# TARGET T0215 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0215.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.080 0.156 0.110 0.063 0.148 0.038 0.052 0.120 0.089 0.099 0.046 2 G 0.095 0.132 0.121 0.083 0.151 0.034 0.024 0.084 0.070 0.132 0.072 3 T 0.126 0.164 0.081 0.032 0.213 0.022 0.030 0.116 0.086 0.080 0.050 4 S 0.111 0.111 0.058 0.025 0.184 0.022 0.045 0.183 0.111 0.100 0.051 5 H 0.101 0.093 0.045 0.033 0.151 0.030 0.043 0.194 0.128 0.125 0.056 6 H 0.095 0.094 0.047 0.042 0.161 0.029 0.046 0.193 0.110 0.123 0.060 7 H 0.109 0.103 0.045 0.029 0.164 0.022 0.046 0.203 0.112 0.112 0.053 8 H 0.091 0.117 0.054 0.027 0.169 0.025 0.052 0.208 0.109 0.104 0.043 9 H 0.106 0.123 0.051 0.035 0.157 0.026 0.051 0.185 0.101 0.117 0.049 10 H 0.111 0.113 0.066 0.039 0.139 0.028 0.041 0.160 0.090 0.146 0.067 11 S 0.080 0.091 0.075 0.071 0.103 0.067 0.065 0.189 0.089 0.124 0.046 12 S 0.040 0.153 0.120 0.116 0.073 0.070 0.100 0.158 0.063 0.083 0.025 13 G 0.042 0.080 0.111 0.113 0.053 0.037 0.025 0.132 0.074 0.250 0.084 14 R 0.159 0.108 0.036 0.013 0.218 0.014 0.023 0.204 0.115 0.062 0.048 15 E 0.098 0.099 0.046 0.038 0.143 0.039 0.062 0.278 0.099 0.063 0.035 16 N 0.126 0.107 0.030 0.017 0.212 0.010 0.031 0.228 0.087 0.108 0.045 17 L 0.161 0.103 0.015 0.012 0.209 0.016 0.033 0.242 0.099 0.066 0.043 18 Y 0.151 0.126 0.049 0.016 0.257 0.014 0.037 0.202 0.060 0.042 0.048 19 F 0.182 0.100 0.040 0.019 0.196 0.021 0.035 0.239 0.064 0.050 0.056 20 Q 0.050 0.123 0.057 0.067 0.094 0.042 0.061 0.292 0.131 0.059 0.025 21 G 0.045 0.061 0.057 0.081 0.063 0.062 0.057 0.273 0.166 0.095 0.041 22 H 0.095 0.079 0.040 0.015 0.115 0.014 0.037 0.268 0.160 0.121 0.057 23 M 0.097 0.064 0.024 0.014 0.080 0.011 0.019 0.192 0.156 0.274 0.070 24 R 0.014 0.155 0.065 0.052 0.056 0.106 0.169 0.243 0.110 0.024 0.006 25 N 0.094 0.079 0.056 0.030 0.084 0.007 0.006 0.057 0.057 0.403 0.127 26 L 0.142 0.067 0.016 0.005 0.228 0.007 0.015 0.203 0.181 0.089 0.047 27 S 0.031 0.054 0.029 0.022 0.055 0.033 0.052 0.423 0.182 0.085 0.033 28 D 0.090 0.055 0.018 0.010 0.143 0.006 0.018 0.335 0.150 0.140 0.036 29 R 0.024 0.026 0.009 0.005 0.032 0.008 0.027 0.474 0.236 0.144 0.016 30 A 0.034 0.077 0.024 0.012 0.076 0.013 0.045 0.533 0.129 0.042 0.015 31 K 0.075 0.077 0.022 0.009 0.092 0.009 0.040 0.430 0.101 0.109 0.035 32 F 0.085 0.050 0.019 0.014 0.099 0.016 0.033 0.407 0.146 0.090 0.040 33 E 0.039 0.037 0.019 0.023 0.057 0.027 0.048 0.438 0.237 0.052 0.023 34 S 0.036 0.066 0.034 0.017 0.073 0.018 0.070 0.417 0.192 0.059 0.017 35 M 0.056 0.033 0.012 0.014 0.071 0.027 0.095 0.366 0.157 0.142 0.027 36 I 0.064 0.150 0.041 0.021 0.182 0.030 0.077 0.225 0.107 0.078 0.025 37 N 0.091 0.090 0.055 0.060 0.116 0.045 0.026 0.061 0.070 0.290 0.098 38 S 0.061 0.308 0.220 0.021 0.260 