# TARGET T0214 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0214.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.106 0.152 0.106 0.064 0.182 0.036 0.038 0.102 0.072 0.090 0.052 2 E 0.152 0.127 0.063 0.026 0.189 0.031 0.041 0.123 0.101 0.080 0.066 3 W 0.118 0.149 0.068 0.028 0.210 0.028 0.033 0.141 0.107 0.078 0.040 4 E 0.162 0.097 0.036 0.020 0.245 0.010 0.018 0.104 0.090 0.130 0.088 5 M 0.147 0.176 0.030 0.016 0.308 0.013 0.020 0.096 0.074 0.067 0.052 6 G 0.111 0.202 0.056 0.009 0.339 0.006 0.019 0.097 0.063 0.058 0.039 7 L 0.153 0.151 0.055 0.022 0.220 0.017 0.028 0.165 0.086 0.056 0.047 8 Q 0.086 0.130 0.052 0.030 0.121 0.039 0.072 0.201 0.112 0.102 0.056 9 E 0.047 0.192 0.142 0.048 0.117 0.032 0.021 0.208 0.095 0.060 0.037 10 E 0.044 0.180 0.074 0.007 0.078 0.006 0.016 0.412 0.125 0.037 0.020 11 F 0.013 0.033 0.019 0.003 0.019 0.003 0.005 0.561 0.211 0.123 0.010 12 L 0.005 0.011 0.003 0.001 0.013 0.001 0.005 0.767 0.181 0.011 0.002 13 E 0.002 0.012 0.006 0.001 0.006 0.002 0.014 0.868 0.081 0.007 0.001 14 L 0.001 0.004 0.001 0.001 0.008 0.002 0.014 0.846 0.092 0.031 0.001 15 I 0.024 0.006 0.002 0.001 0.007 0.002 0.017 0.684 0.206 0.031 0.020 16 K 0.002 0.008 0.013 0.014 0.005 0.023 0.078 0.672 0.164 0.019 0.002 17 L 0.002 0.594 0.253 0.053 0.019 0.006 0.017 0.021 0.007 0.025 0.003 18 R 0.016 0.028 0.023 0.007 0.012 0.002 0.003 0.007 0.011 0.659 0.231 19 K 0.075 0.395 0.055 0.009 0.228 0.023 0.036 0.045 0.039 0.064 0.032 20 K 0.196 0.155 0.035 0.021 0.455 0.013 0.022 0.017 0.014 0.028 0.044 21 K 0.232 0.140 0.024 0.020 0.492 0.017 0.018 0.010 0.006 0.010 0.030 22 I 0.133 0.134 0.009 0.001 0.704 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 23 E 0.351 0.028 0.005 0.001 0.532 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.073 24 G 0.166 0.209 0.030 0.004 0.551 0.004 0.004 0.003 0.002 0.006 0.021 25 R 0.173 0.275 0.068 0.003 0.440 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.032 26 L 0.150 0.115 0.038 0.019 0.254 0.033 0.041 0.132 0.115 0.054 0.049 27 Y 0.036 0.107 0.099 0.071 0.086 0.053 0.090 0.185 0.133 0.106 0.035 28 D 0.098 0.128 0.068 0.028 0.178 0.015 0.032 0.106 0.111 0.195 0.040 29 E 0.039 0.131 0.059 0.019 0.081 0.018 0.047 0.242 0.246 0.088 0.029 30 K 0.040 0.183 0.046 0.011 0.128 0.020 0.080 0.184 0.180 0.110 0.020 31 R 0.234 0.034 0.005 0.003 0.249 0.007 0.023 0.118 0.188 0.073 0.066 32 R 0.060 0.070 0.022 0.017 0.097 0.038 0.075 0.246 0.248 0.090 0.039 33 Q 0.146 0.065 0.009 0.003 0.196 0.003 0.017 0.051 0.073 0.346 0.091 34 I 0.272 0.187 0.043 0.010 0.310 0.008 0.010 0.019 0.022 0.057 0.062 35 K 0.012 0.152 0.612 0.145 0.055 0.009 0.002 0.005 0.002 0.003 0.003 36 P 0.003 0.014 0.008 0.031 0.006 0.086 0.607 0.180 0.053 0.010 0.002 37 G 