# TARGET T0212 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0212.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 53 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.154 0.135 0.069 0.030 0.209 0.018 0.026 0.093 0.079 0.121 0.067 2 S 0.125 0.266 0.098 0.023 0.227 0.016 0.019 0.066 0.053 0.064 0.042 3 A 0.109 0.269 0.110 0.018 0.250 0.011 0.026 0.089 0.053 0.033 0.032 4 L 0.178 0.138 0.056 0.019 0.196 0.027 0.058 0.126 0.086 0.062 0.054 5 D 0.057 0.238 0.208 0.098 0.173 0.033 0.027 0.061 0.051 0.036 0.017 6 N 0.016 0.084 0.054 0.097 0.046 0.123 0.182 0.167 0.177 0.044 0.009 7 S 0.204 0.043 0.013 0.003 0.144 0.002 0.005 0.013 0.062 0.286 0.224 8 I 0.135 0.237 0.009 0.001 0.597 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 9 R 0.434 0.013 0.001 0.001 0.499 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.044 10 V 0.266 0.098 0.007 0.010 0.583 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.025 11 E 0.207 0.050 0.004 0.001 0.720 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 12 V 0.372 0.078 0.012 0.003 0.465 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.059 13 K 0.129 0.310 0.060 0.011 0.436 0.004 0.004 0.002 0.001 0.004 0.037 14 T 0.306 0.103 0.019 0.004 0.389 0.005 0.007 0.014 0.013 0.027 0.115 15 E 0.139 0.101 0.053 0.045 0.224 0.044 0.109 0.102 0.067 0.069 0.047 16 Y 0.088 0.276 0.148 0.045 0.210 0.020 0.021 0.045 0.032 0.079 0.035 17 I 0.097 0.293 0.189 0.042 0.186 0.013 0.014 0.058 0.041 0.031 0.036 18 E 0.040 0.096 0.071 0.034 0.073 0.050 0.075 0.262 0.221 0.056 0.021 19 Q 0.070 0.066 0.036 0.019 0.098 0.032 0.098 0.261 0.193 0.086 0.040 20 Q 0.105 0.105 0.039 0.013 0.160 0.015 0.033 0.143 0.122 0.204 0.061 21 S 0.093 0.167 0.071 0.038 0.175 0.040 0.051 0.098 0.075 0.135 0.058 22 S 0.107 0.294 0.133 0.023 0.255 0.008 0.009 0.048 0.036 0.051 0.036 23 P 0.060 0.104 0.055 0.026 0.087 0.028 0.072 0.303 0.186 0.050 0.028 24 E 0.035 0.068 0.069 0.048 0.055 0.048 0.084 0.226 0.191 0.142 0.033 25 D 0.072 0.170 0.065 0.049 0.136 0.040 0.085 0.117 0.099 0.120 0.048 26 E 0.108 0.089 0.029 0.025 0.144 0.040 0.068 0.103 0.084 0.223 0.087 27 K 0.185 0.169 0.028 0.007 0.415 0.008 0.020 0.036 0.027 0.063 0.041 28 Y 0.236 0.109 0.013 0.004 0.577 0.004 0.006 0.011 0.004 0.010 0.026 29 L 0.343 0.054 0.005 0.002 0.552 0.002 0.002 0.003 0.001 0.003 0.035 30 F 0.147 0.135 0.021 0.008 0.640 0.009 0.009 0.005 0.002 0.006 0.018 31 S 0.500 0.025 0.003 0.001 0.415 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.049 32 Y 0.141 0.157 0.009 0.007 0.656 0.007 0.003 0.002 0.001 0.002 0.015 33 T 0.266 0.038 0.002 0.001 0.670 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 34 I 0.360 0.038 0.002 0.001 0.581 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 35 T 0.249 0.097 0.012 0.007 0.564 0.016 0.009 0.005 0.001 0.003 0.037 36 I 0.492 0.037 0.006 0.003 0.303 0.003 0.005 0.017 0.007 0.012 0.114 37 I 0.085 0.132 0.049 0.063 0.201 0.095 0.156 0.083 0.044 0.058 0.033 38 N 0.249 0.140 0.068 0.038 0.246 0.036 0.040 0.045 0.020 0.033 0.087 39 L 0.052 0.094 0.109 0.146 0.083 0.076 0.047 0.084 0.106 0.159 0.044 40 G 0.019 0.124 0.144 0.231 0.045 0.075 0.108 