# TARGET T0212 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0212.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.68939 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.018 0.681 0.010 0.013 0.018 0.001 0.001 0.003 0.058 0.020 0.024 0.145 2 S 0.014 0.018 0.554 0.017 0.030 0.019 0.002 0.001 0.005 0.055 0.034 0.167 0.084 3 A 0.013 0.027 0.409 0.011 0.042 0.016 0.003 0.001 0.007 0.105 0.054 0.051 0.262 4 L 0.009 0.025 0.409 0.020 0.055 0.020 0.003 0.001 0.006 0.097 0.121 0.087 0.147 5 D 0.003 0.010 0.287 0.037 0.043 0.013 0.001 0.001 0.002 0.199 0.313 0.051 0.042 6 N 0.002 0.003 0.143 0.018 0.020 0.005 0.001 0.001 0.002 0.369 0.393 0.022 0.023 7 S 0.029 0.005 0.266 0.061 0.008 0.002 0.005 0.001 0.009 0.164 0.206 0.048 0.198 8 I 0.218 0.007 0.133 0.002 0.001 0.001 0.033 0.001 0.021 0.018 0.002 0.397 0.166 9 R 0.391 0.004 0.024 0.003 0.001 0.001 0.081 0.005 0.027 0.004 0.001 0.112 0.349 10 V 0.485 0.001 0.020 0.023 0.001 0.001 0.128 0.004 0.017 0.001 0.001 0.178 0.142 11 E 0.406 0.001 0.024 0.041 0.001 0.001 0.139 0.006 0.051 0.008 0.001 0.205 0.116 12 V 0.272 0.002 0.058 0.008 0.001 0.001 0.170 0.009 0.064 0.005 0.001 0.057 0.352 13 K 0.104 0.006 0.181 0.010 0.001 0.003 0.057 0.007 0.127 0.011 0.002 0.375 0.116 14 T 0.041 0.008 0.285 0.018 0.009 0.018 0.031 0.006 0.156 0.020 0.014 0.016 0.377 15 E 0.029 0.017 0.231 0.103 0.024 0.040 0.020 0.008 0.095 0.107 0.066 0.225 0.035 16 Y 0.021 0.034 0.237 0.012 0.043 0.051 0.012 0.008 0.085 0.114 0.080 0.031 0.273 17 I 0.018 0.037 0.294 0.042 0.048 0.062 0.009 0.003 0.034 0.152 0.054 0.137 0.109 18 E 0.022 0.019 0.279 0.013 0.112 0.100 0.003 0.002 0.007 0.137 0.126 0.088 0.091 19 Q 0.026 0.017 0.196 0.008 0.143 0.128 0.002 0.001 0.004 0.107 0.208 0.025 0.134 20 Q 0.015 0.019 0.240 0.004 0.101 0.120 0.002 0.001 0.002 0.082 0.332 0.042 0.041 21 S 0.004 0.022 0.414 0.005 0.042 0.061 0.001 0.001 0.001 0.171 0.244 0.006 0.030 22 S 0.001 0.013 0.696 0.001 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.233 0.025 0.011 0.004 23 P 0.001 0.005 0.517 0.001 0.039 0.015 0.001 0.001 0.001 0.096 0.314 0.002 0.011 24 E 0.001 0.008 0.204 0.001 0.076 0.013 0.001 0.001 0.001 0.143 0.540 0.006 0.009 25 D 0.001 0.009 0.216 0.009 0.155 0.023 0.001 0.001 0.001 0.255 0.306 0.012 0.013 26 E 0.005 0.005 0.340 0.015 0.090 0.022 0.001 0.001 0.001 0.259 0.167 0.034 0.062 27 K 0.090 0.020 0.161 0.029 0.021 0.011 0.004 0.001 0.003 0.089 0.069 0.184 0.319 28 Y 0.262 0.018 0.029 0.003 0.003 0.002 0.007 0.001 0.002 0.007 0.005 0.214 0.448 29 L 0.465 0.004 0.024 0.069 0.001 0.002 0.012 0.001 0.002 0.007 0.008 0.190 0.216 30 F 0.597 0.001 0.015 0.010 0.001 0.001 0.013 0.001 0.002 0.005 0.007 0.209 0.140 31 S 0.792 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.003 0.002 