# TARGET T0215 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0215.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.42992 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.130 0.292 0.255 0.200 0.050 0.020 0.021 0.004 0.025 0.003 0.001 2 G 0.041 0.046 0.133 0.020 0.238 0.005 0.037 0.165 0.004 0.311 0.001 3 T 0.139 0.307 0.262 0.113 0.110 0.032 0.010 0.004 0.016 0.006 0.002 4 S 0.133 0.411 0.165 0.080 0.153 0.018 0.011 0.007 0.013 0.008 0.001 5 H 0.080 0.608 0.120 0.057 0.092 0.018 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 6 H 0.081 0.515 0.210 0.039 0.086 0.027 0.011 0.002 0.026 0.002 0.001 7 H 0.121 0.477 0.149 0.031 0.118 0.042 0.018 0.006 0.030 0.007 0.001 8 H 0.243 0.436 0.160 0.053 0.038 0.035 0.008 0.001 0.023 0.001 0.001 9 H 0.227 0.269 0.206 0.074 0.089 0.060 0.030 0.007 0.033 0.004 0.001 10 H 0.377 0.269 0.137 0.065 0.079 0.032 0.017 0.005 0.013 0.005 0.001 11 S 0.439 0.227 0.101 0.128 0.063 0.017 0.008 0.002 0.011 0.004 0.001 12 S 0.250 0.161 0.144 0.210 0.199 0.004 0.007 0.006 0.007 0.011 0.001 13 G 0.205 0.035 0.092 0.112 0.115 0.012 0.079 0.266 0.011 0.073 0.001 14 R 0.286 0.307 0.248 0.063 0.043 0.029 0.006 0.001 0.013 0.003 0.001 15 E 0.422 0.282 0.126 0.088 0.036 0.021 0.010 0.002 0.011 0.001 0.001 16 N 0.241 0.344 0.217 0.060 0.051 0.043 0.013 0.001 0.027 0.001 0.001 17 L 0.158 0.584 0.143 0.025 0.041 0.027 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 18 Y 0.163 0.566 0.112 0.041 0.039 0.036 0.005 0.001 0.036 0.002 0.001 19 F 0.169 0.378 0.194 0.071 0.041 0.064 0.012 0.002 0.067 0.003 0.001 20 Q 0.266 0.180 0.245 0.105 0.061 0.039 0.054 0.009 0.028 0.012 0.001 21 G 0.390 0.030 0.068 0.048 0.107 0.008 0.103 0.158 0.004 0.083 0.001 22 H 0.584 0.108 0.082 0.149 0.038 0.019 0.007 0.003 0.007 0.002 0.001 23 M 0.295 0.171 0.166 0.244 0.027 0.039 0.030 0.006 0.019 0.003 0.001 24 R 0.438 0.126 0.258 0.099 0.028 0.015 0.021 0.002 0.010 0.003 0.001 25 N 0.066 0.010 0.030 0.344 0.010 0.062 0.388 0.047 0.042 0.002 0.001 26 L 0.116 0.154 0.545 0.068 0.008 0.080 0.007 0.001 0.020 0.001 0.001 27 S 0.340 0.176 0.206 0.174 0.046 0.025 0.012 0.006 0.008 0.006 0.001 28 D 0.111 0.145 0.199 0.116 0.078 0.143 0.061 0.004 0.139 0.004 0.001 29 R 0.741 0.049 0.036 0.145 0.005 0.013 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 30 A 0.583 0.092 0.100 0.171 0.021 0.015 0.007 0.003 0.006 0.001 0.001 31 K 0.464 0.141 0.177 0.107 0.043 0.027 0.017 0.004 0.018 0.002 0.001 32 F 0.784 0.040 0.040 0.086 0.011 0.015 0.012 0.003 0.006 0.001 0.001 33 E 0.872 0.029 0.022 0.064 0.004 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 34 S 0.752 0.071 0.058 0.064 0.032 0.004 0.010 0.003 0.004 0.001 0.001 35 M 0.475 0.071 0.125 0.240 0.009 0.031 0.026 0.002 0.018 0.001 0.001 36 I 0.297 0.208 0.268 0.143 0.024 0.029 0.012 0.002 0.017 0.001 0.001 37 N 0.194 0.042 0.100 0.437 0.032 0.069 0.079 0.015 0.020 0.012 0.001 38 S 0.123 0.147 0.537 0.018 0.096 0.016 0.005 0.003 0.040 0.014 0.001 39 P 0.927 0.001 0.031 0.035 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 40 S 0.660 0.040 0.091 0.136 0.033 0.009 0.006 0.010 0.010 0.006 0.001 41 K 0.831 0.035 0.063 0.044 0.008 0.006 0.005 0.004 0.003 0.002 0.001 42 S 0.899 0.018 0.033 0.030 0.005 0.006 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 43 V 0.909 0.047 0.013 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 44 F 0.934 0.023 0.012 0.015 0.003 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 45 V 0.924 0.028 0.009 0.025 0.002 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 46 R 0.941 0.009 0.023 0.015 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 47 N 0.592 0.004 0.011 0.253 0.002 0.068 0.019 0.004 0.047 0.001 0.001 48 L 0.977 0.002 0.005 0.012 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 N 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 E 0.987 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 L 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 V 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 R 0.979 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 L 0.450 0.003 0.016 0.526 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 59 G 0.071 0.001 0.015 0.020 0.004 0.001 0.207 0.626 0.002 0.053 0.001 60 K 0.409 0.039 0.345 0.093 0.020 0.029 0.026 0.012 0.003 0.024 0.001 61 S 0.518 0.070 0.250 0.077 0.046 0.014 0.006 0.009 0.005 0.005 0.001 62 Y 0.850 0.031 0.029 0.057 0.010 0.009 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 63 R 0.916 0.026 0.025 0.015 0.002 0.010 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 64 I 0.912 0.026 0.019 0.029 0.004 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 65 Q 0.842 0.024 0.044 0.039 0.005 0.025 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 66 L 0.952 0.005 0.013 0.023 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 D 0.980 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 68 Q 0.958 0.001 0.003 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.947 0.002 0.011 0.034 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 K 0.975 0.004 0.007 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 71 E 0.958 0.009 0.009 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.791 0.012 0.015 0.174 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 73 W 0.352 0.114 0.155 0.266 0.023 0.018 0.023 0.005 0.043 0.001 0.001 74 K 0.249 0.203 0.283 0.059 0.014 0.112 0.047 0.001 0.031 0.002 0.001 75 V 0.130 0.337 0.366 0.075 0.011 0.049 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 76 K 0.185 0.180 0.359 0.042 0.098 0.031 0.020 0.014 0.026 0.045 0.001