# TARGET T0214 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0214.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.63776 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.125 0.010 0.004 0.010 0.112 0.739 2 E 0.430 0.017 0.008 0.023 0.091 0.431 3 W 0.509 0.013 0.018 0.021 0.086 0.354 4 E 0.575 0.021 0.025 0.039 0.072 0.269 5 M 0.366 0.017 0.020 0.067 0.088 0.444 6 G 0.068 0.005 0.003 0.010 0.060 0.855 7 L 0.050 0.009 0.006 0.045 0.100 0.791 8 Q 0.039 0.007 0.006 0.089 0.124 0.735 9 E 0.012 0.003 0.032 0.742 0.092 0.119 10 E 0.006 0.001 0.037 0.893 0.036 0.027 11 F 0.004 0.001 0.017 0.957 0.014 0.008 12 L 0.007 0.001 0.009 0.960 0.015 0.009 13 E 0.010 0.001 0.009 0.957 0.016 0.007 14 L 0.013 0.001 0.011 0.949 0.017 0.010 15 I 0.014 0.001 0.008 0.949 0.017 0.011 16 K 0.022 0.002 0.008 0.905 0.039 0.022 17 L 0.032 0.002 0.016 0.721 0.105 0.123 18 R 0.044 0.003 0.013 0.068 0.234 0.637 19 K 0.187 0.006 0.007 0.007 0.167 0.626 20 K 0.684 0.006 0.003 0.004 0.057 0.246 21 K 0.890 0.002 0.001 0.002 0.021 0.084 22 I 0.910 0.003 0.001 0.002 0.013 0.072 23 E 0.921 0.001 0.001 0.003 0.015 0.059 24 G 0.899 0.003 0.001 0.004 0.021 0.072 25 R 0.773 0.009 0.003 0.009 0.068 0.139 26 L 0.625 0.013 0.008 0.019 0.142 0.194 27 Y 0.293 0.009 0.017 0.035 0.322 0.324 28 D 0.085 0.008 0.026 0.059 0.599 0.224 29 E 0.018 0.004 0.164 0.173 0.569 0.071 30 K 0.041 0.011 0.289 0.156 0.387 0.115 31 R 0.049 0.016 0.418 0.146 0.305 0.064 32 R 0.118 0.018 0.160 0.206 0.254 0.243 33 Q 0.202 0.031 0.058 0.063 0.202 0.444 34 I 0.204 0.097 0.008 0.013 0.177 0.500 35 K 0.104 0.016 0.009 0.006 0.818 0.047 36 P 0.041 0.003 0.005 0.003 0.918 0.030 37 G 0.013 0.001 0.006 0.002 0.944 0.034 38 D 0.485 0.035 0.002 0.001 0.430 0.047 39 V 0.901 0.018 0.001 0.001 0.014 0.066 40 I 0.987 0.003 0.001 0.001 0.003 0.007 41 S 0.990 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 42 F 0.921 0.003 0.001 0.001 0.071 0.004 43 E 0.363 0.001 0.003 0.001 0.614 0.019 44 G 0.066 0.001 0.007 0.001 0.895 0.030 45 G 0.377 0.020 0.002 0.001 0.566 0.036 46 K 0.669 0.006 0.001 0.001 0.058 0.266 47 L 0.937 0.010 0.001 0.001 0.013 0.039 48 K 0.939 0.002 0.001 0.001 0.014 0.045 49 V 0.973 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 50 R 0.972 0.001 0.001 0.001 0.006 0.022 51 V 0.962 0.001 0.001 0.002 0.008 0.027 52 K 0.941 0.001 0.001 0.004 0.014 0.038 53 A 0.933 0.001 0.002 0.009 0.021 0.034 54 I 0.913 0.001 0.002 0.033 0.022 0.028 55 R 0.914 0.002 0.002 0.041 0.018 0.023 56 V 0.822 0.003 0.003 0.097 0.028 0.047 57 Y 0.558 0.004 0.010 0.165 0.093 0.170 58 N 0.324 0.007 0.013 0.210 0.173 0.273 59 S 0.097 0.009 0.012 0.539 0.103 0.239 60 F 0.013 0.001 0.008 0.940 0.017 0.021 61 R 0.007 0.001 0.009 0.964 0.011 0.009 62 E 0.006 0.001 0.008 0.970 0.010 0.006 63 M 0.004 0.001 0.009 0.966 0.012 0.008 64 L 0.004 0.001 0.015 0.939 0.024 0.018 65 E 0.006 0.001 0.024 0.892 0.040 0.038 66 K 0.009 0.002 0.013 0.878 0.049 0.048 67 E 0.014 0.008 0.017 0.671 0.118 0.172 68 G 0.017 0.010 0.049 0.141 0.263 0.519 69 L 0.006 0.002 0.613 0.121 0.179 0.079 70 E 0.018 0.002 0.679 0.118 0.127 0.057 71 N 0.049 0.007 0.569 0.139 0.157 0.079 72 V 0.099 0.094 0.046 0.070 0.209 0.482 73 L 0.036 0.039 0.007 0.030 0.848 0.041 74 P 0.006 0.004 0.006 0.016 0.934 0.033 75 G 0.002 0.001 0.005 0.013 0.929 0.049 76 V 0.042 0.067 0.011 0.036 0.765 0.079 77 K 0.062 0.045 0.011 0.191 0.179 0.512 78 S 0.067 0.062 0.006 0.343 0.104 0.418 79 I 0.004 0.001 0.003 0.974 0.006 0.013 80 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 81 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 82 G 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 83 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 84 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 85 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 86 Y 0.002 0.001 0.002 0.990 0.005 0.002 87 R 0.003 0.001 0.006 0.982 0.007 0.002 88 R 0.003 0.001 0.006 0.979 0.008 0.004 89 F 0.007 0.002 0.008 0.904 0.027 0.051 90 Y 0.010 0.012 0.005 0.588 0.066 0.319 91 D 0.008 0.005 0.002 0.160 0.123 0.701 92 E 0.001 0.001 0.011 0.945 0.030 0.013 93 E 0.007 0.001 0.029 0.865 0.079 0.019 94 K 0.019 0.005 0.064 0.793 0.105 0.013 95 E 0.052 0.006 0.057 0.767 0.083 0.034 96 K 0.060 0.006 0.084 0.711 0.105 0.034 97 K 0.086 0.007 0.061 0.575 0.173 0.099 98 Y 0.090 0.004 0.026 0.256 0.277 0.346 99 G 0.207 0.006 0.003 0.005 0.152 0.626 100 V 0.800 0.005 0.001 0.001 0.031 0.161 101 V 0.959 0.002 0.001 0.001 0.008 0.031 102 A 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 103 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 104 E 0.975 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 105 I 0.907 0.002 0.001 0.001 0.012 0.078 106 E 0.686 0.003 0.002 0.001 0.060 0.249 107 P 0.470 0.007 0.004 0.003 0.135 0.382 108 L 0.248 0.020 0.016 0.006 0.233 0.478 109 E 0.230 0.034 0.015 0.014 0.246 0.461 110 Y 0.118 0.012 0.016 0.015 0.268 0.571