# TARGET T0212 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0212.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.33607 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.444 0.182 0.191 0.098 0.024 0.030 0.012 0.003 0.013 0.002 0.001 2 S 0.498 0.205 0.138 0.077 0.037 0.016 0.008 0.002 0.016 0.002 0.001 3 A 0.319 0.202 0.252 0.099 0.055 0.025 0.015 0.005 0.026 0.002 0.001 4 L 0.274 0.235 0.287 0.101 0.018 0.049 0.006 0.001 0.026 0.002 0.001 5 D 0.197 0.355 0.132 0.137 0.087 0.019 0.028 0.005 0.031 0.009 0.001 6 N 0.123 0.097 0.139 0.321 0.089 0.037 0.144 0.018 0.020 0.012 0.001 7 S 0.039 0.408 0.239 0.137 0.121 0.013 0.015 0.006 0.019 0.001 0.001 8 I 0.001 0.675 0.246 0.003 0.036 0.019 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 9 R 0.001 0.524 0.426 0.001 0.005 0.033 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 10 V 0.001 0.887 0.055 0.001 0.028 0.008 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 11 E 0.001 0.568 0.377 0.001 0.003 0.040 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 12 V 0.003 0.766 0.139 0.002 0.029 0.039 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 13 K 0.008 0.589 0.216 0.005 0.059 0.048 0.005 0.001 0.069 0.001 0.001 14 T 0.260 0.151 0.422 0.025 0.083 0.034 0.004 0.004 0.006 0.006 0.005 15 E 0.723 0.075 0.036 0.134 0.011 0.009 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 16 Y 0.297 0.270 0.206 0.074 0.053 0.035 0.019 0.004 0.035 0.003 0.002 17 I 0.275 0.354 0.178 0.031 0.023 0.045 0.010 0.001 0.079 0.002 0.002 18 E 0.585 0.052 0.288 0.024 0.009 0.027 0.005 0.001 0.004 0.002 0.004 19 Q 0.482 0.110 0.165 0.129 0.049 0.028 0.020 0.004 0.011 0.001 0.001 20 Q 0.383 0.085 0.118 0.357 0.014 0.021 0.007 0.002 0.013 0.001 0.001 21 S 0.155 0.180 0.303 0.192 0.079 0.035 0.019 0.008 0.019 0.010 0.001 22 S 0.054 0.178 0.456 0.012 0.087 0.021 0.019 0.003 0.147 0.023 0.001 23 P 0.411 0.004 0.489 0.030 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.002 0.047 24 E 0.589 0.033 0.128 0.147 0.020 0.014 0.023 0.025 0.008 0.012 0.001 25 D 0.327 0.044 0.125 0.308 0.028 0.023 0.101 0.020 0.013 0.009 0.001 26 E 0.257 0.139 0.146 0.241 0.059 0.031 0.084 0.025 0.013 0.005 0.001 27 K 0.081 0.606 0.147 0.082 0.050 0.014 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 28 Y 0.020 0.632 0.203 0.016 0.073 0.030 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 29 L 0.011 0.854 0.068 0.004 0.046 0.008 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 30 F 0.010 0.747 0.065 0.010 0.139 0.014 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 31 S 0.007 0.726 0.124 0.007 0.122 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 32 Y 0.002 0.716 0.055 0.003 0.210 0.005 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 33 T 0.001 0.845 0.110 0.001 0.028 0.008 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 34 I 0.001 0.899 0.060 0.001 0.020 0.006 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 35 T 0.003 0.694 0.241 0.001 0.004 0.035 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 36 I 0.013 0.430 0.422 0.002 0.004 0.098 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 37 I 0.211 0.505 0.132 0.053 0.033 0.038 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 38 N 0.049 0.182 0.209 0.096 0.094 0.149 0.122 0.003 0.092 0.003 0.001 39 L 0.186 0.176 0.205 0.321 0.051 0.018 