# TARGET T0215 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0215.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.875 0.105 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 2 G 0.828 0.128 0.032 0.010 0.002 0.001 0.001 3 T 0.761 0.159 0.053 0.021 0.006 0.001 0.001 4 S 0.732 0.179 0.059 0.022 0.007 0.001 0.001 5 H 0.671 0.210 0.082 0.029 0.007 0.001 0.001 6 H 0.654 0.217 0.082 0.035 0.010 0.002 0.001 7 H 0.606 0.248 0.098 0.038 0.010 0.001 0.001 8 H 0.627 0.242 0.089 0.034 0.007 0.001 0.001 9 H 0.653 0.237 0.080 0.026 0.004 0.001 0.001 10 H 0.667 0.228 0.073 0.027 0.004 0.001 0.001 11 S 0.770 0.166 0.044 0.017 0.003 0.001 0.001 12 S 0.808 0.135 0.039 0.015 0.003 0.001 0.001 13 G 0.704 0.190 0.065 0.031 0.008 0.001 0.001 14 R 0.525 0.242 0.131 0.073 0.023 0.005 0.001 15 E 0.524 0.283 0.104 0.054 0.023 0.010 0.002 16 N 0.282 0.250 0.220 0.154 0.068 0.023 0.003 17 L 0.183 0.151 0.152 0.204 0.190 0.107 0.013 18 Y 0.161 0.209 0.215 0.217 0.139 0.053 0.006 19 F 0.171 0.135 0.141 0.201 0.202 0.130 0.020 20 Q 0.212 0.268 0.221 0.180 0.088 0.028 0.003 21 G 0.282 0.267 0.186 0.145 0.083 0.033 0.005 22 H 0.188 0.193 0.178 0.196 0.156 0.079 0.010 23 M 0.155 0.161 0.185 0.224 0.173 0.091 0.010 24 R 0.325 0.321 0.180 0.107 0.048 0.017 0.003 25 N 0.303 0.333 0.195 0.110 0.043 0.014 0.002 26 L 0.077 0.098 0.144 0.268 0.286 0.119 0.009 27 S 0.232 0.351 0.241 0.123 0.042 0.011 0.001 28 D 0.171 0.220 0.206 0.223 0.135 0.042 0.003 29 R 0.174 0.301 0.285 0.168 0.058 0.013 0.001 30 A 0.226 0.261 0.195 0.175 0.111 0.030 0.002 31 K 0.187 0.364 0.278 0.130 0.034 0.006 0.001 32 F 0.056 0.078 0.132 0.300 0.315 0.112 0.006 33 E 0.242 0.364 0.238 0.113 0.035 0.007 0.001 34 S 0.270 0.353 0.211 0.109 0.044 0.013 0.001 35 M 0.125 0.178 0.202 0.242 0.180 0.067 0.006 36 I 0.073 0.097 0.163 0.268 0.254 0.129 0.015 37 N 0.293 0.320 0.194 0.119 0.051 0.019 0.004 38 S 0.268 0.276 0.200 0.145 0.078 0.028 0.004 39 P 0.268 0.224 0.172 0.166 0.110 0.051 0.009 40 S 0.196 0.235 0.186 0.193 0.126 0.053 0.010 41 K 0.202 0.247 0.215 0.187 0.105 0.039 0.006 42 S 0.328 0.359 0.188 0.084 0.029 0.009 0.002 43 V 0.111 0.177 0.234 0.271 0.150 0.051 0.007 44 F 0.061 0.065 0.079 0.180 0.302 0.284 0.029 45 V 0.063 0.128 0.196 0.282 0.226 0.095 0.009 46 R 0.143 0.348 0.261 0.156 0.064 0.024 0.003 47 N 0.039 0.107 0.210 0.327 0.236 0.077 0.004 48 L 0.017 0.046 0.107 0.228 0.324 0.252 0.024 49 N 0.166 0.373 0.264 0.132 0.049 0.014 0.001 50 E 0.084 0.269 0.292 0.222 0.105 0.026 0.002 51 L 0.021 0.032 0.064 0.189 0.375 0.297 0.022 52 E 0.084 0.255 0.296 0.231 0.105 0.028 0.001 53 A 0.174 0.370 0.266 0.130 0.048 0.011 0.001 54 L 0.039 0.052 0.096 0.238 0.373 0.192 0.009 55 A 0.102 0.122 0.196 0.303 0.208 0.066 0.003 56 V 0.446 0.402 0.113 0.031 0.007 0.001 0.001 57 R 0.366 0.353 0.193 0.071 0.014 0.002 0.001 58 L 0.173 0.140 0.211 0.312 0.144 0.020 0.001 59 G 0.675 0.253 0.056 0.012 0.002 0.001 0.001 60 K 0.709 0.224 0.052 0.013 0.002 0.001 0.001 61 S 0.512 0.316 0.118 0.044 0.009 0.001 0.001 62 Y 0.138 0.178 0.244 0.264 0.149 0.026 0.001 63 R 0.437 0.316 0.154 0.072 0.019 0.003 0.001 64 I 0.369 0.341 0.175 0.084 0.026 0.004 0.001 65 Q 0.258 0.261 0.228 0.175 0.066 0.012 0.001 66 L 0.221 0.210 0.201 0.218 0.127 0.022 0.001 67 D 0.699 0.236 0.053 0.011 0.002 0.001 0.001 68 Q 0.615 0.270 0.092 0.020 0.002 0.001 0.001 69 A 0.365 0.158 0.158 0.216 0.089 0.013 0.001 70 K 0.589 0.246 0.113 0.041 0.010 0.001 0.001 71 E 0.774 0.176 0.037 0.010 0.002 0.001 0.001 72 K 0.541 0.254 0.137 0.052 0.014 0.002 0.001 73 W 0.543 0.206 0.127 0.090 0.029 0.005 0.001 74 K 0.677 0.222 0.078 0.020 0.003 0.001 0.001 75 V 0.777 0.149 0.047 0.022 0.005 0.001 0.001 76 K 0.876 0.103 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001