0.038 0.145 32 Y 0.817 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.027 33 T 0.861 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.098 34 I 0.889 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.023 35 T 0.881 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.046 36 I 0.776 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.039 0.002 0.003 0.002 0.003 0.054 0.109 37 I 0.636 0.005 0.029 0.015 0.002 0.001 0.054 0.002 0.007 0.017 0.023 0.100 0.111 38 N 0.165 0.026 0.155 0.014 0.006 0.002 0.027 0.002 0.012 0.114 0.100 0.133 0.244 39 L 0.008 0.021 0.190 0.021 0.014 0.006 0.002 0.001 0.005 0.214 0.389 0.069 0.062 40 G 0.002 0.002 0.082 0.007 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.203 0.665 0.006 0.014 41 E 0.021 0.014 0.208 0.011 0.024 0.036 0.002 0.001 0.002 0.327 0.268 0.041 0.045 42 Q 0.058 0.022 0.301 0.003 0.027 0.069 0.009 0.001 0.007 0.149 0.060 0.135 0.157 43 A 0.155 0.015 0.191 0.061 0.014 0.035 0.031 0.001 0.006 0.024 0.013 0.031 0.423 44 A 0.216 0.004 0.071 0.011 0.003 0.013 0.023 0.001 0.003 0.010 0.003 0.576 0.065 45 K 0.226 0.008 0.050 0.004 0.003 0.020 0.022 0.001 0.006 0.005 0.003 0.088 0.564 46 L 0.201 0.007 0.124 0.090 0.011 0.036 0.021 0.001 0.006 0.010 0.014 0.220 0.258 47 E 0.176 0.003 0.096 0.155 0.025 0.022 0.016 0.001 0.005 0.056 0.063 0.166 0.217 48 T 0.119 0.003 0.116 0.054 0.039 0.014 0.014 0.001 0.008 0.123 0.116 0.165 0.227 49 R 0.172 0.005 0.126 0.028 0.025 0.009 0.010 0.001 0.009 0.096 0.057 0.262 0.201 50 H 0.345 0.002 0.074 0.096 0.003 0.002 0.017 0.002 0.010 0.036 0.008 0.109 0.298 51 W 0.647 0.001 0.014 0.006 0.001 0.001 0.018 0.002 0.003 0.003 0.001 0.198 0.108 52 I 0.842 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.037 0.004 0.004 0.001 0.001 0.037 0.071 53 I 0.842 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.058 54 T 0.650 0.006 0.017 0.011 0.001 0.001 0.035 0.001 0.006 0.004 0.002 0.108 0.160 55 D 0.057 0.004 0.378 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.007 0.065 0.068 0.055 0.355 56 A 0.005 0.002 0.017 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.079 0.862 0.015 0.010 57 N 0.001 0.001 0.015 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.084 0.878 0.004 0.004 58 G 0.002 0.003 0.173 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.561 0.226 0.016 0.009 59 K 0.024 0.027 0.551 0.002 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.105 0.068 0.069 0.145 60 T 0.056 0.125 0.087 0.009 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 0.029 0.006 0.024 0.652 61 S 0.128 0.004 0.098 0.216 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 0.012 0.006 0.488 0.036 62 E 0.263 0.008 0.062 0.005 0.004 0.001 0.023 0.001 0.004 0.010 0.003 0.070 0.547 63 V 0.291 0.005 0.049 0.006 