# TARGET T0215 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0215.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.208 0.130 0.050 0.108 0.086 0.081 0.098 0.079 0.073 0.053 0.034 2 G 0.339 0.149 0.045 0.097 0.079 0.066 0.071 0.050 0.045 0.035 0.023 3 T 0.177 0.149 0.055 0.134 0.114 0.091 0.095 0.069 0.057 0.038 0.021 4 S 0.256 0.142 0.041 0.107 0.097 0.080 0.093 0.069 0.056 0.038 0.021 5 H 0.148 0.095 0.042 0.120 0.120 0.110 0.126 0.086 0.070 0.049 0.035 6 H 0.115 0.094 0.049 0.118 0.110 0.102 0.133 0.097 0.084 0.061 0.036 7 H 0.100 0.084 0.055 0.133 0.123 0.109 0.133 0.097 0.081 0.053 0.030 8 H 0.128 0.099 0.057 0.127 0.114 0.100 0.135 0.093 0.072 0.049 0.025 9 H 0.107 0.114 0.057 0.139 0.122 0.105 0.130 0.087 0.068 0.045 0.026 10 H 0.076 0.073 0.048 0.134 0.129 0.131 0.148 0.101 0.079 0.052 0.030 11 S 0.257 0.166 0.095 0.134 0.091 0.071 0.073 0.042 0.034 0.022 0.014 12 S 0.276 0.219 0.085 0.150 0.094 0.061 0.057 0.028 0.017 0.009 0.004 13 G 0.554 0.170 0.041 0.078 0.049 0.035 0.030 0.017 0.012 0.008 0.005 14 R 0.090 0.128 0.078 0.176 0.159 0.129 0.121 0.054 0.035 0.019 0.011 15 E 0.174 0.137 0.120 0.196 0.121 0.092 0.082 0.037 0.023 0.012 0.007 16 N 0.079 0.113 0.081 0.241 0.184 0.121 0.092 0.044 0.026 0.012 0.005 17 L 0.052 0.035 0.038 0.055 0.064 0.096 0.178 0.165 0.148 0.107 0.062 18 Y 0.012 0.030 0.053 0.131 0.157 0.160 0.189 0.108 0.084 0.050 0.026 19 F 0.012 0.024 0.062 0.058 0.056 0.080 0.178 0.160 0.165 0.128 0.078 20 Q 0.039 0.069 0.128 0.303 0.215 0.109 0.070 0.033 0.020 0.010 0.005 21 G 0.235 0.131 0.121 0.106 0.087 0.080 0.095 0.056 0.047 0.027 0.015 22 H 0.037 0.069 0.088 0.161 0.131 0.130 0.160 0.093 0.070 0.041 0.020 23 M 0.039 0.033 0.061 0.055 0.070 0.101 0.223 0.147 0.131 0.088 0.052 24 R 0.112 0.133 0.239 0.234 0.132 0.069 0.045 0.018 0.010 0.005 0.003 25 N 0.120 0.185 0.168 0.178 0.128 0.094 0.071 0.027 0.017 0.009 0.004 26 L 0.072 0.037 0.057 0.057 0.047 0.059 0.118 0.120 0.158 0.149 0.127 27 S 0.302 0.211 0.160 0.148 0.092 0.044 0.030 0.008 0.004 0.002 0.001 28 D 0.065 0.109 0.173 0.175 0.118 0.111 0.119 0.061 0.037 0.022 0.011 29 R 0.066 0.089 0.107 0.184 0.187 0.154 0.129 0.042 0.024 0.012 0.006 30 A 0.300 0.093 0.176 0.094 0.063 0.066 0.100 0.047 0.033 0.017 0.011 31 K 0.078 0.142 0.226 0.297 0.148 0.066 0.030 0.007 0.003 0.002 0.001 32 F 0.019 0.023 0.049 0.033 0.040 0.067 0.172 0.172 0.186 0.145 0.094 33 E 0.081 0.104 0.275 0.253 0.161 0.070 0.036 0.011 0.005 0.002 0.001 34 S 0.104 0.119 0.406 0.168 0.096 0.052 0.037 0.010 0.005 0.002 0.001 35 M 0.021 0.040 0.065 0.121 0.139 0.146 0.193 0.118 0.084 0.052 0.022 36 I 0.036 0.030 0.050 0.038 0.049 0.071 0.177 0.147 0.168 0.139 0.094 37 N 0.160 0.194 0.264 0.202 0.089 0.045 0.026 0.010 0.006 0.003 0.002 38 S 0.100 0.138 0.109 0.119 0.103 0.107 0.146 0.081 0.054 0.032 0.013 39 P 