# TARGET T0214 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0214.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.124 0.185 0.078 0.042 0.276 0.022 0.020 0.104 0.048 0.061 0.039 2 E 0.262 0.110 0.035 0.012 0.318 0.012 0.019 0.089 0.037 0.032 0.074 3 W 0.195 0.140 0.063 0.031 0.271 0.029 0.024 0.123 0.051 0.027 0.044 4 E 0.206 0.069 0.036 0.027 0.210 0.030 0.048 0.162 0.068 0.075 0.070 5 M 0.071 0.222 0.079 0.081 0.144 0.047 0.041 0.116 0.081 0.079 0.038 6 G 0.066 0.097 0.088 0.099 0.095 0.028 0.023 0.098 0.075 0.228 0.104 7 L 0.144 0.114 0.043 0.023 0.162 0.025 0.041 0.194 0.111 0.091 0.051 8 Q 0.058 0.098 0.051 0.039 0.072 0.044 0.091 0.269 0.127 0.115 0.037 9 E 0.063 0.109 0.069 0.041 0.091 0.025 0.033 0.242 0.121 0.164 0.042 10 E 0.057 0.190 0.068 0.013 0.120 0.008 0.020 0.360 0.106 0.041 0.019 11 F 0.027 0.074 0.033 0.006 0.051 0.007 0.021 0.594 0.121 0.054 0.011 12 L 0.074 0.017 0.005 0.002 0.085 0.003 0.007 0.578 0.172 0.039 0.018 13 E 0.012 0.030 0.009 0.004 0.030 0.006 0.015 0.775 0.106 0.009 0.004 14 L 0.030 0.033 0.006 0.002 0.105 0.003 0.017 0.663 0.070 0.064 0.008 15 I 0.113 0.050 0.021 0.005 0.075 0.009 0.027 0.541 0.100 0.031 0.027 16 K 0.020 0.040 0.093 0.070 0.036 0.073 0.067 0.501 0.069 0.024 0.007 17 L 0.002 0.345 0.262 0.179 0.019 0.042 0.065 0.057 0.013 0.014 0.002 18 R 0.016 0.012 0.023 0.019 0.008 0.004 0.005 0.020 0.026 0.679 0.188 19 K 0.067 0.507 0.059 0.005 0.274 0.008 0.014 0.015 0.012 0.022 0.017 20 K 0.187 0.136 0.018 0.009 0.573 0.006 0.013 0.009 0.005 0.013 0.030 21 K 0.252 0.140 0.014 0.007 0.539 0.008 0.009 0.005 0.002 0.003 0.019 22 I 0.157 0.151 0.012 0.002 0.650 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.017 23 E 0.387 0.040 0.006 0.001 0.425 0.002 0.002 0.003 0.002 0.005 0.127 24 G 0.173 0.251 0.042 0.007 0.461 0.006 0.005 0.008 0.004 0.009 0.035 25 R 0.247 0.239 0.055 0.005 0.366 0.003 0.003 0.009 0.006 0.012 0.056 26 L 0.115 0.185 0.070 0.039 0.234 0.044 0.029 0.141 0.077 0.024 0.041 27 Y 0.067 0.138 0.100 0.036 0.079 0.023 0.028 0.175 0.115 0.163 0.077 28 D 0.047 0.094 0.042 0.012 0.129 0.005 0.015 0.352 0.192 0.095 0.017 29 E 0.008 0.033 0.010 0.003 0.014 0.005 0.025 0.607 0.257 0.032 0.006 30 K 0.006 0.025 0.006 0.002 0.017 0.007 0.085 0.594 0.199 0.056 0.003 31 R 0.047 0.011 0.002 0.003 0.045 0.006 0.021 0.463 0.284 0.092 0.027 32 R 0.013 0.027 0.010 0.009 0.018 0.015 0.051 0.528 0.285 0.033 0.011 33 Q 0.022 0.022 0.006 0.004 0.031 0.005 0.029 0.193 0.183 0.478 0.028 34 I 0.095 0.342 0.098 0.015 0.242 0.008 0.016 0.042 0.037 0.072 0.031 35 K 0.019 0.223 0.540 0.103 0.057 0.008 0.004 0.020 0.007 0.011 0.007 36 P 0.002 0.011 0.010 0.019 0.005 0.106 0.515 0.266 0.059 0.006 0.001 37 G 0.029 0.006 0.007 0.019 0.012 0.004 0.003 0.014 0.043 