# TARGET T0212 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0212.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.68939 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.071 0.011 0.014 0.014 0.149 0.741 2 S 0.163 0.020 0.031 0.035 0.208 0.544 3 A 0.150 0.020 0.074 0.029 0.283 0.444 4 L 0.203 0.068 0.081 0.031 0.264 0.353 5 D 0.231 0.022 0.067 0.017 0.538 0.124 6 N 0.124 0.003 0.052 0.012 0.660 0.149 7 S 0.167 0.002 0.016 0.006 0.520 0.289 8 I 0.823 0.015 0.001 0.001 0.086 0.074 9 R 0.905 0.002 0.001 0.001 0.018 0.075 10 V 0.966 0.002 0.001 0.001 0.006 0.025 11 E 0.971 0.001 0.001 0.001 0.008 0.019 12 V 0.945 0.002 0.001 0.001 0.010 0.041 13 K 0.771 0.003 0.001 0.005 0.066 0.155 14 T 0.519 0.008 0.017 0.042 0.129 0.286 15 E 0.380 0.006 0.075 0.103 0.196 0.240 16 Y 0.315 0.017 0.136 0.177 0.201 0.154 17 I 0.227 0.025 0.117 0.214 0.245 0.173 18 E 0.224 0.015 0.137 0.205 0.269 0.150 19 Q 0.172 0.013 0.155 0.224 0.304 0.132 20 Q 0.150 0.032 0.066 0.154 0.396 0.202 21 S 0.087 0.030 0.030 0.095 0.368 0.391 22 S 0.019 0.011 0.007 0.009 0.592 0.362 23 P 0.004 0.003 0.068 0.018 0.854 0.054 24 E 0.009 0.006 0.098 0.016 0.829 0.041 25 D 0.010 0.003 0.111 0.010 0.836 0.029 26 E 0.091 0.013 0.066 0.009 0.650 0.171 27 K 0.611 0.017 0.028 0.005 0.137 0.203 28 Y 0.924 0.006 0.006 0.001 0.024 0.039 29 L 0.970 0.001 0.002 0.001 0.007 0.020 30 F 0.976 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 31 S 0.968 0.001 0.001 0.001 0.006 0.025 32 Y 0.963 0.001 0.001 0.001 0.006 0.031 33 T 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 34 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 35 T 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 36 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 37 I 0.958 0.001 0.001 0.002 0.010 0.030 38 N 0.750 0.009 0.001 0.006 0.121 0.114 39 L 0.252 0.013 0.002 0.011 0.434 0.287 40 G 0.075 0.004 0.013 0.012 0.617 0.279 41 E 0.126 0.012 0.041 0.039 0.575 0.207 42 Q 0.160 0.012 0.072 0.073 0.414 0.269 43 A 0.338 0.011 0.077 0.076 0.250 0.247 44 A 0.561 0.012 0.039 0.102 0.094 0.190 45 K 0.718 0.011 0.028 0.069 0.067 0.108 46 L 0.770 0.006 0.030 0.045 0.065 0.083 47 E 0.817 0.004 0.021 0.029 0.065 0.064 48 T 0.840 0.004 0.012 0.013 0.073 0.059 49 R 0.881 0.002 0.004 0.004 0.050 0.059 50 H 0.934 0.001 0.001 0.003 0.019 0.042 51 W 0.981 0.001 0.001 0.002 0.006 0.011 52 I 0.989 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 53 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 54 T 0.923 0.005 0.001 0.001 0.010 0.060 55 D 0.362 0.009 0.002 0.001 0.604 0.023 56 A 0.026 0.001 0.007 0.001 0.949 0.015 57 N 0.005 0.001 0.012 0.001 0.973 0.008 58 G 0.086 0.011 0.008 0.001 0.881 0.014 59 K 0.396 0.025 0.004 0.002 0.118 0.454 60 T 0.807 0.043 0.005 