# TARGET T0212 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0212.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.33607 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.116 0.070 0.049 0.080 0.072 0.088 0.133 0.111 0.120 0.094 0.067 2 S 0.187 0.168 0.125 0.182 0.118 0.080 0.070 0.032 0.020 0.011 0.007 3 A 0.234 0.166 0.158 0.148 0.103 0.072 0.056 0.026 0.019 0.011 0.006 4 L 0.050 0.046 0.047 0.113 0.120 0.140 0.179 0.120 0.086 0.058 0.040 5 D 0.120 0.180 0.147 0.219 0.163 0.080 0.052 0.021 0.011 0.005 0.002 6 N 0.182 0.122 0.135 0.225 0.144 0.092 0.065 0.022 0.009 0.003 0.002 7 S 0.110 0.152 0.162 0.314 0.163 0.068 0.023 0.005 0.002 0.001 0.001 8 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.014 0.078 0.150 0.250 0.252 0.246 9 R 0.029 0.177 0.174 0.476 0.119 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 10 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.016 0.091 0.158 0.283 0.249 0.190 11 E 0.066 0.216 0.196 0.387 0.108 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 12 V 0.002 0.002 0.001 0.004 0.007 0.014 0.082 0.125 0.246 0.267 0.249 13 K 0.035 0.156 0.105 0.426 0.193 0.061 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 14 T 0.030 0.044 0.021 0.057 0.064 0.090 0.194 0.147 0.179 0.108 0.067 15 E 0.170 0.179 0.146 0.267 0.134 0.059 0.029 0.009 0.004 0.002 0.001 16 Y 0.017 0.044 0.025 0.075 0.110 0.147 0.232 0.148 0.108 0.063 0.030 17 I 0.019 0.046 0.052 0.113 0.122 0.120 0.162 0.128 0.115 0.077 0.046 18 E 0.246 0.180 0.153 0.205 0.127 0.049 0.026 0.008 0.004 0.001 0.001 19 Q 0.202 0.139 0.160 0.207 0.123 0.074 0.057 0.021 0.010 0.005 0.002 20 Q 0.083 0.086 0.057 0.134 0.123 0.124 0.162 0.097 0.072 0.043 0.019 21 S 0.085 0.067 0.042 0.077 0.088 0.114 0.178 0.122 0.106 0.077 0.044 22 S 0.166 0.235 0.127 0.162 0.098 0.071 0.066 0.034 0.022 0.013 0.007 23 P 0.283 0.140 0.054 0.105 0.089 0.085 0.103 0.055 0.042 0.028 0.015 24 E 0.611 0.183 0.047 0.079 0.036 0.019 0.013 0.005 0.003 0.002 0.001 25 D 0.249 0.207 0.087 0.218 0.114 0.061 0.040 0.012 0.007 0.003 0.001 26 E 0.275 0.120 0.075 0.163 0.108 0.092 0.079 0.039 0.027 0.014 0.007 27 K 0.018 0.064 0.097 0.272 0.237 0.171 0.101 0.026 0.009 0.003 0.001 28 Y 0.002 0.005 0.013 0.035 0.053 0.098 0.266 0.234 0.164 0.094 0.035 29 L 0.003 0.010 0.032 0.107 0.154 0.182 0.201 0.127 0.100 0.059 0.024 30 F 0.002 0.004 0.015 0.031 0.037 0.051 0.178 0.213 0.216 0.171 0.083 31 S 0.005 0.015 0.054 0.141 0.160 0.160 0.172 0.124 0.096 0.051 0.022 32 Y 0.002 0.004 0.009 0.014 0.014 0.023 0.151 0.224 0.272 0.211 0.077 33 T 0.008 0.043 0.088 0.306 0.234 0.145 0.092 0.045 0.022 0.012 0.005 34 I 0.003 0.005 0.017 0.008 0.006 0.010 0.058 0.121 0.266 0.288 0.219 35 T 0.011 0.048 0.103 0.325 0.280 0.125 0.074 0.023 0.009 0.002 0.001 36 I 0.003 0.007 0.010 0.010 0.009 0.015 0.076 0.120 0.260 0.284 0.204 37 I 0.030 0.053 0.066 0.264 0.271 0.151 0.107 0.035 0.018 0.005 0.002 38 N 0.044 0.076 0.033 0.067 0.075 0.103 0.203 0.149 0.140 0.073 0.037 39 L 0.113 0.216 0.109 0.215 0.143 0.087 0.060 0.028 0.016 0.009 0.004 40 G 0.457 0.267 0.051 0.104 0.055 0.029 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 