# TARGET T0214 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0214.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.010 0.815 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 0.007 0.040 0.004 0.064 0.034 2 E 0.007 0.030 0.624 0.003 0.004 0.035 0.004 0.001 0.035 0.010 0.005 0.011 0.231 3 W 0.053 0.032 0.336 0.049 0.014 0.088 0.018 0.004 0.069 0.049 0.020 0.185 0.082 4 E 0.097 0.021 0.249 0.017 0.032 0.068 0.029 0.008 0.081 0.051 0.033 0.092 0.221 5 M 0.054 0.013 0.221 0.023 0.172 0.077 0.017 0.004 0.025 0.082 0.145 0.049 0.119 6 G 0.053 0.010 0.244 0.008 0.158 0.049 0.008 0.002 0.015 0.098 0.206 0.080 0.068 7 L 0.018 0.023 0.351 0.002 0.119 0.038 0.003 0.001 0.008 0.140 0.115 0.022 0.161 8 Q 0.005 0.018 0.289 0.003 0.060 0.084 0.001 0.001 0.004 0.284 0.192 0.027 0.033 9 E 0.001 0.009 0.391 0.007 0.039 0.143 0.001 0.001 0.001 0.266 0.116 0.005 0.022 10 E 0.001 0.006 0.129 0.003 0.044 0.511 0.001 0.001 0.001 0.144 0.151 0.005 0.007 11 F 0.001 0.010 0.119 0.001 0.046 0.612 0.001 0.001 0.001 0.059 0.132 0.003 0.015 12 L 0.003 0.007 0.065 0.001 0.038 0.816 0.001 0.001 0.003 0.021 0.022 0.002 0.020 13 E 0.015 0.002 0.045 0.004 0.038 0.835 0.002 0.001 0.004 0.011 0.018 0.015 0.010 14 L 0.023 0.005 0.017 0.001 0.042 0.817 0.005 0.001 0.004 0.008 0.035 0.009 0.034 15 I 0.021 0.005 0.033 0.005 0.039 0.774 0.003 0.001 0.003 0.016 0.060 0.013 0.028 16 K 0.032 0.011 0.064 0.005 0.033 0.559 0.004 0.001 0.002 0.038 0.149 0.041 0.062 17 L 0.007 0.004 0.067 0.007 0.023 0.172 0.001 0.001 0.001 0.088 0.585 0.010 0.035 18 R 0.001 0.001 0.100 0.013 0.010 0.012 0.001 0.001 0.001 0.229 0.617 0.009 0.008 19 K 0.001 0.005 0.551 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.003 0.243 0.088 0.010 0.078 20 K 0.007 0.013 0.466 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 0.080 0.006 0.346 0.055 21 K 0.016 0.012 0.381 0.008 0.001 0.001 0.007 0.002 0.112 0.018 0.002 0.020 0.419 22 I 0.170 0.006 0.157 0.116 0.001 0.003 0.046 0.016 0.130 0.018 0.003 0.265 0.069 23 E 0.417 0.003 0.054 0.006 0.001 0.002 0.113 0.023 0.100 0.005 0.001 0.057 0.219 24 G 0.494 0.003 0.047 0.004 0.002 0.002 0.177 0.027 0.050 0.003 0.002 0.068 0.122 25 R 0.471 0.002 0.054 0.003 0.001 0.001 0.158 0.014 0.067 0.003 0.001 0.110 0.114 26 L 0.111 0.006 0.282 0.004 0.002 0.004 0.038 0.004 0.121 0.014 0.006 0.053 0.354 27 Y 0.032 0.012 0.389 0.007 0.015 0.081 0.007 0.001 0.039 0.170 0.082 0.046 0.118 28 D 0.002 0.007 0.244 0.004 0.065 0.309 0.001 0.001 0.004 0.138 0.183 0.007 0.036 29 E 0.001 0.001 0.026 0.001 0.067 0.650 0.001 0.001 0.001 0.041 0.212 0.001 0.002 30 K 0.001 0.003 0.043 0.001 0.099 0.630 0.001 0.001 0.001 0.025 0.195 0.001 0.003 31 R 0.001 0.013 0.047 0.001 0.227 0.577 0.001 0.001 0.001 0.030 0.087 0.001 0.015 32 R 0.003 0.010 0.096 0.005 0.273 0.380 0.002 0.001 0.004 0.057 0.140 0.017 0.013 33 Q 0.009 0.079 0.074 0.016 0.253 0.135 0.007 0.001 0.018 0.084 0.188 0.007 0.128 34 I 0.011 0.138 0.338 0.022 0.035 0.018 0.006 0.001 0.024 0.131 0.103 0.103 0.070 35 K 0.001 0.018 0.781 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.107 0.025 0.003 0.049 36 P 0.001 0.001 0.014 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.053 0.913 0.002 0.001 37 G 0.001 