0.110 0.092 0.045 0.009 41 E 0.096 0.058 0.027 0.013 0.081 0.041 0.081 0.133 0.153 0.248 0.070 42 Q 0.051 0.402 0.193 0.020 0.209 0.009 0.010 0.026 0.019 0.046 0.015 43 A 0.336 0.083 0.020 0.013 0.295 0.013 0.031 0.046 0.024 0.045 0.093 44 A 0.235 0.206 0.032 0.009 0.450 0.004 0.003 0.011 0.005 0.011 0.034 45 K 0.062 0.414 0.053 0.002 0.448 0.003 0.004 0.006 0.001 0.001 0.004 46 L 0.681 0.011 0.001 0.001 0.267 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.037 47 E 0.045 0.125 0.029 0.143 0.156 0.352 0.093 0.030 0.009 0.007 0.010 48 T 0.255 0.143 0.040 0.004 0.454 0.002 0.004 0.016 0.007 0.014 0.060 49 R 0.231 0.080 0.022 0.020 0.266 0.039 0.043 0.072 0.052 0.071 0.104 50 H 0.182 0.170 0.064 0.026 0.417 0.011 0.015 0.019 0.015 0.035 0.047 51 W 0.260 0.141 0.016 0.004 0.527 0.006 0.008 0.010 0.005 0.004 0.019 52 I 0.247 0.106 0.014 0.003 0.563 0.002 0.002 0.009 0.004 0.008 0.042 53 I 0.359 0.070 0.011 0.002 0.370 0.008 0.013 0.024 0.005 0.028 0.109 54 T 0.023 0.436 0.024 0.007 0.466 0.005 0.005 0.017 0.002 0.009 0.006 55 D 0.145 0.151 0.464 0.063 0.046 0.019 0.007 0.037 0.014 0.010 0.043 56 A 0.001 0.001 0.012 0.015 0.001 0.028 0.038 0.561 0.329 0.011 0.002 57 N 0.001 0.677 0.228 0.067 0.008 0.004 0.005 0.006 0.002 0.002 0.001 58 G 0.007 0.015 0.010 0.005 0.009 0.002 0.002 0.006 0.009 0.665 0.270 59 K 0.072 0.461 0.044 0.003 0.324 0.013 0.014 0.021 0.015 0.019 0.016 60 T 0.426 0.060 0.007 0.002 0.424 0.002 0.003 0.005 0.005 0.007 0.061 61 S 0.171 0.179 0.064 0.072 0.265 0.069 0.072 0.042 0.019 0.015 0.030 62 E 0.357 0.092 0.013 0.005 0.446 0.005 0.006 0.012 0.012 0.009 0.041 63 V 0.255 0.103 0.053 0.026 0.421 0.007 0.010 0.013 0.013 0.024 0.075 64 Q 0.122 0.134 0.088 0.091 0.180 0.081 0.105 0.035 0.030 0.096 0.036 65 G 0.059 0.195 0.283 0.182 0.123 0.038 0.015 0.025 0.020 0.034 0.027 66 A 0.078 0.119 0.111 0.114 0.072 0.062 0.118 0.072 0.089 0.107 0.058 67 G 0.051 0.074 0.158 0.244 0.100 0.053 0.026 0.031 0.036 0.139 0.089 68 V 0.303 0.099 0.042 0.025 0.280 0.023 0.028 0.052 0.037 0.051 0.060 69 V 0.056 0.034 0.027 0.088 0.049 0.173 0.333 0.048 0.034 0.111 0.047 70 G 0.045 0.097 0.181 0.270 0.092 0.040 0.017 0.027 0.034 0.148 0.047 71 E 0.204 0.133 0.050 0.025 0.218 0.026 0.052 0.057 0.100 0.079 0.055 72 T 0.114 0.259 0.180 0.041 0.225 0.018 0.020 0.023 0.038 0.030 0.053 73 P 0.077 0.242 0.078 0.028 0.212 0.029 0.049 0.069 0.124 0.053 0.041 74 T 0.101 0.124 0.020 0.003 0.143 0.002 0.012 0.021 0.086 0.424 0.064 75 I 0.087 0.369 0.230 0.027 0.204 0.007 0.011 0.010 0.010 0.022 0.023 76 P 0.005 0.199 0.711 0.055 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 77 P 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.070 0.701 0.158 0.061 0.001 0.001 78 N 0.009 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.007 0.033 0.787 0.154 79 T 0.055 0.408 0.017 0.003 0.430 0.010 0.015 0.009 0.011 0.034 0.009 80 A 0.532 0.009 0.002 0.002 0.322 0.002 0.004 0.004 0.004 0.013 0.107 81 Y 0.156 0.196 0.022 0.024 0.534 0.007 0.004 0.006 0.005 0.013 0.035 82 Q 0.235 0.095 0.010 0.001 0.577 0.002 0.004 0.005 0.003 0.016 0.055 83 Y 0.336 0.150 0.050 0.013 0.292 0.009 0.009 0.008 0.009 0.017 0.107 