41 E 0.545 0.165 0.060 0.102 0.065 0.030 0.020 0.007 0.004 0.002 0.001 42 Q 0.222 0.168 0.097 0.185 0.106 0.089 0.079 0.029 0.016 0.007 0.003 43 A 0.080 0.073 0.091 0.202 0.148 0.146 0.129 0.059 0.039 0.023 0.012 44 A 0.074 0.032 0.078 0.065 0.070 0.121 0.216 0.145 0.109 0.064 0.027 45 K 0.026 0.088 0.219 0.332 0.173 0.088 0.048 0.016 0.007 0.003 0.001 46 L 0.009 0.015 0.055 0.032 0.031 0.045 0.127 0.135 0.193 0.206 0.151 47 E 0.021 0.039 0.150 0.261 0.224 0.135 0.103 0.035 0.020 0.008 0.003 48 T 0.058 0.092 0.231 0.199 0.133 0.094 0.102 0.044 0.027 0.013 0.005 49 R 0.011 0.029 0.073 0.135 0.126 0.140 0.204 0.133 0.088 0.047 0.014 50 H 0.011 0.037 0.078 0.137 0.148 0.173 0.199 0.100 0.065 0.036 0.016 51 W 0.004 0.010 0.029 0.036 0.048 0.070 0.162 0.186 0.206 0.160 0.087 52 I 0.008 0.032 0.045 0.152 0.188 0.161 0.189 0.113 0.066 0.033 0.013 53 I 0.003 0.008 0.013 0.022 0.024 0.029 0.095 0.145 0.248 0.250 0.162 54 T 0.011 0.032 0.034 0.138 0.173 0.168 0.199 0.113 0.080 0.035 0.017 55 D 0.043 0.080 0.061 0.175 0.168 0.147 0.151 0.087 0.055 0.025 0.008 56 A 0.159 0.123 0.080 0.163 0.128 0.108 0.109 0.059 0.037 0.023 0.011 57 N 0.366 0.257 0.070 0.135 0.072 0.036 0.034 0.014 0.008 0.004 0.002 58 G 0.616 0.152 0.033 0.072 0.045 0.031 0.024 0.012 0.008 0.005 0.003 59 K 0.153 0.291 0.061 0.205 0.121 0.072 0.051 0.021 0.013 0.007 0.004 60 T 0.042 0.047 0.026 0.093 0.116 0.134 0.175 0.127 0.115 0.075 0.048 61 S 0.173 0.153 0.085 0.201 0.155 0.103 0.069 0.030 0.018 0.008 0.005 62 E 0.095 0.153 0.094 0.259 0.176 0.106 0.071 0.026 0.012 0.005 0.003 63 V 0.009 0.006 0.006 0.015 0.024 0.039 0.092 0.131 0.198 0.222 0.259 64 Q 0.060 0.190 0.109 0.308 0.188 0.078 0.042 0.014 0.007 0.003 0.002 65 G 0.080 0.062 0.043 0.095 0.096 0.116 0.168 0.117 0.102 0.072 0.049 66 A 0.121 0.157 0.071 0.202 0.166 0.104 0.090 0.042 0.023 0.015 0.009 67 G 0.050 0.042 0.018 0.071 0.077 0.104 0.181 0.139 0.139 0.108 0.070 68 V 0.009 0.025 0.017 0.067 0.094 0.114 0.155 0.137 0.148 0.125 0.109 69 V 0.008 0.016 0.010 0.034 0.041 0.056 0.142 0.160 0.196 0.174 0.163 70 G 0.064 0.040 0.023 0.091 0.108 0.120 0.163 0.134 0.116 0.082 0.058 71 E 0.159 0.159 0.047 0.184 0.150 0.095 0.091 0.049 0.034 0.020 0.013 72 T 0.015 0.029 0.011 0.071 0.107 0.112 0.176 0.166 0.151 0.098 0.065 73 P 0.223 0.156 0.052 0.142 0.119 0.087 0.090 0.049 0.039 0.027 0.017 74 T 0.170 0.112 0.037 0.180 0.154 0.113 0.135 0.051 0.031 0.013 0.004 75 I 0.012 0.007 0.003 0.015 0.022 0.038 0.110 0.168 0.239 0.220 0.166 76 P 0.239 0.384 0.098 0.155 0.062 0.029 0.016 0.007 0.005 0.002 0.002 77 P 0.298 0.148 0.045 0.150 0.104 0.096 0.082 0.042 0.020 0.010 0.004 78 N 0.708 0.153 0.022 0.049 0.030 0.017 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 79 T 0.212 0.245 0.085 0.230 0.116 0.056 0.034 0.012 0.006 0.003 0.001 80 A 0.108 0.134 0.069 0.234 0.187 0.112 0.081 0.037 0.022 0.012 0.006 81 Y 0.019 0.021 0.020 0.052 0.080 0.129 0.235 0.183 0.140 0.083 0.040 82 Q 0.025 0.122 0.114 0.396 0.208 0.077 0.037 0.012 0.005 0.002 0.001 83 Y 0.003 0.005 0.005 0.014 0.025 0.042 0.115 0.175 0.234 0.209 0.173 84 T 0.076 0.165 