# TARGET T0214 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0214.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.63435 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.126 0.068 0.065 0.094 0.076 0.085 0.116 0.105 0.110 0.087 0.067 2 E 0.125 0.179 0.129 0.224 0.149 0.083 0.059 0.027 0.015 0.008 0.004 3 W 0.066 0.047 0.053 0.083 0.096 0.116 0.168 0.136 0.116 0.075 0.044 4 E 0.092 0.107 0.090 0.213 0.173 0.122 0.106 0.047 0.028 0.015 0.007 5 M 0.046 0.035 0.053 0.071 0.064 0.075 0.149 0.129 0.157 0.130 0.092 6 G 0.190 0.171 0.134 0.206 0.125 0.073 0.055 0.022 0.014 0.007 0.004 7 L 0.012 0.017 0.017 0.023 0.029 0.049 0.119 0.140 0.205 0.211 0.178 8 Q 0.045 0.183 0.144 0.209 0.158 0.111 0.092 0.032 0.017 0.007 0.003 9 E 0.223 0.188 0.179 0.219 0.106 0.045 0.027 0.007 0.004 0.001 0.001 10 E 0.558 0.136 0.125 0.104 0.038 0.021 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 11 F 0.012 0.019 0.073 0.116 0.107 0.147 0.239 0.126 0.093 0.050 0.018 12 L 0.003 0.003 0.031 0.019 0.029 0.070 0.238 0.214 0.195 0.125 0.073 13 E 0.005 0.022 0.423 0.293 0.143 0.065 0.030 0.011 0.005 0.002 0.001 14 L 0.006 0.031 0.131 0.125 0.174 0.204 0.200 0.074 0.035 0.016 0.005 15 I 0.003 0.006 0.045 0.026 0.022 0.029 0.098 0.132 0.226 0.230 0.182 16 K 0.047 0.078 0.226 0.175 0.172 0.124 0.126 0.034 0.013 0.005 0.002 17 L 0.068 0.142 0.395 0.218 0.095 0.041 0.025 0.009 0.004 0.002 0.001 18 R 0.316 0.143 0.141 0.128 0.094 0.069 0.066 0.023 0.012 0.005 0.002 19 K 0.180 0.186 0.150 0.207 0.119 0.067 0.056 0.019 0.010 0.004 0.002 20 K 0.060 0.064 0.084 0.103 0.110 0.133 0.197 0.119 0.076 0.039 0.015 21 K 0.050 0.128 0.128 0.360 0.193 0.088 0.036 0.011 0.004 0.002 0.001 22 I 0.019 0.014 0.025 0.022 0.025 0.039 0.129 0.171 0.230 0.200 0.127 23 E 0.022 0.066 0.164 0.296 0.203 0.114 0.079 0.030 0.017 0.006 0.002 24 G 0.033 0.049 0.066 0.082 0.071 0.086 0.184 0.151 0.138 0.099 0.042 25 R 0.044 0.095 0.130 0.257 0.189 0.118 0.085 0.040 0.024 0.012 0.005 26 L 0.034 0.038 0.049 0.049 0.059 0.070 0.153 0.149 0.177 0.141 0.081 27 Y 0.025 0.076 0.078 0.140 0.160 0.154 0.176 0.088 0.057 0.031 0.015 28 D 0.071 0.146 0.144 0.206 0.147 0.095 0.099 0.043 0.029 0.014 0.005 29 E 0.527 0.125 0.129 0.124 0.055 0.023 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 30 K 0.132 0.097 0.167 0.178 0.114 0.099 0.108 0.048 0.033 0.016 0.009 31 R 0.009 0.014 0.045 0.078 0.103 0.155 0.255 0.159 0.104 0.053 0.025 32 R 0.040 0.072 0.335 0.209 0.138 0.095 0.068 0.024 0.010 0.005 0.003 33 Q 0.049 0.136 0.372 0.208 0.120 0.066 0.034 0.008 0.004 0.001 0.001 34 I 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.018 0.073 0.111 0.218 0.250 0.314 35 K 0.276 0.314 0.133 0.154 0.066 0.030 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 36 P 0.361 0.156 0.080 0.186 