# TARGET T0214 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0214.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.63776 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.020 0.028 0.526 0.006 0.006 0.128 0.006 0.002 0.016 0.055 0.016 0.139 0.051 2 E 0.041 0.039 0.310 0.005 0.010 0.181 0.017 0.006 0.032 0.021 0.013 0.033 0.292 3 W 0.064 0.009 0.222 0.033 0.038 0.338 0.014 0.004 0.020 0.047 0.032 0.129 0.050 4 E 0.047 0.005 0.168 0.010 0.054 0.411 0.015 0.006 0.026 0.043 0.082 0.030 0.103 5 M 0.017 0.007 0.119 0.007 0.036 0.323 0.010 0.006 0.016 0.086 0.278 0.062 0.034 6 G 0.017 0.017 0.225 0.003 0.020 0.225 0.005 0.002 0.011 0.065 0.329 0.038 0.043 7 L 0.009 0.020 0.401 0.003 0.026 0.293 0.002 0.001 0.007 0.091 0.084 0.016 0.049 8 Q 0.003 0.004 0.181 0.002 0.020 0.651 0.001 0.001 0.004 0.056 0.058 0.010 0.010 9 E 0.001 0.001 0.042 0.001 0.021 0.867 0.001 0.001 0.001 0.035 0.030 0.001 0.002 10 E 0.001 0.002 0.015 0.001 0.010 0.948 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.001 0.001 11 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 12 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 13 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 14 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 15 I 0.001 0.001 0.012 0.001 0.004 0.962 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.001 0.003 16 K 0.001 0.002 0.008 0.001 0.007 0.872 0.001 0.001 0.001 0.003 0.096 0.005 0.002 17 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.194 0.001 0.001 0.001 0.007 0.789 0.001 0.001 18 R 0.001 0.001 0.040 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.045 0.900 0.001 0.001 19 K 0.001 0.005 0.792 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 0.109 0.030 0.007 0.034 20 K 0.005 0.015 0.398 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.235 0.054 0.002 0.196 0.083 21 K 0.058 0.010 0.095 0.017 0.001 0.001 0.091 0.018 0.323 0.009 0.001 0.041 0.336 22 I 0.126 0.006 0.056 0.026 0.001 0.001 0.180 0.028 0.189 0.006 0.002 0.307 0.072 23 E 0.197 0.003 0.059 0.026 0.001 0.002 0.202 0.051 0.164 0.009 0.004 0.038 0.245 24 G 0.230 0.002 0.099 0.012 0.001 0.002 0.108 0.025 0.084 0.018 0.006 0.332 0.082 25 R 0.151 0.009 0.198 0.006 0.003 0.005 0.040 0.009 0.091 0.049 0.020 0.075 0.343 26 L 0.062 0.018 0.405 0.013 0.019 0.020 0.013 0.003 0.024 0.092 0.069 0.123 0.139 27 Y 0.045 0.028 0.332 0.015 0.021 0.034 0.006 0.002 0.011 0.141 0.159 0.075 0.130 28 D 0.007 0.011 0.441 0.006 0.032 0.067 0.001 0.001 0.003 0.211 0.126 0.019 0.075 29 E 0.003 0.008 0.116 0.004 0.124 0.352 0.001 0.001 0.001 0.126 0.234 0.021 0.012 30 K 0.008 0.009 0.101 0.002 0.146 0.407 0.002 0.001 0.002 0.042 0.219 0.016 0.047 31 R 0.015 0.029 0.121 0.008 0.163 0.429 0.001 0.001 0.001 0.066 0.101 0.010 0.054 32 R 0.007 0.018 0.226 0.007 0.075 0.347 0.002 0.001 0.006 0.075 0.130 0.081 0.026 33 Q 0.003 0.050 0.255 0.004 0.046 0.190 0.002 0.002 0.012 0.114 0.222 0.005 0.096 34 I 0.001 0.039 0.614 0.012 0.003 0.019 0.001 0.001 0.004 0.259 0.014 0.026 0.008 35 K 0.001 0.007 0.862 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.004 