# TARGET T0214 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0214.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.63776 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.470 0.234 0.146 0.095 0.041 0.013 0.001 2 E 0.531 0.283 0.107 0.049 0.020 0.008 0.001 3 W 0.281 0.158 0.160 0.215 0.136 0.048 0.003 4 E 0.207 0.249 0.224 0.170 0.095 0.048 0.007 5 M 0.270 0.185 0.163 0.171 0.131 0.070 0.010 6 G 0.241 0.239 0.208 0.163 0.098 0.045 0.006 7 L 0.129 0.090 0.136 0.236 0.255 0.140 0.014 8 Q 0.328 0.252 0.199 0.131 0.064 0.023 0.002 9 E 0.656 0.257 0.066 0.017 0.003 0.001 0.001 10 E 0.567 0.255 0.121 0.045 0.010 0.002 0.001 11 F 0.319 0.202 0.171 0.192 0.096 0.020 0.001 12 L 0.468 0.141 0.133 0.144 0.093 0.021 0.001 13 E 0.714 0.221 0.049 0.014 0.002 0.001 0.001 14 L 0.436 0.225 0.186 0.113 0.031 0.008 0.001 15 I 0.402 0.146 0.134 0.149 0.133 0.035 0.002 16 K 0.526 0.258 0.132 0.060 0.019 0.005 0.001 17 L 0.735 0.190 0.055 0.015 0.004 0.001 0.001 18 R 0.778 0.131 0.061 0.024 0.007 0.001 0.001 19 K 0.898 0.089 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 20 K 0.651 0.182 0.096 0.050 0.017 0.003 0.001 21 K 0.598 0.252 0.097 0.042 0.010 0.002 0.001 22 I 0.370 0.178 0.131 0.184 0.106 0.030 0.002 23 E 0.211 0.260 0.218 0.179 0.089 0.038 0.004 24 G 0.232 0.153 0.131 0.180 0.169 0.117 0.019 25 R 0.270 0.279 0.219 0.150 0.056 0.022 0.003 26 L 0.284 0.178 0.161 0.185 0.135 0.051 0.007 27 Y 0.372 0.266 0.195 0.107 0.045 0.014 0.002 28 D 0.465 0.269 0.165 0.073 0.024 0.004 0.001 29 E 0.720 0.205 0.057 0.014 0.003 0.001 0.001 30 K 0.501 0.290 0.128 0.060 0.018 0.003 0.001 31 R 0.202 0.177 0.217 0.255 0.129 0.019 0.001 32 R 0.415 0.378 0.146 0.051 0.009 0.001 0.001 33 Q 0.294 0.398 0.212 0.080 0.014 0.002 0.001 34 I 0.039 0.069 0.172 0.374 0.284 0.060 0.001 35 K 0.368 0.368 0.174 0.064 0.021 0.004 0.001 36 P 0.416 0.349 0.151 0.064 0.016 0.003 0.001 37 G 0.125 0.277 0.274 0.206 0.093 0.023 0.002 38 D 0.020 0.110 0.216 0.281 0.241 0.122 0.010 39 V 0.008 0.098 0.303 0.344 0.181 0.058 0.007 40 I 0.005 0.011 0.023 0.095 0.359 0.470 0.037 41 S 0.006 0.105 0.287 0.385 0.178 0.037 0.001 42 F 0.010 0.032 0.098 0.321 0.415 0.122 0.003 43 E 0.128 0.503 0.303 0.060 0.006 0.001 0.001 44 G 0.558 0.346 0.081 0.014 0.001 0.001 0.001 45 G 0.148 0.369 0.355 0.110 0.017 0.001 0.001 46 K 0.274 0.492 0.191 0.039 0.004 0.001 0.001 47 L 0.005 0.024 0.115 0.397 0.391 0.067 0.001 48 K 0.066 0.433 0.353 0.121 0.024 0.003 0.001 49 V 0.015 0.064 0.167 0.362 0.321 0.070 0.001 50 R 0.061 0.301 0.377 0.214 0.042 0.004 0.001 51 V 0.010 0.042 0.146 0.364 0.356 0.081 0.001 52 K 0.268 0.414 0.229 0.073 0.014 0.002 0.001 53 A 0.202 0.459 0.234 0.087 0.016 0.002 0.001 