# TARGET T0214 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0214.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.63776 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.250 0.077 0.066 0.104 0.073 0.073 0.088 0.077 0.081 0.062 0.047 2 E 0.130 0.162 0.104 0.212 0.151 0.093 0.075 0.036 0.021 0.010 0.005 3 W 0.049 0.040 0.044 0.085 0.098 0.128 0.173 0.151 0.121 0.073 0.038 4 E 0.062 0.082 0.066 0.203 0.189 0.147 0.132 0.062 0.034 0.017 0.007 5 M 0.019 0.014 0.029 0.033 0.036 0.050 0.129 0.146 0.210 0.189 0.145 6 G 0.105 0.160 0.116 0.249 0.169 0.091 0.065 0.023 0.013 0.006 0.003 7 L 0.004 0.007 0.005 0.009 0.013 0.024 0.073 0.121 0.217 0.267 0.261 8 Q 0.052 0.218 0.132 0.239 0.175 0.098 0.058 0.016 0.007 0.002 0.001 9 E 0.292 0.224 0.135 0.190 0.091 0.036 0.023 0.006 0.002 0.001 0.001 10 E 0.659 0.132 0.077 0.083 0.026 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 11 F 0.007 0.011 0.030 0.074 0.090 0.150 0.275 0.152 0.120 0.066 0.025 12 L 0.002 0.003 0.018 0.017 0.030 0.083 0.247 0.216 0.195 0.118 0.071 13 E 0.006 0.027 0.430 0.318 0.131 0.054 0.021 0.007 0.003 0.002 0.001 14 L 0.004 0.017 0.067 0.073 0.122 0.186 0.279 0.134 0.070 0.037 0.012 15 I 0.003 0.005 0.038 0.026 0.021 0.028 0.091 0.127 0.221 0.239 0.202 16 K 0.029 0.063 0.256 0.187 0.190 0.128 0.109 0.025 0.009 0.003 0.001 17 L 0.040 0.110 0.417 0.243 0.102 0.045 0.026 0.010 0.005 0.002 0.001 18 R 0.350 0.133 0.100 0.104 0.089 0.075 0.084 0.034 0.018 0.008 0.004 19 K 0.178 0.215 0.115 0.248 0.131 0.059 0.037 0.010 0.005 0.002 0.001 20 K 0.011 0.013 0.017 0.024 0.040 0.069 0.177 0.193 0.211 0.154 0.090 21 K 0.045 0.151 0.128 0.385 0.179 0.071 0.028 0.008 0.004 0.002 0.001 22 I 0.032 0.022 0.021 0.031 0.040 0.059 0.162 0.182 0.202 0.160 0.087 23 E 0.063 0.093 0.128 0.215 0.146 0.113 0.111 0.056 0.043 0.020 0.012 24 G 0.043 0.047 0.047 0.070 0.058 0.071 0.169 0.150 0.154 0.125 0.065 25 R 0.055 0.087 0.075 0.197 0.156 0.123 0.114 0.074 0.058 0.039 0.022 26 L 0.043 0.053 0.053 0.075 0.083 0.089 0.140 0.129 0.150 0.114 0.071 27 Y 0.044 0.079 0.056 0.132 0.154 0.150 0.170 0.095 0.065 0.037 0.018 28 D 0.089 0.124 0.099 0.169 0.132 0.098 0.120 0.068 0.055 0.031 0.014 29 E 0.487 0.145 0.106 0.135 0.067 0.033 0.017 0.006 0.003 0.002 0.001 30 K 0.131 0.108 0.136 0.199 0.129 0.102 0.098 0.044 0.029 0.015 0.008 31 R 0.020 0.025 0.057 0.098 0.124 0.154 0.218 0.135 0.097 0.048 0.024 32 R 0.056 0.072 0.210 0.218 0.162 0.122 0.096 0.037 0.016 0.008 0.004 33 Q 0.052 0.154 0.256 0.226 0.146 0.087 0.054 0.014 0.007 0.003 0.001 34 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.013 0.061 0.107 0.212 0.242 0.355 35 K 0.343 0.350 0.159 0.109 0.028 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 36 P 0.276 0.128 0.060 0.211 0.143 0.093 0.065 