398 0.013 0.037 0.110 0.001 0.007 0.014 0.199 0.106 0.031 0.047 5 H 0.021 0.034 0.305 0.011 0.050 0.143 0.002 0.009 0.013 0.171 0.151 0.040 0.050 6 H 0.023 0.038 0.329 0.012 0.057 0.118 0.002 0.009 0.013 0.165 0.134 0.037 0.064 7 H 0.024 0.033 0.343 0.010 0.053 0.109 0.002 0.011 0.015 0.174 0.118 0.047 0.061 8 H 0.020 0.041 0.291 0.009 0.053 0.102 0.003 0.007 0.015 0.194 0.178 0.028 0.058 9 H 0.015 0.037 0.282 0.006 0.057 0.090 0.002 0.006 0.011 0.202 0.230 0.026 0.037 10 H 0.008 0.027 0.378 0.004 0.048 0.066 0.001 0.003 0.007 0.192 0.206 0.019 0.041 11 S 0.004 0.028 0.362 0.004 0.051 0.082 0.001 0.002 0.003 0.214 0.210 0.015 0.025 12 S 0.004 0.023 0.232 0.003 0.052 0.100 0.001 0.002 0.001 0.238 0.310 0.013 0.021 13 G 0.005 0.016 0.284 0.007 0.047 0.095 0.001 0.001 0.002 0.266 0.243 0.014 0.019 14 R 0.012 0.030 0.411 0.007 0.056 0.142 0.001 0.002 0.005 0.162 0.098 0.015 0.059 15 E 0.029 0.043 0.217 0.023 0.070 0.220 0.003 0.012 0.011 0.143 0.127 0.058 0.043 16 N 0.041 0.017 0.212 0.025 0.099 0.204 0.006 0.010 0.019 0.091 0.155 0.032 0.089 17 L 0.108 0.026 0.199 0.005 0.081 0.200 0.024 0.025 0.031 0.059 0.070 0.063 0.110 18 Y 0.175 0.029 0.118 0.006 0.060 0.195 0.042 0.041 0.051 0.039 0.093 0.058 0.093 19 F 0.198 0.019 0.135 0.004 0.043 0.179 0.025 0.043 0.061 0.051 0.063 0.079 0.100 20 Q 0.103 0.014 0.206 0.018 0.049 0.209 0.010 0.024 0.036 0.071 0.131 0.054 0.076 21 G 0.055 0.015 0.136 0.011 0.089 0.179 0.005 0.010 0.013 0.125 0.265 0.047 0.053 22 H 0.028 0.020 0.154 0.008 0.124 0.265 0.002 0.007 0.011 0.109 0.204 0.017 0.051 23 M 0.020 0.026 0.197 0.007 0.137 0.304 0.003 0.005 0.020 0.094 0.120 0.019 0.048 24 R 0.006 0.013 0.128 0.012 0.086 0.232 0.001 0.002 0.007 0.149 0.332 0.017 0.013 25 N 0.002 0.007 0.169 0.006 0.044 0.142 0.001 0.001 0.006 0.171 0.431 0.004 0.017 26 L 0.004 0.014 0.348 0.001 0.047 0.334 0.001 0.001 0.007 0.125 0.086 0.011 0.022 27 S 0.008 0.038 0.225 0.003 0.044 0.410 0.002 0.002 0.011 0.100 0.110 0.023 0.024 28 D 0.007 0.019 0.188 0.002 0.064 0.476 0.001 0.002 0.012 0.088 0.091 0.013 0.038 29 R 0.004 0.006 0.055 0.003 0.047 0.788 0.001 0.001 0.003 0.025 0.049 0.002 0.015 30 A 0.007 0.003 0.046 0.004 0.071 0.773 0.001 0.001 0.002 0.027 0.051 0.012 0.004 31 K 0.007 0.007 0.042 0.001 0.069 0.765 0.001 0.001 0.002 0.026 0.054 0.005 0.020 32 F 0.009 0.006 0.033 0.002 0.049 0.821 0.001 0.001 0.002 0.019 0.043 0.004 0.010 33 E 0.007 0.002 0.032 0.004 0.051 0.807 0.001 0.001 0.002 0.024 0.053 0.007 0.006 34 S 0.010 0.004 0.030 0.001 0.061 0.764 0.001 0.001 0.002 0.014 0.098 0.005 0.010 35 M 0.012 0.009 0.038 0.002 0.085 0.682 0.002 0.002 0.003 0.032 0.110 0.004 0.020 36 I 0.009 0.020 0.094 0.003 0.045 0.413 0.002 0.001 0.007 0.075 0.298 0.017 0.015 37 N 0.002 0.007 0.213 0.005 0.021 0.109 0.001 0.001 0.002 0.243 0.381 0.004 0.012 38 S 0.001 0.008 0.546 0.002 0.012 0.051 0.001 0.001 0.002 0.309 0.056 0.007 0.007 39 P 0.001 0.018 0.224 0.002 0.068 0.152 0.001 0.001 0.002 0.186 0.318 0.006 