# TARGET T0214 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0214.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.8102 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.066 0.283 0.366 0.063 0.097 0.032 0.039 0.011 0.035 0.008 0.001 2 E 0.090 0.205 0.497 0.041 0.023 0.077 0.030 0.003 0.027 0.004 0.003 3 W 0.152 0.390 0.246 0.054 0.103 0.020 0.008 0.006 0.012 0.008 0.001 4 E 0.126 0.458 0.189 0.070 0.050 0.049 0.016 0.002 0.037 0.001 0.001 5 M 0.094 0.409 0.325 0.058 0.052 0.034 0.005 0.001 0.020 0.002 0.001 6 G 0.077 0.357 0.185 0.026 0.225 0.029 0.026 0.020 0.027 0.026 0.001 7 L 0.274 0.263 0.211 0.085 0.051 0.060 0.008 0.002 0.036 0.008 0.002 8 Q 0.484 0.100 0.275 0.050 0.015 0.045 0.008 0.002 0.017 0.004 0.001 9 E 0.887 0.013 0.035 0.017 0.010 0.010 0.013 0.006 0.003 0.004 0.001 10 E 0.942 0.005 0.022 0.021 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 F 0.917 0.004 0.007 0.059 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 12 L 0.990 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 E 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.969 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 I 0.979 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 K 0.986 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.626 0.002 0.010 0.356 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 18 R 0.287 0.015 0.091 0.176 0.015 0.007 0.339 0.058 0.006 0.005 0.001 19 K 0.271 0.089 0.196 0.292 0.018 0.072 0.040 0.004 0.014 0.001 0.001 20 K 0.011 0.446 0.388 0.036 0.034 0.052 0.005 0.001 0.027 0.001 0.001 21 K 0.013 0.784 0.094 0.020 0.056 0.017 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 22 I 0.001 0.844 0.073 0.001 0.056 0.012 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 23 E 0.006 0.836 0.073 0.007 0.024 0.030 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 24 G 0.005 0.684 0.075 0.003 0.201 0.012 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 25 R 0.004 0.742 0.134 0.001 0.024 0.034 0.001 0.001 0.059 0.001 0.001 26 L 0.031 0.302 0.529 0.011 0.005 0.094 0.001 0.001 0.022 0.001 0.003 27 Y 0.044 0.359 0.254 0.025 0.155 0.087 0.019 0.004 0.043 0.009 0.001 28 D 0.122 0.136 0.317 0.039 0.074 0.188 0.031 0.003 0.082 0.006 0.002 29 E 0.924 0.004 0.016 0.042 0.002 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 30 K 0.893 0.009 0.018 0.068 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 31 R 0.783 0.018 0.039 0.136 0.003 0.007 0.008 0.001 0.005 0.001 0.001 32 R 0.601 0.045 0.098 0.204 0.014 0.006 0.020 0.006 0.005 0.002 0.001 33 Q 0.290 0.021 0.056 0.339 0.005 0.040 0.224 0.010 0.014 0.001 0.001 34 I 0.043 0.228 0.639 0.022 0.017 0.032 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 35 K 0.014 0.329 0.535 0.001 0.015 0.013 0.004 0.001 0.088 0.001 0.001 36 P 0.035 0.001 0.937 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 37 G 0.010 0.001 0.008 0.006 0.006 0.001 0.006 0.930 0.001 0.033 0.001 38 D 0.007 0.052 0.805 0.021 0.010 0.085 0.008 0.001 0.011 0.001 0.001 39 V 0.005 0.711 0.242 0.006 0.018 0.012 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 40 I 0.004 0.845 0.094 0.004 0.024 0.013 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 41 S 0.004 0.804 0.140 0.001 0.015 0.022 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 42 F 0.033 0.532 0.293 0.024 0.050 0.049 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 43 E 0.052 0.606 0.096 0.034 0.034 0.017 0.007 0.001 0.148 0.006 0.001 44 G 0.006 0.001 0.016 0.016 0.013 0.001 0.735 0.042 0.001 0.169 0.001 45 G 0.005 0.002 0.022 0.023 0.013 0.002 0.144 0.761 0.001 0.026 0.001 46 K 0.008 0.747 0.204 0.011 0.017 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 47 L 0.002 0.562 0.353 0.001 0.012 0.036 0.004 0.001 0.031 0.001 0.001 48 K 0.008 0.582 0.331 0.006 0.009 0.054 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 49 V 0.001 0.789 0.100 0.001 0.097 0.003 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 50 R 0.001 0.613 0.331 0.001 0.003 0.041 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 51 V 0.001 0.458 0.500 0.001 0.007 0.028 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 52 K 0.061 0.762 0.045 0.059 0.035 0.015 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 53 A 0.001 0.649 0.296 0.001 0.036 0.012 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 54 I 0.033 0.699 0.148 0.024 0.025 0.035 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 55 R 0.005 