0.015 0.006 0.002 0.001 37 G 0.361 0.140 0.055 0.142 0.086 0.060 0.053 0.038 0.029 0.019 0.016 38 D 0.004 0.046 0.027 0.143 0.186 0.252 0.209 0.071 0.037 0.017 0.009 39 V 0.011 0.049 0.052 0.243 0.251 0.198 0.112 0.047 0.021 0.010 0.004 40 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.037 0.091 0.232 0.319 0.310 41 S 0.002 0.049 0.068 0.416 0.295 0.096 0.053 0.014 0.005 0.001 0.001 42 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.046 0.101 0.228 0.278 0.327 43 E 0.137 0.186 0.122 0.342 0.150 0.049 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 44 G 0.649 0.205 0.036 0.078 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 45 G 0.066 0.037 0.015 0.083 0.085 0.091 0.159 0.141 0.140 0.103 0.080 46 K 0.084 0.372 0.101 0.265 0.114 0.047 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 47 L 0.005 0.006 0.003 0.013 0.018 0.031 0.090 0.152 0.237 0.241 0.204 48 K 0.083 0.173 0.086 0.355 0.189 0.079 0.026 0.005 0.002 0.001 0.001 49 V 0.008 0.011 0.008 0.029 0.046 0.083 0.188 0.188 0.221 0.135 0.085 50 R 0.056 0.185 0.100 0.394 0.173 0.059 0.023 0.005 0.002 0.001 0.001 51 V 0.002 0.001 0.001 0.004 0.007 0.014 0.069 0.138 0.247 0.257 0.260 52 K 0.030 0.102 0.131 0.405 0.215 0.075 0.031 0.007 0.003 0.001 0.001 53 A 0.073 0.217 0.096 0.284 0.158 0.092 0.058 0.013 0.006 0.002 0.001 54 I 0.003 0.004 0.010 0.021 0.027 0.044 0.119 0.160 0.240 0.205 0.167 55 R 0.091 0.158 0.147 0.265 0.187 0.086 0.047 0.012 0.004 0.002 0.001 56 V 0.025 0.184 0.143 0.245 0.145 0.096 0.089 0.039 0.022 0.010 0.004 57 Y 0.003 0.010 0.015 0.041 0.074 0.126 0.247 0.168 0.161 0.096 0.059 58 N 0.452 0.195 0.136 0.139 0.049 0.016 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 59 S 0.007 0.055 0.052 0.155 0.160 0.155 0.197 0.108 0.065 0.033 0.012 60 F 0.001 0.003 0.006 0.010 0.018 0.049 0.158 0.187 0.239 0.181 0.148 61 R 0.031 0.039 0.090 0.279 0.246 0.175 0.103 0.024 0.009 0.003 0.001 62 E 0.016 0.065 0.420 0.263 0.133 0.062 0.031 0.007 0.002 0.001 0.001 63 M 0.001 0.002 0.013 0.015 0.019 0.037 0.140 0.174 0.232 0.209 0.158 64 L 0.001 0.001 0.006 0.008 0.017 0.041 0.189 0.213 0.232 0.191 0.102 65 E 0.002 0.017 0.588 0.230 0.111 0.037 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 66 K 0.009 0.034 0.252 0.189 0.184 0.182 0.113 0.023 0.009 0.003 0.001 67 E 0.009 0.008 0.008 0.017 0.029 0.071 0.243 0.218 0.195 0.131 0.070 68 G 0.168 0.210 0.118 0.151 0.097 0.082 0.090 0.037 0.024 0.014 0.010 69 L 0.014 0.033 0.124 0.104 0.130 0.130 0.175 0.109 0.087 0.057 0.037 70 E 0.221 0.186 0.217 0.191 0.097 0.048 0.028 0.007 0.003 0.001 0.001 71 N 0.126 0.161 0.094 0.189 0.158 0.123 0.095 0.030 0.015 0.006 0.003 72 V 0.003 0.004 0.003 0.011 0.019 0.040 0.103 0.149 0.207 0.233 0.228 73 L 0.051 0.098 0.057 0.128 0.145 0.147 0.167 