# TARGET T0212 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0212.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 53 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.069 0.004 0.006 0.008 0.128 0.786 2 S 0.192 0.013 0.014 0.017 0.120 0.644 3 A 0.381 0.028 0.037 0.017 0.164 0.373 4 L 0.392 0.022 0.041 0.017 0.168 0.360 5 D 0.288 0.022 0.040 0.009 0.422 0.219 6 N 0.162 0.015 0.022 0.005 0.534 0.261 7 S 0.192 0.004 0.006 0.001 0.436 0.360 8 I 0.798 0.007 0.001 0.001 0.087 0.107 9 R 0.952 0.002 0.001 0.001 0.007 0.039 10 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 11 E 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 12 V 0.960 0.001 0.001 0.001 0.005 0.034 13 K 0.895 0.002 0.001 0.001 0.019 0.083 14 T 0.695 0.004 0.007 0.002 0.077 0.214 15 E 0.603 0.013 0.019 0.006 0.128 0.232 16 Y 0.386 0.032 0.021 0.007 0.197 0.357 17 I 0.159 0.015 0.037 0.017 0.301 0.471 18 E 0.070 0.010 0.141 0.042 0.431 0.306 19 Q 0.054 0.009 0.261 0.077 0.458 0.141 20 Q 0.060 0.028 0.171 0.084 0.538 0.119 21 S 0.054 0.042 0.070 0.066 0.510 0.257 22 S 0.027 0.014 0.059 0.023 0.591 0.286 23 P 0.012 0.009 0.301 0.029 0.545 0.105 24 E 0.018 0.015 0.353 0.026 0.521 0.067 25 D 0.051 0.010 0.240 0.015 0.616 0.067 26 E 0.100 0.011 0.056 0.006 0.658 0.169 27 K 0.321 0.006 0.010 0.002 0.333 0.329 28 Y 0.862 0.005 0.002 0.001 0.050 0.082 29 L 0.959 0.002 0.001 0.001 0.010 0.029 30 F 0.976 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 31 S 0.979 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 32 Y 0.974 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 33 T 0.978 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 34 I 0.985 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 35 T 0.985 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 36 I 0.967 0.002 0.001 0.001 0.012 0.017 37 I 0.926 0.002 0.002 0.003 0.031 0.037 38 N 0.745 0.011 0.005 0.013 0.107 0.119 39 L 0.307 0.011 0.007 0.019 0.359 0.298 40 G 0.043 0.004 0.008 0.043 0.526 0.375 41 E 0.041 0.009 0.013 0.103 0.393 0.441 42 Q 0.102 0.028 0.010 0.193 0.270 0.396 43 A 0.165 0.011 0.010 0.278 0.084 0.452 44 A 0.407 0.005 0.017 0.450 0.031 0.090 45 K 0.603 0.004 0.025 0.311 0.028 0.029 46 L 0.643 0.007 0.048 0.224 0.045 0.033 47 E 0.637 0.006 0.039 0.188 0.075 0.055 48 T 0.647 0.004 0.037 0.093 0.146 0.073 49 R 0.540 0.005 0.026 0.070 0.215 0.143 50 H 0.718 0.007 0.013 0.023 0.138 0.101 51 W 0.855 0.011 0.005 0.006 0.050 0.073 52 I 0.871 0.005 0.003 0.004 0.040 0.077 53 I 0.875 0.008 0.004 0.002 0.037 0.074 54 T 0.879 0.034 0.001 0.001 0.029 0.057 55 D 0.359 0.025 0.004 0.003 0.576 0.033 56 A 0.021 0.002 0.012 0.005 0.949 0.011 57 N 0.008 0.001 0.008 0.001 0.977 0.006 58 G 0.026 0.004 0.006 0.002 0.948 0.014 59 K 0.458 0.046 0.002 0.001 0.149 0.344 60 T 0.858 0.023 0.002 0.001 