0.672 0.191 38 D 0.065 0.370 0.055 0.014 0.396 0.009 0.012 0.011 0.010 0.041 0.016 39 V 0.238 0.081 0.013 0.002 0.620 0.002 0.003 0.005 0.004 0.008 0.024 40 I 0.244 0.099 0.004 0.001 0.625 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.022 41 S 0.223 0.080 0.003 0.001 0.606 0.003 0.006 0.006 0.002 0.014 0.058 42 F 0.331 0.135 0.124 0.030 0.206 0.009 0.004 0.007 0.004 0.011 0.137 43 E 0.033 0.045 0.048 0.252 0.042 0.241 0.094 0.097 0.084 0.040 0.025 44 G 0.013 0.094 0.075 0.369 0.027 0.097 0.065 0.050 0.059 0.133 0.016 45 G 0.022 0.031 0.022 0.030 0.034 0.017 0.058 0.078 0.128 0.509 0.069 46 K 0.139 0.262 0.071 0.009 0.342 0.010 0.015 0.024 0.043 0.043 0.041 47 L 0.155 0.202 0.038 0.004 0.559 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.024 48 K 0.322 0.066 0.005 0.001 0.558 0.002 0.008 0.003 0.002 0.007 0.026 49 V 0.331 0.066 0.006 0.001 0.577 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 50 R 0.071 0.304 0.028 0.002 0.587 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 51 V 0.726 0.003 0.001 0.001 0.196 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 52 K 0.005 0.082 0.020 0.194 0.031 0.569 0.086 0.009 0.002 0.002 0.001 53 A 0.370 0.044 0.004 0.001 0.478 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.094 54 I 0.474 0.041 0.004 0.007 0.258 0.020 0.006 0.011 0.012 0.015 0.151 55 R 0.104 0.294 0.053 0.017 0.421 0.020 0.016 0.020 0.014 0.013 0.027 56 V 0.379 0.059 0.020 0.004 0.208 0.003 0.003 0.010 0.026 0.096 0.192 57 Y 0.198 0.198 0.023 0.010 0.261 0.006 0.009 0.029 0.074 0.118 0.075 58 N 0.063 0.105 0.039 0.035 0.145 0.070 0.123 0.182 0.116 0.079 0.043 59 S 0.025 0.525 0.305 0.009 0.065 0.001 0.002 0.029 0.010 0.019 0.009 60 F 0.007 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.684 0.239 0.049 0.008 61 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.880 0.105 0.002 0.001 62 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.893 0.076 0.010 0.001 63 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.860 0.112 0.017 0.001 64 L 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.697 0.243 0.038 0.004 65 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.004 0.038 0.749 0.173 0.022 0.002 66 K 0.010 0.014 0.007 0.005 0.015 0.006 0.095 0.471 0.150 0.216 0.010 67 E 0.053 0.422 0.113 0.007 0.239 0.010 0.021 0.043 0.030 0.040 0.022 68 G 0.155 0.174 0.059 0.020 0.129 0.009 0.016 0.077 0.068 0.165 0.126 69 L 0.071 0.041 0.013 0.006 0.142 0.006 0.013 0.204 0.367 0.101 0.036 70 E 0.021 0.063 0.020 0.025 0.062 0.031 0.086 0.399 0.252 0.032 0.011 71 N 0.107 0.043 0.009 0.003 0.160 0.004 0.052 0.172 0.115 0.291 0.043 72 V 0.134 0.151 0.033 0.018 0.293 0.021 0.047 0.104 0.046 0.097 0.056 73 L 0.074 0.157 0.211 0.126 0.174 0.034 0.024 0.055 0.036 0.051 