0.084 0.064 0.034 0.024 74 P 0.103 0.074 0.050 0.089 0.092 0.093 0.162 0.114 0.104 0.074 0.044 75 G 0.340 0.192 0.060 0.153 0.097 0.063 0.050 0.021 0.012 0.007 0.004 76 V 0.177 0.106 0.045 0.128 0.110 0.106 0.131 0.075 0.059 0.036 0.025 77 K 0.491 0.219 0.079 0.118 0.051 0.023 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 78 S 0.025 0.152 0.036 0.109 0.114 0.145 0.171 0.105 0.074 0.045 0.025 79 I 0.008 0.009 0.006 0.029 0.064 0.116 0.227 0.200 0.168 0.106 0.068 80 E 0.211 0.085 0.066 0.151 0.160 0.152 0.113 0.031 0.019 0.008 0.004 81 E 0.011 0.048 0.153 0.382 0.210 0.100 0.064 0.021 0.008 0.003 0.001 82 G 0.004 0.005 0.015 0.016 0.014 0.021 0.071 0.132 0.214 0.272 0.237 83 I 0.001 0.002 0.019 0.022 0.035 0.062 0.197 0.186 0.202 0.166 0.108 84 Q 0.006 0.028 0.534 0.267 0.106 0.038 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 85 V 0.002 0.010 0.047 0.070 0.122 0.233 0.335 0.101 0.045 0.023 0.010 86 Y 0.003 0.005 0.015 0.018 0.020 0.033 0.162 0.199 0.255 0.182 0.108 87 R 0.009 0.018 0.036 0.108 0.152 0.187 0.264 0.116 0.064 0.034 0.012 88 R 0.065 0.123 0.422 0.216 0.103 0.041 0.020 0.005 0.003 0.001 0.001 89 F 0.005 0.009 0.021 0.032 0.058 0.103 0.287 0.201 0.159 0.092 0.033 90 Y 0.003 0.009 0.010 0.024 0.049 0.086 0.221 0.204 0.174 0.137 0.083 91 D 0.026 0.505 0.135 0.167 0.084 0.038 0.025 0.010 0.006 0.003 0.001 92 E 0.461 0.104 0.081 0.184 0.108 0.043 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 93 E 0.919 0.050 0.012 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 K 0.014 0.033 0.036 0.152 0.131 0.212 0.266 0.094 0.045 0.014 0.006 95 E 0.016 0.011 0.021 0.030 0.038 0.079 0.174 0.188 0.184 0.156 0.104 96 K 0.017 0.059 0.591 0.171 0.084 0.049 0.022 0.005 0.002 0.001 0.001 97 K 0.018 0.061 0.423 0.239 0.136 0.070 0.035 0.010 0.005 0.002 0.001 98 Y 0.002 0.004 0.005 0.024 0.054 0.108 0.252 0.211 0.175 0.119 0.046 99 G 0.015 0.022 0.021 0.078 0.121 0.191 0.271 0.142 0.082 0.039 0.019 100 V 0.001 0.003 0.010 0.019 0.029 0.058 0.132 0.175 0.219 0.209 0.144 101 V 0.001 0.002 0.003 0.011 0.015 0.025 0.115 0.212 0.241 0.225 0.150 102 A 0.002 0.004 0.005 0.013 0.017 0.032 0.109 0.167 0.229 0.212 0.210 103 I 0.001 0.002 0.003 0.008 0.010 0.020 0.072 0.123 0.238 0.292 0.229 104 E 0.009 0.050 0.031 0.209 0.245 0.152 0.156 0.081 0.045 0.016 0.006 105 I 0.003 0.005 0.006 0.014 0.017 0.027 0.092 0.148 0.243 0.251 0.194 106 E 0.209 0.237 0.137 0.255 0.108 0.034 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 107 P 0.093 0.136 0.044 0.179 0.154 0.137 0.140 0.062 0.035 0.015 0.005 108 L 0.056 0.026 0.012 0.037 0.042 0.056 0.108 0.131 0.188 0.184 0.158 109 E 0.258 0.256 0.074 0.168 0.103 0.062 0.045 0.016 0.011 0.004 0.002 110 Y 0.352 0.192 0.053 0.125 0.085 0.061 0.052 0.035 0.023 0.015 0.007