# TARGET T0215 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0215.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.42992 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.107 0.015 0.025 0.040 0.369 0.443 2 G 0.104 0.011 0.012 0.016 0.333 0.524 3 T 0.222 0.018 0.012 0.024 0.246 0.477 4 S 0.502 0.019 0.012 0.041 0.132 0.295 5 H 0.735 0.009 0.008 0.042 0.076 0.130 6 H 0.838 0.004 0.005 0.037 0.042 0.073 7 H 0.872 0.004 0.005 0.043 0.029 0.047 8 H 0.843 0.003 0.007 0.070 0.033 0.045 9 H 0.777 0.005 0.010 0.083 0.050 0.076 10 H 0.617 0.008 0.015 0.103 0.091 0.166 11 S 0.390 0.014 0.017 0.128 0.194 0.257 12 S 0.222 0.011 0.019 0.125 0.294 0.329 13 G 0.155 0.012 0.064 0.268 0.281 0.220 14 R 0.205 0.010 0.113 0.363 0.203 0.106 15 E 0.256 0.005 0.131 0.396 0.138 0.074 16 N 0.285 0.004 0.082 0.512 0.067 0.051 17 L 0.430 0.008 0.041 0.416 0.048 0.057 18 Y 0.490 0.010 0.029 0.333 0.051 0.086 19 F 0.442 0.014 0.039 0.263 0.093 0.150 20 Q 0.234 0.013 0.054 0.233 0.247 0.218 21 G 0.123 0.010 0.111 0.118 0.412 0.226 22 H 0.084 0.016 0.114 0.119 0.428 0.239 23 M 0.060 0.022 0.108 0.128 0.582 0.100 24 R 0.041 0.021 0.039 0.117 0.568 0.214 25 N 0.019 0.010 0.025 0.077 0.465 0.404 26 L 0.013 0.008 0.115 0.558 0.259 0.048 27 S 0.037 0.010 0.159 0.472 0.220 0.101 28 D 0.031 0.010 0.199 0.392 0.288 0.080 29 R 0.032 0.007 0.115 0.506 0.214 0.127 30 A 0.048 0.011 0.066 0.594 0.145 0.136 31 K 0.049 0.007 0.067 0.603 0.158 0.117 32 F 0.030 0.006 0.069 0.693 0.109 0.092 33 E 0.047 0.009 0.100 0.686 0.094 0.064 34 S 0.064 0.007 0.114 0.634 0.116 0.065 35 M 0.057 0.012 0.079 0.589 0.170 0.094 36 I 0.042 0.025 0.039 0.544 0.191 0.158 37 N 0.028 0.018 0.027 0.297 0.347 0.284 38 S 0.009 0.012 0.025 0.276 0.436 0.243 39 P 0.006 0.010 0.094 0.335 0.353 0.202 40 S 0.009 0.011 0.135 0.352 0.356 0.138 41 K 0.006 0.003 0.095 0.738 0.120 0.039 42 S 0.006 0.002 0.035 0.876 0.059 0.023 43 V 0.019 0.005 0.043 0.866 0.051 0.016 44 F 0.022 0.003 0.041 0.874 0.043 0.017 45 V 0.022 0.003 0.082 0.798 0.073 0.022 46 R 0.012 0.003 0.046 0.848 0.062 0.029 47 N 0.006 0.003 0.018 0.783 0.049 0.141 48 L 0.001 0.001 0.005 0.971 0.008 0.015 49 N 0.001 0.001 0.008 0.976 0.008 0.008 50 E 0.001 0.001 0.006 0.989 0.003 0.002 51 L 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.002 52 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 54 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 55 A 0.001 0.001 0.005 0.988 0.004 0.002 56 V 0.001 0.001 0.007 0.984 0.006 0.002 57 R 0.001 0.001 0.004 0.979 0.011 0.005 58 L 0.001 0.001 0.002 0.917 0.023 0.056 59 G 0.001 0.001 0.002 0.150 0.105 0.741 60 K 0.004 0.003 0.010 0.375 0.207 0.401 61 S 0.019 0.007 0.011 0.575 0.131 0.258 62 Y 0.028 0.007 0.016 0.813 0.056 0.080 63 R 0.039 0.004 0.021 0.848 0.035 0.054 64 I 0.052 0.003 0.036 0.814 0.048 0.047 65 Q 0.056 0.004 0.038 0.790 0.042 0.070 66 L 0.009 0.001 0.010 0.942 0.015 0.022 67 D 0.008 0.001 0.017 0.924 0.024 0.025 68 Q 0.008 0.001 0.028 0.885 0.047 0.030 69 A 0.015 0.004 0.040 0.789 0.115 0.037 70 K 0.020 0.002 0.053 0.637 0.215 0.072 71 E 0.043 0.003 0.049 0.574 0.188 0.143 72 K 0.115 0.008 0.030 0.414 0.160 0.273 73 W 0.272 0.013 0.011 0.089 0.102 0.513 74 K 0.391 0.019 0.007 0.042 0.080 0.461 75 V 0.246 0.015 0.005 0.019 0.073 0.642 76 K 0.118 0.007 0.006 0.013 0.127 0.730