0.057 74 P 0.021 0.146 0.063 0.038 0.060 0.050 0.118 0.219 0.179 0.087 0.019 75 G 0.042 0.030 0.023 0.019 0.037 0.017 0.043 0.045 0.072 0.595 0.077 76 V 0.092 0.282 0.106 0.026 0.218 0.019 0.027 0.061 0.046 0.080 0.042 77 K 0.020 0.114 0.112 0.095 0.055 0.092 0.075 0.219 0.085 0.095 0.038 78 S 0.033 0.370 0.163 0.006 0.103 0.001 0.006 0.212 0.056 0.039 0.012 79 I 0.002 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.839 0.129 0.018 0.002 80 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.941 0.051 0.001 0.001 81 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.043 0.002 0.001 82 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.052 0.003 0.001 83 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.933 0.063 0.002 0.001 84 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.917 0.071 0.002 0.001 85 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.926 0.046 0.003 0.001 86 Y 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.017 0.811 0.140 0.017 0.002 87 R 0.002 0.007 0.002 0.002 0.005 0.008 0.055 0.689 0.207 0.022 0.001 88 R 0.011 0.016 0.005 0.002 0.024 0.006 0.064 0.641 0.170 0.053 0.007 89 F 0.022 0.035 0.018 0.009 0.042 0.042 0.244 0.405 0.092 0.083 0.009 90 Y 0.089 0.285 0.075 0.015 0.196 0.012 0.028 0.144 0.041 0.076 0.040 91 D 0.039 0.439 0.207 0.009 0.105 0.004 0.003 0.131 0.036 0.016 0.010 92 E 0.003 0.011 0.008 0.004 0.008 0.007 0.013 0.744 0.172 0.028 0.003 93 E 0.008 0.009 0.004 0.001 0.010 0.002 0.009 0.811 0.130 0.012 0.004 94 K 0.003 0.007 0.003 0.001 0.006 0.002 0.006 0.828 0.122 0.021 0.002 95 E 0.009 0.012 0.004 0.004 0.019 0.007 0.027 0.753 0.133 0.030 0.003 96 K 0.027 0.045 0.023 0.014 0.048 0.013 0.074 0.517 0.148 0.079 0.011 97 K 0.035 0.059 0.015 0.010 0.067 0.029 0.266 0.373 0.068 0.064 0.015 98 Y 0.114 0.325 0.108 0.021 0.189 0.007 0.014 0.024 0.019 0.094 0.085 99 G 0.062 0.178 0.154 0.163 0.137 0.070 0.060 0.057 0.020 0.070 0.029 100 V 0.283 0.071 0.004 0.001 0.613 0.001 0.002 0.009 0.002 0.002 0.014 101 V 0.153 0.080 0.010 0.018 0.666 0.026 0.011 0.010 0.003 0.006 0.016 102 A 0.386 0.026 0.004 0.001 0.527 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.047 103 I 0.123 0.221 0.021 0.005 0.585 0.006 0.003 0.005 0.002 0.010 0.019 104 E 0.299 0.076 0.011 0.002 0.534 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.060 105 I 0.245 0.126 0.023 0.007 0.517 0.004 0.007 0.013 0.005 0.014 0.040 106 E 0.037 0.494 0.140 0.006 0.303 0.003 0.005 0.006 0.001 0.001 0.004 107 P 0.404 0.090 0.028 0.004 0.313 0.006 0.009 0.046 0.012 0.011 0.078 108 L 0.024 0.054 0.041 0.154 0.049 0.208 0.221 0.105 0.046 0.073 0.023 109 E 0.039 0.168 0.194 0.143 0.088 0.058 0.053 0.087 0.047 0.092 0.030 110 Y 0.066 0.138 0.139 0.042 0.100 0.028 0.033 0.132 0.093 0.160 0.069