# TARGET T0215 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0215.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.42992 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.025 0.354 0.015 0.022 0.036 0.002 0.001 0.003 0.217 0.209 0.047 0.057 2 G 0.017 0.020 0.486 0.010 0.011 0.020 0.002 0.001 0.003 0.198 0.110 0.045 0.078 3 T 0.040 0.017 0.317 0.010 0.035 0.109 0.004 0.001 0.006 0.173 0.096 0.093 0.098 4 S 0.130 0.020 0.171 0.023 0.044 0.132 0.019 0.003 0.014 0.054 0.073 0.062 0.254 5 H 0.326 0.013 0.064 0.027 0.029 0.126 0.038 0.007 0.014 0.025 0.039 0.167 0.125 6 H 0.352 0.012 0.051 0.012 0.018 0.142 0.034 0.007 0.018 0.021 0.030 0.083 0.219 7 H 0.318 0.008 0.078 0.022 0.020 0.157 0.029 0.006 0.018 0.027 0.041 0.154 0.120 8 H 0.273 0.011 0.088 0.014 0.021 0.132 0.024 0.004 0.014 0.041 0.061 0.078 0.237 9 H 0.182 0.011 0.146 0.020 0.036 0.142 0.012 0.002 0.009 0.066 0.101 0.108 0.165 10 H 0.063 0.012 0.168 0.010 0.082 0.218 0.005 0.001 0.007 0.073 0.168 0.076 0.116 11 S 0.039 0.015 0.189 0.018 0.075 0.198 0.004 0.001 0.004 0.143 0.182 0.047 0.084 12 S 0.027 0.015 0.208 0.016 0.045 0.287 0.004 0.001 0.005 0.127 0.163 0.034 0.068 13 G 0.020 0.008 0.075 0.006 0.047 0.575 0.003 0.001 0.003 0.072 0.143 0.023 0.023 14 R 0.037 0.006 0.073 0.004 0.037 0.675 0.008 0.004 0.007 0.022 0.054 0.014 0.058 15 E 0.054 0.003 0.073 0.017 0.037 0.641 0.010 0.003 0.009 0.051 0.032 0.040 0.029 16 N 0.103 0.003 0.055 0.011 0.027 0.567 0.021 0.009 0.027 0.028 0.027 0.022 0.099 17 L 0.173 0.009 0.056 0.011 0.016 0.426 0.049 0.018 0.033 0.014 0.031 0.094 0.070 18 Y 0.227 0.015 0.063 0.006 0.010 0.327 0.053 0.026 0.037 0.013 0.036 0.090 0.095 19 F 0.112 0.010 0.191 0.015 0.018 0.298 0.022 0.023 0.033 0.033 0.047 0.049 0.148 20 Q 0.036 0.010 0.171 0.024 0.078 0.342 0.006 0.006 0.024 0.068 0.120 0.070 0.045 21 G 0.014 0.006 0.098 0.011 0.183 0.240 0.003 0.002 0.012 0.123 0.237 0.020 0.050 22 H 0.012 0.012 0.111 0.006 0.194 0.258 0.003 0.002 0.011 0.076 0.265 0.017 0.032 23 M 0.007 0.030 0.352 0.004 0.100 0.177 0.003 0.003 0.016 0.114 0.128 0.017 0.050 24 R 0.002 0.021 0.304 0.008 0.050 0.114 0.001 0.001 0.007 0.264 0.190 0.027 0.011 25 N 0.001 0.014 0.451 0.007 0.036 0.064 0.001 0.001 0.008 0.239 0.149 0.005 0.025 26 L 0.001 0.008 0.272 0.003 0.124 0.294 0.001 0.001 0.004 0.092 0.186 0.005 0.009 27 S 0.005 0.018 0.179 0.002 0.127 0.393 0.003 0.003 0.010 0.069 0.164 0.010 0.017 28 D 0.005 0.009 0.165 0.003 0.126 0.495 0.003 0.004 0.016 0.076 0.063 0.013 0.023 29 R 0.006 0.004 0.159 0.016 0.082 0.587 0.003 0.003 0.016 0.043 0.055 0.005 0.022 30 A 0.010 0.010 0.130 0.003 0.051 0.548 0.004 0.004 0.022 0.057 0.064 0.075 0.021 31 K 0.016 0.024 0.114 0.002 0.037 0.582 0.006 0.006 0.027 0.023 0.056 0.014 0.094 32 F 0.007 0.014 0.115 0.012 0.039 0.697 0.002 0.006 0.017 0.020 0.032 0.014 0.024 33 E 0.005 0.005 0.048 0.011 0.126 0.671 0.002 0.002 0.009 0.039 0.057 0.011 0.015 34 S 0.005 0.003 0.030 0.009 0.175 0.574 0.002 0.003 0.009 0.074 0.089 0.012 0.015 35 M 0.016 0.009 0.040 0.001 0.165 0.575 0.004 0.005 0.014 0.028 0.098 0.014 0.030 36 I 0.014 0.035 