# TARGET T0212 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0212.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 53 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.721 0.200 0.057 0.019 0.003 0.001 0.001 2 S 0.671 0.238 0.064 0.022 0.004 0.001 0.001 3 A 0.681 0.231 0.060 0.022 0.005 0.001 0.001 4 L 0.524 0.254 0.127 0.070 0.023 0.003 0.001 5 D 0.475 0.296 0.144 0.067 0.014 0.003 0.001 6 N 0.608 0.278 0.078 0.028 0.007 0.001 0.001 7 S 0.326 0.465 0.155 0.045 0.008 0.001 0.001 8 I 0.033 0.088 0.168 0.320 0.313 0.075 0.003 9 R 0.072 0.310 0.399 0.191 0.027 0.002 0.001 10 V 0.039 0.090 0.118 0.265 0.365 0.119 0.004 11 E 0.025 0.179 0.428 0.312 0.052 0.004 0.001 12 V 0.030 0.067 0.092 0.228 0.380 0.193 0.009 13 K 0.123 0.327 0.306 0.191 0.046 0.006 0.001 14 T 0.209 0.242 0.181 0.189 0.125 0.051 0.003 15 E 0.190 0.289 0.246 0.175 0.077 0.021 0.002 16 Y 0.229 0.266 0.199 0.169 0.100 0.035 0.003 17 I 0.263 0.200 0.186 0.191 0.112 0.044 0.004 18 E 0.390 0.313 0.159 0.092 0.034 0.010 0.001 19 Q 0.415 0.240 0.139 0.106 0.070 0.027 0.004 20 Q 0.338 0.251 0.186 0.132 0.064 0.024 0.004 21 S 0.408 0.208 0.137 0.135 0.079 0.030 0.003 22 S 0.457 0.254 0.147 0.094 0.038 0.010 0.001 23 P 0.600 0.208 0.098 0.061 0.027 0.007 0.001 24 E 0.732 0.179 0.056 0.024 0.007 0.002 0.001 25 D 0.580 0.245 0.106 0.049 0.016 0.004 0.001 26 E 0.473 0.274 0.128 0.083 0.033 0.008 0.001 27 K 0.176 0.239 0.189 0.203 0.134 0.054 0.005 28 Y 0.116 0.162 0.162 0.197 0.229 0.117 0.018 29 L 0.076 0.098 0.116 0.199 0.197 0.244 0.069 30 F 0.037 0.058 0.086 0.139 0.211 0.310 0.160 31 S 0.015 0.032 0.073 0.165 0.237 0.314 0.166 32 Y 0.008 0.017 0.033 0.065 0.189 0.432 0.257 33 T 0.009 0.050 0.165 0.369 0.251 0.116 0.040 34 I 0.001 0.008 0.026 0.065 0.206 0.550 0.143 35 T 0.003 0.056 0.215 0.430 0.246 0.048 0.002 36 I 0.003 0.016 0.042 0.138 0.426 0.362 0.013 37 I 0.022 0.222 0.433 0.279 0.042 0.002 0.001 38 N 0.239 0.346 0.236 0.142 0.035 0.002 0.001 39 L 0.424 0.395 0.140 0.037 0.004 0.001 0.001 40 G 0.797 0.162 0.031 0.009 0.001 0.001 0.001 41 E 0.793 0.177 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 42 Q 0.562 0.296 0.103 0.033 0.005 0.001 0.001 43 A 0.465 0.348 0.125 0.048 0.012 0.002 0.001 44 A 0.208 0.295 0.243 0.183 0.062 0.008 0.001 45 K 0.223 0.378 0.252 0.114 0.029 0.004 0.001 46 L 0.086 0.130 0.158 0.283 0.253 0.086 0.004 47 E 0.128 0.205 0.255 0.266 0.119 0.025 0.002 48 T 0.376 0.311 0.168 0.101 0.035 0.008 0.001 49 R 0.212 0.211 0.203 0.215 0.120 0.035 0.004 50 H 0.149 0.180 0.186 0.217 0.170 0.087 0.011 51 W 0.139 0.113 0.138 0.213 0.229 0.144 0.023 52 I 0.166 0.193 0.183 0.199 0.157 0.087 0.014 53 I 0.133 0.094 0.111 0.177 0.235 0.223 0.027 54 T 0.217 0.218 0.183 0.197 0.128 0.052 0.005 55 D 0.405 0.246 0.170 0.113 0.052 0.013 0.001 56 A 0.496 0.248 0.129 0.082 0.036 0.009 0.001 57 N 0.747 0.176 0.052 0.019 0.005 0.001 0.001 58 G 0.659 0.231 0.079 0.026 0.005 0.001 0.001 59 K 0.572 0.273 0.099 0.043 0.012 0.002 0.001 60 T 0.341 0.275 0.204 0.136 0.038 0.005 0.001 61 S 0.615 0.268 0.081 0.028 0.006 0.001 0.001 62 E 0.231 