0.018 0.005 0.016 0.003 0.001 40 G 0.084 0.036 0.122 0.027 0.156 0.005 0.028 0.168 0.003 0.370 0.001 41 E 0.349 0.086 0.166 0.277 0.038 0.029 0.020 0.011 0.015 0.007 0.002 42 Q 0.206 0.379 0.219 0.066 0.073 0.017 0.013 0.002 0.020 0.003 0.001 43 A 0.356 0.156 0.339 0.063 0.022 0.041 0.008 0.002 0.008 0.002 0.003 44 A 0.178 0.438 0.120 0.054 0.170 0.011 0.006 0.003 0.015 0.003 0.001 45 K 0.116 0.477 0.239 0.018 0.026 0.066 0.008 0.001 0.047 0.001 0.001 46 L 0.149 0.297 0.404 0.018 0.010 0.085 0.003 0.001 0.032 0.001 0.001 47 E 0.415 0.223 0.127 0.133 0.034 0.031 0.014 0.002 0.018 0.002 0.001 48 T 0.148 0.374 0.170 0.052 0.213 0.011 0.015 0.005 0.007 0.004 0.001 49 R 0.179 0.428 0.140 0.099 0.081 0.024 0.019 0.005 0.022 0.003 0.001 50 H 0.049 0.608 0.132 0.051 0.079 0.026 0.011 0.001 0.040 0.001 0.001 51 W 0.044 0.496 0.337 0.015 0.064 0.021 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 52 I 0.025 0.712 0.177 0.006 0.032 0.029 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 53 I 0.027 0.628 0.252 0.009 0.016 0.043 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 54 T 0.046 0.580 0.195 0.045 0.070 0.038 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 55 D 0.028 0.206 0.469 0.019 0.144 0.077 0.014 0.003 0.033 0.008 0.001 56 A 0.746 0.053 0.027 0.131 0.012 0.009 0.007 0.005 0.007 0.004 0.001 57 N 0.109 0.016 0.043 0.664 0.004 0.009 0.131 0.004 0.019 0.002 0.001 58 G 0.006 0.001 0.017 0.011 0.019 0.001 0.095 0.805 0.001 0.044 0.001 59 K 0.093 0.288 0.420 0.094 0.043 0.035 0.013 0.003 0.008 0.004 0.001 60 T 0.035 0.499 0.376 0.015 0.036 0.026 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 61 S 0.195 0.436 0.091 0.140 0.109 0.013 0.004 0.001 0.011 0.002 0.001 62 E 0.011 0.615 0.231 0.012 0.109 0.012 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 63 V 0.009 0.631 0.233 0.006 0.030 0.054 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 64 Q 0.022 0.668 0.194 0.043 0.040 0.011 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 65 G 0.009 0.057 0.070 0.003 0.508 0.001 0.013 0.039 0.006 0.293 0.001 66 A 0.062 0.118 0.632 0.076 0.065 0.013 0.003 0.004 0.003 0.009 0.016 67 G 0.023 0.117 0.174 0.023 0.352 0.009 0.059 0.121 0.010 0.111 0.001 68 V 0.022 0.480 0.405 0.006 0.026 0.037 0.002 0.001 0.019 0.001 0.002 69 V 0.063 0.328 0.356 0.078 0.005 0.081 0.007 0.001 0.081 0.001 0.001 70 G 0.044 0.079 0.149 0.014 0.445 0.004 0.015 0.102 0.001 0.147 0.001 71 E 0.109 0.454 0.215 0.098 0.066 0.030 0.004 0.003 0.018 0.002 0.001 72 T 0.010 0.208 0.189 0.002 0.035 0.011 0.025 0.001 0.515 0.003 0.001 73 P 0.174 0.004 0.639 0.008 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.159 74 T 0.084 0.185 0.432 0.143 0.018 0.096 0.010 0.003 0.025 0.001 0.003 75 I 0.008 0.337 0.554 0.003 0.012 0.030 0.003 0.001 0.052 0.001 0.001 76 P 0.008 0.019 0.923 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.029 0.001 0.002 77 P 0.178 0.001 0.773 0.008 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 78 N 0.059 0.009 0.024 0.253 0.012 0.015 0.225 0.392 0.008 0.002 0.001 79 T 0.026 0.248 0.607 0.042 0.026 0.028 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 80 A 0.042 0.532 0.317 0.035 0.039 0.018 0.005 0.002 0.010 0.001 0.001 81 Y 0.023 0.620 0.163 0.017 0.119 0.023 0.004 0.001 0.027 0.002 0.001 82 Q 0.019 0.711 0.192 0.008 0.033 0.024 