0.104 0.003 0.026 0.426 0.008 0.013 0.017 0.078 0.215 0.022 0.039 37 N 0.008 0.032 0.223 0.014 0.014 0.128 0.002 0.002 0.005 0.206 0.328 0.015 0.022 38 S 0.001 0.005 0.640 0.002 0.003 0.018 0.001 0.001 0.002 0.293 0.026 0.005 0.005 39 P 0.001 0.009 0.306 0.002 0.031 0.088 0.001 0.001 0.001 0.183 0.372 0.001 0.007 40 S 0.002 0.020 0.277 0.002 0.054 0.161 0.001 0.001 0.002 0.155 0.306 0.005 0.015 41 K 0.003 0.007 0.103 0.002 0.070 0.582 0.001 0.001 0.002 0.144 0.070 0.011 0.005 42 S 0.010 0.004 0.094 0.006 0.020 0.750 0.004 0.002 0.007 0.029 0.043 0.003 0.029 43 V 0.075 0.010 0.051 0.003 0.013 0.672 0.024 0.006 0.016 0.021 0.029 0.042 0.036 44 F 0.136 0.012 0.049 0.001 0.006 0.599 0.028 0.007 0.021 0.005 0.017 0.042 0.075 45 V 0.145 0.013 0.082 0.013 0.018 0.538 0.025 0.002 0.019 0.015 0.022 0.033 0.075 46 R 0.025 0.013 0.148 0.006 0.031 0.370 0.005 0.001 0.025 0.119 0.088 0.131 0.039 47 N 0.002 0.008 0.456 0.001 0.026 0.147 0.001 0.001 0.015 0.185 0.098 0.007 0.056 48 L 0.001 0.003 0.074 0.001 0.049 0.751 0.001 0.001 0.001 0.030 0.090 0.001 0.001 49 N 0.001 0.001 0.016 0.001 0.012 0.946 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.001 0.001 50 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 51 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 52 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 55 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 56 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 57 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 58 L 0.001 0.001 0.015 0.001 0.002 0.751 0.001 0.001 0.001 0.014 0.216 0.001 0.001 59 G 0.001 0.003 0.104 0.001 0.004 0.198 0.001 0.001 0.001 0.053 0.637 0.001 0.001 60 K 0.001 0.005 0.260 0.001 0.007 0.478 0.001 0.001 0.002 0.140 0.104 0.003 0.001 61 S 0.001 0.016 0.231 0.001 0.015 0.553 0.001 0.001 0.007 0.089 0.059 0.004 0.025 62 Y 0.003 0.003 0.034 0.001 0.006 0.901 0.002 0.001 0.004 0.012 0.021 0.005 0.007 63 R 0.003 0.003 0.024 0.001 0.005 0.940 0.002 0.001 0.003 0.004 0.005 0.004 0.005 64 I 0.005 0.001 0.022 0.001 0.009 0.932 0.002 0.001 0.002 0.007 0.005 0.005 0.008 65 Q 0.002 0.001 0.040 0.001 0.008 0.915 0.001 0.001 0.001 0.010 0.012 0.003 0.006 66 L 0.002 0.001 0.027 0.001 0.021 0.907 0.001 0.001 0.001 0.009 0.027 0.001 0.004 67 D 0.001 0.001 0.008 0.001 0.014 0.908 0.001 0.001 0.001 0.003 0.063 0.001 0.001 68 Q 0.001 0.001 0.012 0.001 0.018 0.907 0.001 0.001 0.001 0.005 0.057 0.001 0.001 69 A 0.001 0.002 0.056 0.001 0.032 0.839 0.001 0.001 0.001 0.014 0.054 0.001 0.001 70 K 0.001 0.002 0.082 0.001 0.097 0.610 0.001 0.001 0.001 0.051 0.151 0.002 0.003 71 E 0.002 0.002 0.065 0.002 0.104 0.461 0.001 0.001 0.003 0.066 0.281 0.004 0.009 72 K 0.003 0.004 0.098 0.001 0.113 0.429 0.001 0.001 0.008 0.109 0.211 0.010 0.014 73 W 0.003 0.008 0.293 0.004 0.054 0.327 0.002 0.001 0.014 0.100 0.144 0.009 0.039 74 K 0.010 0.025 0.356 0.004 0.038 0.190 0.005 0.003 0.032 0.102 0.087 0.102 0.048 75 V 0.006 0.033 0.605 0.003 0.008 0.102 0.004 0.002 0.031 0.071 0.032 0.018 0.086 76 K 0.001 0.010 0.889 0.003 0.003 0.016 0.001 0.001 0.004 0.041 0.010 0.012 0.010