# TARGET T0214 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0214.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.63776 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.173 0.212 0.041 0.010 0.399 0.006 0.010 0.058 0.025 0.031 0.035 2 E 0.245 0.102 0.013 0.009 0.363 0.020 0.045 0.098 0.029 0.024 0.053 3 W 0.198 0.170 0.026 0.010 0.418 0.011 0.018 0.066 0.025 0.021 0.038 4 E 0.245 0.075 0.014 0.007 0.338 0.012 0.036 0.105 0.043 0.061 0.063 5 M 0.124 0.329 0.070 0.017 0.285 0.011 0.015 0.058 0.023 0.032 0.035 6 G 0.114 0.196 0.084 0.019 0.179 0.018 0.019 0.070 0.037 0.150 0.113 7 L 0.146 0.243 0.047 0.011 0.205 0.010 0.025 0.120 0.060 0.070 0.063 8 Q 0.027 0.275 0.224 0.027 0.067 0.016 0.019 0.120 0.077 0.132 0.017 9 E 0.007 0.060 0.039 0.004 0.027 0.004 0.008 0.652 0.180 0.014 0.004 10 E 0.004 0.016 0.007 0.001 0.008 0.001 0.005 0.846 0.097 0.014 0.002 11 F 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.884 0.077 0.025 0.001 12 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.937 0.054 0.004 0.001 13 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.951 0.041 0.002 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.941 0.037 0.008 0.001 15 I 0.003 0.007 0.003 0.001 0.006 0.001 0.013 0.855 0.095 0.016 0.001 16 K 0.005 0.009 0.006 0.003 0.005 0.007 0.055 0.724 0.128 0.053 0.004 17 L 0.010 0.218 0.072 0.023 0.050 0.026 0.126 0.324 0.072 0.072 0.008 18 R 0.072 0.182 0.080 0.020 0.114 0.011 0.022 0.072 0.070 0.263 0.093 19 K 0.091 0.379 0.120 0.008 0.247 0.007 0.018 0.037 0.025 0.042 0.024 20 K 0.154 0.254 0.036 0.002 0.521 0.001 0.004 0.007 0.002 0.003 0.015 21 K 0.199 0.184 0.028 0.004 0.539 0.005 0.011 0.005 0.002 0.003 0.019 22 I 0.281 0.110 0.012 0.005 0.534 0.006 0.004 0.005 0.003 0.004 0.035 23 E 0.241 0.102 0.023 0.021 0.463 0.021 0.028 0.028 0.009 0.014 0.049 24 G 0.200 0.193 0.040 0.012 0.365 0.010 0.013 0.033 0.017 0.053 0.064 25 R 0.125 0.260 0.068 0.009 0.402 0.009 0.012 0.041 0.015 0.028 0.030 26 L 0.222 0.153 0.030 0.007 0.284 0.013 0.034 0.108 0.026 0.043 0.080 27 Y 0.073 0.124 0.078 0.101 0.120 0.100 0.058 0.068 0.039 0.172 0.067 28 D 0.193 0.137 0.079 0.017 0.419 0.003 0.005 0.043 0.024 0.035 0.043 29 E 0.008 0.009 0.008 0.002 0.008 0.003 0.012 0.519 0.378 0.048 0.005 30 K 0.008 0.035 0.016 0.006 0.023 0.007 0.081 0.585 0.152 0.080 0.006 31 R 0.073 0.043 0.011 0.006 0.088 0.008 0.038 0.376 0.216 0.104 0.038 32 R 0.040 0.281 0.061 0.004 0.189 0.011 0.027 0.210 0.100 0.047 0.030 33 Q 0.200 0.116 0.026 0.001 0.297 0.002 0.010 0.072 0.058 0.160 0.058 34 I 0.280 0.215 0.041 0.005 0.306 0.003 0.006 0.022 0.016 0.032 0.074 35 K 0.004 0.090 0.717 0.136 0.026 0.014 0.002 0.004 0.003 0.002 0.001 36 P 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.055 0.757 0.142 0.027 0.002 0.001 37 G 0.025 0.032 0.030 0.017 0.023 0.005 0.001 0.005 0.035 0.621 0.206 38 D 0.167 0.125 0.013 0.002 0.613 0.003 0.009 0.008 0.014 0.022 0.024 39 V 0.216 0.057 0.006 0.001 0.700 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.012 40 I 0.220 0.081 0.003 0.002 0.674 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 41 S 0.420 0.034 0.003 0.001 0.429 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.096 42 F 0.296 0.102 0.070 0.058 0.262 0.030 0.006 0.009 0.005 0.045 0.117 43 E 0.012 0.028 0.055 0.358 0.017 0.269 0.186 0.039 0.014 0.015 0.006 44 G 0.005 0.024 0.070 0.612 0.005 0.088 0.028 0.029 0.023 0.097 0.020 45 G 0.015 0.146 0.202 0.213 0.051 0.049 0.012 0.026 0.046 0.214 0.026 46 K 0.130 0.232 0.074 0.008 0.339 0.009 0.021 0.059 0.059 0.043 0.024 47 L 0.176 0.244 0.034 0.003 0.476 0.003 0.004 0.012 0.006 0.007 0.034 48 K 0.370 0.054 0.012 0.011 0.323 0.014 0.039 0.019 0.014 0.048 0.097 49 V 0.256 0.187 0.034 0.002 0.490 0.001 0.002 0.004 0.002 0.004 0.019 50 R 0.126 0.282 0.026 0.001 0.537 0.001 0.002 0.005 0.002 0.005 0.011 51 V 0.645 0.013 0.003 0.001 0.215 0.002 0.003 0.003 0.002 0.005 0.108 52 K 0.034 0.121 0.035 0.071 0.148 0.250 0.167 0.118 0.030 0.012 0.014 53 A 0.366 0.109 0.014 0.001 0.421 0.001 0.002 0.011 0.004 0.017 0.055 54 I 0.281 0.072 0.005 0.010 0.320 0.019 0.012 0.076 0.054 0.044 0.106 55 R 0.061 0.232 0.086 0.031 