0.005 0.005 36 P 0.001 0.002 0.031 0.002 0.031 0.005 0.001 0.001 0.001 0.046 0.881 0.001 0.001 37 G 0.001 0.001 0.022 0.003 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.928 0.003 0.001 38 D 0.012 0.005 0.759 0.010 0.016 0.001 0.001 0.001 0.004 0.098 0.020 0.015 0.059 39 V 0.333 0.030 0.097 0.011 0.003 0.001 0.043 0.008 0.049 0.010 0.004 0.117 0.293 40 I 0.491 0.011 0.015 0.008 0.002 0.001 0.089 0.021 0.028 0.005 0.005 0.236 0.088 41 S 0.437 0.006 0.041 0.005 0.004 0.002 0.080 0.027 0.064 0.007 0.020 0.068 0.239 42 F 0.202 0.008 0.104 0.018 0.006 0.003 0.054 0.010 0.054 0.029 0.048 0.243 0.221 43 E 0.029 0.005 0.092 0.015 0.010 0.003 0.004 0.001 0.014 0.099 0.536 0.119 0.074 44 G 0.005 0.001 0.048 0.023 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.757 0.008 0.034 45 G 0.036 0.006 0.180 0.019 0.010 0.001 0.004 0.001 0.003 0.210 0.196 0.239 0.095 46 K 0.100 0.018 0.150 0.010 0.003 0.001 0.018 0.001 0.007 0.051 0.015 0.083 0.543 47 L 0.118 0.005 0.102 0.021 0.001 0.001 0.028 0.001 0.008 0.021 0.002 0.493 0.200 48 K 0.102 0.004 0.076 0.078 0.001 0.001 0.047 0.001 0.011 0.006 0.001 0.066 0.607 49 V 0.134 0.002 0.076 0.012 0.001 0.001 0.057 0.001 0.022 0.008 0.001 0.487 0.200 50 R 0.155 0.003 0.087 0.017 0.001 0.001 0.074 0.002 0.052 0.005 0.001 0.298 0.305 51 V 0.074 0.004 0.079 0.010 0.002 0.002 0.049 0.002 0.037 0.002 0.001 0.041 0.699 52 K 0.032 0.001 0.056 0.759 0.004 0.002 0.018 0.001 0.019 0.011 0.006 0.064 0.027 53 A 0.071 0.004 0.129 0.025 0.021 0.010 0.043 0.008 0.141 0.081 0.019 0.202 0.248 54 I 0.042 0.012 0.138 0.009 0.015 0.026 0.051 0.016 0.191 0.024 0.006 0.025 0.444 55 R 0.024 0.007 0.129 0.023 0.006 0.021 0.023 0.007 0.239 0.025 0.006 0.471 0.019 56 V 0.019 0.009 0.157 0.002 0.008 0.027 0.015 0.011 0.157 0.019 0.010 0.013 0.553 57 Y 0.012 0.011 0.402 0.035 0.046 0.091 0.007 0.006 0.097 0.055 0.074 0.113 0.053 58 N 0.004 0.017 0.281 0.003 0.076 0.101 0.001 0.001 0.027 0.268 0.145 0.035 0.041 59 S 0.001 0.014 0.293 0.001 0.048 0.277 0.001 0.001 0.009 0.202 0.131 0.003 0.022 60 F 0.001 0.001 0.013 0.001 0.018 0.942 0.001 0.001 0.001 0.007 0.018 0.001 0.001 61 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 62 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 64 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 65 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.919 0.001 0.001 0.001 0.003 0.064 0.001 0.001 66 K 0.001 0.001 0.015 0.001 0.013 0.869 0.001 0.001 0.001 0.006 0.096 0.001 0.001 67 E 0.001 0.002 0.036 0.001 0.021 0.633 0.001 0.001 0.001 0.034 0.273 0.001 0.001 68 G 0.001 0.006 0.185 0.001 0.038 0.233 0.001 0.001 0.001 0.044 0.491 0.001 0.001 69 L 0.001 0.016 0.349 0.001 0.144 0.332 0.001 0.001 0.005 0.052 0.076 0.003 0.021 70 E 0.002 0.010 0.132 0.013 0.262 0.273 0.001 0.001 0.013 0.105 0.152 0.023 0.013 71 N 0.003 0.010 0.073 0.003 0.292 0.273 0.002 0.009 0.023 0.069 0.203 0.013 0.027 72 V 0.004 0.053 0.184 0.006 0.093 0.307 0.004 0.023 0.069 0.128 0.091 0.007 0.032 73 L 0.001 0.026 0.629 0.006 0.014 0.056 0.001 0.001 0.024 0.179 0.027 0.031 