# TARGET T0212 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0212.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 53 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.009 0.775 0.004 0.006 0.021 0.001 0.001 0.004 0.029 0.006 0.044 0.101 2 S 0.006 0.042 0.542 0.024 0.011 0.036 0.002 0.001 0.010 0.022 0.011 0.037 0.255 3 A 0.018 0.017 0.385 0.014 0.010 0.046 0.003 0.001 0.014 0.058 0.013 0.267 0.157 4 L 0.017 0.025 0.251 0.043 0.011 0.027 0.004 0.002 0.011 0.081 0.028 0.066 0.434 5 D 0.005 0.024 0.412 0.019 0.022 0.015 0.001 0.001 0.005 0.137 0.056 0.152 0.152 6 N 0.001 0.004 0.169 0.025 0.031 0.005 0.001 0.001 0.001 0.287 0.408 0.023 0.045 7 S 0.007 0.003 0.178 0.021 0.014 0.002 0.001 0.001 0.008 0.231 0.432 0.039 0.063 8 I 0.089 0.009 0.277 0.006 0.002 0.001 0.021 0.002 0.042 0.078 0.012 0.242 0.218 9 R 0.345 0.005 0.136 0.005 0.001 0.001 0.055 0.008 0.070 0.010 0.002 0.154 0.210 10 V 0.655 0.002 0.028 0.015 0.001 0.001 0.062 0.012 0.021 0.004 0.001 0.056 0.143 11 E 0.577 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.080 0.012 0.036 0.001 0.001 0.207 0.062 12 V 0.286 0.003 0.038 0.006 0.001 0.002 0.133 0.049 0.105 0.003 0.001 0.016 0.356 13 K 0.069 0.001 0.079 0.020 0.001 0.002 0.018 0.003 0.080 0.015 0.001 0.683 0.028 14 T 0.037 0.010 0.153 0.013 0.003 0.004 0.016 0.003 0.091 0.017 0.010 0.011 0.631 15 E 0.044 0.026 0.341 0.100 0.020 0.014 0.022 0.003 0.047 0.132 0.043 0.143 0.064 16 Y 0.024 0.025 0.299 0.012 0.027 0.021 0.012 0.001 0.029 0.243 0.025 0.081 0.201 17 I 0.004 0.012 0.539 0.005 0.036 0.029 0.003 0.001 0.015 0.178 0.011 0.071 0.098 18 E 0.002 0.009 0.366 0.006 0.253 0.073 0.002 0.001 0.004 0.087 0.097 0.011 0.088 19 Q 0.007 0.014 0.199 0.017 0.294 0.112 0.002 0.001 0.004 0.086 0.216 0.017 0.033 20 Q 0.005 0.024 0.186 0.003 0.271 0.093 0.001 0.001 0.004 0.103 0.261 0.026 0.023 21 S 0.006 0.030 0.314 0.007 0.139 0.079 0.001 0.001 0.002 0.225 0.131 0.011 0.055 22 S 0.002 0.014 0.470 0.002 0.103 0.064 0.001 0.001 0.002 0.191 0.096 0.030 0.027 23 P 0.001 0.009 0.170 0.004 0.166 0.081 0.001 0.001 0.001 0.198 0.337 0.002 0.033 24 E 0.001 0.009 0.124 0.011 0.124 0.068 0.001 0.001 0.001 0.195 0.447 0.012 0.008 25 D 0.001 0.005 0.130 0.010 0.058 0.050 0.001 0.001 0.001 0.261 0.457 0.010 0.016 26 E 0.012 0.004 0.305 0.011 0.019 0.024 0.001 0.001 0.002 0.233 0.309 0.015 0.065 27 K 0.219 0.012 0.189 0.003 0.004 0.011 0.021 0.001 0.027 0.050 0.020 0.261 0.182 28 Y 0.397 0.009 0.037 0.009 0.001 0.004 0.066 0.005 0.033 0.008 0.002 0.039 0.391 29 L 0.584 0.002 0.012 0.012 0.001 0.001 0.082 0.008 0.026 0.002 0.001 0.220 0.051 30 F 0.772 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.057 0.005 0.012 0.001 0.001 0.021 0.122 31 S 0.837 0.001 0.006 0.010 0.001 0.001 0.025 0.001 0.005 0.001 0.001 0.061 0.053 32 Y 0.880 