# TARGET T0212 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0212.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.68939 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.161 0.085 0.046 0.085 0.074 0.087 0.117 0.099 0.106 0.082 0.058 2 S 0.256 0.193 0.081 0.148 0.099 0.070 0.068 0.035 0.024 0.015 0.010 3 A 0.278 0.170 0.105 0.140 0.100 0.072 0.059 0.031 0.024 0.014 0.007 4 L 0.082 0.063 0.045 0.130 0.134 0.136 0.153 0.104 0.073 0.048 0.032 5 D 0.125 0.198 0.146 0.224 0.155 0.073 0.045 0.019 0.010 0.004 0.002 6 N 0.140 0.107 0.096 0.227 0.167 0.118 0.090 0.034 0.013 0.005 0.003 7 S 0.107 0.154 0.136 0.314 0.176 0.076 0.027 0.006 0.002 0.001 0.001 8 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 0.068 0.142 0.246 0.261 0.263 9 R 0.026 0.168 0.155 0.491 0.131 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 10 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.015 0.084 0.154 0.282 0.254 0.201 11 E 0.070 0.220 0.179 0.388 0.114 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 12 V 0.002 0.002 0.001 0.004 0.007 0.014 0.079 0.127 0.248 0.268 0.247 13 K 0.037 0.161 0.099 0.421 0.193 0.063 0.020 0.004 0.002 0.001 0.001 14 T 0.029 0.043 0.020 0.057 0.064 0.089 0.194 0.147 0.179 0.109 0.068 15 E 0.171 0.180 0.145 0.265 0.134 0.060 0.029 0.009 0.004 0.002 0.001 16 Y 0.017 0.044 0.025 0.075 0.111 0.148 0.232 0.147 0.108 0.063 0.030 17 I 0.019 0.046 0.052 0.112 0.121 0.120 0.161 0.128 0.116 0.078 0.046 18 E 0.253 0.179 0.151 0.204 0.127 0.049 0.025 0.007 0.004 0.001 0.001 19 Q 0.215 0.142 0.161 0.204 0.119 0.071 0.054 0.019 0.009 0.004 0.002 20 Q 0.081 0.085 0.054 0.131 0.123 0.125 0.165 0.098 0.073 0.043 0.019 21 S 0.086 0.067 0.041 0.076 0.086 0.113 0.178 0.123 0.108 0.078 0.044 22 S 0.180 0.236 0.123 0.155 0.095 0.069 0.066 0.033 0.021 0.013 0.007 23 P 0.303 0.147 0.056 0.108 0.088 0.082 0.095 0.050 0.036 0.024 0.013 24 E 0.593 0.187 0.047 0.082 0.039 0.022 0.016 0.006 0.004 0.002 0.001 25 D 0.264 0.214 0.089 0.214 0.109 0.056 0.035 0.011 0.006 0.002 0.001 26 E 0.308 0.127 0.072 0.158 0.104 0.086 0.072 0.034 0.023 0.012 0.006 27 K 0.017 0.066 0.096 0.276 0.238 0.170 0.098 0.026 0.009 0.003 0.001 28 Y 0.002 0.005 0.010 0.031 0.049 0.093 0.263 0.238 0.171 0.101 0.038 29 L 0.002 0.010 0.031 0.112 0.161 0.188 0.201 0.124 0.094 0.054 0.023 30 F 0.002 0.004 0.013 0.031 0.037 0.051 0.179 0.214 0.217 0.170 0.081 31 S 0.005 0.015 0.049 0.138 0.158 0.158 0.175 0.127 0.100 0.052 0.022 32 Y 0.002 0.003 0.008 0.014 0.014 0.023 0.151 0.224 0.272 0.211 0.078 33 T 0.008 0.044 0.085 0.306 0.238 0.147 0.091 0.044 0.022 0.011 0.005 34 I 0.003 0.005 0.016 0.008 0.007 0.010 0.059 0.129 0.271 0.287 0.206 35 T 0.012 0.045 0.094 0.313 0.284 0.135 0.079 0.025 0.010 0.003 0.001 36 I 0.003 0.007 0.011 0.010 0.009 0.015 0.073 0.121 0.259 0.287 0.205 37 I 0.032 0.054 0.059 0.259 0.265 0.151 0.115 0.039 0.020 0.005 0.002 38 N 0.025 0.042 0.019 0.041 0.048 0.076 0.188 0.173 0.197 0.121 0.072 39 L 0.125 0.253 0.111 0.219 0.137 0.073 0.045 0.019 0.010 0.005 0.002 40 G 0.394 0.254 0.053 0.127 0.071 0.042 0.032 0.014 0.007 0.004 0.002 41 E 0.492 0.171 0.059 0.111 