0.105 0.063 0.037 0.008 0.004 0.001 0.001 37 G 0.357 0.136 0.068 0.152 0.089 0.059 0.050 0.034 0.025 0.017 0.013 38 D 0.005 0.038 0.022 0.120 0.159 0.231 0.231 0.099 0.055 0.026 0.013 39 V 0.008 0.039 0.037 0.173 0.219 0.206 0.163 0.083 0.043 0.020 0.009 40 I 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.058 0.120 0.242 0.300 0.255 41 S 0.005 0.045 0.048 0.317 0.279 0.132 0.107 0.038 0.019 0.006 0.004 42 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.011 0.046 0.104 0.235 0.289 0.304 43 E 0.110 0.212 0.109 0.313 0.156 0.065 0.026 0.006 0.002 0.001 0.001 44 G 0.466 0.222 0.051 0.134 0.065 0.031 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 45 G 0.454 0.136 0.041 0.140 0.079 0.052 0.046 0.023 0.015 0.009 0.005 46 K 0.086 0.218 0.103 0.287 0.165 0.088 0.039 0.008 0.003 0.001 0.001 47 L 0.009 0.009 0.006 0.019 0.022 0.044 0.124 0.182 0.234 0.206 0.145 48 K 0.051 0.124 0.090 0.395 0.217 0.086 0.028 0.006 0.002 0.001 0.001 49 V 0.016 0.016 0.024 0.036 0.046 0.078 0.183 0.180 0.210 0.131 0.081 50 R 0.020 0.092 0.146 0.416 0.205 0.080 0.031 0.006 0.002 0.001 0.001 51 V 0.003 0.002 0.003 0.005 0.008 0.016 0.090 0.160 0.251 0.246 0.215 52 K 0.021 0.069 0.156 0.424 0.222 0.074 0.025 0.005 0.002 0.001 0.001 53 A 0.092 0.228 0.168 0.234 0.135 0.075 0.050 0.010 0.004 0.001 0.001 54 I 0.004 0.006 0.025 0.034 0.036 0.049 0.130 0.154 0.228 0.185 0.147 55 R 0.063 0.127 0.163 0.238 0.198 0.109 0.074 0.019 0.007 0.002 0.001 56 V 0.027 0.186 0.197 0.258 0.140 0.080 0.063 0.026 0.014 0.006 0.002 57 Y 0.005 0.015 0.031 0.048 0.079 0.129 0.263 0.158 0.146 0.083 0.044 58 N 0.374 0.194 0.181 0.162 0.056 0.018 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 59 S 0.009 0.061 0.075 0.175 0.170 0.152 0.184 0.092 0.050 0.023 0.009 60 F 0.001 0.002 0.010 0.010 0.017 0.049 0.171 0.195 0.240 0.176 0.130 61 R 0.013 0.021 0.081 0.227 0.244 0.217 0.146 0.033 0.013 0.004 0.001 62 E 0.011 0.054 0.414 0.281 0.139 0.062 0.030 0.007 0.002 0.001 0.001 63 M 0.001 0.002 0.020 0.022 0.027 0.047 0.161 0.183 0.222 0.187 0.128 64 L 0.001 0.001 0.008 0.005 0.009 0.020 0.121 0.174 0.247 0.250 0.164 65 E 0.001 0.008 0.438 0.265 0.188 0.070 0.024 0.005 0.002 0.001 0.001 66 K 0.006 0.030 0.343 0.181 0.172 0.154 0.087 0.017 0.006 0.002 0.001 67 E 0.009 0.008 0.008 0.021 0.039 0.096 0.315 0.218 0.156 0.090 0.040 68 G 0.232 0.267 0.105 0.135 0.077 0.059 0.066 0.027 0.017 0.009 0.006 69 L 0.012 0.032 0.093 0.100 0.127 0.127 0.174 0.118 0.097 0.069 0.051 70 E 0.260 0.222 0.226 0.169 0.072 0.030 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 71 N 0.122 0.167 0.087 0.190 0.168 0.125 0.095 0.027 0.013 0.005 0.002 72 V 0.003 0.004 0.003 0.009 0.015 0.033 0.092 0.136 0.204 0.240 0.260 73 L 0.037 0.083 0.049 0.120 0.150 0.162 0.183 0.088 0.068 0.035 0.025 74 