0.031 0.086 61 S 0.909 0.006 0.002 0.001 0.022 0.059 62 E 0.907 0.018 0.002 0.001 0.024 0.048 63 V 0.804 0.010 0.005 0.003 0.066 0.111 64 Q 0.687 0.032 0.005 0.004 0.117 0.155 65 G 0.221 0.025 0.012 0.009 0.586 0.146 66 A 0.112 0.008 0.034 0.011 0.707 0.129 67 G 0.098 0.018 0.038 0.009 0.712 0.125 68 V 0.189 0.057 0.042 0.012 0.567 0.132 69 V 0.228 0.026 0.016 0.004 0.291 0.436 70 G 0.163 0.022 0.028 0.003 0.386 0.398 71 E 0.155 0.016 0.048 0.003 0.342 0.436 72 T 0.166 0.055 0.014 0.002 0.231 0.533 73 P 0.205 0.015 0.005 0.001 0.122 0.651 74 T 0.429 0.077 0.003 0.001 0.127 0.363 75 I 0.396 0.172 0.002 0.001 0.123 0.306 76 P 0.143 0.023 0.004 0.001 0.747 0.082 77 P 0.039 0.004 0.016 0.002 0.916 0.024 78 N 0.040 0.001 0.012 0.001 0.912 0.034 79 T 0.394 0.016 0.006 0.001 0.535 0.048 80 A 0.754 0.021 0.001 0.001 0.036 0.188 81 Y 0.930 0.015 0.001 0.001 0.011 0.043 82 Q 0.949 0.005 0.001 0.001 0.012 0.033 83 Y 0.905 0.010 0.001 0.001 0.023 0.059 84 T 0.585 0.014 0.003 0.003 0.214 0.182 85 S 0.318 0.003 0.004 0.004 0.323 0.349 86 G 0.268 0.014 0.008 0.004 0.393 0.313 87 T 0.434 0.075 0.010 0.006 0.277 0.199 88 V 0.404 0.026 0.017 0.009 0.213 0.331 89 L 0.175 0.018 0.029 0.016 0.305 0.457 90 D 0.135 0.032 0.016 0.010 0.317 0.490 91 T 0.096 0.016 0.012 0.012 0.355 0.510 92 P 0.121 0.023 0.013 0.012 0.376 0.455 93 F 0.278 0.021 0.009 0.007 0.357 0.329 94 G 0.499 0.010 0.009 0.003 0.264 0.215 95 I 0.775 0.014 0.003 0.002 0.082 0.124 96 M 0.888 0.006 0.001 0.001 0.029 0.076 97 Y 0.894 0.002 0.001 0.001 0.025 0.078 98 G 0.896 0.002 0.001 0.001 0.027 0.074 99 T 0.944 0.002 0.001 0.001 0.020 0.033 100 Y 0.958 0.002 0.001 0.001 0.010 0.030 101 G 0.978 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 102 M 0.986 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 103 V 0.981 0.007 0.001 0.001 0.005 0.007 104 S 0.755 0.022 0.002 0.001 0.208 0.012 105 E 0.060 0.001 0.007 0.002 0.923 0.007 106 S 0.011 0.001 0.005 0.001 0.978 0.004 107 G 0.027 0.002 0.002 0.001 0.955 0.013 108 E 0.612 0.013 0.001 0.001 0.126 0.248 109 H 0.928 0.019 0.001 0.001 0.010 0.043 110 F 0.951 0.003 0.001 0.001 0.012 0.034 111 N 0.945 0.006 0.001 0.001 0.013 0.035 112 A 0.860 0.006 0.001 0.001 0.020 0.113 113 I 0.884 0.009 0.001 0.002 0.019 0.086 114 I 0.724 0.006 0.001 0.005 0.042 0.222 115 K 0.456 0.009 0.005 0.014 0.134 0.382 116 P 0.281 0.021 0.076 0.040 0.268 0.314 117 F 0.273 0.012 0.132 0.036 0.281 0.266 118 R 0.310 0.020 0.143 0.058 0.219 0.249 119 L 0.303 0.041 0.070 0.069 0.169 0.347 120 A 0.250 0.071 0.034 0.096 0.179 0.370 121 T 0.117 0.011 0.026 0.107 0.235 0.505 122 P 0.055 0.008 0.206 0.224 0.265 0.242 123 G 0.026 0.010 0.403 0.168 0.270 0.122 124 L 0.024 0.010 0.454 0.154 0.237 0.121 125 L 0.028 0.029 0.129 0.172 0.267 0.375 126 H 0.002 0.007 0.011 0.032 0.109 0.839