# TARGET T0214 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0214.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.63776 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.019 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.971 2 E 0.310 0.052 0.005 0.017 0.009 0.006 0.601 3 W 0.496 0.014 0.027 0.047 0.063 0.022 0.332 4 E 0.508 0.010 0.058 0.049 0.056 0.056 0.263 5 M 0.355 0.016 0.053 0.066 0.076 0.117 0.317 6 G 0.262 0.026 0.042 0.043 0.126 0.178 0.322 7 L 0.149 0.029 0.022 0.049 0.059 0.071 0.621 8 Q 0.113 0.018 0.021 0.095 0.102 0.043 0.608 9 E 0.023 0.004 0.064 0.704 0.112 0.033 0.060 10 E 0.013 0.002 0.064 0.816 0.014 0.058 0.033 11 F 0.010 0.001 0.040 0.882 0.006 0.041 0.019 12 L 0.014 0.003 0.016 0.933 0.007 0.012 0.015 13 E 0.016 0.001 0.007 0.960 0.004 0.005 0.007 14 L 0.023 0.001 0.007 0.957 0.003 0.008 0.003 15 I 0.058 0.003 0.006 0.905 0.004 0.019 0.005 16 K 0.069 0.002 0.010 0.839 0.009 0.055 0.017 17 L 0.024 0.002 0.020 0.227 0.030 0.680 0.017 18 R 0.008 0.001 0.005 0.011 0.027 0.908 0.040 19 K 0.054 0.005 0.010 0.006 0.230 0.146 0.550 20 K 0.507 0.009 0.004 0.003 0.099 0.014 0.365 21 K 0.893 0.007 0.001 0.002 0.009 0.002 0.086 22 I 0.967 0.003 0.001 0.003 0.003 0.001 0.022 23 E 0.936 0.002 0.001 0.008 0.006 0.004 0.044 24 G 0.896 0.001 0.001 0.008 0.012 0.006 0.075 25 R 0.885 0.006 0.002 0.013 0.025 0.009 0.058 26 L 0.683 0.011 0.007 0.031 0.056 0.028 0.183 27 Y 0.359 0.015 0.011 0.064 0.107 0.045 0.400 28 D 0.130 0.011 0.032 0.272 0.229 0.037 0.289 29 E 0.028 0.002 0.131 0.624 0.037 0.145 0.035 30 K 0.032 0.006 0.215 0.500 0.021 0.192 0.034 31 R 0.050 0.021 0.353 0.371 0.024 0.115 0.066 32 R 0.077 0.007 0.173 0.291 0.112 0.243 0.097 33 Q 0.214 0.028 0.069 0.143 0.079 0.290 0.177 34 I 0.121 0.117 0.003 0.013 0.170 0.014 0.562 35 K 0.045 0.005 0.001 0.002 0.032 0.010 0.906 36 P 0.008 0.003 0.026 0.002 0.069 0.867 0.025 37 G 0.027 0.001 0.036 0.001 0.134 0.744 0.057 38 D 0.175 0.004 0.029 0.001 0.227 0.024 0.541 39 V 0.916 0.007 0.001 0.001 0.007 0.001 0.067 40 I 0.987 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 41 S 0.988 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 42 F 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.045 43 E 0.413 0.005 0.007 0.001 0.040 0.444 0.089 44 G 0.025 0.001 0.003 0.001 0.078 0.880 0.014 45 G 0.144 0.001 0.005 0.001 0.394 0.267 0.189 46 K 0.835 0.026 0.002 0.001 0.027 0.020 0.090 47 L 0.938 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.046 48 K 0.930 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.066 49 V 0.956 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.039 50 R 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 51 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 52 K 0.957 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.029 53 A 0.953 0.001 0.001 0.007 0.009 