0.001 0.015 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.072 0.899 0.001 0.001 38 D 0.005 0.007 0.711 0.001 0.011 0.008 0.001 0.001 0.005 0.182 0.042 0.008 0.020 39 V 0.133 0.031 0.285 0.006 0.004 0.017 0.043 0.026 0.086 0.042 0.012 0.033 0.280 40 I 0.295 0.024 0.090 0.003 0.004 0.006 0.037 0.060 0.069 0.011 0.004 0.286 0.111 41 S 0.438 0.016 0.054 0.004 0.005 0.004 0.038 0.034 0.029 0.011 0.010 0.082 0.275 42 F 0.186 0.011 0.212 0.019 0.016 0.009 0.012 0.002 0.020 0.037 0.044 0.247 0.185 43 E 0.057 0.012 0.202 0.028 0.017 0.004 0.002 0.001 0.003 0.184 0.278 0.075 0.137 44 G 0.009 0.003 0.107 0.015 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.251 0.560 0.022 0.022 45 G 0.035 0.003 0.272 0.011 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.304 0.182 0.123 0.057 46 K 0.128 0.009 0.101 0.003 0.001 0.002 0.015 0.001 0.004 0.026 0.011 0.029 0.671 47 L 0.187 0.003 0.064 0.004 0.001 0.001 0.027 0.001 0.004 0.007 0.001 0.661 0.040 48 K 0.316 0.001 0.035 0.010 0.001 0.002 0.038 0.001 0.007 0.006 0.001 0.017 0.567 49 V 0.548 0.001 0.019 0.015 0.001 0.002 0.102 0.001 0.010 0.002 0.001 0.230 0.068 50 R 0.572 0.001 0.014 0.004 0.001 0.002 0.101 0.001 0.024 0.002 0.001 0.122 0.156 51 V 0.396 0.002 0.019 0.015 0.001 0.004 0.063 0.001 0.011 0.002 0.001 0.037 0.447 52 K 0.225 0.001 0.029 0.186 0.001 0.003 0.025 0.001 0.007 0.005 0.001 0.473 0.046 53 A 0.107 0.002 0.035 0.018 0.001 0.005 0.025 0.001 0.018 0.008 0.002 0.086 0.693 54 I 0.080 0.003 0.130 0.194 0.025 0.039 0.046 0.002 0.028 0.023 0.007 0.082 0.342 55 R 0.141 0.004 0.074 0.072 0.027 0.042 0.034 0.001 0.017 0.039 0.014 0.383 0.153 56 V 0.101 0.009 0.082 0.016 0.029 0.100 0.030 0.001 0.019 0.026 0.034 0.038 0.516 57 Y 0.063 0.009 0.228 0.012 0.018 0.165 0.015 0.001 0.022 0.064 0.031 0.224 0.149 58 N 0.025 0.028 0.166 0.006 0.009 0.190 0.005 0.001 0.009 0.264 0.049 0.095 0.154 59 S 0.003 0.027 0.277 0.001 0.009 0.434 0.001 0.001 0.005 0.128 0.050 0.007 0.060 60 F 0.001 0.001 0.021 0.001 0.005 0.916 0.001 0.001 0.001 0.024 0.030 0.001 0.001 61 R 0.001 0.001 0.010 0.001 0.004 0.965 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 62 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 63 M 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 64 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.007 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.001 0.001 65 E 0.001 0.001 0.009 0.001 0.006 0.885 0.001 0.001 0.001 0.005 0.091 0.001 0.001 66 K 0.001 0.001 0.040 0.001 0.011 0.747 0.001 0.001 0.001 0.033 0.165 0.001 0.002 67 E 0.001 0.003 0.141 0.001 0.016 0.508 0.001 0.001 0.001 0.107 0.216 0.004 0.002 68 G 0.001 0.012 0.255 0.002 0.050 0.340 0.001 0.001 0.001 0.087 0.238 0.002 0.012 69 L 0.001 0.004 0.265 0.002 0.254 0.267 0.001 0.001 0.001 0.096 0.099 0.001 0.009 70 E 0.001 0.012 0.144 0.005 0.388 0.206 0.001 0.001 0.009 0.075 0.128 0.020 0.012 71 N 0.003 0.033 0.135 0.006 0.334 0.205 0.007 0.001 0.019 0.053 0.144 0.006 0.054 72 V 0.005 0.059 0.282 0.007 0.084 0.157 0.007 0.003 0.062 0.147 0.109 0.040 0.041 73 L 0.001 0.015 0.574 0.003 0.028 0.036 0.001 0.001 0.024 0.223 0.051 0.019 0.025 74 P 0.001 0.014 0.226 0.004 0.084 0.028 0.001 0.001 0.006 0.188 0.437 