0.250 0.025 0.038 0.191 0.065 0.011 0.010 56 V 0.184 0.055 0.012 0.007 0.123 0.010 0.043 0.316 0.062 0.060 0.128 57 Y 0.070 0.196 0.048 0.062 0.165 0.047 0.045 0.207 0.053 0.059 0.047 58 N 0.040 0.041 0.017 0.022 0.055 0.115 0.121 0.406 0.085 0.054 0.044 59 S 0.038 0.205 0.126 0.009 0.053 0.002 0.005 0.391 0.051 0.102 0.017 60 F 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.836 0.122 0.023 0.004 61 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.938 0.051 0.001 0.001 62 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.968 0.024 0.003 0.001 63 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.959 0.031 0.005 0.001 64 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.905 0.070 0.017 0.001 65 E 0.001 0.006 0.003 0.001 0.002 0.002 0.032 0.835 0.105 0.012 0.001 66 K 0.004 0.013 0.007 0.004 0.009 0.009 0.129 0.669 0.092 0.057 0.006 67 E 0.014 0.624 0.187 0.009 0.096 0.006 0.014 0.026 0.008 0.010 0.005 68 G 0.116 0.049 0.049 0.034 0.043 0.012 0.014 0.121 0.052 0.292 0.218 69 L 0.099 0.051 0.012 0.012 0.100 0.017 0.025 0.285 0.236 0.109 0.054 70 E 0.013 0.110 0.031 0.028 0.069 0.064 0.090 0.401 0.171 0.015 0.007 71 N 0.118 0.042 0.018 0.005 0.126 0.004 0.048 0.280 0.137 0.168 0.053 72 V 0.104 0.151 0.064 0.018 0.145 0.025 0.072 0.157 0.096 0.112 0.056 73 L 0.032 0.264 0.356 0.065 0.126 0.014 0.007 0.046 0.037 0.029 0.024 74 P 0.004 0.028 0.013 0.012 0.010 0.071 0.339 0.371 0.135 0.014 0.003 75 G 0.013 0.011 0.009 0.005 0.011 0.003 0.007 0.019 0.061 0.775 0.087 76 V 0.133 0.279 0.083 0.007 0.293 0.007 0.014 0.047 0.040 0.050 0.046 77 K 0.037 0.127 0.079 0.033 0.108 0.056 0.062 0.199 0.116 0.125 0.059 78 S 0.034 0.421 0.188 0.010 0.077 0.002 0.005 0.161 0.037 0.053 0.013 79 I 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.817 0.153 0.017 0.001 80 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.966 0.028 0.001 0.001 81 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.022 0.001 0.001 82 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.048 0.008 0.001 83 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.929 0.067 0.003 0.001 84 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.971 0.024 0.001 0.001 85 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.949 0.029 0.004 0.001 86 Y 0.005 0.004 0.001 0.001 0.006 0.002 0.012 0.780 0.149 0.038 0.002 87 R 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 0.002 0.008 0.722 0.249 0.005 0.001 88 R 0.003 0.009 0.003 0.001 0.008 0.003 0.062 0.819 0.071 0.020 0.002 89 F 0.015 0.015 0.005 0.002 0.015 0.012 0.095 0.370 0.083 0.366 0.022 90 Y 0.057 0.383 0.132 0.021 0.189 0.015 0.023 0.053 0.017 0.070 0.039 91 D 0.003 0.584 0.365 0.002 0.033 0.001 0.001 0.006 0.002 0.003 0.001 92 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.795 0.197 0.004 0.001 93 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.928 0.058 0.006 0.001 94 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.910 0.063 0.023 0.001 95 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.930 0.057 0.007 0.001 96 K 0.002 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.016 0.737 0.198 0.036 0.002 97 K 0.001 0.007 0.003 0.002 0.003 0.011 0.270 0.578 0.077 0.046 0.001 98 Y 0.011 0.638 0.140 0.013 0.066 0.001 0.007 0.015 0.014 0.083 0.012 99 G 0.031 0.065 0.117 0.298 0.028 0.064 0.014 0.024 0.028 0.279 0.052 100 V 0.412 0.097 0.012 0.004 0.382 0.004 0.008 0.009 0.007 0.013 0.051 101 V 0.149 0.151 0.035 0.028 0.521 0.039 0.023 0.017 0.007 0.008 0.023 102 A 0.364 0.081 0.013 0.002 0.501 0.002 0.004 0.004 0.003 0.005 0.020 103 I 0.205 0.163 0.016 0.002 0.570 0.006 0.003 0.005 0.001 0.003 0.025 104 E 0.297 0.089 0.013 0.001 0.493 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.087 105 I 0.285 0.185 0.050 0.013 0.340 0.009 0.009 0.009 0.010 0.024 0.065 106 E 0.006 0.570 0.295 0.015 0.094 0.004 0.005 0.008 0.002 0.001 0.001 107 P 0.315 0.160 0.033 0.002 0.334 0.003 0.014 0.032 0.010 0.014 0.083 108 L 0.096 0.129 0.031 0.053 0.213 0.117 0.123 0.082 0.074 0.041 0.040 109 E 0.122 0.131 0.048 0.051 0.238 0.083 0.086 0.109 0.059 0.036 0.038 110 Y 0.135 0.174 0.056 0.023 0.229 0.014 0.025 0.101 0.056 0.122 0.064