0.005 0.007 0.049 0.033 0.025 0.014 39 P 0.013 0.026 0.014 0.007 0.020 0.011 0.059 0.386 0.309 0.132 0.023 40 S 0.084 0.122 0.032 0.009 0.158 0.007 0.020 0.278 0.164 0.092 0.034 41 K 0.011 0.044 0.013 0.010 0.032 0.014 0.034 0.530 0.222 0.081 0.009 42 S 0.087 0.036 0.010 0.004 0.115 0.005 0.041 0.462 0.136 0.074 0.031 43 V 0.063 0.079 0.014 0.011 0.141 0.013 0.031 0.522 0.097 0.018 0.012 44 F 0.076 0.064 0.013 0.002 0.194 0.004 0.017 0.484 0.075 0.035 0.034 45 V 0.094 0.041 0.012 0.006 0.096 0.010 0.020 0.477 0.128 0.065 0.051 46 R 0.005 0.026 0.013 0.020 0.017 0.088 0.152 0.570 0.087 0.017 0.005 47 N 0.295 0.092 0.044 0.005 0.121 0.002 0.003 0.089 0.029 0.167 0.152 48 L 0.008 0.028 0.007 0.003 0.023 0.007 0.005 0.578 0.268 0.065 0.009 49 N 0.005 0.028 0.008 0.005 0.008 0.005 0.008 0.840 0.080 0.009 0.005 50 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.853 0.102 0.034 0.001 51 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.922 0.065 0.007 0.001 52 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.924 0.061 0.003 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.936 0.049 0.004 0.001 54 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.891 0.088 0.008 0.001 55 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.850 0.114 0.018 0.001 56 V 0.002 0.010 0.003 0.001 0.005 0.005 0.081 0.736 0.140 0.015 0.002 57 R 0.020 0.015 0.007 0.005 0.017 0.013 0.168 0.556 0.098 0.085 0.015 58 L 0.018 0.285 0.167 0.046 0.071 0.063 0.093 0.143 0.061 0.045 0.007 59 G 0.041 0.064 0.059 0.121 0.030 0.053 0.040 0.128 0.063 0.319 0.081 60 K 0.020 0.119 0.121 0.077 0.041 0.042 0.032 0.212 0.115 0.181 0.040 61 S 0.036 0.128 0.059 0.030 0.094 0.016 0.026 0.380 0.119 0.079 0.033 62 Y 0.060 0.093 0.033 0.005 0.087 0.006 0.011 0.487 0.145 0.051 0.021 63 R 0.030 0.019 0.005 0.003 0.040 0.007 0.013 0.745 0.108 0.019 0.012 64 I 0.033 0.039 0.011 0.005 0.043 0.005 0.016 0.749 0.072 0.015 0.013 65 Q 0.013 0.036 0.017 0.002 0.018 0.002 0.007 0.750 0.100 0.048 0.006 66 L 0.008 0.017 0.004 0.002 0.013 0.004 0.006 0.795 0.128 0.019 0.004 67 D 0.007 0.020 0.009 0.009 0.012 0.008 0.021 0.808 0.092 0.009 0.005 68 Q 0.008 0.008 0.010 0.007 0.010 0.008 0.023 0.693 0.109 0.114 0.011 69 A 0.018 0.047 0.013 0.004 0.040 0.004 0.011 0.635 0.162 0.054 0.012 70 K 0.010 0.025 0.007 0.006 0.019 0.011 0.033 0.606 0.235 0.041 0.006 71 E 0.012 0.019 0.016 0.010 0.026 0.016 0.064 0.558 0.180 0.089 0.009 72 K 0.049 0.082 0.045 0.025 0.091 0.023 0.104 0.371 0.114 0.077 0.019 73 W 0.096 0.292 0.066 0.007 0.288 0.005 0.008 0.057 0.047 0.089 0.045 74 K 0.132 0.208 0.091 0.015 0.319 0.011 0.016 0.077 0.044 0.048 0.039 75 V 0.148 0.213 0.082 0.009 0.337 0.006 0.013 0.083 0.037 0.038 0.033 76 K 0.056 0.201 0.108 0.048 0.158 0.051 0.089 0.178 0.057 0.034 0.020