# TARGET T0214 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0214.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.587 0.250 0.111 0.043 0.008 0.001 0.001 2 E 0.559 0.271 0.101 0.050 0.016 0.003 0.001 3 W 0.191 0.187 0.174 0.197 0.176 0.069 0.007 4 E 0.243 0.182 0.175 0.192 0.131 0.069 0.009 5 M 0.143 0.152 0.159 0.209 0.176 0.137 0.024 6 G 0.180 0.158 0.149 0.160 0.176 0.151 0.026 7 L 0.120 0.108 0.137 0.203 0.264 0.153 0.014 8 Q 0.179 0.268 0.241 0.195 0.090 0.025 0.001 9 E 0.287 0.355 0.219 0.109 0.027 0.003 0.001 10 E 0.421 0.388 0.137 0.044 0.009 0.001 0.001 11 F 0.159 0.245 0.265 0.230 0.088 0.013 0.001 12 L 0.085 0.063 0.114 0.259 0.332 0.141 0.006 13 E 0.260 0.401 0.210 0.098 0.027 0.004 0.001 14 L 0.241 0.306 0.247 0.145 0.049 0.013 0.001 15 I 0.033 0.084 0.145 0.286 0.299 0.145 0.009 16 K 0.158 0.245 0.264 0.213 0.097 0.022 0.002 17 L 0.398 0.350 0.159 0.066 0.021 0.005 0.001 18 R 0.308 0.271 0.198 0.150 0.059 0.012 0.001 19 K 0.220 0.330 0.244 0.150 0.047 0.008 0.001 20 K 0.234 0.403 0.206 0.108 0.041 0.008 0.001 21 K 0.042 0.160 0.302 0.333 0.136 0.026 0.002 22 I 0.013 0.021 0.047 0.149 0.355 0.377 0.039 23 E 0.046 0.164 0.230 0.283 0.195 0.076 0.007 24 G 0.038 0.058 0.074 0.145 0.253 0.369 0.064 25 R 0.030 0.112 0.213 0.281 0.231 0.121 0.012 26 L 0.058 0.133 0.172 0.265 0.248 0.114 0.010 27 Y 0.166 0.267 0.251 0.196 0.090 0.028 0.002 28 D 0.253 0.270 0.204 0.176 0.077 0.018 0.001 29 E 0.509 0.355 0.102 0.027 0.006 0.001 0.001 30 K 0.243 0.336 0.229 0.141 0.043 0.008 0.001 31 R 0.059 0.134 0.244 0.322 0.200 0.039 0.001 32 R 0.272 0.415 0.201 0.086 0.022 0.004 0.001 33 Q 0.338 0.397 0.160 0.075 0.025 0.005 0.001 34 I 0.021 0.045 0.146 0.369 0.331 0.084 0.003 35 K 0.355 0.374 0.172 0.075 0.021 0.003 0.001 36 P 0.316 0.393 0.195 0.077 0.016 0.002 0.001 37 G 0.121 0.268 0.286 0.222 0.085 0.017 0.001 38 D 0.019 0.098 0.190 0.327 0.284 0.079 0.004 39 V 0.013 0.068 0.147 0.257 0.296 0.202 0.017 40 I 0.003 0.004 0.012 0.052 0.184 0.626 0.120 41 S 0.008 0.040 0.103 0.224 0.319 0.282 0.025 42 F 0.007 0.024 0.058 0.148 0.350 0.369 0.044 43 E 0.049 0.219 0.319 0.299 0.093 0.019 0.002 44 G 0.233 0.376 0.219 0.123 0.042 0.007 0.001 45 G 0.372 0.436 0.144 0.039 0.007 0.001 0.001 46 K 0.337 0.427 0.173 0.053 0.009 0.001 0.001 47 L 0.010 0.038 0.128 0.355 0.366 0.101 0.001 48 K 0.074 0.375 0.341 0.166 0.041 0.004 0.001 49 V 0.071 0.163 0.190 0.247 0.236 0.090 0.003 50 R 0.036 0.229 0.375 0.278 0.073 0.009 0.001 51 V 0.016 0.056 0.135 0.346 0.351 0.093 0.003 52 K 0.231 0.461 0.210 0.074 0.021 0.003 0.001 53 A 0.126 0.373 0.302 0.158 0.035 0.006 0.001 54 I 0.014 0.044 0.115 0.309 0.390 0.124 