# TARGET T0214 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0214.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.63776 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.106 0.323 0.303 0.078 0.090 0.036 0.028 0.008 0.024 0.004 0.001 2 E 0.118 0.463 0.306 0.024 0.031 0.033 0.006 0.001 0.015 0.002 0.001 3 W 0.102 0.602 0.142 0.022 0.079 0.019 0.005 0.001 0.025 0.002 0.001 4 E 0.167 0.403 0.306 0.032 0.016 0.052 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 5 M 0.182 0.260 0.232 0.142 0.067 0.033 0.039 0.005 0.036 0.004 0.001 6 G 0.106 0.077 0.117 0.038 0.163 0.016 0.140 0.170 0.014 0.158 0.001 7 L 0.357 0.179 0.288 0.084 0.027 0.036 0.005 0.002 0.016 0.006 0.001 8 Q 0.458 0.078 0.277 0.074 0.017 0.057 0.014 0.003 0.014 0.007 0.001 9 E 0.902 0.013 0.035 0.018 0.006 0.008 0.008 0.005 0.003 0.002 0.001 10 E 0.961 0.005 0.015 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 F 0.976 0.002 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.986 0.003 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 E 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 I 0.946 0.005 0.002 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 K 0.952 0.008 0.022 0.009 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.681 0.007 0.041 0.256 0.003 0.004 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 18 R 0.358 0.027 0.131 0.099 0.038 0.008 0.227 0.077 0.009 0.027 0.001 19 K 0.383 0.087 0.216 0.195 0.024 0.050 0.025 0.003 0.011 0.002 0.003 20 K 0.035 0.431 0.293 0.071 0.074 0.047 0.020 0.004 0.024 0.002 0.001 21 K 0.054 0.627 0.161 0.033 0.059 0.038 0.006 0.001 0.021 0.001 0.001 22 I 0.024 0.731 0.115 0.011 0.064 0.027 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 23 E 0.075 0.550 0.163 0.064 0.038 0.058 0.005 0.001 0.046 0.001 0.001 24 G 0.102 0.208 0.150 0.030 0.398 0.011 0.012 0.018 0.012 0.058 0.001 25 R 0.102 0.386 0.233 0.018 0.137 0.038 0.015 0.004 0.059 0.004 0.003 26 L 0.232 0.122 0.499 0.048 0.006 0.069 0.004 0.001 0.011 0.002 0.006 27 Y 0.162 0.270 0.239 0.083 0.071 0.083 0.027 0.007 0.048 0.009 0.001 28 D 0.349 0.118 0.245 0.065 0.049 0.087 0.041 0.006 0.033 0.006 0.001 29 E 0.865 0.012 0.035 0.048 0.008 0.006 0.013 0.007 0.003 0.003 0.001 30 K 0.888 0.010 0.014 0.078 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 31 R 0.766 0.028 0.057 0.119 0.004 0.010 0.009 0.001 0.005 0.001 0.001 32 R 0.665 0.063 0.099 0.126 0.013 0.008 0.013 0.003 0.008 0.001 0.001 33 Q 0.472 0.037 0.107 0.256 0.004 0.039 0.068 0.003 0.012 0.001 0.001 34 I 0.057 0.214 0.637 0.024 0.013 0.036 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 35 K 0.013 0.278 0.595 0.001 0.017 0.011 0.004 0.001 0.081 0.001 0.001 36 P 0.046 0.001 0.927 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 37 G 0.012 0.001 0.007 0.005 0.007 0.001 0.003 0.909 0.001 0.055 0.001 38 D 0.011 0.033 0.749 0.043 0.008 0.133 0.009 0.001 0.010 0.001 0.003 39 V 0.002 0.823 0.130 0.004 0.031 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 40 I 0.001 0.900 0.056 0.002 0.020 0.008 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 41 S 0.002 0.840 0.126 0.001 0.007 0.018 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 42 F 0.018 0.721 0.111 0.020 0.055 0.050 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 43 E 0.024 0.629 0.104 0.021 0.044 0.019 0.011 0.001 0.142 0.005 0.001 44 G 0.005 0.001 0.011 0.016 0.009 0.001 0.866 0.052 0.002 0.037 0.001 45 G 0.011 0.006 0.067 0.013 0.038 0.001 0.043 0.636 0.001 0.184 0.001 46 K 0.032 0.558 0.315 0.038 0.031 0.011 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 47 L 0.006 0.553 0.329 0.005 0.043 0.028 0.009 0.001 0.025 0.001 0.001 48 K 0.013 0.475 0.356 0.015 0.012 0.109 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 49 V 0.001 0.796 0.109 0.001 0.073 0.004 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 50 R 0.002 0.594 0.362 0.001 0.002 0.031 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 51 V 0.002 0.136 0.748 0.001 0.001 0.108 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 52 K 0.750 0.042 0.003 0.197 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 53 A 0.009 0.409 0.032 0.012 0.525 0.003 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 54 I 