0.005 74 P 0.001 0.004 0.120 0.002 0.013 0.022 0.001 0.001 0.003 0.050 0.782 0.001 0.004 75 G 0.001 0.003 0.064 0.001 0.008 0.005 0.001 0.001 0.002 0.076 0.840 0.001 0.001 76 V 0.001 0.021 0.600 0.001 0.012 0.017 0.001 0.001 0.010 0.281 0.043 0.007 0.008 77 K 0.001 0.037 0.581 0.001 0.008 0.087 0.001 0.001 0.022 0.180 0.051 0.014 0.016 78 S 0.001 0.073 0.431 0.001 0.016 0.304 0.001 0.003 0.019 0.070 0.038 0.008 0.036 79 I 0.001 0.003 0.025 0.001 0.020 0.926 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.001 0.002 80 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.007 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 81 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 82 G 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.002 83 I 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 84 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 85 V 0.002 0.001 0.003 0.001 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.002 86 Y 0.001 0.001 0.018 0.001 0.006 0.947 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.001 0.002 87 R 0.003 0.002 0.016 0.001 0.015 0.898 0.001 0.001 0.003 0.014 0.037 0.004 0.005 88 R 0.003 0.001 0.021 0.002 0.031 0.756 0.001 0.001 0.002 0.023 0.150 0.003 0.007 89 F 0.007 0.004 0.086 0.001 0.033 0.660 0.002 0.002 0.006 0.033 0.139 0.010 0.015 90 Y 0.008 0.061 0.300 0.002 0.007 0.272 0.003 0.002 0.011 0.211 0.068 0.017 0.039 91 D 0.001 0.011 0.786 0.001 0.002 0.066 0.001 0.001 0.002 0.099 0.011 0.008 0.013 92 E 0.001 0.001 0.022 0.001 0.037 0.762 0.001 0.001 0.001 0.024 0.152 0.001 0.001 93 E 0.001 0.002 0.026 0.001 0.094 0.635 0.001 0.001 0.001 0.021 0.213 0.001 0.005 94 K 0.003 0.009 0.048 0.003 0.159 0.610 0.001 0.001 0.001 0.039 0.107 0.011 0.009 95 E 0.005 0.009 0.098 0.003 0.087 0.580 0.001 0.001 0.002 0.043 0.133 0.006 0.031 96 K 0.017 0.023 0.114 0.026 0.084 0.388 0.002 0.001 0.003 0.093 0.193 0.027 0.031 97 K 0.035 0.022 0.186 0.018 0.051 0.204 0.003 0.001 0.004 0.115 0.191 0.063 0.105 98 Y 0.064 0.009 0.216 0.113 0.016 0.036 0.007 0.001 0.004 0.175 0.191 0.044 0.123 99 G 0.173 0.008 0.170 0.034 0.010 0.011 0.027 0.003 0.030 0.079 0.090 0.261 0.103 100 V 0.309 0.005 0.087 0.005 0.003 0.003 0.073 0.015 0.044 0.017 0.004 0.053 0.382 101 V 0.439 0.002 0.011 0.028 0.001 0.001 0.092 0.018 0.025 0.007 0.001 0.343 0.033 102 A 0.452 0.001 0.025 0.014 0.002 0.002 0.124 0.027 0.044 0.003 0.002 0.038 0.266 103 I 0.473 0.001 0.037 0.102 0.001 0.001 0.159 0.031 0.039 0.004 0.004 0.076 0.071 104 E 0.340 0.002 0.068 0.010 0.001 0.001 0.140 0.021 0.086 0.007 0.003 0.198 0.121 105 I 0.152 0.005 0.096 0.006 0.001 0.001 0.061 0.008 0.062 0.009 0.001 0.018 0.582 106 E 0.019 0.003 0.163 0.042 0.003 0.002 0.006 0.002 0.045 0.029 0.003 0.671 0.015 107 P 0.006 0.011 0.244 0.006 0.008 0.004 0.004 0.001 0.054 0.026 0.013 0.007 0.615 108 L 0.006 0.026 0.525 0.049 0.047 0.009 0.005 0.002 0.022 0.063 0.111 0.089 0.046 109 E 0.007 0.016 0.515 0.008 0.023 0.007 0.003 0.001 0.010 0.219 0.081 0.054 0.056 110 Y 0.001 0.007 0.730 0.002 0.013 0.006 0.001 0.001 0.002 0.178 0.029 0.008 0.024