# TARGET T0215 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0215.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.200 0.173 0.207 0.300 0.038 0.021 0.028 0.005 0.025 0.002 0.001 2 G 0.081 0.044 0.146 0.042 0.160 0.012 0.081 0.231 0.007 0.194 0.001 3 T 0.201 0.306 0.248 0.120 0.068 0.023 0.005 0.003 0.018 0.005 0.001 4 S 0.283 0.166 0.227 0.134 0.098 0.023 0.019 0.015 0.013 0.023 0.001 5 H 0.227 0.225 0.156 0.187 0.080 0.038 0.035 0.011 0.033 0.007 0.001 6 H 0.198 0.223 0.196 0.157 0.063 0.046 0.059 0.012 0.039 0.007 0.001 7 H 0.212 0.227 0.180 0.132 0.073 0.056 0.060 0.016 0.034 0.009 0.002 8 H 0.211 0.267 0.183 0.146 0.060 0.051 0.037 0.008 0.034 0.005 0.001 9 H 0.170 0.216 0.216 0.147 0.053 0.100 0.043 0.008 0.041 0.004 0.001 10 H 0.217 0.206 0.225 0.143 0.067 0.058 0.036 0.007 0.034 0.007 0.001 11 S 0.428 0.112 0.149 0.176 0.055 0.021 0.019 0.012 0.010 0.015 0.001 12 S 0.329 0.082 0.179 0.268 0.074 0.008 0.031 0.011 0.009 0.010 0.001 13 G 0.126 0.014 0.084 0.075 0.083 0.005 0.077 0.385 0.004 0.146 0.001 14 R 0.431 0.148 0.219 0.105 0.023 0.032 0.015 0.004 0.018 0.005 0.001 15 E 0.436 0.178 0.215 0.091 0.022 0.020 0.018 0.004 0.010 0.005 0.001 16 N 0.269 0.116 0.153 0.162 0.037 0.087 0.121 0.008 0.042 0.002 0.002 17 L 0.319 0.331 0.176 0.079 0.037 0.034 0.007 0.001 0.015 0.001 0.001 18 Y 0.265 0.446 0.120 0.057 0.059 0.025 0.006 0.002 0.018 0.003 0.001 19 F 0.312 0.306 0.178 0.067 0.034 0.053 0.008 0.002 0.036 0.003 0.001 20 Q 0.325 0.221 0.185 0.124 0.036 0.028 0.034 0.003 0.040 0.003 0.001 21 G 0.320 0.011 0.041 0.025 0.077 0.003 0.082 0.268 0.002 0.169 0.001 22 H 0.702 0.071 0.080 0.080 0.028 0.023 0.005 0.002 0.005 0.002 0.001 23 M 0.561 0.114 0.092 0.181 0.010 0.020 0.011 0.002 0.008 0.001 0.001 24 R 0.626 0.054 0.183 0.100 0.013 0.009 0.009 0.001 0.004 0.001 0.001 25 N 0.066 0.006 0.017 0.394 0.005 0.041 0.378 0.053 0.039 0.001 0.001 26 L 0.090 0.142 0.608 0.047 0.005 0.084 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 27 S 0.391 0.138 0.177 0.203 0.038 0.025 0.011 0.005 0.006 0.006 0.001 28 D 0.114 0.155 0.188 0.136 0.081 0.125 0.052 0.004 0.142 0.003 0.001 29 R 0.762 0.043 0.034 0.132 0.004 0.013 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 30 A 0.625 0.072 0.088 0.171 0.016 0.014 0.006 0.002 0.005 0.001 0.001 31 K 0.528 0.113 0.150 0.113 0.036 0.023 0.016 0.004 0.015 0.002 0.001 32 F 0.791 0.036 0.039 0.089 0.010 0.014 0.011 0.003 0.006 0.001 0.001 33 E 0.876 0.028 0.022 0.062 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 34 S 0.771 0.061 0.056 0.061 0.028 0.004 0.010 0.003 0.004 0.001 0.001 35 M 0.499 0.065 0.116 0.240 0.008 0.029 0.023 0.002 0.016 0.001 0.001 36 I 0.306 0.208 0.265 0.141 0.023 0.028 0.010 0.001 0.016 0.001 0.001 37 N 0.204 0.041 0.098 0.438 0.031 0.070 0.072 0.014 0.019 0.011 0.001 38 S 0.129 0.156 0.518 0.019 0.094 0.016 0.006 0.002 0.048 0.012 0.001 39 P 0.927 0.001 0.033 0.034 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 40 S 0.624 0.044 0.093 0.160 0.035 0.009 0.007 0.011 0.010 0.005 0.001 41 K 0.768 0.052 0.088 0.055 0.012 0.007 0.007 0.005 0.004 0.003 0.001 42 S 0.856 0.029 0.051 0.035 0.008 0.008 0.005 0.003 0.002 0.002 0.001 43 V 0.862 0.076 0.020 0.022 0.013 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 44 F 0.898 0.038 0.019 0.020 0.004 0.013 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 45 V 0.889 0.045 0.014 0.031 0.003 0.010 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 46 R 0.914 0.014 0.034 0.019 0.007 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 47 N 0.514 0.006 0.015 0.274 0.003 0.093 0.025 0.004 0.064 0.002 0.001 48 L 0.970 0.003 0.007 0.014 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 N 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 E 0.983 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 L 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 V 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 R 0.979 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 L 0.464 0.003 0.016 0.511 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 59 G 0.083 0.001 0.017 0.021 0.004 0.002 0.207 0.604 0.002 0.058 0.001 60 K 0.449 0.038 0.317 0.096 0.018 0.027 0.022 0.010 0.003 0.019 0.001 61 S 0.541 0.066 0.227 0.086 0.041 0.013 0.006 0.009 0.004 0.005 0.001 62 Y 0.813 0.041 0.039 0.069 0.013 0.010 0.005 0.002 0.008 0.002 0.001 63 R 0.887 0.038 0.035 0.018 0.003 0.013 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 64 I 0.885 0.037 0.027 0.032 0.006 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 65 Q 0.798 0.034 0.062 0.041 0.006 0.033 0.005 0.001 0.020 0.001 0.001 66 L 0.947 0.006 0.015 0.024 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 D 0.978 0.001 0.005 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 68 Q 0.954 0.002 0.003 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.943 0.002 0.013 0.036 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 K 0.973 0.004 0.007 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 71 E 0.955 0.010 0.010 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.786 0.013 0.016 0.177 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 73 W 0.333 0.118 0.160 0.273 0.025 0.019 0.024 0.005 0.043 0.001 0.001 74 K 0.241 0.209 0.277 0.061 0.014 0.113 0.049 0.001 0.032 0.002 0.001 75 V 0.126 0.345 0.365 0.073 0.012 0.048 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 76 K 0.185 0.182 0.358 0.043 0.097 0.031 0.020 0.014 0.025 0.044 0.001