0.022 0.776 0.096 0.007 0.041 0.019 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 55 R 0.169 0.554 0.103 0.026 0.053 0.037 0.004 0.001 0.053 0.001 0.001 56 V 0.049 0.580 0.206 0.031 0.029 0.065 0.004 0.001 0.033 0.001 0.001 57 Y 0.070 0.517 0.209 0.051 0.059 0.041 0.011 0.005 0.033 0.004 0.001 58 N 0.252 0.149 0.102 0.062 0.166 0.029 0.200 0.011 0.007 0.021 0.001 59 S 0.183 0.204 0.197 0.026 0.336 0.021 0.002 0.003 0.013 0.013 0.001 60 F 0.977 0.002 0.003 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 R 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 E 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 M 0.989 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 L 0.979 0.002 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 E 0.972 0.003 0.006 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 K 0.838 0.019 0.029 0.101 0.002 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 67 E 0.411 0.050 0.105 0.376 0.017 0.005 0.016 0.004 0.014 0.001 0.001 68 G 0.165 0.011 0.137 0.019 0.071 0.010 0.098 0.222 0.005 0.262 0.001 69 L 0.691 0.046 0.093 0.128 0.010 0.019 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 70 E 0.748 0.048 0.081 0.102 0.008 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 71 N 0.378 0.029 0.101 0.303 0.012 0.051 0.091 0.009 0.025 0.001 0.001 72 V 0.284 0.189 0.378 0.087 0.007 0.035 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 73 L 0.055 0.297 0.368 0.008 0.016 0.039 0.014 0.001 0.201 0.001 0.001 74 P 0.072 0.001 0.908 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 75 G 0.027 0.003 0.014 0.049 0.006 0.002 0.040 0.851 0.002 0.006 0.001 76 V 0.033 0.162 0.719 0.008 0.013 0.044 0.004 0.001 0.014 0.002 0.001 77 K 0.480 0.039 0.219 0.232 0.006 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 78 S 0.053 0.280 0.224 0.013 0.365 0.019 0.002 0.002 0.033 0.009 0.001 79 I 0.992 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 E 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 E 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 G 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 Q 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 V 0.985 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 Y 0.941 0.006 0.004 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 R 0.951 0.009 0.016 0.012 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 88 R 0.933 0.013 0.013 0.030 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 F 0.536 0.019 0.026 0.400 0.002 0.008 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 90 Y 0.147 0.213 0.216 0.203 0.041 0.042 0.023 0.002 0.110 0.002 0.001 91 D 0.037 0.050 0.721 0.013 0.066 0.065 0.005 0.001 0.012 0.028 0.001 92 E 0.981 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 E 0.965 0.001 0.005 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 K 0.967 0.002 0.005 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 E 0.938 0.007 0.020 0.023 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 96 K 0.913 0.018 0.022 0.034 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 97 K 0.763 0.067 0.023 0.118 0.010 0.006 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 98 Y 0.102 0.082 0.063 0.636 0.026 0.004 0.056 0.006 0.024 0.002 0.001 99 G 0.013 0.009 0.053 0.010 0.081 0.002 0.112 0.473 0.001 0.247 0.001 100 V 0.012 0.665 0.252 0.004 0.052 0.009 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 101 V 0.015 0.660 0.214 0.007 0.013 0.046 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 102 A 0.010 0.371 0.524 0.003 0.017 0.054 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 103 I 0.014 0.786 0.098 0.005 0.063 0.012 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 104 E 0.006 0.574 0.284 0.004 0.019 0.078 0.004 0.001 0.030 0.001 0.001 105 I 0.013 0.490 0.405 0.007 0.016 0.033 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 106 E 0.004 0.515 0.303 0.001 0.012 0.029 0.004 0.001 0.133 0.001 0.001 107 P 0.022 0.010 0.897 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 108 L 0.200 0.300 0.266 0.096 0.040 0.066 0.007 0.002 0.022 0.001 0.001 109 E 0.108 0.344 0.247 0.070 0.095 0.046 0.036 0.009 0.035 0.009 0.001 110 Y 0.160 0.233 0.266 0.104 0.121 0.021 0.029 0.021 0.024 0.020 0.001