# TARGET T0215 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0215.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.42992 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.020 0.003 0.005 0.028 0.019 0.030 0.894 2 G 0.060 0.017 0.011 0.053 0.034 0.058 0.766 3 T 0.142 0.013 0.023 0.109 0.159 0.089 0.465 4 S 0.372 0.008 0.024 0.087 0.112 0.070 0.327 5 H 0.635 0.014 0.012 0.114 0.031 0.023 0.171 6 H 0.755 0.010 0.007 0.109 0.028 0.012 0.081 7 H 0.753 0.007 0.006 0.112 0.024 0.014 0.084 8 H 0.646 0.008 0.010 0.150 0.043 0.033 0.111 9 H 0.622 0.012 0.015 0.124 0.057 0.063 0.109 10 H 0.436 0.010 0.021 0.155 0.090 0.095 0.193 11 S 0.300 0.010 0.029 0.165 0.123 0.119 0.254 12 S 0.272 0.016 0.022 0.144 0.151 0.128 0.266 13 G 0.260 0.016 0.024 0.169 0.201 0.142 0.189 14 R 0.323 0.011 0.047 0.281 0.084 0.093 0.161 15 E 0.467 0.008 0.040 0.228 0.065 0.060 0.132 16 N 0.544 0.007 0.031 0.249 0.041 0.038 0.089 17 L 0.674 0.010 0.011 0.174 0.021 0.018 0.092 18 Y 0.705 0.009 0.008 0.168 0.012 0.030 0.068 19 F 0.544 0.015 0.015 0.220 0.022 0.057 0.127 20 Q 0.318 0.008 0.025 0.182 0.079 0.141 0.247 21 G 0.229 0.013 0.069 0.135 0.141 0.219 0.194 22 H 0.209 0.017 0.076 0.145 0.133 0.200 0.221 23 M 0.147 0.026 0.108 0.140 0.150 0.118 0.311 24 R 0.070 0.016 0.077 0.077 0.202 0.393 0.163 25 N 0.042 0.006 0.052 0.035 0.119 0.539 0.207 26 L 0.062 0.017 0.058 0.112 0.116 0.076 0.559 27 S 0.096 0.038 0.098 0.138 0.078 0.097 0.455 28 D 0.125 0.031 0.098 0.191 0.144 0.085 0.325 29 R 0.081 0.011 0.121 0.462 0.056 0.086 0.182 30 A 0.092 0.010 0.075 0.532 0.086 0.068 0.137 31 K 0.066 0.013 0.054 0.588 0.040 0.076 0.163 32 F 0.035 0.008 0.058 0.790 0.015 0.030 0.064 33 E 0.042 0.005 0.094 0.757 0.021 0.032 0.049 34 S 0.051 0.002 0.125 0.722 0.014 0.051 0.035 35 M 0.054 0.007 0.086 0.705 0.030 0.071 0.047 36 I 0.101 0.027 0.056 0.396 0.122 0.193 0.104 37 N 0.091 0.026 0.027 0.122 0.167 0.313 0.253 38 S 0.033 0.015 0.013 0.031 0.191 0.052 0.664 39 P 0.015 0.009 0.031 0.067 0.236 0.352 0.289 40 S 0.013 0.015 0.051 0.128 0.152 0.385 0.255 41 K 0.023 0.005 0.054 0.534 0.115 0.111 0.158 42 S 0.049 0.006 0.026 0.655 0.070 0.048 0.145 43 V 0.149 0.018 0.027 0.681 0.041 0.019 0.065 44 F 0.290 0.010 0.017 0.618 0.015 0.018 0.031 45 V 0.178 0.010 0.022 0.733 0.014 0.025 0.017 46 R 0.153 0.014 0.028 0.572 0.062 0.128 0.043 47 N 0.044 0.007 0.019 0.534 0.088 0.098 0.210 48 L 0.001 0.001 0.016 0.959 0.002 0.010 0.012 49 N 0.001 0.001 0.032 0.943 0.004 0.016 0.005 50 E 0.001 0.001 0.028 0.954 0.001 0.012 0.003 51 L 0.001 0.001 0.007 0.987 0.001 0.004 0.001 52 E 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.002 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 54 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 55 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 56 V 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.010 0.001 57 R 0.001 0.001 0.001 0.970 0.001 0.026 0.001 58 L 0.001 0.001 0.001 0.836 0.006 0.147 0.009 59 G 0.001 0.001 0.003 0.298 0.041 0.545 0.112 60 K 0.004 0.003 0.005 0.434 0.122 0.053 0.379 61 S 0.019 0.006 0.017 0.669 0.045 0.051 0.192 62 Y 0.051 0.009 0.021 0.746 0.032 0.029 0.112 63 R 0.099 0.007 0.033 0.724 0.036 0.023 0.077 64 I 0.112 0.013 0.040 0.717 0.034 0.026 0.058 65 Q 0.095 0.010 0.036 0.676 0.032 0.071 0.082 66 L 0.019 0.003 0.038 0.832 0.016 0.036 0.056 67 D 0.006 0.001 0.066 0.845 0.011 0.046 0.025 68 Q 0.003 0.001 0.076 0.835 0.006 0.062 0.016 69 A 0.010 0.005 0.117 0.697 0.016 0.098 0.058 70 K 0.021 0.009 0.136 0.535 0.040 0.146 0.112 71 E 0.025 0.002 0.090 0.487 0.086 0.213 0.097 72 K 0.047 0.003 0.038 0.533 0.078 0.158 0.143 73 W 0.166 0.015 0.015 0.313 0.087 0.103 0.301 74 K 0.264 0.043 0.011 0.198 0.068 0.103 0.313 75 V 0.122 0.017 0.001 0.043 0.020 0.008 0.790 76 K 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993