0.083 0.040 0.027 0.010 0.005 0.002 0.001 42 Q 0.203 0.170 0.091 0.200 0.109 0.090 0.080 0.029 0.016 0.007 0.003 43 A 0.064 0.062 0.073 0.196 0.159 0.161 0.140 0.065 0.043 0.026 0.013 44 A 0.052 0.022 0.054 0.045 0.050 0.094 0.214 0.172 0.152 0.099 0.046 45 K 0.017 0.070 0.182 0.356 0.193 0.099 0.053 0.018 0.008 0.003 0.001 46 L 0.008 0.015 0.054 0.034 0.033 0.047 0.121 0.128 0.192 0.212 0.157 47 E 0.024 0.036 0.132 0.255 0.226 0.140 0.113 0.041 0.022 0.009 0.003 48 T 0.055 0.097 0.210 0.209 0.139 0.099 0.107 0.043 0.025 0.011 0.005 49 R 0.008 0.019 0.053 0.096 0.091 0.111 0.210 0.173 0.132 0.081 0.026 50 H 0.012 0.045 0.092 0.189 0.187 0.184 0.159 0.067 0.037 0.019 0.009 51 W 0.003 0.006 0.018 0.019 0.027 0.044 0.133 0.189 0.246 0.202 0.114 52 I 0.007 0.028 0.037 0.169 0.213 0.178 0.185 0.098 0.051 0.023 0.009 53 I 0.002 0.004 0.005 0.008 0.009 0.013 0.055 0.111 0.246 0.309 0.237 54 T 0.007 0.024 0.028 0.146 0.197 0.185 0.199 0.104 0.070 0.028 0.013 55 D 0.027 0.062 0.048 0.140 0.140 0.142 0.181 0.119 0.084 0.041 0.015 56 A 0.120 0.104 0.070 0.175 0.147 0.123 0.121 0.065 0.040 0.024 0.011 57 N 0.363 0.273 0.072 0.138 0.069 0.033 0.029 0.011 0.006 0.003 0.001 58 G 0.613 0.148 0.033 0.075 0.047 0.032 0.024 0.012 0.008 0.005 0.003 59 K 0.136 0.291 0.060 0.211 0.126 0.076 0.053 0.021 0.013 0.007 0.004 60 T 0.036 0.046 0.025 0.092 0.118 0.138 0.181 0.128 0.114 0.074 0.047 61 S 0.172 0.151 0.084 0.198 0.155 0.105 0.071 0.031 0.018 0.009 0.005 62 E 0.100 0.154 0.089 0.257 0.177 0.106 0.071 0.026 0.012 0.005 0.003 63 V 0.008 0.005 0.005 0.014 0.023 0.038 0.091 0.131 0.199 0.224 0.262 64 Q 0.060 0.190 0.105 0.308 0.189 0.078 0.043 0.014 0.007 0.003 0.002 65 G 0.078 0.059 0.041 0.093 0.096 0.116 0.171 0.120 0.104 0.073 0.049 66 A 0.123 0.159 0.071 0.203 0.165 0.103 0.089 0.041 0.023 0.014 0.009 67 G 0.050 0.042 0.018 0.070 0.077 0.104 0.181 0.140 0.140 0.108 0.070 68 V 0.009 0.025 0.017 0.068 0.095 0.116 0.156 0.137 0.147 0.124 0.106 69 V 0.008 0.016 0.010 0.034 0.041 0.056 0.141 0.160 0.197 0.175 0.164 70 G 0.066 0.040 0.023 0.092 0.109 0.120 0.164 0.134 0.116 0.081 0.056 71 E 0.157 0.155 0.046 0.182 0.150 0.097 0.094 0.050 0.035 0.020 0.013 72 T 0.015 0.029 0.011 0.070 0.107 0.113 0.178 0.166 0.150 0.097 0.064 73 P 0.225 0.157 0.051 0.140 0.118 0.086 0.090 0.049 0.039 0.027 0.017 74 T 0.174 0.114 0.037 0.179 0.155 0.112 0.134 0.049 0.030 0.013 0.004 75 I 0.012 0.007 0.002 0.014 0.022 0.039 0.113 0.169 0.240 0.219 0.163 76 P 0.241 0.387 0.097 0.154 0.062 0.029 0.016 0.006 0.004 0.002 0.002 77 P 0.311 0.151 0.046 0.153 0.105 0.094 0.076 0.037 0.017 0.008 0.003 78 N 0.720 0.154 0.021 0.046 0.027 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 79 T 0.245 0.264 0.086 0.217 0.101 0.046 0.025 0.008 0.004 0.002 0.001 80 A 0.117 0.140 0.070 0.236 0.187 0.109 0.076 0.033 0.019 0.010 0.005 81 Y 0.018 0.020 0.018 0.048 0.075 0.128 0.239 0.186 0.143 0.084 0.040 82 Q 0.023 0.120 0.115 0.407 0.208 0.074 0.035 0.011 0.005 0.002 0.001 83 Y 0.004 0.006 0.005 0.016 0.028 0.048 0.123 0.180 0.229 0.200 0.161 84 T 0.076 0.162 0.132 0.295 0.185 0.082 0.041 0.014 0.008 0.003 0.002 85 