# TARGET T0215 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0215.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.42992 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.176 0.119 0.036 0.107 0.093 0.094 0.113 0.086 0.077 0.058 0.039 2 G 0.218 0.119 0.038 0.099 0.090 0.088 0.104 0.080 0.071 0.056 0.038 3 T 0.220 0.222 0.065 0.185 0.121 0.069 0.051 0.028 0.019 0.011 0.007 4 S 0.110 0.080 0.027 0.101 0.118 0.117 0.149 0.117 0.092 0.058 0.029 5 H 0.052 0.058 0.028 0.119 0.140 0.145 0.170 0.111 0.087 0.054 0.034 6 H 0.022 0.033 0.029 0.093 0.092 0.101 0.169 0.140 0.143 0.109 0.068 7 H 0.026 0.029 0.031 0.100 0.103 0.118 0.172 0.150 0.138 0.089 0.044 8 H 0.035 0.045 0.045 0.100 0.099 0.112 0.177 0.146 0.125 0.077 0.038 9 H 0.033 0.038 0.032 0.081 0.076 0.097 0.154 0.151 0.161 0.115 0.061 10 H 0.039 0.048 0.040 0.108 0.111 0.134 0.186 0.132 0.106 0.066 0.031 11 S 0.066 0.069 0.070 0.118 0.091 0.089 0.120 0.106 0.120 0.092 0.060 12 S 0.056 0.084 0.046 0.106 0.109 0.108 0.153 0.126 0.112 0.069 0.032 13 G 0.107 0.076 0.038 0.103 0.087 0.095 0.142 0.120 0.111 0.079 0.043 14 R 0.034 0.036 0.041 0.112 0.150 0.173 0.189 0.109 0.079 0.050 0.027 15 E 0.051 0.054 0.084 0.144 0.113 0.114 0.161 0.111 0.091 0.052 0.026 16 N 0.015 0.036 0.038 0.158 0.157 0.168 0.181 0.112 0.076 0.041 0.018 17 L 0.008 0.007 0.017 0.014 0.012 0.018 0.065 0.128 0.239 0.277 0.216 18 Y 0.007 0.022 0.050 0.152 0.195 0.189 0.191 0.095 0.058 0.027 0.013 19 F 0.004 0.012 0.039 0.034 0.029 0.038 0.100 0.137 0.228 0.216 0.164 20 Q 0.022 0.036 0.045 0.165 0.212 0.189 0.180 0.077 0.048 0.018 0.007 21 G 0.216 0.122 0.094 0.121 0.082 0.086 0.109 0.071 0.056 0.029 0.013 22 H 0.069 0.088 0.068 0.152 0.138 0.125 0.150 0.091 0.067 0.037 0.015 23 M 0.048 0.036 0.041 0.057 0.057 0.081 0.161 0.157 0.160 0.122 0.081 24 R 0.113 0.164 0.109 0.192 0.156 0.101 0.084 0.040 0.023 0.012 0.006 25 N 0.188 0.186 0.119 0.176 0.118 0.087 0.064 0.029 0.019 0.010 0.004 26 L 0.101 0.034 0.026 0.050 0.054 0.068 0.142 0.141 0.155 0.132 0.098 27 S 0.266 0.229 0.124 0.165 0.100 0.051 0.038 0.014 0.008 0.004 0.002 28 D 0.073 0.105 0.088 0.136 0.111 0.120 0.145 0.092 0.065 0.043 0.021 29 R 0.082 0.097 0.098 0.201 0.186 0.146 0.112 0.039 0.021 0.011 0.006 30 A 0.289 0.096 0.151 0.093 0.067 0.068 0.109 0.055 0.039 0.020 0.012 31 K 0.075 0.144 0.186 0.328 0.157 0.067 0.030 0.008 0.003 0.002 0.001 32 F 0.022 0.023 0.044 0.032 0.039 0.062 0.161 0.170 0.190 0.152 0.104 33 E 0.080 0.104 0.263 0.263 0.165 0.072 0.035 0.010 0.005 0.002 0.001 34 S 0.097 0.119 0.379 0.177 0.103 0.059 0.044 0.013 0.006 0.003 0.001 35 M 0.019 0.037 0.057 0.116 0.136 0.146 0.195 0.123 0.089 0.056 0.025 36 I 0.038 0.032 0.051 0.039 0.049 0.069 0.172 0.146 0.168 0.141 0.095 37 N 0.162 0.191 0.256 0.206 0.091 0.046 0.027 0.010 0.006 0.003 0.002 38 S 0.087 0.129 0.103 0.116 0.102 