# TARGET T0215 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0215.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.42992 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.570 0.211 0.095 0.064 0.035 0.019 0.007 2 G 0.377 0.221 0.164 0.125 0.074 0.031 0.008 3 T 0.345 0.272 0.168 0.111 0.060 0.034 0.010 4 S 0.121 0.146 0.164 0.193 0.187 0.139 0.050 5 H 0.084 0.105 0.145 0.194 0.209 0.184 0.079 6 H 0.086 0.084 0.105 0.170 0.214 0.229 0.112 7 H 0.082 0.082 0.101 0.156 0.187 0.239 0.154 8 H 0.117 0.086 0.096 0.117 0.145 0.208 0.231 9 H 0.091 0.075 0.080 0.112 0.135 0.220 0.287 10 H 0.094 0.073 0.078 0.113 0.139 0.211 0.293 11 S 0.090 0.099 0.088 0.116 0.160 0.219 0.228 12 S 0.058 0.067 0.073 0.108 0.162 0.257 0.275 13 G 0.052 0.074 0.097 0.149 0.188 0.251 0.189 14 R 0.038 0.079 0.103 0.154 0.193 0.249 0.183 15 E 0.022 0.068 0.120 0.197 0.241 0.240 0.113 16 N 0.017 0.048 0.111 0.216 0.273 0.232 0.103 17 L 0.015 0.020 0.030 0.059 0.148 0.418 0.309 18 Y 0.021 0.049 0.086 0.177 0.253 0.287 0.127 19 F 0.013 0.016 0.035 0.098 0.235 0.396 0.207 20 Q 0.043 0.121 0.185 0.257 0.228 0.135 0.031 21 G 0.124 0.229 0.235 0.203 0.128 0.066 0.014 22 H 0.061 0.135 0.191 0.251 0.222 0.122 0.018 23 M 0.057 0.068 0.124 0.216 0.303 0.208 0.025 24 R 0.130 0.232 0.265 0.224 0.109 0.036 0.004 25 N 0.162 0.323 0.256 0.152 0.075 0.028 0.004 26 L 0.053 0.062 0.120 0.266 0.331 0.155 0.012 27 S 0.259 0.387 0.210 0.093 0.037 0.013 0.002 28 D 0.096 0.154 0.213 0.283 0.187 0.062 0.006 29 R 0.229 0.333 0.238 0.136 0.051 0.013 0.001 30 A 0.275 0.239 0.200 0.171 0.088 0.026 0.002 31 K 0.322 0.337 0.211 0.096 0.027 0.007 0.001 32 F 0.095 0.060 0.102 0.257 0.332 0.145 0.009 33 E 0.233 0.311 0.267 0.139 0.041 0.008 0.001 34 S 0.387 0.378 0.141 0.060 0.024 0.009 0.001 35 M 0.197 0.195 0.239 0.203 0.117 0.043 0.006 36 I 0.132 0.127 0.168 0.247 0.216 0.099 0.011 37 N 0.311 0.320 0.195 0.111 0.043 0.017 0.003 38 S 0.446 0.259 0.145 0.096 0.044 0.010 0.001 39 P 0.533 0.247 0.136 0.058 0.019 0.006 0.001 40 S 0.428 0.258 0.143 0.109 0.045 0.015 0.002 41 K 0.321 0.216 0.206 0.155 0.078 0.022 0.003 42 S 0.421 0.335 0.149 0.066 0.023 0.006 0.001 43 V 0.122 0.163 0.228 0.260 0.149 0.069 0.008 44 F 0.056 0.072 0.092 0.197 0.321 0.244 0.018 45 V 0.157 0.162 0.201 0.243 0.173 0.060 0.004 46 R 0.234 0.337 0.240 0.133 0.042 0.014 0.001 47 N 0.174 0.165 0.219 0.209 0.155 0.071 0.006 48 L 0.153 0.113 0.144 0.242 0.240 0.103 0.005 49 N 0.481 0.309 0.118 0.060 0.025 0.007 0.001 50 E 0.119 0.200 0.300 0.270 0.087 0.022 0.002 51 L 0.052 0.039 0.057 0.157 0.359 0.314 0.022 52 E 0.127 0.282 0.281 0.221 0.076 0.014 0.001 53 A 0.266 0.394 0.203 0.098 0.030 0.008 0.001 54 L 0.131 0.094 0.151 0.239 0.259 0.117 0.009 55 A 0.145 0.129 0.159 0.300 0.203 0.062 0.002 56 V 0.346 0.376 0.172 0.076 0.024 0.006 0.001 57 R 0.374 0.248 0.202 0.128 0.041 0.006 0.001 58 L 0.423 0.162 0.146 0.150 0.092 0.026 0.001 59 G 0.708 0.205 0.060 0.021 0.005 0.001 0.001 60 K 0.780 0.155 0.046 0.014 0.004 0.001 0.001 61 S 0.736 0.164 0.062 0.029 0.008 0.001 0.001 62 Y 0.532 0.165 0.111 0.119 0.058 0.014 0.001 63 R 0.594 0.233 0.104 0.046 0.017 0.005 0.001 64 I 0.545 0.235 0.124 0.064 0.025 0.006 0.001 65 Q 0.393 0.232 0.166 0.124 0.061 0.022 0.002 66 L 0.270 0.151 0.151 0.185 0.168 0.069 0.006 67 D 0.454 0.297 0.147 0.072 0.023 0.006 0.001 68 Q 0.440 0.304 0.167 0.069 0.017 0.003 0.001 69 A 0.175 0.150 0.166 0.253 0.195 0.057 0.004 70 K 0.229 0.276 0.235 0.187 0.062 0.010 0.001 71 E 0.370 0.454 0.129 0.037 0.008 0.002 0.001 72 K 0.023 0.109 0.298 0.394 0.151 0.024 0.001 73 W 0.011 0.020 0.045 0.205 0.439 0.271 0.010 74 K 0.030 0.167 0.292 0.322 0.150 0.035 0.003 75 V 0.071 0.138 0.140 0.221 0.240 0.174 0.015 76 K 0.115 0.284 0.318 0.203 0.062 0.016 0.002