0.002 0.044 0.100 61 S 0.830 0.003 0.008 0.002 0.054 0.104 62 E 0.933 0.003 0.004 0.001 0.016 0.044 63 V 0.944 0.003 0.003 0.001 0.014 0.034 64 Q 0.868 0.006 0.002 0.001 0.029 0.094 65 G 0.700 0.004 0.002 0.001 0.072 0.221 66 A 0.587 0.008 0.004 0.003 0.116 0.283 67 G 0.639 0.019 0.005 0.004 0.107 0.226 68 V 0.627 0.021 0.008 0.007 0.167 0.170 69 V 0.572 0.020 0.016 0.012 0.183 0.196 70 G 0.381 0.021 0.017 0.016 0.306 0.260 71 E 0.377 0.035 0.024 0.022 0.282 0.259 72 T 0.192 0.038 0.033 0.010 0.392 0.335 73 P 0.156 0.037 0.044 0.015 0.388 0.359 74 T 0.212 0.054 0.045 0.007 0.327 0.356 75 I 0.158 0.066 0.010 0.002 0.221 0.543 76 P 0.111 0.022 0.009 0.002 0.747 0.108 77 P 0.029 0.005 0.015 0.004 0.858 0.089 78 N 0.018 0.003 0.018 0.004 0.872 0.085 79 T 0.211 0.021 0.019 0.006 0.652 0.090 80 A 0.582 0.013 0.009 0.010 0.125 0.261 81 Y 0.891 0.011 0.004 0.007 0.035 0.053 82 Q 0.944 0.003 0.001 0.004 0.016 0.031 83 Y 0.932 0.005 0.001 0.003 0.016 0.043 84 T 0.784 0.006 0.002 0.004 0.091 0.114 85 S 0.560 0.008 0.006 0.006 0.211 0.210 86 G 0.500 0.009 0.018 0.008 0.240 0.225 87 T 0.649 0.024 0.024 0.011 0.156 0.135 88 V 0.623 0.049 0.019 0.010 0.161 0.137 89 L 0.400 0.043 0.014 0.013 0.250 0.280 90 D 0.223 0.024 0.010 0.012 0.355 0.376 91 T 0.113 0.020 0.012 0.011 0.432 0.413 92 P 0.102 0.040 0.020 0.017 0.408 0.413 93 F 0.158 0.048 0.050 0.024 0.444 0.276 94 G 0.221 0.015 0.058 0.017 0.387 0.303 95 I 0.452 0.021 0.071 0.022 0.235 0.200 96 M 0.524 0.029 0.033 0.015 0.193 0.207 97 Y 0.580 0.016 0.015 0.010 0.174 0.205 98 G 0.509 0.005 0.013 0.004 0.213 0.256 99 T 0.727 0.006 0.014 0.006 0.118 0.130 100 Y 0.829 0.005 0.012 0.009 0.065 0.079 101 G 0.816 0.005 0.006 0.009 0.060 0.104 102 M 0.919 0.003 0.003 0.004 0.023 0.048 103 V 0.939 0.012 0.001 0.003 0.011 0.034 104 S 0.801 0.017 0.002 0.005 0.165 0.009 105 E 0.178 0.004 0.009 0.005 0.792 0.012 106 S 0.028 0.001 0.009 0.004 0.947 0.012 107 G 0.106 0.007 0.005 0.002 0.860 0.019 108 E 0.536 0.011 0.002 0.002 0.156 0.293 109 H 0.923 0.008 0.001 0.001 0.012 0.055 110 F 0.953 0.004 0.001 0.001 0.008 0.033 111 N 0.941 0.002 0.001 0.001 0.011 0.044 112 A 0.912 0.001 0.001 0.001 0.017 0.068 113 I 0.825 0.004 0.001 0.001 0.038 0.131 114 I 0.607 0.009 0.002 0.002 0.096 0.284 115 K 0.279 0.009 0.005 0.002 0.238 0.467 116 P 0.337 0.013 0.024 0.009 0.226 0.391 117 F 0.473 0.026 0.045 0.016 0.166 0.274 118 R 0.636 0.034 0.042 0.018 0.145 0.126 119 L 0.466 0.028 0.032 0.015 0.223 0.237 120 A 0.279 0.038 0.022 0.015 0.332 0.314 121 T 0.115 0.024 0.016 0.012 0.613 0.219 122 P 0.038 0.009 0.073 0.024 0.687 0.168 123 G 0.034 0.018 0.105 0.026 0.638 0.178 124 L 0.052 0.060 0.092 0.041 0.537 0.218 125 L 0.049 0.055 0.015 0.040 0.233 0.608 126 H 0.028 0.010 0.002 0.013 0.123 0.824