0.002 0.001 0.017 0.001 0.003 0.006 0.001 0.464 0.156 64 Q 0.198 0.009 0.128 0.085 0.006 0.003 0.022 0.001 0.008 0.052 0.017 0.116 0.355 65 G 0.070 0.007 0.175 0.038 0.009 0.004 0.008 0.001 0.011 0.149 0.060 0.331 0.137 66 A 0.041 0.012 0.304 0.092 0.012 0.005 0.009 0.002 0.011 0.129 0.114 0.033 0.236 67 G 0.125 0.046 0.178 0.009 0.016 0.010 0.030 0.009 0.034 0.104 0.105 0.224 0.110 68 V 0.140 0.072 0.149 0.007 0.025 0.020 0.033 0.029 0.052 0.062 0.108 0.130 0.174 69 V 0.068 0.043 0.213 0.019 0.041 0.018 0.021 0.017 0.036 0.086 0.274 0.055 0.110 70 G 0.027 0.014 0.184 0.035 0.033 0.007 0.005 0.002 0.008 0.208 0.359 0.063 0.054 71 E 0.026 0.032 0.314 0.012 0.023 0.005 0.004 0.001 0.010 0.296 0.104 0.049 0.124 72 T 0.004 0.046 0.582 0.008 0.018 0.004 0.001 0.001 0.015 0.186 0.024 0.056 0.056 73 P 0.002 0.031 0.708 0.024 0.017 0.003 0.002 0.001 0.015 0.074 0.063 0.012 0.048 74 T 0.005 0.105 0.475 0.012 0.027 0.003 0.006 0.002 0.021 0.146 0.120 0.019 0.059 75 I 0.001 0.042 0.573 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.278 0.008 0.069 0.010 76 P 0.001 0.009 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.036 0.003 0.002 0.013 77 P 0.001 0.003 0.032 0.001 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.035 0.892 0.001 0.002 78 N 0.001 0.001 0.021 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.918 0.001 0.001 79 T 0.001 0.015 0.758 0.003 0.026 0.002 0.001 0.001 0.004 0.112 0.028 0.020 0.031 80 A 0.015 0.034 0.492 0.044 0.007 0.002 0.007 0.001 0.021 0.058 0.028 0.021 0.268 81 Y 0.048 0.018 0.115 0.005 0.005 0.003 0.014 0.002 0.032 0.033 0.010 0.664 0.052 82 Q 0.152 0.023 0.073 0.004 0.004 0.005 0.042 0.006 0.046 0.018 0.009 0.041 0.576 83 Y 0.173 0.011 0.128 0.032 0.004 0.005 0.053 0.006 0.035 0.022 0.010 0.404 0.117 84 T 0.147 0.011 0.142 0.019 0.004 0.007 0.025 0.004 0.030 0.041 0.036 0.109 0.423 85 S 0.055 0.008 0.233 0.059 0.013 0.016 0.009 0.002 0.023 0.219 0.116 0.117 0.130 86 G 0.118 0.027 0.164 0.026 0.032 0.025 0.015 0.001 0.010 0.173 0.123 0.084 0.201 87 T 0.103 0.029 0.218 0.007 0.056 0.040 0.015 0.004 0.017 0.107 0.125 0.173 0.105 88 V 0.119 0.037 0.211 0.016 0.054 0.034 0.022 0.006 0.013 0.064 0.128 0.034 0.262 89 L 0.104 0.035 0.271 0.019 0.027 0.024 0.022 0.008 0.011 0.104 0.111 0.155 0.108 90 D 0.062 0.058 0.260 0.013 0.015 0.024 0.009 0.002 0.006 0.270 0.090 0.037 0.155 91 T 0.002 0.011 0.489 0.007 0.003 0.007 0.001 0.001 0.002 0.408 0.020 0.035 0.014 92 P 0.002 0.009 0.437 0.015 0.027 0.022 0.001 0.001 0.001 0.148 0.297 0.006 0.037 93 F 0.056 0.048 0.221 0.020 0.040 0.031 0.007 0.002 0.005 0.131 0.300 0.056 0.083 94 G 0.194 0.028 0.143 0.011 0.040 0.034 0.010 0.002 0.009 0.121 0.064 0.218 0.124 95 I 0.252 0.014 0.154 0.019 0.017 0.028 0.021 0.003 0.010 0.033 0.039 