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 0.017 0.001 0.003 0.001 0.001 0.024 0.057 33 T 0.793 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 0.022 0.001 0.003 0.001 0.001 0.078 0.089 34 I 0.818 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.033 0.001 0.002 0.001 0.001 0.058 0.078 35 T 0.681 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.048 0.003 0.006 0.001 0.001 0.126 0.123 36 I 0.639 0.002 0.016 0.012 0.001 0.003 0.067 0.008 0.010 0.002 0.002 0.037 0.202 37 I 0.519 0.005 0.061 0.028 0.002 0.005 0.036 0.002 0.014 0.016 0.009 0.161 0.143 38 N 0.111 0.017 0.225 0.006 0.005 0.005 0.008 0.001 0.015 0.137 0.067 0.102 0.302 39 L 0.008 0.008 0.206 0.003 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.298 0.372 0.033 0.055 40 G 0.003 0.012 0.174 0.006 0.007 0.010 0.001 0.001 0.001 0.413 0.333 0.018 0.025 41 E 0.004 0.010 0.339 0.008 0.010 0.017 0.001 0.001 0.001 0.362 0.175 0.014 0.062 42 Q 0.017 0.014 0.393 0.048 0.009 0.042 0.001 0.001 0.001 0.273 0.063 0.084 0.054 43 A 0.044 0.014 0.333 0.046 0.017 0.061 0.005 0.001 0.003 0.122 0.054 0.039 0.262 44 A 0.185 0.014 0.200 0.007 0.012 0.057 0.030 0.001 0.012 0.040 0.025 0.152 0.264 45 K 0.267 0.015 0.073 0.004 0.002 0.012 0.047 0.002 0.013 0.011 0.004 0.437 0.113 46 L 0.135 0.009 0.030 0.007 0.003 0.013 0.021 0.001 0.009 0.004 0.009 0.016 0.741 47 E 0.099 0.004 0.018 0.734 0.001 0.003 0.008 0.001 0.002 0.009 0.004 0.098 0.018 48 T 0.262 0.003 0.064 0.048 0.004 0.006 0.011 0.001 0.003 0.041 0.007 0.213 0.339 49 R 0.433 0.002 0.054 0.017 0.009 0.005 0.013 0.001 0.002 0.030 0.014 0.057 0.365 50 H 0.427 0.004 0.062 0.015 0.005 0.005 0.026 0.001 0.008 0.013 0.008 0.208 0.219 51 W 0.644 0.001 0.019 0.044 0.001 0.005 0.020 0.001 0.001 0.009 0.003 0.092 0.160 52 I 0.740 0.001 0.009 0.002 0.001 0.002 0.026 0.001 0.002 0.001 0.001 0.101 0.115 53 I 0.852 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.079 54 T 0.712 0.012 0.040 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.004 0.007 0.002 0.080 0.121 55 D 0.023 0.006 0.531 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.006 0.054 0.039 0.013 0.322 56 A 0.001 0.001 0.021 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.859 0.005 0.002 57 N 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.932 0.001 0.001 58 G 0.001 0.001 0.181 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.522 0.273 0.007 0.008 59 K 0.008 0.044 0.661 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.087 0.010 0.021 0.160 60 T 0.032 0.084 0.096 0.007 0.001 0.001 0.017 0.001 0.012 0.013 0.001 0.036 0.702 61 S 0.067 0.004 0.086 0.348 0.001 0.001 0.025 0.001 0.005 0.015 0.002 0.368 0.077 62 E 0.185 0.007 0.069 0.002 0.001 0.001 0.048 0.003 0.009 0.008 0.003 0.156 0.509 63 V 0.308 0.011 0.071 0.035 0.002 0.001 0.044 