P 0.206 0.145 0.081 0.118 0.095 0.077 0.108 0.064 0.052 0.034 0.020 75 G 0.347 0.181 0.056 0.143 0.097 0.070 0.058 0.024 0.013 0.008 0.004 76 V 0.246 0.127 0.053 0.142 0.112 0.095 0.101 0.051 0.037 0.022 0.015 77 K 0.384 0.231 0.094 0.152 0.073 0.035 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 78 S 0.032 0.198 0.057 0.151 0.138 0.151 0.140 0.066 0.037 0.020 0.010 79 I 0.007 0.007 0.005 0.023 0.049 0.097 0.221 0.209 0.184 0.124 0.075 80 E 0.178 0.078 0.079 0.161 0.173 0.160 0.115 0.030 0.017 0.007 0.003 81 E 0.011 0.048 0.199 0.410 0.188 0.079 0.045 0.013 0.004 0.002 0.001 82 G 0.004 0.006 0.024 0.019 0.017 0.029 0.094 0.149 0.214 0.251 0.194 83 I 0.001 0.002 0.028 0.024 0.035 0.061 0.212 0.193 0.196 0.155 0.094 84 Q 0.005 0.028 0.563 0.251 0.100 0.034 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 85 V 0.004 0.015 0.083 0.092 0.141 0.234 0.287 0.081 0.036 0.018 0.008 86 Y 0.004 0.007 0.027 0.025 0.025 0.037 0.174 0.201 0.248 0.162 0.089 87 R 0.008 0.016 0.036 0.101 0.146 0.187 0.283 0.116 0.062 0.033 0.011 88 R 0.064 0.117 0.452 0.208 0.098 0.036 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 89 F 0.005 0.010 0.026 0.034 0.061 0.109 0.291 0.197 0.152 0.084 0.030 90 Y 0.003 0.010 0.013 0.027 0.054 0.092 0.228 0.202 0.168 0.128 0.075 91 D 0.025 0.528 0.143 0.164 0.074 0.032 0.020 0.007 0.004 0.002 0.001 92 E 0.474 0.103 0.087 0.185 0.101 0.036 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 93 E 0.926 0.046 0.013 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 K 0.006 0.018 0.029 0.122 0.118 0.225 0.312 0.105 0.046 0.014 0.005 95 E 0.013 0.010 0.030 0.034 0.042 0.083 0.183 0.191 0.179 0.145 0.089 96 K 0.010 0.040 0.665 0.153 0.073 0.039 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 97 K 0.015 0.058 0.490 0.225 0.119 0.058 0.025 0.006 0.003 0.001 0.001 98 Y 0.001 0.003 0.004 0.018 0.043 0.094 0.248 0.209 0.188 0.136 0.056 99 G 0.021 0.030 0.030 0.099 0.143 0.199 0.264 0.117 0.059 0.026 0.012 100 V 0.001 0.005 0.021 0.030 0.042 0.074 0.144 0.167 0.203 0.190 0.122 101 V 0.002 0.003 0.005 0.017 0.020 0.031 0.132 0.210 0.228 0.215 0.139 102 A 0.003 0.007 0.009 0.026 0.033 0.053 0.135 0.174 0.204 0.179 0.178 103 I 0.002 0.002 0.005 0.009 0.012 0.022 0.081 0.129 0.245 0.280 0.213 104 E 0.013 0.064 0.041 0.268 0.268 0.140 0.117 0.051 0.025 0.009 0.004 105 I 0.002 0.003 0.004 0.008 0.010 0.016 0.064 0.117 0.244 0.290 0.243 106 E 0.143 0.208 0.150 0.302 0.135 0.040 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 107 P 0.042 0.070 0.027 0.109 0.104 0.126 0.209 0.133 0.101 0.056 0.023 108 L 0.053 0.038 0.020 0.069 0.078 0.096 0.142 0.135 0.158 0.124 0.087 109 E 0.304 0.266 0.062 0.153 0.090 0.053 0.039 0.015 0.011 0.004 0.002 110 Y 0.280 0.145 0.046 0.120 0.094 0.080 0.081 0.062 0.046 0.031 0.015