0.002 0.010 75 G 0.001 0.005 0.138 0.004 0.044 0.016 0.001 0.001 0.002 0.239 0.547 0.002 0.002 76 V 0.001 0.012 0.382 0.002 0.023 0.012 0.001 0.001 0.005 0.347 0.210 0.003 0.004 77 K 0.001 0.016 0.538 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.003 0.395 0.021 0.006 0.008 78 S 0.001 0.040 0.728 0.001 0.003 0.057 0.001 0.001 0.002 0.142 0.011 0.001 0.016 79 I 0.001 0.001 0.014 0.001 0.008 0.940 0.001 0.001 0.001 0.011 0.025 0.001 0.001 80 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 81 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.024 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 82 G 0.001 0.001 0.006 0.001 0.007 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 83 I 0.001 0.002 0.005 0.001 0.011 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.001 0.001 84 Q 0.001 0.001 0.008 0.001 0.009 0.945 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 0.001 0.002 85 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.936 0.001 0.001 0.001 0.004 0.047 0.001 0.002 86 Y 0.005 0.003 0.026 0.001 0.010 0.882 0.001 0.001 0.001 0.019 0.047 0.001 0.005 87 R 0.002 0.003 0.064 0.001 0.028 0.804 0.001 0.001 0.001 0.025 0.053 0.011 0.006 88 R 0.002 0.008 0.095 0.001 0.033 0.572 0.001 0.001 0.002 0.054 0.206 0.002 0.021 89 F 0.001 0.020 0.155 0.001 0.018 0.250 0.001 0.001 0.002 0.207 0.315 0.010 0.020 90 Y 0.001 0.020 0.613 0.001 0.002 0.038 0.001 0.001 0.003 0.245 0.056 0.010 0.011 91 D 0.001 0.005 0.916 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.054 0.004 0.001 0.010 92 E 0.001 0.001 0.028 0.001 0.029 0.871 0.001 0.001 0.001 0.026 0.044 0.001 0.001 93 E 0.001 0.001 0.009 0.001 0.053 0.861 0.001 0.001 0.001 0.013 0.064 0.001 0.001 94 K 0.001 0.001 0.020 0.001 0.075 0.836 0.001 0.001 0.001 0.013 0.048 0.001 0.004 95 E 0.003 0.008 0.124 0.003 0.033 0.697 0.001 0.001 0.002 0.026 0.039 0.007 0.060 96 K 0.008 0.024 0.085 0.012 0.029 0.546 0.001 0.001 0.002 0.049 0.138 0.036 0.069 97 K 0.037 0.011 0.060 0.006 0.017 0.258 0.002 0.001 0.001 0.088 0.426 0.029 0.065 98 Y 0.033 0.006 0.203 0.050 0.008 0.042 0.001 0.001 0.002 0.165 0.382 0.039 0.068 99 G 0.037 0.005 0.289 0.032 0.005 0.006 0.006 0.001 0.008 0.213 0.093 0.176 0.132 100 V 0.237 0.004 0.132 0.007 0.001 0.002 0.022 0.001 0.009 0.032 0.005 0.113 0.434 101 V 0.421 0.005 0.032 0.002 0.001 0.001 0.026 0.001 0.012 0.006 0.001 0.402 0.093 102 A 0.716 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.027 0.001 0.004 0.001 0.001 0.015 0.227 103 I 0.904 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.018 104 E 0.892 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.044 105 I 0.685 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.044 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.249 106 E 0.162 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.010 0.001 0.004 0.001 0.001 0.788 0.023 107 P 0.028 0.002 0.049 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.012 0.002 0.001 0.009 0.888 108 L 0.021 0.015 0.625 0.043 0.007 0.003 0.006 0.001 0.011 0.045 0.008 0.100 0.116 109 E 0.003 0.021 0.327 0.005 0.020 0.014 0.001 0.001 0.007 0.372 0.076 0.054 0.098 110 Y 0.001 0.001 0.975 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.009