0.001 0.003 0.016 0.007 0.192 0.309 64 Q 0.136 0.008 0.198 0.048 0.002 0.002 0.009 0.001 0.003 0.034 0.023 0.327 0.209 65 G 0.088 0.011 0.316 0.018 0.003 0.004 0.006 0.001 0.010 0.145 0.072 0.061 0.266 66 A 0.060 0.017 0.249 0.027 0.024 0.019 0.022 0.001 0.014 0.162 0.202 0.089 0.114 67 G 0.137 0.019 0.194 0.008 0.034 0.019 0.040 0.003 0.016 0.099 0.140 0.138 0.154 68 V 0.119 0.088 0.144 0.001 0.051 0.016 0.045 0.039 0.037 0.057 0.108 0.081 0.214 69 V 0.141 0.023 0.163 0.016 0.063 0.011 0.028 0.007 0.012 0.077 0.167 0.077 0.216 70 G 0.042 0.009 0.172 0.071 0.044 0.009 0.003 0.001 0.003 0.263 0.217 0.109 0.058 71 E 0.013 0.026 0.218 0.067 0.017 0.005 0.001 0.001 0.009 0.251 0.192 0.016 0.185 72 T 0.010 0.017 0.312 0.011 0.004 0.002 0.003 0.001 0.015 0.116 0.007 0.380 0.122 73 P 0.007 0.019 0.467 0.009 0.004 0.001 0.003 0.001 0.022 0.033 0.006 0.072 0.356 74 T 0.012 0.132 0.369 0.031 0.017 0.002 0.006 0.001 0.041 0.070 0.025 0.073 0.221 75 I 0.004 0.101 0.518 0.016 0.009 0.001 0.003 0.001 0.020 0.126 0.020 0.103 0.080 76 P 0.001 0.012 0.777 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.102 0.043 0.008 0.040 77 P 0.001 0.001 0.032 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.880 0.002 0.003 78 N 0.001 0.003 0.048 0.002 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.126 0.789 0.003 0.006 79 T 0.017 0.015 0.516 0.002 0.012 0.008 0.001 0.001 0.002 0.299 0.047 0.029 0.052 80 A 0.109 0.038 0.240 0.005 0.002 0.013 0.013 0.002 0.015 0.051 0.008 0.020 0.483 81 Y 0.250 0.007 0.071 0.009 0.001 0.004 0.017 0.002 0.011 0.016 0.002 0.535 0.074 82 Q 0.303 0.009 0.032 0.005 0.002 0.003 0.029 0.003 0.012 0.009 0.002 0.054 0.539 83 Y 0.218 0.006 0.066 0.017 0.006 0.004 0.015 0.002 0.009 0.013 0.004 0.507 0.132 84 T 0.174 0.006 0.116 0.100 0.006 0.002 0.010 0.001 0.008 0.037 0.009 0.056 0.475 85 S 0.140 0.005 0.138 0.037 0.020 0.002 0.006 0.001 0.004 0.061 0.041 0.396 0.150 86 G 0.171 0.007 0.145 0.036 0.018 0.003 0.019 0.001 0.009 0.077 0.036 0.039 0.437 87 T 0.040 0.012 0.214 0.002 0.003 0.001 0.006 0.001 0.027 0.052 0.004 0.561 0.077 88 V 0.019 0.021 0.440 0.007 0.003 0.002 0.007 0.002 0.025 0.040 0.010 0.021 0.403 89 L 0.013 0.034 0.464 0.019 0.004 0.003 0.004 0.001 0.042 0.093 0.026 0.244 0.053 90 D 0.007 0.042 0.471 0.013 0.005 0.002 0.003 0.002 0.022 0.166 0.049 0.022 0.194 91 T 0.001 0.033 0.670 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.010 0.177 0.022 0.051 0.022 92 P 0.001 0.013 0.427 0.011 0.021 0.002 0.001 0.001 0.002 0.249 0.199 0.012 0.063 93 F 0.003 0.014 0.243 0.015 0.035 0.003 0.001 0.001 0.002 0.322 0.310 0.016 0.037 94 G 0.015 0.038 0.252 0.008 0.040 0.005 0.002 0.001 0.004 0.231 0.158 0.140 0.108 95 I 0.036 0.017 0.329 0.012 0.017 0.004 0.003 0.001 0.004 0.107 0.057 0.068 0.345 96 M 0.089 0.026 0.167 0.011 