# TARGET T0214 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0214.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.63435 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.271 0.207 0.244 0.091 0.079 0.032 0.034 0.013 0.022 0.006 0.001 2 E 0.457 0.259 0.192 0.026 0.016 0.032 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 3 W 0.490 0.334 0.079 0.031 0.034 0.014 0.002 0.001 0.013 0.002 0.001 4 E 0.566 0.156 0.171 0.045 0.012 0.033 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 5 M 0.428 0.095 0.122 0.283 0.022 0.012 0.018 0.002 0.017 0.001 0.001 6 G 0.116 0.009 0.034 0.022 0.048 0.005 0.157 0.421 0.004 0.184 0.001 7 L 0.451 0.098 0.224 0.151 0.019 0.037 0.005 0.002 0.010 0.004 0.001 8 Q 0.446 0.108 0.187 0.135 0.029 0.050 0.018 0.004 0.014 0.007 0.001 9 E 0.865 0.019 0.050 0.027 0.009 0.011 0.010 0.004 0.003 0.002 0.001 10 E 0.941 0.007 0.018 0.021 0.003 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 11 F 0.970 0.003 0.004 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.983 0.003 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 E 0.992 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 I 0.910 0.007 0.004 0.076 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 K 0.913 0.017 0.037 0.015 0.002 0.004 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 17 L 0.701 0.009 0.075 0.195 0.003 0.005 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 18 R 0.319 0.018 0.077 0.129 0.033 0.006 0.256 0.132 0.006 0.024 0.001 19 K 0.329 0.121 0.294 0.141 0.027 0.048 0.020 0.003 0.012 0.002 0.002 20 K 0.048 0.440 0.312 0.074 0.045 0.037 0.016 0.002 0.024 0.001 0.001 21 K 0.032 0.672 0.197 0.016 0.032 0.030 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 22 I 0.007 0.770 0.146 0.002 0.024 0.027 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 23 E 0.040 0.686 0.128 0.032 0.021 0.053 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 24 G 0.025 0.484 0.123 0.009 0.324 0.014 0.003 0.001 0.012 0.005 0.001 25 R 0.017 0.728 0.106 0.005 0.070 0.027 0.002 0.001 0.043 0.001 0.001 26 L 0.050 0.356 0.450 0.020 0.012 0.082 0.002 0.001 0.026 0.001 0.002 27 Y 0.049 0.307 0.333 0.020 0.092 0.107 0.017 0.003 0.063 0.008 0.001 28 D 0.577 0.058 0.156 0.042 0.042 0.057 0.035 0.008 0.015 0.008 0.002 29 E 0.926 0.005 0.018 0.031 0.004 0.003 0.005 0.004 0.002 0.002 0.001 30 K 0.946 0.003 0.005 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 R 0.888 0.008 0.021 0.070 0.001 0.004 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 32 R 0.797 0.021 0.054 0.110 0.005 0.003 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 33 Q 0.526 0.012 0.046 0.322 0.003 0.018 0.063 0.004 0.007 0.001 0.001 34 I 0.062 0.164 0.670 0.030 0.011 0.041 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 35 K 0.017 0.239 0.637 0.001 0.017 0.012 0.005 0.001 0.068 0.001 0.001 36 P 0.048 0.001 0.930 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 37 G 0.012 0.001 0.005 0.005 0.004 0.001 0.003 0.937 0.001 0.034 0.001 38 D 0.009 0.030 0.727 0.041 0.005 0.161 0.009 0.001 0.015 0.001 0.002 39 V 0.003 0.785 0.157 0.006 0.037 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 40 I 0.002 0.891 0.063 0.002 0.023 0.008 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 41 S 0.002 0.867 0.091 0.001 0.011 0.018 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 42 F 0.023 0.681 0.148 0.023 0.039 0.059 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 43 E 0.025 0.554 0.103 0.032 0.038 0.023 0.015 0.001 0.202 0.006 0.001 44 G 0.006 0.001 0.011 0.008 0.012 0.001 0.700 0.069 0.001 0.191 0.001 45 G 0.024 0.008 0.059 0.049 0.033 0.004 0.159 0.609 0.001 0.052 0.003 46 K 0.036 0.647 0.217 0.053 0.026 0.009 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 47 L 0.004 0.575 0.315 0.004 0.037 0.032 0.008 0.001 0.026 0.001 0.001 48 K 0.010 0.575 0.313 0.008 0.011 0.069 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 49 V 0.001 0.827 0.080 0.001 0.076 0.003 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 50 R 0.001 0.591 0.366 0.001 0.002 0.030 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 51 V 0.002 0.170 0.725 0.001 0.001 0.096 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 52 K 0.758 0.054 0.004 0.176 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 53 A 0.011 