# TARGET T0215 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0215.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.42992 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.078 0.159 0.070 0.087 0.096 0.063 0.095 0.114 0.077 0.104 0.057 2 G 0.030 0.097 0.139 0.289 0.051 0.099 0.027 0.060 0.051 0.117 0.040 3 T 0.073 0.153 0.064 0.028 0.151 0.028 0.057 0.185 0.116 0.111 0.033 4 S 0.166 0.132 0.041 0.012 0.242 0.012 0.025 0.164 0.078 0.068 0.059 5 H 0.167 0.103 0.023 0.019 0.224 0.026 0.042 0.203 0.075 0.063 0.055 6 H 0.190 0.124 0.027 0.018 0.299 0.016 0.025 0.161 0.043 0.045 0.051 7 H 0.135 0.131 0.032 0.017 0.272 0.016 0.022 0.242 0.057 0.040 0.037 8 H 0.136 0.092 0.025 0.014 0.180 0.022 0.052 0.304 0.082 0.051 0.041 9 H 0.106 0.085 0.035 0.022 0.159 0.022 0.045 0.299 0.096 0.080 0.051 10 H 0.124 0.086 0.025 0.015 0.131 0.028 0.076 0.274 0.101 0.081 0.059 11 S 0.087 0.098 0.046 0.034 0.114 0.043 0.093 0.205 0.100 0.124 0.056 12 S 0.075 0.234 0.144 0.053 0.150 0.028 0.046 0.122 0.059 0.065 0.026 13 G 0.051 0.079 0.054 0.045 0.063 0.029 0.031 0.273 0.152 0.178 0.045 14 R 0.113 0.081 0.018 0.014 0.162 0.023 0.051 0.326 0.118 0.050 0.044 15 E 0.050 0.064 0.017 0.024 0.108 0.050 0.079 0.474 0.088 0.029 0.017 16 N 0.138 0.079 0.015 0.009 0.278 0.010 0.028 0.295 0.061 0.052 0.034 17 L 0.261 0.075 0.007 0.003 0.361 0.009 0.018 0.156 0.032 0.025 0.052 18 Y 0.218 0.099 0.018 0.006 0.309 0.009 0.025 0.140 0.033 0.055 0.087 19 F 0.230 0.110 0.027 0.014 0.266 0.010 0.017 0.119 0.039 0.085 0.083 20 Q 0.044 0.099 0.044 0.073 0.081 0.083 0.155 0.211 0.118 0.069 0.024 21 G 0.036 0.072 0.076 0.084 0.059 0.064 0.087 0.256 0.149 0.089 0.028 22 H 0.060 0.080 0.039 0.027 0.085 0.034 0.092 0.253 0.149 0.128 0.054 23 M 0.143 0.099 0.034 0.019 0.152 0.015 0.022 0.117 0.134 0.156 0.108 24 R 0.017 0.143 0.067 0.039 0.059 0.115 0.149 0.248 0.123 0.029 0.012 25 N 0.163 0.073 0.031 0.007 0.138 0.004 0.011 0.076 0.057 0.296 0.144 26 L 0.153 0.132 0.030 0.005 0.233 0.008 0.020 0.143 0.116 0.088 0.071 27 S 0.082 0.131 0.054 0.021 0.154 0.035 0.066 0.225 0.089 0.089 0.055 28 D 0.174 0.116 0.026 0.003 0.246 0.002 0.008 0.175 0.087 0.100 0.063 29 R 0.031 0.045 0.013 0.003 0.049 0.006 0.011 0.471 0.206 0.147 0.018 30 A 0.025 0.066 0.018 0.006 0.078 0.008 0.028 0.630 0.099 0.031 0.011 31 K 0.039 0.063 0.027 0.006 0.067 0.006 0.021 0.648 0.059 0.050 0.015 32 F 0.039 0.024 0.007 0.004 0.045 0.004 0.008 0.636 0.125 0.087 0.020 33 E 0.011 0.017 0.005 0.004 0.025 0.013 0.025 0.661 0.212 0.023 0.005 34 S 0.022 0.036 0.017 0.006 0.046 0.007 0.066 0.638 0.121 0.030 0.009 35 M 0.015 0.027 0.015 0.008 0.040 0.017 0.079 0.483 0.174 0.132 0.009 36 I 0.093 0.113 0.020 0.007 0.143 0.014 0.069 0.297 0.111 0.092 0.041 37 N 0.059 0.031 0.015 0.015 0.058 0.022 0.041 0.063 0.089 0.500 0.108 38 S 0.058 0.367 