# TARGET T0215 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0215.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 2 G 0.102 0.042 0.008 0.055 0.007 0.052 0.735 3 T 0.111 0.022 0.019 0.076 0.274 0.099 0.398 4 S 0.140 0.017 0.038 0.126 0.192 0.124 0.363 5 H 0.158 0.016 0.053 0.132 0.176 0.146 0.319 6 H 0.155 0.020 0.071 0.149 0.159 0.137 0.310 7 H 0.166 0.026 0.068 0.148 0.179 0.136 0.279 8 H 0.160 0.024 0.048 0.156 0.172 0.179 0.261 9 H 0.115 0.049 0.045 0.123 0.190 0.198 0.280 10 H 0.077 0.035 0.040 0.101 0.196 0.194 0.358 11 S 0.058 0.019 0.039 0.084 0.219 0.293 0.287 12 S 0.049 0.013 0.032 0.078 0.227 0.403 0.197 13 G 0.071 0.012 0.028 0.062 0.253 0.289 0.286 14 R 0.166 0.030 0.043 0.086 0.166 0.087 0.423 15 E 0.333 0.036 0.064 0.123 0.115 0.078 0.252 16 N 0.400 0.017 0.064 0.113 0.084 0.083 0.240 17 L 0.482 0.023 0.039 0.136 0.063 0.050 0.207 18 Y 0.566 0.029 0.025 0.145 0.041 0.047 0.147 19 F 0.587 0.022 0.024 0.144 0.039 0.044 0.140 20 Q 0.454 0.011 0.030 0.162 0.072 0.090 0.181 21 G 0.271 0.016 0.062 0.186 0.139 0.146 0.180 22 H 0.189 0.020 0.093 0.169 0.135 0.118 0.276 23 M 0.113 0.025 0.167 0.213 0.099 0.157 0.226 24 R 0.025 0.007 0.140 0.143 0.133 0.453 0.100 25 N 0.027 0.008 0.091 0.103 0.135 0.483 0.152 26 L 0.023 0.016 0.079 0.174 0.171 0.159 0.378 27 S 0.042 0.033 0.103 0.255 0.106 0.200 0.261 28 D 0.041 0.014 0.117 0.300 0.101 0.206 0.220 29 R 0.034 0.014 0.077 0.496 0.096 0.121 0.161 30 A 0.059 0.013 0.063 0.600 0.056 0.071 0.138 31 K 0.043 0.017 0.050 0.573 0.058 0.131 0.128 32 F 0.013 0.005 0.059 0.807 0.018 0.054 0.045 33 E 0.008 0.003 0.196 0.696 0.016 0.052 0.028 34 S 0.016 0.002 0.192 0.643 0.026 0.097 0.023 35 M 0.015 0.008 0.173 0.651 0.020 0.108 0.026 36 I 0.040 0.047 0.045 0.321 0.216 0.207 0.124 37 N 0.028 0.008 0.012 0.046 0.279 0.272 0.355 38 S 0.018 0.008 0.011 0.039 0.416 0.095 0.413 39 P 0.017 0.018 0.071 0.118 0.237 0.289 0.251 40 S 0.037 0.016 0.104 0.156 0.166 0.186 0.336 41 K 0.046 0.011 0.131 0.380 0.150 0.131 0.151 42 S 0.104 0.012 0.073 0.536 0.056 0.077 0.142 43 V 0.178 0.021 0.096 0.493 0.044 0.063 0.107 44 F 0.260 0.030 0.089 0.412 0.026 0.069 0.114 45 V 0.186 0.015 0.148 0.309 0.055 0.110 0.177 46 R 0.122 0.014 0.123 0.229 0.182 0.154 0.177 47 N 0.047 0.012 0.040 0.195 0.194 0.093 0.417 48 L 0.004 0.004 0.058 0.692 0.062 0.057 0.123 49 N 0.001 0.001 0.028 0.872 0.029 0.052 0.017 50 E 0.001 0.001 0.014 0.932 0.009 0.032 0.012 51 L 0.001 0.001 0.004 0.975 0.004 0.011 0.006 52 E 0.001 0.001 0.002 0.976 0.005 0.010 0.006 53 A 0.002 0.001 0.002 0.980 0.004 0.008 0.005 54 L 0.001 0.001 0.003 0.981 0.003 0.007 0.005 55 A 0.001 0.001 0.006 0.971 0.003 0.013 0.005 56 V 0.002 0.001 0.009 0.922 0.005 0.056 0.006 57 R 0.001 0.001 0.008 0.816 0.008 0.159 0.008 58 L 0.001 0.002 0.006 0.527 0.057 0.357 0.050 59 G 0.002 0.002 0.009 0.142 0.197 0.444 0.203 60 K 0.009 0.006 0.035 0.196 0.270 0.221 0.261 61 S 0.048 0.013 0.076 0.264 0.142 0.158 0.300 62 Y 0.103 0.011 0.073 0.462 0.074 0.071 0.205 63 R 0.182 0.008 0.044 0.580 0.039 0.033 0.114 64 I 0.160 0.016 0.057 0.548 0.045 0.044 0.130 65 Q 0.062 0.007 0.038 0.616 0.057 0.054 0.166 66 L 0.014 0.003 0.035 0.807 0.024 0.037 0.081 67 D 0.008 0.001 0.033 0.828 0.029 0.045 0.056 68 Q 0.004 0.001 0.022 0.889 0.011 0.048 0.025 69 A 0.005 0.002 0.017 0.855 0.027 0.037 0.057 70 K 0.009 0.003 0.028 0.812 0.026 0.066 0.055 71 E 0.016 0.001 0.028 0.741 0.037 0.114 0.062 72 K 0.014 0.002 0.032 0.665 0.042 0.184 0.060 73 W 0.060 0.007 0.028 0.431 0.100 0.135 0.240 74 K 0.091 0.012 0.043 0.391 0.075 0.138 0.250 75 V 0.059 0.019 0.019 0.233 0.013 0.105 0.552 76 K 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.991