0.004 0.025 54 I 0.895 0.003 0.002 0.018 0.010 0.005 0.067 55 R 0.861 0.004 0.003 0.029 0.028 0.007 0.067 56 V 0.731 0.012 0.005 0.081 0.037 0.020 0.114 57 Y 0.396 0.010 0.007 0.263 0.068 0.083 0.173 58 N 0.141 0.004 0.010 0.345 0.212 0.158 0.129 59 S 0.096 0.039 0.011 0.342 0.136 0.059 0.317 60 F 0.008 0.002 0.012 0.927 0.006 0.011 0.035 61 R 0.001 0.001 0.008 0.986 0.001 0.003 0.002 62 E 0.001 0.001 0.005 0.991 0.001 0.002 0.001 63 M 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.002 0.001 64 L 0.001 0.001 0.005 0.985 0.001 0.007 0.001 65 E 0.001 0.001 0.004 0.955 0.001 0.037 0.001 66 K 0.001 0.001 0.004 0.894 0.006 0.088 0.006 67 E 0.003 0.004 0.006 0.607 0.025 0.299 0.057 68 G 0.006 0.005 0.013 0.117 0.053 0.530 0.276 69 L 0.036 0.011 0.136 0.140 0.084 0.086 0.506 70 E 0.126 0.011 0.207 0.173 0.191 0.064 0.229 71 N 0.229 0.028 0.152 0.177 0.113 0.093 0.208 72 V 0.280 0.120 0.017 0.072 0.199 0.029 0.282 73 L 0.112 0.039 0.004 0.009 0.076 0.019 0.742 74 P 0.012 0.005 0.010 0.008 0.077 0.808 0.081 75 G 0.007 0.004 0.012 0.008 0.145 0.724 0.099 76 V 0.028 0.012 0.010 0.032 0.455 0.044 0.419 77 K 0.043 0.063 0.007 0.072 0.188 0.052 0.575 78 S 0.061 0.102 0.013 0.223 0.155 0.031 0.416 79 I 0.003 0.001 0.009 0.961 0.003 0.010 0.013 80 E 0.001 0.001 0.005 0.989 0.001 0.003 0.002 81 E 0.001 0.001 0.006 0.989 0.001 0.002 0.002 82 G 0.002 0.001 0.006 0.984 0.001 0.006 0.002 83 I 0.005 0.001 0.004 0.978 0.002 0.009 0.002 84 Q 0.010 0.001 0.004 0.968 0.002 0.014 0.002 85 V 0.015 0.001 0.005 0.951 0.002 0.021 0.005 86 Y 0.019 0.004 0.015 0.902 0.004 0.043 0.013 87 R 0.018 0.004 0.065 0.826 0.020 0.047 0.020 88 R 0.029 0.002 0.069 0.734 0.023 0.119 0.024 89 F 0.027 0.008 0.028 0.520 0.060 0.196 0.161 90 Y 0.026 0.031 0.002 0.117 0.285 0.046 0.494 91 D 0.008 0.007 0.001 0.007 0.116 0.002 0.859 92 E 0.001 0.001 0.034 0.904 0.005 0.053 0.004 93 E 0.001 0.001 0.063 0.881 0.003 0.050 0.002 94 K 0.004 0.001 0.124 0.831 0.004 0.023 0.012 95 E 0.033 0.011 0.063 0.806 0.013 0.039 0.034 96 K 0.032 0.005 0.075 0.631 0.021 0.188 0.047 97 K 0.133 0.007 0.091 0.208 0.111 0.298 0.153 98 Y 0.136 0.002 0.021 0.027 0.319 0.266 0.229 99 G 0.438 0.003 0.005 0.001 0.250 0.216 0.087 100 V 0.921 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.067 101 V 0.977 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.015 102 A 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 103 I 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 104 E 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 105 I 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 106 E 0.940 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.053 107 P 0.897 0.002 0.001 0.001 0.009 0.005 0.085 108 L 0.515 0.008 0.005 0.003 0.113 0.040 0.315 109 E 0.238 0.009 0.005 0.004 0.092 0.045 0.606 110 Y 0.020 0.002 0.004 0.002 0.060 0.018 0.895