0.023 40 S 0.006 0.021 0.298 0.003 0.068 0.151 0.002 0.001 0.005 0.173 0.231 0.015 0.027 41 K 0.005 0.018 0.240 0.009 0.124 0.319 0.002 0.002 0.014 0.141 0.088 0.011 0.028 42 S 0.016 0.007 0.192 0.020 0.131 0.383 0.004 0.003 0.032 0.094 0.067 0.016 0.036 43 V 0.028 0.010 0.138 0.006 0.125 0.424 0.006 0.005 0.041 0.081 0.067 0.037 0.034 44 F 0.041 0.022 0.152 0.004 0.074 0.365 0.010 0.005 0.091 0.055 0.071 0.021 0.089 45 V 0.052 0.017 0.221 0.009 0.056 0.352 0.015 0.003 0.069 0.054 0.033 0.034 0.085 46 R 0.027 0.011 0.229 0.018 0.032 0.274 0.004 0.001 0.037 0.173 0.057 0.105 0.032 47 N 0.004 0.026 0.251 0.001 0.029 0.329 0.002 0.001 0.039 0.126 0.076 0.009 0.108 48 L 0.001 0.002 0.056 0.001 0.022 0.852 0.001 0.001 0.002 0.026 0.035 0.001 0.002 49 N 0.001 0.001 0.019 0.001 0.019 0.920 0.001 0.001 0.001 0.010 0.030 0.001 0.001 50 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.007 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 51 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 52 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 54 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 55 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 56 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.956 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.001 0.001 57 R 0.001 0.001 0.007 0.001 0.006 0.876 0.001 0.001 0.001 0.009 0.101 0.001 0.001 58 L 0.001 0.001 0.055 0.001 0.007 0.381 0.001 0.001 0.001 0.063 0.491 0.001 0.001 59 G 0.001 0.002 0.167 0.001 0.010 0.079 0.001 0.001 0.001 0.154 0.587 0.001 0.001 60 K 0.001 0.002 0.250 0.001 0.022 0.140 0.001 0.001 0.001 0.334 0.245 0.002 0.003 61 S 0.001 0.006 0.349 0.001 0.034 0.258 0.001 0.001 0.003 0.212 0.116 0.007 0.013 62 Y 0.007 0.015 0.218 0.001 0.026 0.537 0.001 0.001 0.013 0.098 0.042 0.018 0.023 63 R 0.012 0.005 0.061 0.001 0.018 0.821 0.002 0.003 0.014 0.017 0.016 0.004 0.026 64 I 0.014 0.003 0.064 0.002 0.019 0.799 0.002 0.002 0.018 0.025 0.018 0.027 0.007 65 Q 0.005 0.005 0.040 0.001 0.010 0.856 0.002 0.002 0.015 0.011 0.024 0.004 0.027 66 L 0.002 0.002 0.019 0.001 0.024 0.917 0.001 0.001 0.002 0.007 0.019 0.001 0.005 67 D 0.002 0.001 0.013 0.002 0.026 0.904 0.001 0.001 0.001 0.012 0.034 0.004 0.001 68 Q 0.001 0.001 0.015 0.001 0.044 0.832 0.001 0.001 0.001 0.010 0.091 0.001 0.003 69 A 0.004 0.002 0.038 0.001 0.048 0.768 0.001 0.001 0.001 0.043 0.085 0.003 0.006 70 K 0.004 0.006 0.044 0.001 0.055 0.752 0.001 0.001 0.001 0.024 0.094 0.008 0.010 71 E 0.004 0.004 0.054 0.001 0.087 0.663 0.001 0.001 0.001 0.029 0.140 0.003 0.013 72 K 0.003 0.005 0.088 0.002 0.072 0.573 0.001 0.001 0.002 0.064 0.169 0.006 0.015 73 W 0.005 0.017 0.198 0.004 0.036 0.327 0.001 0.001 0.009 0.129 0.217 0.018 0.039 74 K 0.004 0.037 0.488 0.001 0.013 0.104 0.003 0.001 0.011 0.122 0.100 0.054 0.064 75 V 0.001 0.018 0.869 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.011 0.018 0.017 0.009 0.038 76 K 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005