0.024 0.014 0.016 0.044 0.016 0.011 0.009 0.018 0.042 0.625 0.181 38 D 0.045 0.410 0.035 0.007 0.450 0.008 0.015 0.009 0.005 0.011 0.005 39 V 0.418 0.016 0.001 0.001 0.542 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 40 I 0.253 0.091 0.005 0.003 0.608 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.029 41 S 0.248 0.089 0.008 0.001 0.552 0.002 0.003 0.003 0.002 0.015 0.077 42 F 0.388 0.149 0.066 0.011 0.245 0.005 0.003 0.006 0.005 0.012 0.111 43 E 0.022 0.021 0.023 0.192 0.021 0.379 0.178 0.067 0.050 0.033 0.016 44 G 0.012 0.093 0.118 0.569 0.028 0.064 0.026 0.019 0.016 0.044 0.011 45 G 0.047 0.026 0.012 0.033 0.046 0.022 0.072 0.091 0.138 0.427 0.086 46 K 0.155 0.257 0.066 0.011 0.398 0.009 0.010 0.014 0.018 0.030 0.032 47 L 0.140 0.214 0.051 0.012 0.535 0.004 0.005 0.005 0.003 0.010 0.020 48 K 0.452 0.049 0.007 0.002 0.425 0.002 0.003 0.002 0.001 0.007 0.050 49 V 0.173 0.201 0.017 0.006 0.571 0.004 0.002 0.002 0.001 0.003 0.020 50 R 0.165 0.148 0.020 0.001 0.648 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 51 V 0.574 0.033 0.003 0.001 0.331 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 52 K 0.036 0.088 0.024 0.091 0.105 0.383 0.207 0.031 0.009 0.015 0.012 53 A 0.194 0.195 0.050 0.002 0.500 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.044 54 I 0.292 0.116 0.021 0.008 0.409 0.015 0.010 0.025 0.021 0.021 0.062 55 R 0.161 0.196 0.047 0.008 0.443 0.010 0.023 0.022 0.014 0.031 0.044 56 V 0.231 0.214 0.077 0.015 0.263 0.006 0.006 0.017 0.022 0.066 0.084 57 Y 0.035 0.524 0.178 0.016 0.188 0.004 0.003 0.018 0.013 0.008 0.009 58 N 0.044 0.024 0.010 0.007 0.054 0.023 0.047 0.522 0.212 0.029 0.028 59 S 0.019 0.049 0.035 0.008 0.027 0.006 0.022 0.560 0.171 0.087 0.015 60 F 0.009 0.011 0.004 0.003 0.012 0.002 0.004 0.699 0.196 0.052 0.008 61 R 0.002 0.011 0.006 0.005 0.005 0.007 0.015 0.785 0.151 0.011 0.002 62 E 0.005 0.009 0.005 0.003 0.010 0.003 0.028 0.773 0.118 0.039 0.007 63 M 0.006 0.012 0.007 0.003 0.010 0.004 0.016 0.730 0.142 0.065 0.005 64 L 0.011 0.035 0.008 0.004 0.018 0.005 0.020 0.684 0.163 0.042 0.009 65 E 0.007 0.017 0.004 0.003 0.016 0.005 0.040 0.775 0.100 0.028 0.005 66 K 0.009 0.021 0.015 0.007 0.017 0.013 0.050 0.740 0.081 0.042 0.006 67 E 0.024 0.040 0.022 0.006 0.034 0.005 0.009 0.707 0.103 0.035 0.017 68 G 0.011 0.011 0.007 0.003 0.012 0.003 0.007 0.771 0.132 0.032 0.011 69 L 0.005 0.020 0.008 0.004 0.014 0.006 0.025 0.738 0.156 0.022 0.003 70 E 0.018 0.026 0.006 0.004 0.035 0.006 0.050 0.684 0.131 0.034 0.006 71 N 0.031 0.206 0.050 0.018 0.128 0.030 0.090 0.286 0.091 0.058 0.011 72 V 0.120 0.040 0.015 0.013 0.084 0.011 0.023 0.114 0.067 0.323 0.190 73 L 0.097 0.153 0.095 0.039 0.177 0.023 0.029 0.126 0.080 0.108 0.074 74 P 0.022 0.193 