84 T 0.143 0.108 0.051 0.121 0.187 0.075 0.058 0.030 0.036 0.090 0.100 85 S 0.083 0.161 0.098 0.134 0.165 0.060 0.070 0.058 0.053 0.081 0.037 86 G 0.093 0.067 0.047 0.050 0.105 0.021 0.016 0.025 0.070 0.379 0.125 87 T 0.058 0.407 0.197 0.027 0.254 0.004 0.005 0.010 0.009 0.011 0.016 88 V 0.203 0.256 0.075 0.006 0.360 0.005 0.009 0.016 0.014 0.018 0.037 89 L 0.129 0.323 0.092 0.014 0.330 0.010 0.014 0.025 0.016 0.017 0.030 90 D 0.170 0.118 0.040 0.028 0.209 0.041 0.049 0.044 0.049 0.133 0.119 91 T 0.029 0.325 0.421 0.076 0.093 0.008 0.006 0.007 0.010 0.014 0.011 92 P 0.101 0.146 0.111 0.042 0.130 0.036 0.086 0.160 0.102 0.041 0.045 93 F 0.057 0.131 0.079 0.077 0.101 0.086 0.143 0.076 0.085 0.116 0.048 94 G 0.046 0.150 0.142 0.242 0.096 0.072 0.026 0.030 0.053 0.087 0.055 95 I 0.293 0.050 0.016 0.007 0.223 0.011 0.017 0.019 0.044 0.162 0.158 96 M 0.225 0.134 0.038 0.021 0.319 0.017 0.018 0.016 0.027 0.088 0.096 97 Y 0.227 0.085 0.034 0.021 0.312 0.017 0.025 0.017 0.026 0.114 0.122 98 G 0.066 0.194 0.197 0.242 0.170 0.052 0.014 0.010 0.010 0.027 0.019 99 T 0.391 0.067 0.010 0.003 0.427 0.004 0.005 0.006 0.007 0.015 0.065 100 Y 0.236 0.128 0.013 0.014 0.506 0.024 0.011 0.008 0.009 0.012 0.038 101 G 0.393 0.053 0.010 0.002 0.434 0.002 0.003 0.004 0.003 0.014 0.081 102 M 0.208 0.245 0.029 0.002 0.449 0.005 0.004 0.005 0.002 0.009 0.041 103 V 0.134 0.236 0.012 0.005 0.511 0.003 0.001 0.005 0.002 0.028 0.062 104 S 0.016 0.141 0.773 0.042 0.014 0.003 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 105 E 0.001 0.001 0.014 0.032 0.001 0.043 0.082 0.557 0.266 0.003 0.001 106 S 0.001 0.633 0.303 0.045 0.006 0.002 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 107 G 0.009 0.013 0.005 0.005 0.011 0.002 0.001 0.003 0.010 0.574 0.368 108 E 0.068 0.414 0.042 0.003 0.420 0.007 0.013 0.012 0.006 0.008 0.007 109 H 0.496 0.035 0.003 0.001 0.379 0.002 0.004 0.002 0.002 0.005 0.071 110 F 0.145 0.237 0.059 0.048 0.442 0.020 0.008 0.005 0.005 0.008 0.024 111 N 0.498 0.048 0.013 0.005 0.300 0.006 0.009 0.005 0.006 0.013 0.097 112 A 0.069 0.381 0.128 0.009 0.381 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.019 113 I 0.252 0.170 0.038 0.003 0.448 0.004 0.015 0.009 0.008 0.019 0.033 114 I 0.106 0.312 0.226 0.025 0.280 0.007 0.005 0.006 0.005 0.010 0.019 115 K 0.042 0.370 0.230 0.059 0.170 0.026 0.029 0.039 0.016 0.008 0.011 116 P 0.175 0.118 0.043 0.009 0.208 0.016 0.053 0.096 0.099 0.090 0.094 117 F 0.120 0.259 0.105 0.024 0.297 0.006 0.007 0.032 0.036 0.058 0.056 118 R 0.105 0.265 0.055 0.008 0.362 0.011 0.032 0.071 0.044 0.024 0.022 119 L 0.198 0.078 0.017 0.009 0.226 0.012 0.043 0.191 0.110 0.057 0.059 120 A 0.099 0.069 0.028 0.040 0.140 0.047 0.107 0.147 0.088 0.180 0.054 121 T 0.099 0.262 0.224 0.051 0.220 0.010 0.009 0.037 0.019 0.032 0.037 122 P 0.036 0.127 0.075 0.060 0.075 0.073 0.104 0.234 0.145 0.045 0.026 123 G 0.055 0.082 0.060 0.028 0.104 0.018 0.048 0.193 0.196 0.160 0.058 124 L 0.083 0.098 0.048 0.019 0.133 0.025 0.074 0.270 0.142 0.075 0.033 125 L 0.078 0.108 0.034 0.018 0.156 0.031 0.089 0.197 0.098 0.143 0.049 126 H 0.123 0.130 0.068 0.037 0.196 0.020 0.025 0.109 0.081 0.138 0.072