0.778 0.076 0.001 0.113 0.008 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 56 V 0.040 0.659 0.212 0.016 0.007 0.038 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 57 Y 0.092 0.381 0.371 0.012 0.042 0.037 0.007 0.001 0.053 0.004 0.001 58 N 0.768 0.019 0.068 0.058 0.016 0.025 0.027 0.007 0.002 0.008 0.003 59 S 0.618 0.151 0.072 0.060 0.074 0.008 0.003 0.003 0.006 0.003 0.001 60 F 0.792 0.057 0.042 0.060 0.012 0.016 0.005 0.002 0.012 0.003 0.001 61 R 0.965 0.009 0.010 0.010 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 62 E 0.977 0.002 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 M 0.962 0.001 0.003 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 L 0.943 0.005 0.015 0.026 0.001 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 65 E 0.950 0.007 0.012 0.023 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 66 K 0.946 0.008 0.015 0.024 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.805 0.013 0.022 0.145 0.004 0.002 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 68 G 0.762 0.004 0.044 0.013 0.013 0.002 0.014 0.070 0.002 0.077 0.001 69 L 0.914 0.013 0.023 0.037 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 E 0.849 0.031 0.034 0.067 0.007 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 71 N 0.672 0.049 0.053 0.187 0.010 0.010 0.012 0.002 0.005 0.001 0.001 72 V 0.477 0.074 0.097 0.256 0.010 0.033 0.031 0.002 0.019 0.001 0.001 73 L 0.045 0.256 0.296 0.004 0.015 0.025 0.016 0.001 0.342 0.001 0.001 74 P 0.190 0.001 0.752 0.012 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 75 G 0.108 0.010 0.064 0.091 0.034 0.007 0.064 0.575 0.004 0.043 0.001 76 V 0.245 0.152 0.474 0.055 0.016 0.035 0.004 0.002 0.012 0.002 0.001 77 K 0.438 0.077 0.216 0.196 0.021 0.019 0.016 0.005 0.007 0.005 0.001 78 S 0.230 0.140 0.320 0.043 0.159 0.033 0.014 0.012 0.026 0.021 0.001 79 I 0.925 0.016 0.024 0.023 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 80 E 0.963 0.006 0.012 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 E 0.948 0.006 0.013 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 G 0.970 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.011 0.001 83 I 0.992 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 Q 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 V 0.986 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 Y 0.911 0.006 0.006 0.072 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 R 0.945 0.010 0.019 0.007 0.003 0.003 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 88 R 0.961 0.005 0.011 0.017 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 F 0.746 0.011 0.014 0.221 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 90 Y 0.461 0.112 0.183 0.126 0.017 0.030 0.014 0.002 0.052 0.002 0.001 91 D 0.242 0.063 0.524 0.033 0.028 0.067 0.014 0.002 0.017 0.009 0.001 92 E 0.972 0.002 0.006 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 E 0.916 0.005 0.013 0.062 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 K 0.849 0.025 0.035 0.058 0.005 0.005 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 95 E 0.840 0.007 0.111 0.020 0.002 0.008 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 96 K 0.714 0.018 0.049 0.150 0.011 0.016 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 97 K 0.517 0.142 0.111 0.155 0.015 0.027 0.009 0.001 0.020 0.001 0.001 98 Y 0.104 0.156 0.166 0.462 0.034 0.008 0.047 0.005 0.015 0.002 0.001 99 G 0.022 0.025 0.066 0.026 0.147 0.005 0.190 0.334 0.004 0.180 0.001 100 V 0.003 0.724 0.204 0.002 0.055 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 101 V 0.005 0.790 0.133 0.005 0.013 0.029 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 102 A 0.001 0.674 0.266 0.001 0.027 0.020 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 103 I 0.002 0.891 0.045 0.001 0.035 0.008 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 104 E 0.001 0.710 0.226 0.001 0.015 0.033 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 105 I 0.005 0.619 0.278 0.003 0.025 0.033 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 106 E 0.001 0.597 0.245 0.001 0.009 0.021 0.002 0.001 0.123 0.001 0.001 107 P 0.014 0.010 0.915 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 108 L 0.180 0.280 0.327 0.087 0.036 0.064 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 109 E 0.096 0.366 0.211 0.070 0.112 0.044 0.042 0.011 0.037 0.011 0.001 110 Y 0.158 0.272 0.264 0.113 0.099 0.022 0.021 0.012 0.026 0.014 0.001