0.004 55 R 0.055 0.235 0.282 0.266 0.133 0.028 0.001 56 V 0.171 0.419 0.223 0.120 0.051 0.015 0.001 57 Y 0.018 0.100 0.289 0.329 0.196 0.066 0.003 58 N 0.142 0.329 0.282 0.158 0.067 0.021 0.001 59 S 0.038 0.229 0.304 0.283 0.127 0.018 0.001 60 F 0.029 0.042 0.065 0.201 0.393 0.253 0.016 61 R 0.138 0.410 0.298 0.124 0.026 0.004 0.001 62 E 0.138 0.547 0.258 0.050 0.006 0.001 0.001 63 M 0.018 0.045 0.138 0.371 0.366 0.060 0.001 64 L 0.023 0.059 0.183 0.422 0.261 0.051 0.001 65 E 0.433 0.493 0.065 0.008 0.001 0.001 0.001 66 K 0.300 0.473 0.188 0.035 0.004 0.001 0.001 67 E 0.053 0.130 0.299 0.356 0.143 0.017 0.001 68 G 0.363 0.379 0.190 0.055 0.012 0.001 0.001 69 L 0.322 0.240 0.187 0.175 0.068 0.008 0.001 70 E 0.419 0.343 0.159 0.059 0.017 0.003 0.001 71 N 0.290 0.301 0.189 0.139 0.062 0.018 0.002 72 V 0.088 0.099 0.149 0.256 0.251 0.141 0.016 73 L 0.139 0.186 0.208 0.218 0.165 0.077 0.007 74 P 0.187 0.197 0.197 0.210 0.150 0.052 0.006 75 G 0.436 0.323 0.145 0.070 0.020 0.005 0.001 76 V 0.331 0.316 0.199 0.110 0.035 0.008 0.001 77 K 0.489 0.316 0.130 0.048 0.014 0.003 0.001 78 S 0.115 0.254 0.269 0.230 0.107 0.023 0.002 79 I 0.040 0.080 0.143 0.249 0.309 0.168 0.012 80 E 0.075 0.295 0.332 0.213 0.070 0.015 0.001 81 E 0.113 0.381 0.322 0.139 0.036 0.008 0.001 82 G 0.015 0.031 0.066 0.195 0.414 0.261 0.019 83 I 0.012 0.036 0.094 0.269 0.383 0.192 0.014 84 Q 0.087 0.424 0.336 0.125 0.023 0.004 0.001 85 V 0.058 0.185 0.309 0.290 0.130 0.027 0.001 86 Y 0.007 0.014 0.023 0.081 0.294 0.517 0.064 87 R 0.031 0.108 0.224 0.326 0.233 0.071 0.008 88 R 0.157 0.425 0.267 0.105 0.033 0.011 0.001 89 F 0.010 0.044 0.128 0.308 0.342 0.158 0.009 90 Y 0.016 0.059 0.149 0.315 0.322 0.129 0.010 91 D 0.183 0.328 0.223 0.150 0.089 0.026 0.002 92 E 0.133 0.313 0.323 0.200 0.028 0.002 0.001 93 E 0.547 0.343 0.077 0.026 0.006 0.001 0.001 94 K 0.215 0.401 0.251 0.102 0.027 0.004 0.001 95 E 0.078 0.118 0.163 0.310 0.275 0.055 0.001 96 K 0.150 0.396 0.307 0.119 0.024 0.003 0.001 97 K 0.236 0.445 0.194 0.091 0.027 0.006 0.001 98 Y 0.020 0.104 0.195 0.357 0.243 0.076 0.005 99 G 0.003 0.016 0.047 0.159 0.340 0.368 0.068 100 V 0.002 0.004 0.012 0.042 0.134 0.402 0.404 101 V 0.003 0.005 0.009 0.022 0.066 0.338 0.556 102 A 0.005 0.009 0.031 0.078 0.149 0.344 0.384 103 I 0.001 0.003 0.009 0.027 0.082 0.368 0.510 104 E 0.004 0.020 0.067 0.200 0.282 0.306 0.121 105 I 0.006 0.013 0.031 0.083 0.287 0.479 0.100 106 E 0.024 0.123 0.270 0.350 0.178 0.052 0.003 107 P 0.156 0.192 0.193 0.227 0.173 0.057 0.002 108 L 0.113 0.198 0.219 0.250 0.174 0.045 0.001 109 E 0.615 0.240 0.087 0.046 0.010 0.002 0.001 110 Y 0.662 0.191 0.090 0.037 0.016 0.003 0.001