0.010 0.003 0.006 0.001 0.004 0.084 0.024 0.429 0.144 97 Y 0.127 0.018 0.122 0.018 0.007 0.002 0.008 0.001 0.005 0.033 0.018 0.110 0.532 98 G 0.240 0.007 0.098 0.047 0.010 0.001 0.011 0.001 0.002 0.037 0.023 0.399 0.125 99 T 0.308 0.007 0.071 0.012 0.005 0.001 0.010 0.001 0.003 0.013 0.007 0.107 0.457 100 Y 0.540 0.002 0.046 0.034 0.007 0.001 0.016 0.001 0.002 0.013 0.004 0.164 0.171 101 G 0.664 0.001 0.019 0.005 0.001 0.001 0.020 0.001 0.004 0.003 0.001 0.104 0.177 102 M 0.637 0.004 0.028 0.003 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 0.002 0.001 0.102 0.209 103 V 0.501 0.011 0.045 0.006 0.001 0.001 0.012 0.001 0.003 0.008 0.001 0.129 0.282 104 S 0.050 0.013 0.338 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.004 0.062 0.030 0.060 0.433 105 E 0.002 0.002 0.036 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.164 0.757 0.015 0.012 106 S 0.001 0.001 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.862 0.003 0.002 107 G 0.002 0.002 0.202 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.486 0.235 0.007 0.042 108 E 0.039 0.019 0.430 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.061 0.008 0.289 0.148 109 H 0.065 0.014 0.024 0.008 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.007 0.001 0.008 0.861 110 F 0.066 0.001 0.029 0.004 0.001 0.001 0.016 0.001 0.002 0.004 0.001 0.861 0.017 111 N 0.081 0.006 0.043 0.003 0.001 0.001 0.029 0.001 0.008 0.007 0.001 0.016 0.805 112 A 0.015 0.004 0.094 0.011 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.012 0.002 0.817 0.033 113 I 0.009 0.010 0.365 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.018 0.004 0.013 0.565 114 I 0.003 0.032 0.764 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.034 0.005 0.113 0.027 115 K 0.001 0.004 0.717 0.027 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.142 0.022 0.021 0.055 116 P 0.002 0.011 0.471 0.052 0.015 0.004 0.001 0.001 0.007 0.236 0.107 0.008 0.085 117 F 0.011 0.022 0.273 0.002 0.011 0.010 0.018 0.003 0.020 0.069 0.028 0.437 0.098 118 R 0.014 0.042 0.374 0.006 0.017 0.022 0.020 0.002 0.014 0.045 0.017 0.053 0.376 119 L 0.014 0.062 0.363 0.010 0.034 0.071 0.018 0.004 0.020 0.118 0.075 0.108 0.104 120 A 0.006 0.027 0.452 0.005 0.026 0.072 0.004 0.001 0.007 0.184 0.071 0.064 0.081 121 T 0.002 0.009 0.665 0.004 0.026 0.034 0.001 0.001 0.004 0.167 0.029 0.030 0.032 122 P 0.002 0.009 0.281 0.004 0.274 0.089 0.001 0.001 0.002 0.102 0.202 0.003 0.031 123 G 0.007 0.016 0.212 0.003 0.272 0.102 0.001 0.001 0.010 0.158 0.192 0.020 0.008 124 L 0.006 0.032 0.237 0.001 0.269 0.087 0.002 0.001 0.012 0.125 0.184 0.011 0.034 125 L 0.003 0.019 0.554 0.001 0.093 0.089 0.002 0.001 0.011 0.070 0.126 0.012 0.021 126 H 0.001 0.001 0.954 0.001 0.009 0.015 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.001 0.004