0.160 0.005 0.357 0.001 0.004 0.018 0.010 0.008 0.011 39 P 0.019 0.027 0.015 0.002 0.027 0.006 0.039 0.373 0.416 0.064 0.012 40 S 0.060 0.176 0.077 0.008 0.134 0.007 0.068 0.270 0.103 0.065 0.031 41 K 0.033 0.049 0.007 0.004 0.076 0.012 0.026 0.529 0.181 0.063 0.020 42 S 0.091 0.051 0.011 0.005 0.142 0.015 0.054 0.441 0.094 0.047 0.050 43 V 0.148 0.083 0.009 0.004 0.307 0.005 0.014 0.307 0.068 0.034 0.021 44 F 0.111 0.050 0.005 0.004 0.251 0.006 0.013 0.469 0.053 0.015 0.024 45 V 0.096 0.050 0.006 0.004 0.195 0.007 0.023 0.451 0.074 0.029 0.065 46 R 0.017 0.037 0.029 0.016 0.025 0.061 0.199 0.524 0.050 0.024 0.017 47 N 0.075 0.222 0.083 0.010 0.090 0.002 0.010 0.298 0.044 0.116 0.050 48 L 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.682 0.289 0.016 0.002 49 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.916 0.072 0.002 0.001 50 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.039 0.005 0.001 51 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.048 0.006 0.001 52 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.027 0.001 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.011 0.001 0.001 54 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.022 0.004 0.001 55 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.046 0.003 0.001 56 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.908 0.075 0.001 0.001 57 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.099 0.837 0.041 0.015 0.001 58 L 0.010 0.540 0.151 0.016 0.088 0.011 0.040 0.106 0.017 0.015 0.005 59 G 0.033 0.027 0.022 0.052 0.014 0.029 0.018 0.139 0.070 0.475 0.122 60 K 0.034 0.154 0.075 0.023 0.109 0.025 0.043 0.349 0.092 0.077 0.019 61 S 0.058 0.102 0.024 0.007 0.123 0.009 0.019 0.500 0.084 0.041 0.031 62 Y 0.046 0.058 0.011 0.006 0.075 0.006 0.011 0.633 0.088 0.047 0.018 63 R 0.034 0.024 0.003 0.002 0.068 0.005 0.016 0.779 0.048 0.010 0.011 64 I 0.048 0.055 0.011 0.002 0.074 0.004 0.010 0.735 0.033 0.015 0.013 65 Q 0.024 0.033 0.016 0.002 0.035 0.002 0.006 0.828 0.031 0.018 0.006 66 L 0.006 0.014 0.003 0.001 0.007 0.001 0.003 0.884 0.064 0.013 0.002 67 D 0.001 0.005 0.002 0.001 0.004 0.005 0.019 0.899 0.060 0.003 0.001 68 Q 0.002 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.008 0.875 0.057 0.043 0.002 69 A 0.002 0.005 0.003 0.001 0.004 0.001 0.005 0.874 0.086 0.018 0.001 70 K 0.003 0.010 0.003 0.001 0.006 0.004 0.007 0.883 0.074 0.007 0.001 71 E 0.003 0.005 0.002 0.002 0.007 0.003 0.023 0.847 0.081 0.026 0.002 72 K 0.008 0.012 0.005 0.003 0.016 0.008 0.040 0.769 0.093 0.043 0.004 73 W 0.052 0.191 0.021 0.002 0.194 0.003 0.012 0.380 0.079 0.051 0.014 74 K 0.084 0.122 0.025 0.002 0.188 0.004 0.032 0.342 0.083 0.095 0.024 75 V 0.158 0.185 0.052 0.007 0.269 0.008 0.040 0.144 0.041 0.043 0.051 76 K 0.027 0.196 0.124 0.047 0.106 0.054 0.097 0.237 0.077 0.024 0.010