0.057 0.352 96 M 0.298 0.016 0.062 0.020 0.011 0.017 0.026 0.001 0.006 0.020 0.025 0.336 0.163 97 Y 0.262 0.010 0.060 0.039 0.010 0.014 0.015 0.001 0.005 0.024 0.048 0.079 0.433 98 G 0.323 0.004 0.047 0.035 0.006 0.005 0.005 0.001 0.002 0.033 0.033 0.418 0.090 99 T 0.276 0.006 0.077 0.024 0.009 0.006 0.006 0.001 0.003 0.030 0.035 0.063 0.466 100 Y 0.456 0.002 0.045 0.023 0.006 0.003 0.010 0.001 0.002 0.016 0.016 0.136 0.286 101 G 0.561 0.003 0.018 0.007 0.002 0.002 0.014 0.001 0.002 0.008 0.011 0.280 0.091 102 M 0.492 0.005 0.013 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.003 0.002 0.057 0.409 103 V 0.404 0.014 0.046 0.085 0.001 0.001 0.013 0.001 0.002 0.012 0.009 0.244 0.167 104 S 0.104 0.004 0.196 0.003 0.003 0.001 0.004 0.001 0.002 0.041 0.048 0.091 0.502 105 E 0.032 0.007 0.043 0.006 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.106 0.595 0.108 0.084 106 S 0.004 0.002 0.033 0.009 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.092 0.803 0.024 0.017 107 G 0.004 0.003 0.164 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.432 0.322 0.023 0.026 108 E 0.060 0.011 0.380 0.005 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.106 0.050 0.185 0.193 109 H 0.172 0.025 0.034 0.003 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.009 0.001 0.027 0.710 110 F 0.289 0.002 0.031 0.021 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.002 0.001 0.603 0.033 111 N 0.357 0.001 0.016 0.006 0.001 0.001 0.029 0.001 0.003 0.003 0.001 0.024 0.559 112 A 0.221 0.001 0.017 0.013 0.001 0.001 0.024 0.001 0.004 0.003 0.001 0.663 0.053 113 I 0.155 0.003 0.057 0.008 0.001 0.001 0.033 0.001 0.015 0.010 0.002 0.074 0.644 114 I 0.061 0.015 0.272 0.027 0.001 0.001 0.021 0.001 0.025 0.027 0.003 0.326 0.223 115 K 0.012 0.009 0.568 0.035 0.002 0.001 0.004 0.001 0.020 0.064 0.014 0.095 0.175 116 P 0.019 0.011 0.349 0.049 0.025 0.006 0.010 0.001 0.030 0.135 0.152 0.024 0.188 117 F 0.053 0.025 0.256 0.014 0.036 0.009 0.024 0.007 0.056 0.098 0.054 0.281 0.084 118 R 0.066 0.030 0.206 0.008 0.031 0.011 0.042 0.016 0.103 0.045 0.029 0.080 0.333 119 L 0.087 0.036 0.244 0.021 0.022 0.017 0.050 0.023 0.082 0.042 0.041 0.132 0.204 120 A 0.086 0.041 0.236 0.038 0.011 0.014 0.030 0.008 0.033 0.125 0.045 0.141 0.192 121 T 0.005 0.014 0.528 0.013 0.006 0.006 0.002 0.001 0.016 0.254 0.017 0.078 0.060 122 P 0.002 0.005 0.197 0.011 0.075 0.028 0.001 0.001 0.002 0.127 0.513 0.007 0.033 123 G 0.009 0.014 0.135 0.005 0.091 0.021 0.002 0.001 0.002 0.128 0.551 0.025 0.017 124 L 0.013 0.050 0.439 0.004 0.087 0.027 0.002 0.001 0.006 0.158 0.119 0.026 0.067 125 L 0.006 0.032 0.690 0.006 0.031 0.017 0.002 0.001 0.004 0.087 0.056 0.018 0.050 126 H 0.001 0.019 0.815 0.003 0.012 0.009 0.001 0.001 0.001 0.077 0.019 0.019 0.023