0.083 0.051 0.093 0.039 0.070 0.247 0.132 0.055 0.015 75 G 0.056 0.059 0.046 0.023 0.071 0.031 0.073 0.167 0.116 0.294 0.063 76 V 0.075 0.209 0.091 0.019 0.185 0.014 0.033 0.169 0.071 0.102 0.033 77 K 0.028 0.170 0.099 0.043 0.078 0.060 0.056 0.247 0.074 0.106 0.038 78 S 0.126 0.190 0.076 0.009 0.193 0.005 0.010 0.246 0.056 0.049 0.041 79 I 0.008 0.014 0.010 0.003 0.009 0.004 0.004 0.734 0.164 0.041 0.007 80 E 0.004 0.017 0.007 0.003 0.008 0.005 0.010 0.841 0.085 0.017 0.003 81 E 0.007 0.024 0.008 0.003 0.015 0.002 0.007 0.850 0.062 0.019 0.005 82 G 0.002 0.006 0.004 0.002 0.003 0.002 0.006 0.883 0.070 0.020 0.001 83 I 0.004 0.006 0.002 0.001 0.006 0.001 0.003 0.888 0.077 0.010 0.002 84 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.897 0.080 0.005 0.001 85 V 0.003 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.914 0.057 0.007 0.002 86 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.810 0.143 0.033 0.002 87 R 0.002 0.010 0.002 0.001 0.007 0.002 0.019 0.761 0.187 0.010 0.001 88 R 0.004 0.006 0.002 0.001 0.009 0.003 0.059 0.771 0.126 0.018 0.002 89 F 0.009 0.013 0.011 0.008 0.017 0.038 0.265 0.471 0.084 0.078 0.005 90 Y 0.136 0.098 0.030 0.009 0.144 0.004 0.014 0.183 0.101 0.171 0.109 91 D 0.019 0.176 0.089 0.016 0.068 0.016 0.021 0.304 0.241 0.041 0.008 92 E 0.020 0.058 0.035 0.007 0.054 0.008 0.063 0.407 0.232 0.104 0.011 93 E 0.050 0.093 0.063 0.015 0.068 0.039 0.187 0.288 0.115 0.066 0.016 94 K 0.065 0.364 0.168 0.025 0.178 0.008 0.011 0.083 0.038 0.034 0.025 95 E 0.023 0.071 0.027 0.038 0.060 0.100 0.110 0.294 0.220 0.044 0.013 96 K 0.112 0.103 0.106 0.019 0.146 0.010 0.021 0.075 0.114 0.225 0.068 97 K 0.198 0.096 0.023 0.012 0.193 0.026 0.062 0.097 0.106 0.101 0.087 98 Y 0.071 0.157 0.062 0.089 0.159 0.058 0.070 0.076 0.084 0.127 0.049 99 G 0.098 0.081 0.048 0.095 0.175 0.027 0.036 0.060 0.062 0.234 0.081 100 V 0.219 0.107 0.004 0.001 0.646 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.013 101 V 0.182 0.075 0.009 0.004 0.693 0.003 0.004 0.002 0.001 0.003 0.024 102 A 0.336 0.056 0.006 0.001 0.550 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.045 103 I 0.245 0.125 0.014 0.012 0.503 0.014 0.006 0.005 0.003 0.015 0.057 104 E 0.260 0.083 0.021 0.017 0.440 0.014 0.019 0.009 0.005 0.047 0.085 105 I 0.276 0.128 0.032 0.013 0.433 0.003 0.003 0.005 0.004 0.023 0.080 106 E 0.036 0.480 0.086 0.003 0.386 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 107 P 0.462 0.053 0.007 0.001 0.417 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.049 108 L 0.108 0.233 0.091 0.070 0.300 0.074 0.044 0.029 0.010 0.011 0.030 109 E 0.174 0.180 0.083 0.023 0.286 0.025 0.033 0.058 0.029 0.045 0.066 110 Y 0.108 0.195 0.157 0.039 0.180 0.024 0.025 0.067 0.049 0.089 0.068