0.310 0.245 0.154 0.051 0.008 0.001 63 V 0.195 0.144 0.155 0.241 0.204 0.058 0.003 64 Q 0.275 0.332 0.223 0.121 0.038 0.010 0.001 65 G 0.367 0.257 0.147 0.126 0.070 0.029 0.004 66 A 0.302 0.303 0.202 0.115 0.052 0.022 0.005 67 G 0.182 0.175 0.161 0.198 0.171 0.098 0.015 68 V 0.107 0.159 0.190 0.225 0.193 0.110 0.018 69 V 0.107 0.181 0.230 0.257 0.155 0.063 0.006 70 G 0.142 0.210 0.211 0.233 0.149 0.051 0.005 71 E 0.224 0.328 0.263 0.136 0.040 0.008 0.001 72 T 0.135 0.210 0.247 0.259 0.126 0.021 0.001 73 P 0.167 0.272 0.230 0.208 0.099 0.022 0.001 74 T 0.248 0.395 0.231 0.095 0.026 0.005 0.001 75 I 0.065 0.116 0.203 0.360 0.216 0.039 0.001 76 P 0.325 0.409 0.187 0.063 0.014 0.002 0.001 77 P 0.520 0.251 0.130 0.078 0.019 0.002 0.001 78 N 0.709 0.222 0.049 0.016 0.003 0.001 0.001 79 T 0.664 0.254 0.062 0.017 0.003 0.001 0.001 80 A 0.473 0.384 0.108 0.029 0.005 0.001 0.001 81 Y 0.066 0.190 0.235 0.306 0.175 0.027 0.001 82 Q 0.081 0.308 0.335 0.205 0.061 0.010 0.001 83 Y 0.030 0.093 0.134 0.255 0.315 0.156 0.015 84 T 0.044 0.182 0.303 0.311 0.125 0.032 0.003 85 S 0.022 0.059 0.087 0.191 0.320 0.279 0.041 86 G 0.044 0.162 0.284 0.317 0.144 0.043 0.006 87 T 0.053 0.109 0.124 0.204 0.278 0.206 0.025 88 V 0.075 0.247 0.303 0.249 0.100 0.025 0.002 89 L 0.089 0.144 0.153 0.246 0.246 0.112 0.011 90 D 0.190 0.361 0.267 0.136 0.037 0.008 0.001 91 T 0.236 0.245 0.191 0.186 0.109 0.030 0.003 92 P 0.378 0.306 0.169 0.094 0.039 0.013 0.002 93 F 0.337 0.242 0.163 0.148 0.075 0.030 0.005 94 G 0.397 0.251 0.152 0.103 0.058 0.029 0.009 95 I 0.251 0.221 0.170 0.154 0.109 0.067 0.028 96 M 0.131 0.123 0.141 0.184 0.202 0.161 0.059 97 Y 0.166 0.189 0.191 0.189 0.134 0.094 0.037 98 G 0.074 0.100 0.119 0.179 0.218 0.226 0.084 99 T 0.069 0.129 0.205 0.263 0.202 0.107 0.024 100 Y 0.064 0.089 0.118 0.217 0.276 0.198 0.038 101 G 0.119 0.234 0.254 0.217 0.128 0.044 0.005 102 M 0.144 0.157 0.153 0.236 0.210 0.094 0.007 103 V 0.323 0.330 0.188 0.113 0.038 0.008 0.001 104 S 0.403 0.297 0.168 0.096 0.031 0.005 0.001 105 E 0.594 0.233 0.100 0.053 0.015 0.004 0.001 106 S 0.751 0.189 0.044 0.013 0.003 0.001 0.001 107 G 0.595 0.256 0.099 0.041 0.008 0.001 0.001 108 E 0.531 0.328 0.101 0.032 0.007 0.001 0.001 109 H 0.221 0.432 0.240 0.088 0.017 0.002 0.001 110 F 0.020 0.056 0.124 0.323 0.360 0.113 0.004 111 N 0.054 0.264 0.373 0.240 0.061 0.008 0.001 112 A 0.023 0.055 0.091 0.220 0.366 0.224 0.021 113 I 0.040 0.192 0.324 0.302 0.113 0.027 0.002 114 I 0.053 0.104 0.134 0.256 0.287 0.150 0.015 115 K 0.131 0.278 0.248 0.199 0.101 0.039 0.003 116 P 0.178 0.271 0.243 0.181 0.091 0.033 0.003 117 F 0.137 0.148 0.153 0.202 0.209 0.132 0.018 118 R 0.171 0.244 0.229 0.219 0.105 0.030 0.002 119 L 0.186 0.117 0.132 0.194 0.220 0.132 0.019 120 A 0.303 0.280 0.195 0.125 0.069 0.024 0.004 121 T 0.350 0.225 0.180 0.138 0.072 0.029 0.006 122 P 0.549 0.182 0.097 0.081 0.056 0.030 0.005 123 G 0.567 0.251 0.097 0.050 0.025 0.009 0.001 124 L 0.535 0.227 0.118 0.078 0.030 0.010 0.002 125 L 0.532 0.216 0.111 0.084 0.039 0.015 0.002 126 H 0.605 0.193 0.094 0.063 0.032 0.011 0.002