0.661 0.161 0.048 0.062 0.033 0.015 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 40 S 0.130 0.123 0.060 0.123 0.109 0.107 0.142 0.072 0.063 0.044 0.028 41 K 0.071 0.076 0.087 0.145 0.141 0.148 0.161 0.081 0.053 0.026 0.012 42 S 0.192 0.141 0.140 0.274 0.132 0.066 0.036 0.011 0.005 0.002 0.001 43 V 0.018 0.035 0.054 0.101 0.128 0.167 0.231 0.134 0.079 0.037 0.016 44 F 0.012 0.024 0.099 0.092 0.073 0.078 0.151 0.139 0.148 0.112 0.071 45 V 0.010 0.014 0.084 0.077 0.097 0.139 0.267 0.140 0.097 0.052 0.025 46 R 0.026 0.063 0.427 0.289 0.123 0.042 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 47 N 0.007 0.053 0.088 0.091 0.100 0.154 0.258 0.124 0.072 0.037 0.015 48 L 0.008 0.013 0.084 0.049 0.056 0.081 0.208 0.156 0.169 0.111 0.065 49 N 0.247 0.120 0.392 0.134 0.059 0.027 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 50 E 0.003 0.023 0.137 0.279 0.215 0.161 0.123 0.038 0.014 0.005 0.002 51 L 0.001 0.002 0.036 0.006 0.008 0.018 0.100 0.136 0.250 0.246 0.197 52 E 0.004 0.005 0.125 0.128 0.138 0.193 0.261 0.083 0.040 0.017 0.006 53 A 0.002 0.012 0.576 0.185 0.123 0.060 0.029 0.008 0.003 0.001 0.001 54 L 0.001 0.004 0.063 0.028 0.038 0.071 0.207 0.160 0.174 0.152 0.103 55 A 0.002 0.003 0.055 0.016 0.019 0.033 0.180 0.193 0.237 0.168 0.095 56 V 0.009 0.029 0.522 0.218 0.127 0.054 0.026 0.009 0.003 0.002 0.001 57 R 0.014 0.057 0.322 0.107 0.153 0.149 0.135 0.037 0.018 0.007 0.003 58 L 0.014 0.025 0.056 0.040 0.035 0.047 0.135 0.132 0.192 0.180 0.144 59 G 0.299 0.203 0.114 0.096 0.083 0.073 0.082 0.025 0.014 0.007 0.004 60 K 0.380 0.183 0.248 0.130 0.036 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 61 S 0.277 0.260 0.133 0.110 0.081 0.058 0.052 0.016 0.008 0.003 0.002 62 Y 0.047 0.036 0.107 0.073 0.051 0.094 0.204 0.136 0.119 0.080 0.052 63 R 0.091 0.068 0.259 0.215 0.144 0.109 0.085 0.019 0.007 0.002 0.001 64 I 0.060 0.078 0.573 0.158 0.060 0.035 0.025 0.008 0.003 0.001 0.001 65 Q 0.022 0.050 0.269 0.189 0.121 0.141 0.121 0.048 0.023 0.012 0.004 66 L 0.005 0.012 0.384 0.049 0.047 0.085 0.217 0.092 0.063 0.033 0.012 67 D 0.022 0.021 0.852 0.078 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 68 Q 0.004 0.018 0.655 0.192 0.090 0.030 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.011 0.009 0.496 0.022 0.020 0.043 0.161 0.092 0.081 0.047 0.019 70 K 0.001 0.004 0.542 0.115 0.102 0.091 0.112 0.024 0.007 0.002 0.001 71 E 0.002 0.009 0.912 0.049 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.009 0.040 0.456 0.167 0.152 0.100 0.053 0.014 0.006 0.003 0.001 73 W 0.029 0.036 0.393 0.039 0.046 0.057 0.171 0.093 0.083 0.041 0.012 74 K 0.050 0.082 0.449 0.182 0.122 0.055 0.042 0.012 0.004 0.002 0.001 75 V 0.028 0.077 0.465 0.117 0.097 0.058 0.064 0.039 0.029 0.019 0.007 76 K 0.103 0.160 0.231 0.154 0.133 0.070 0.066 0.036 0.026 0.013 0.006