0.129 0.297 0.184 0.082 0.041 0.014 0.007 0.003 0.002 85 S 0.029 0.038 0.021 0.076 0.091 0.102 0.224 0.160 0.127 0.087 0.044 86 G 0.285 0.177 0.069 0.214 0.115 0.062 0.038 0.018 0.011 0.007 0.004 87 T 0.021 0.037 0.028 0.072 0.091 0.116 0.199 0.146 0.134 0.095 0.061 88 V 0.066 0.124 0.072 0.200 0.153 0.114 0.114 0.064 0.045 0.028 0.021 89 L 0.018 0.009 0.008 0.020 0.025 0.041 0.117 0.148 0.210 0.211 0.193 90 D 0.118 0.233 0.092 0.275 0.151 0.069 0.037 0.012 0.007 0.003 0.002 91 T 0.013 0.019 0.009 0.030 0.035 0.047 0.107 0.153 0.216 0.193 0.179 92 P 0.495 0.236 0.071 0.122 0.046 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 93 F 0.068 0.083 0.036 0.130 0.142 0.148 0.199 0.087 0.059 0.033 0.015 94 G 0.099 0.053 0.023 0.083 0.081 0.098 0.142 0.122 0.120 0.097 0.083 95 I 0.024 0.058 0.058 0.186 0.173 0.158 0.151 0.074 0.058 0.036 0.023 96 M 0.008 0.009 0.013 0.026 0.030 0.051 0.134 0.164 0.206 0.198 0.161 97 Y 0.022 0.060 0.052 0.273 0.229 0.148 0.100 0.058 0.032 0.018 0.010 98 G 0.029 0.026 0.016 0.047 0.062 0.073 0.160 0.170 0.183 0.145 0.089 99 T 0.038 0.102 0.092 0.319 0.217 0.122 0.065 0.022 0.013 0.006 0.003 100 Y 0.004 0.006 0.007 0.016 0.023 0.043 0.138 0.154 0.235 0.234 0.140 101 G 0.025 0.085 0.064 0.280 0.241 0.134 0.098 0.039 0.022 0.009 0.004 102 M 0.006 0.008 0.008 0.016 0.019 0.027 0.099 0.143 0.246 0.256 0.172 103 V 0.013 0.045 0.038 0.180 0.191 0.177 0.169 0.084 0.056 0.029 0.019 104 S 0.041 0.088 0.052 0.154 0.149 0.145 0.174 0.095 0.061 0.027 0.015 105 E 0.380 0.167 0.093 0.141 0.091 0.058 0.039 0.016 0.008 0.005 0.003 106 S 0.375 0.377 0.072 0.119 0.036 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 107 G 0.427 0.186 0.044 0.111 0.093 0.056 0.040 0.020 0.014 0.007 0.004 108 E 0.165 0.222 0.094 0.253 0.142 0.072 0.036 0.010 0.004 0.001 0.001 109 H 0.015 0.059 0.069 0.217 0.230 0.201 0.137 0.042 0.019 0.007 0.003 110 F 0.003 0.002 0.002 0.009 0.018 0.042 0.141 0.216 0.244 0.194 0.129 111 N 0.062 0.148 0.113 0.383 0.196 0.067 0.023 0.006 0.002 0.001 0.001 112 A 0.001 0.002 0.004 0.006 0.009 0.021 0.082 0.133 0.241 0.273 0.228 113 I 0.043 0.129 0.077 0.333 0.214 0.109 0.066 0.017 0.008 0.003 0.003 114 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.012 0.065 0.125 0.230 0.271 0.284 115 K 0.174 0.230 0.131 0.271 0.122 0.044 0.018 0.005 0.003 0.001 0.001 116 P 0.155 0.138 0.052 0.194 0.163 0.126 0.100 0.038 0.021 0.009 0.004 117 F 0.020 0.016 0.008 0.030 0.037 0.054 0.119 0.160 0.214 0.188 0.154 118 R 0.050 0.143 0.111 0.264 0.185 0.119 0.076 0.025 0.016 0.007 0.005 119 L 0.037 0.028 0.025 0.047 0.041 0.048 0.103 0.136 0.181 0.189 0.165 120 A 0.116 0.144 0.071 0.188 0.160 0.119 0.098 0.049 0.031 0.016 0.010 121 T 0.105 0.117 0.045 0.105 0.089 0.081 0.126 0.105 0.106 0.074 0.049 122 P 0.119 0.095 0.038 0.120 0.114 0.112 0.123 0.088 0.082 0.063 0.046 123 G 0.319 0.168 0.071 0.143 0.103 0.071 0.058 0.029 0.021 0.012 0.007 124 L 0.147 0.102 0.052 0.147 0.124 0.108 0.122 0.075 0.059 0.040 0.023 125 L 0.068 0.053 0.034 0.060 0.055 0.065 0.103 0.112 0.157 0.151 0.141 126 H 0.090 0.104 0.046 0.128 0.123 0.115 0.131 0.096 0.081 0.052 0.034