54 I 0.031 0.049 0.142 0.367 0.330 0.078 0.001 55 R 0.110 0.405 0.310 0.129 0.039 0.007 0.001 56 V 0.169 0.360 0.250 0.154 0.053 0.013 0.001 57 Y 0.032 0.111 0.243 0.319 0.235 0.058 0.002 58 N 0.366 0.380 0.170 0.061 0.019 0.004 0.001 59 S 0.061 0.171 0.280 0.309 0.137 0.041 0.002 60 F 0.017 0.017 0.038 0.163 0.417 0.330 0.019 61 R 0.091 0.296 0.349 0.208 0.049 0.007 0.001 62 E 0.205 0.453 0.225 0.089 0.023 0.005 0.001 63 M 0.018 0.043 0.124 0.290 0.376 0.143 0.006 64 L 0.024 0.051 0.151 0.351 0.333 0.089 0.003 65 E 0.353 0.476 0.139 0.027 0.004 0.001 0.001 66 K 0.417 0.399 0.142 0.037 0.005 0.001 0.001 67 E 0.121 0.187 0.246 0.268 0.144 0.033 0.001 68 G 0.329 0.348 0.192 0.094 0.032 0.005 0.001 69 L 0.141 0.170 0.264 0.288 0.120 0.016 0.001 70 E 0.453 0.369 0.129 0.038 0.009 0.002 0.001 71 N 0.252 0.361 0.232 0.119 0.030 0.005 0.001 72 V 0.080 0.101 0.166 0.299 0.271 0.078 0.004 73 L 0.124 0.217 0.257 0.233 0.125 0.040 0.004 74 P 0.346 0.283 0.175 0.118 0.056 0.020 0.003 75 G 0.435 0.316 0.147 0.069 0.025 0.007 0.001 76 V 0.264 0.261 0.235 0.162 0.064 0.013 0.001 77 K 0.481 0.304 0.129 0.054 0.022 0.008 0.001 78 S 0.151 0.185 0.207 0.226 0.154 0.067 0.009 79 I 0.079 0.086 0.132 0.255 0.275 0.150 0.022 80 E 0.150 0.259 0.261 0.200 0.092 0.034 0.004 81 E 0.228 0.315 0.235 0.141 0.055 0.022 0.004 82 G 0.122 0.125 0.146 0.197 0.215 0.171 0.025 83 I 0.114 0.096 0.122 0.220 0.263 0.166 0.019 84 Q 0.196 0.350 0.274 0.136 0.034 0.009 0.001 85 V 0.148 0.138 0.200 0.268 0.178 0.064 0.004 86 Y 0.098 0.101 0.113 0.145 0.249 0.266 0.028 87 R 0.177 0.153 0.188 0.226 0.173 0.077 0.006 88 R 0.246 0.335 0.245 0.125 0.040 0.008 0.001 89 F 0.067 0.098 0.162 0.308 0.272 0.089 0.005 90 Y 0.091 0.167 0.208 0.265 0.195 0.069 0.004 91 D 0.457 0.355 0.136 0.040 0.010 0.001 0.001 92 E 0.683 0.238 0.061 0.015 0.003 0.001 0.001 93 E 0.586 0.250 0.094 0.049 0.016 0.004 0.001 94 K 0.323 0.336 0.195 0.102 0.035 0.009 0.001 95 E 0.108 0.183 0.247 0.279 0.154 0.028 0.001 96 K 0.126 0.272 0.276 0.213 0.092 0.019 0.002 97 K 0.149 0.341 0.253 0.161 0.068 0.023 0.004 98 Y 0.018 0.067 0.161 0.303 0.314 0.125 0.013 99 G 0.006 0.017 0.058 0.184 0.360 0.320 0.056 100 V 0.002 0.005 0.011 0.037 0.154 0.507 0.284 101 V 0.001 0.002 0.004 0.014 0.061 0.340 0.578 102 A 0.001 0.003 0.008 0.029 0.092 0.309 0.557 103 I 0.001 0.001 0.003 0.013 0.064 0.336 0.582 104 E 0.001 0.006 0.028 0.129 0.273 0.404 0.159 105 I 0.004 0.012 0.024 0.078 0.237 0.514 0.130 106 E 0.026 0.110 0.185 0.293 0.243 0.127 0.016 107 P 0.131 0.239 0.234 0.210 0.125 0.056 0.004 108 L 0.151 0.195 0.251 0.238 0.127 0.035 0.002 109 E 0.642 0.234 0.083 0.031 0.009 0.002 0.001 110 Y 0.626 0.220 0.102 0.040 0.010 0.002 0.001