0.492 0.039 0.009 0.441 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 54 I 0.033 0.765 0.089 0.010 0.040 0.020 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 55 R 0.148 0.559 0.115 0.021 0.062 0.037 0.005 0.001 0.051 0.001 0.001 56 V 0.059 0.542 0.215 0.037 0.022 0.080 0.004 0.001 0.040 0.001 0.001 57 Y 0.071 0.511 0.216 0.055 0.059 0.040 0.011 0.005 0.028 0.004 0.001 58 N 0.234 0.151 0.106 0.057 0.176 0.033 0.206 0.011 0.007 0.020 0.001 59 S 0.198 0.202 0.209 0.021 0.320 0.021 0.002 0.003 0.013 0.011 0.001 60 F 0.985 0.001 0.002 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 E 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 M 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 L 0.986 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 E 0.975 0.002 0.003 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 K 0.858 0.017 0.026 0.086 0.002 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 67 E 0.330 0.041 0.083 0.498 0.013 0.004 0.014 0.003 0.012 0.001 0.001 68 G 0.099 0.012 0.150 0.019 0.083 0.014 0.132 0.280 0.006 0.206 0.001 69 L 0.646 0.057 0.108 0.137 0.011 0.025 0.005 0.003 0.005 0.002 0.001 70 E 0.731 0.048 0.083 0.116 0.008 0.005 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 71 N 0.361 0.026 0.116 0.279 0.011 0.060 0.111 0.007 0.027 0.001 0.001 72 V 0.352 0.170 0.317 0.107 0.006 0.032 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 73 L 0.064 0.281 0.345 0.016 0.024 0.047 0.017 0.001 0.203 0.002 0.001 74 P 0.078 0.002 0.895 0.010 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 75 G 0.039 0.004 0.023 0.049 0.010 0.002 0.030 0.828 0.002 0.013 0.001 76 V 0.051 0.186 0.666 0.019 0.019 0.035 0.005 0.002 0.012 0.005 0.001 77 K 0.334 0.104 0.329 0.154 0.033 0.024 0.011 0.004 0.004 0.004 0.001 78 S 0.107 0.208 0.328 0.016 0.260 0.033 0.003 0.004 0.028 0.013 0.001 79 I 0.989 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 E 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 E 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 G 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 I 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 Q 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 V 0.981 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 Y 0.930 0.009 0.006 0.048 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 87 R 0.929 0.015 0.023 0.016 0.005 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 88 R 0.911 0.021 0.019 0.032 0.007 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 89 F 0.526 0.027 0.034 0.389 0.003 0.009 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 90 Y 0.118 0.233 0.272 0.170 0.054 0.041 0.021 0.002 0.086 0.002 0.001 91 D 0.024 0.041 0.774 0.006 0.051 0.068 0.003 0.001 0.015 0.017 0.001 92 E 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 E 0.984 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 K 0.978 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 E 0.971 0.003 0.009 0.011 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 96 K 0.955 0.007 0.009 0.024 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 K 0.797 0.033 0.014 0.137 0.006 0.004 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 98 Y 0.106 0.064 0.049 0.682 0.022 0.003 0.048 0.007 0.019 0.001 0.001 99 G 0.016 0.010 0.062 0.012 0.082 0.003 0.136 0.421 0.001 0.255 0.001 100 V 0.010 0.676 0.238 0.004 0.057 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 101 V 0.014 0.656 0.217 0.006 0.013 0.049 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 102 A 0.007 0.377 0.531 0.003 0.015 0.050 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 103 I 0.008 0.807 0.091 0.004 0.057 0.012 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 104 E 0.003 0.574 0.313 0.002 0.015 0.066 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 105 I 0.008 0.563 0.339 0.004 0.013 0.033 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 106 E 0.002 0.448 0.357 0.001 0.007 0.042 0.003 0.001 0.139 0.001 0.001 107 P 0.020 0.014 0.886 0.001 0.001 0.056 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 108 L 0.168 0.282 0.284 0.116 0.047 0.068 0.008 0.002 0.022 0.001 0.001 109 E 0.069 0.278 0.234 0.078 0.154 0.047 0.061 0.021 0.037 0.020 0.001 110 Y 0.154 0.252 0.288 0.113 0.100 0.024 0.018 0.014 0.022 0.014 0.001