S 0.030 0.039 0.022 0.080 0.094 0.104 0.227 0.156 0.122 0.083 0.041 86 G 0.282 0.178 0.070 0.218 0.115 0.061 0.037 0.017 0.011 0.006 0.004 87 T 0.022 0.038 0.029 0.071 0.090 0.114 0.199 0.145 0.135 0.096 0.062 88 V 0.067 0.126 0.075 0.204 0.152 0.112 0.110 0.062 0.043 0.027 0.020 89 L 0.018 0.009 0.008 0.021 0.026 0.042 0.118 0.149 0.210 0.210 0.189 90 D 0.115 0.231 0.092 0.277 0.153 0.070 0.038 0.012 0.007 0.003 0.002 91 T 0.013 0.019 0.009 0.030 0.035 0.047 0.106 0.153 0.216 0.193 0.179 92 P 0.489 0.237 0.072 0.124 0.047 0.019 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 93 F 0.069 0.085 0.036 0.132 0.143 0.148 0.196 0.086 0.058 0.033 0.015 94 G 0.100 0.053 0.024 0.084 0.081 0.098 0.143 0.122 0.119 0.095 0.081 95 I 0.024 0.058 0.058 0.188 0.173 0.158 0.151 0.074 0.057 0.035 0.022 96 M 0.008 0.009 0.013 0.025 0.029 0.051 0.133 0.163 0.206 0.200 0.163 97 Y 0.022 0.061 0.052 0.279 0.231 0.147 0.097 0.055 0.030 0.017 0.009 98 G 0.028 0.025 0.015 0.045 0.061 0.073 0.161 0.172 0.185 0.146 0.089 99 T 0.038 0.105 0.094 0.325 0.216 0.119 0.063 0.021 0.012 0.006 0.003 100 Y 0.004 0.005 0.007 0.016 0.023 0.043 0.139 0.156 0.235 0.233 0.138 101 G 0.025 0.085 0.063 0.282 0.242 0.134 0.097 0.038 0.021 0.009 0.004 102 M 0.005 0.008 0.007 0.015 0.018 0.026 0.097 0.142 0.247 0.259 0.176 103 V 0.012 0.043 0.037 0.178 0.191 0.177 0.171 0.085 0.057 0.030 0.019 104 S 0.038 0.086 0.050 0.153 0.151 0.148 0.177 0.096 0.061 0.026 0.014 105 E 0.389 0.169 0.094 0.140 0.087 0.055 0.036 0.014 0.007 0.004 0.002 106 S 0.384 0.373 0.071 0.117 0.035 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 107 G 0.424 0.186 0.043 0.112 0.093 0.057 0.040 0.020 0.014 0.007 0.004 108 E 0.163 0.225 0.093 0.252 0.142 0.072 0.036 0.010 0.004 0.001 0.001 109 H 0.015 0.059 0.069 0.217 0.231 0.201 0.137 0.042 0.019 0.007 0.003 110 F 0.003 0.002 0.002 0.009 0.018 0.042 0.142 0.217 0.244 0.193 0.128 111 N 0.062 0.150 0.113 0.384 0.194 0.065 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 112 A 0.001 0.002 0.003 0.006 0.009 0.020 0.081 0.133 0.241 0.275 0.229 113 I 0.044 0.132 0.077 0.334 0.212 0.107 0.064 0.016 0.008 0.003 0.003 114 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.011 0.064 0.124 0.229 0.273 0.288 115 K 0.168 0.228 0.128 0.272 0.125 0.048 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 116 P 0.137 0.132 0.051 0.193 0.167 0.131 0.107 0.042 0.024 0.011 0.005 117 F 0.017 0.015 0.008 0.029 0.036 0.054 0.122 0.164 0.217 0.188 0.149 118 R 0.048 0.132 0.109 0.272 0.190 0.119 0.076 0.026 0.016 0.007 0.005 119 L 0.032 0.026 0.023 0.043 0.039 0.046 0.104 0.142 0.190 0.196 0.158 120 A 0.103 0.129 0.071 0.185 0.159 0.124 0.106 0.056 0.036 0.019 0.011 121 T 0.105 0.118 0.046 0.100 0.084 0.081 0.129 0.107 0.107 0.075 0.047 122 P 0.151 0.124 0.048 0.137 0.115 0.103 0.105 0.073 0.066 0.049 0.029 123 G 0.415 0.169 0.064 0.121 0.083 0.051 0.042 0.022 0.017 0.010 0.006 124 L 0.246 0.120 0.054 0.137 0.100 0.081 0.095 0.060 0.051 0.035 0.021 125 L 0.150 0.103 0.058 0.106 0.091 0.095 0.110 0.085 0.087 0.067 0.047 126 H 0.207 0.175 0.057 0.138 0.107 0.084 0.081 0.057 0.047 0.029 0.017