0.108 0.155 0.088 0.060 0.035 0.015 39 P 0.665 0.165 0.048 0.060 0.031 0.014 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 40 S 0.123 0.114 0.059 0.124 0.111 0.109 0.147 0.075 0.065 0.045 0.028 41 K 0.066 0.070 0.081 0.133 0.135 0.150 0.174 0.090 0.059 0.029 0.014 42 S 0.171 0.138 0.140 0.292 0.139 0.067 0.035 0.011 0.005 0.002 0.001 43 V 0.019 0.035 0.052 0.098 0.125 0.166 0.233 0.138 0.080 0.038 0.016 44 F 0.012 0.026 0.110 0.098 0.077 0.079 0.150 0.136 0.144 0.104 0.065 45 V 0.010 0.014 0.083 0.073 0.093 0.133 0.267 0.144 0.101 0.056 0.026 46 R 0.024 0.062 0.405 0.303 0.130 0.044 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 47 N 0.006 0.047 0.080 0.080 0.094 0.150 0.270 0.135 0.081 0.041 0.016 48 L 0.008 0.013 0.085 0.050 0.055 0.077 0.201 0.157 0.172 0.114 0.067 49 N 0.211 0.118 0.382 0.151 0.073 0.036 0.022 0.004 0.002 0.001 0.001 50 E 0.003 0.023 0.128 0.261 0.209 0.164 0.138 0.047 0.018 0.007 0.002 51 L 0.001 0.002 0.036 0.006 0.008 0.016 0.093 0.131 0.251 0.252 0.204 52 E 0.004 0.005 0.120 0.112 0.125 0.185 0.281 0.092 0.047 0.021 0.008 53 A 0.002 0.012 0.535 0.196 0.135 0.068 0.035 0.011 0.004 0.002 0.001 54 L 0.001 0.004 0.058 0.026 0.035 0.066 0.199 0.160 0.180 0.160 0.111 55 A 0.002 0.003 0.054 0.016 0.018 0.029 0.159 0.185 0.243 0.182 0.111 56 V 0.010 0.030 0.477 0.220 0.140 0.066 0.036 0.012 0.005 0.003 0.001 57 R 0.013 0.053 0.296 0.106 0.155 0.155 0.148 0.042 0.021 0.008 0.003 58 L 0.016 0.027 0.061 0.044 0.036 0.046 0.131 0.129 0.188 0.178 0.143 59 G 0.306 0.198 0.111 0.095 0.081 0.073 0.084 0.026 0.015 0.007 0.004 60 K 0.381 0.189 0.238 0.129 0.036 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 61 S 0.275 0.259 0.133 0.109 0.080 0.058 0.054 0.017 0.008 0.004 0.002 62 Y 0.055 0.039 0.130 0.079 0.053 0.093 0.198 0.126 0.108 0.072 0.046 63 R 0.091 0.067 0.272 0.213 0.140 0.105 0.083 0.019 0.007 0.002 0.001 64 I 0.060 0.076 0.573 0.163 0.060 0.033 0.023 0.007 0.002 0.001 0.001 65 Q 0.022 0.047 0.286 0.185 0.118 0.139 0.119 0.046 0.022 0.012 0.004 66 L 0.004 0.011 0.454 0.047 0.043 0.077 0.196 0.079 0.052 0.027 0.010 67 D 0.016 0.018 0.863 0.075 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 68 Q 0.004 0.017 0.664 0.187 0.088 0.029 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.010 0.009 0.573 0.022 0.018 0.038 0.137 0.075 0.066 0.038 0.015 70 K 0.001 0.004 0.572 0.108 0.095 0.084 0.106 0.022 0.006 0.002 0.001 71 E 0.002 0.009 0.908 0.052 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.008 0.038 0.461 0.160 0.150 0.102 0.056 0.015 0.006 0.003 0.001 73 W 0.027 0.035 0.438 0.041 0.047 0.054 0.157 0.082 0.074 0.035 0.010 74 K 0.046 0.074 0.438 0.175 0.128 0.063 0.052 0.016 0.006 0.003 0.001 75 V 0.024 0.076 0.474 0.124 0.100 0.057 0.060 0.036 0.026 0.017 0.006 76 K 0.099 0.152 0.244 0.144 0.130 0.072 0.070 0.039 0.029 0.015 0.007