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 83 Y 0.024 0.559 0.153 0.020 0.158 0.054 0.003 0.001 0.028 0.002 0.001 84 T 0.064 0.570 0.178 0.050 0.095 0.019 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 85 S 0.060 0.290 0.169 0.071 0.370 0.006 0.006 0.005 0.008 0.015 0.001 86 G 0.069 0.113 0.159 0.129 0.197 0.014 0.077 0.150 0.022 0.069 0.001 87 T 0.013 0.504 0.352 0.005 0.087 0.012 0.004 0.001 0.020 0.002 0.001 88 V 0.036 0.311 0.541 0.011 0.005 0.071 0.003 0.001 0.020 0.001 0.003 89 L 0.039 0.375 0.456 0.016 0.038 0.046 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 90 D 0.083 0.149 0.385 0.087 0.027 0.177 0.036 0.005 0.044 0.003 0.003 91 T 0.067 0.344 0.384 0.008 0.083 0.018 0.009 0.001 0.084 0.003 0.001 92 P 0.569 0.007 0.329 0.032 0.001 0.029 0.001 0.001 0.002 0.001 0.031 93 F 0.198 0.199 0.220 0.253 0.069 0.010 0.022 0.007 0.020 0.002 0.001 94 G 0.058 0.021 0.070 0.016 0.162 0.003 0.038 0.231 0.002 0.398 0.001 95 I 0.175 0.357 0.231 0.130 0.053 0.031 0.004 0.001 0.015 0.001 0.002 96 M 0.049 0.444 0.226 0.048 0.085 0.070 0.021 0.003 0.048 0.005 0.001 97 Y 0.054 0.349 0.378 0.071 0.058 0.043 0.013 0.002 0.028 0.002 0.002 98 G 0.055 0.074 0.097 0.020 0.415 0.005 0.026 0.091 0.004 0.212 0.001 99 T 0.134 0.418 0.202 0.088 0.103 0.030 0.005 0.003 0.013 0.002 0.003 100 Y 0.076 0.397 0.197 0.090 0.158 0.017 0.022 0.006 0.029 0.008 0.001 101 G 0.100 0.289 0.229 0.044 0.237 0.018 0.019 0.022 0.014 0.026 0.001 102 M 0.082 0.416 0.222 0.058 0.127 0.045 0.013 0.005 0.027 0.003 0.002 103 V 0.056 0.501 0.269 0.058 0.047 0.037 0.005 0.001 0.026 0.001 0.001 104 S 0.053 0.216 0.525 0.019 0.131 0.030 0.003 0.004 0.008 0.010 0.001 105 E 0.663 0.113 0.068 0.092 0.025 0.012 0.007 0.003 0.013 0.004 0.001 106 S 0.104 0.028 0.076 0.627 0.013 0.010 0.110 0.006 0.023 0.003 0.001 107 G 0.010 0.003 0.061 0.008 0.030 0.002 0.078 0.697 0.001 0.110 0.001 108 E 0.100 0.321 0.472 0.044 0.035 0.017 0.002 0.001 0.005 0.002 0.001 109 H 0.043 0.496 0.338 0.031 0.024 0.032 0.005 0.001 0.028 0.001 0.001 110 F 0.027 0.587 0.185 0.034 0.117 0.025 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 111 N 0.028 0.527 0.173 0.045 0.073 0.077 0.017 0.001 0.058 0.001 0.001 112 A 0.007 0.748 0.089 0.004 0.132 0.007 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 113 I 0.007 0.547 0.361 0.004 0.007 0.053 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 114 I 0.006 0.527 0.350 0.002 0.012 0.031 0.002 0.001 0.069 0.001 0.001 115 K 0.010 0.279 0.546 0.001 0.032 0.027 0.007 0.001 0.093 0.002 0.003 116 P 0.053 0.011 0.755 0.007 0.001 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 117 F 0.033 0.446 0.253 0.016 0.164 0.030 0.016 0.004 0.035 0.002 0.001 118 R 0.045 0.409 0.330 0.013 0.013 0.129 0.009 0.001 0.048 0.001 0.002 119 L 0.076 0.430 0.315 0.041 0.028 0.074 0.004 0.001 0.029 0.001 0.001 120 A 0.149 0.230 0.273 0.151 0.079 0.063 0.018 0.006 0.024 0.006 0.001 121 T 0.018 0.340 0.295 0.002 0.060 0.019 0.011 0.001 0.249 0.004 0.001 122 P 0.189 0.004 0.629 0.014 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 123 G 0.290 0.028 0.115 0.052 0.085 0.010 0.069 0.276 0.006 0.069 0.001 124 L 0.465 0.131 0.190 0.135 0.026 0.024 0.007 0.002 0.016 0.001 0.003 125 L 0.339 0.151 0.228 0.190 0.016 0.046 0.009 0.003 0.016 0.002 0.001 126 H 0.181 0.231 0.216 0.147 0.069 0.063 0.035 0.006 0.044 0.007 0.001