# TARGET T0212 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0212.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.68939 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.032 0.003 0.002 0.008 0.012 0.008 0.935 2 S 0.193 0.035 0.014 0.029 0.024 0.028 0.676 3 A 0.298 0.014 0.047 0.020 0.147 0.049 0.424 4 L 0.344 0.015 0.057 0.017 0.097 0.080 0.389 5 D 0.270 0.010 0.056 0.010 0.135 0.083 0.435 6 N 0.202 0.008 0.046 0.007 0.265 0.278 0.194 7 S 0.378 0.005 0.014 0.002 0.080 0.242 0.279 8 I 0.676 0.008 0.002 0.001 0.027 0.010 0.276 9 R 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.036 10 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 11 E 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 12 V 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 13 K 0.794 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.194 14 T 0.655 0.004 0.023 0.008 0.049 0.017 0.243 15 E 0.436 0.009 0.074 0.019 0.169 0.055 0.237 16 Y 0.296 0.035 0.144 0.056 0.104 0.064 0.301 17 I 0.163 0.021 0.162 0.125 0.096 0.063 0.371 18 E 0.124 0.015 0.228 0.149 0.080 0.133 0.271 19 Q 0.076 0.012 0.254 0.144 0.088 0.248 0.178 20 Q 0.066 0.027 0.117 0.093 0.181 0.193 0.324 21 S 0.067 0.031 0.052 0.055 0.321 0.148 0.326 22 S 0.036 0.020 0.012 0.006 0.265 0.036 0.626 23 P 0.014 0.006 0.135 0.022 0.108 0.418 0.297 24 E 0.013 0.007 0.207 0.025 0.098 0.542 0.108 25 D 0.022 0.009 0.221 0.011 0.204 0.367 0.165 26 E 0.092 0.010 0.070 0.008 0.242 0.231 0.346 27 K 0.266 0.014 0.017 0.002 0.293 0.071 0.338 28 Y 0.835 0.009 0.002 0.001 0.022 0.007 0.124 29 L 0.915 0.002 0.001 0.001 0.018 0.002 0.063 30 F 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 31 S 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 32 Y 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 33 T 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 34 I 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 35 T 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 36 I 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 37 I 0.918 0.003 0.001 0.002 0.017 0.012 0.047 38 N 0.693 0.012 0.002 0.004 0.043 0.034 0.213 39 L 0.171 0.008 0.010 0.007 0.214 0.299 0.291 40 G 0.086 0.006 0.013 0.010 0.313 0.433 0.139 41 E 0.139 0.010 0.033 0.033 0.313 0.229 0.243 42 Q 0.317 0.020 0.028 0.037 0.193 0.081 0.324 43 A 0.527 0.014 0.023 0.044 0.089 0.035 0.268 44 A 0.793 0.008 0.010 0.019 0.026 0.010 0.133 45 K 0.902 0.015 0.005 0.017 0.015 0.006 0.040 46 L 0.902 0.006 0.005 0.020 0.009 0.008 0.050 47 E 0.827 0.007 0.006 0.006 0.026 0.026 0.104 48 T 0.747 0.006 0.012 0.005 0.056 0.057 0.117 49 R 0.674 0.002 0.011 0.002 0.135 0.078 0.098 50 H 0.889 0.005 0.004 0.001 0.015 0.013 0.072 51 W 0.944 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.044 52 I 0.986 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 53 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 54 T 0.929 0.013 0.001 0.001 0.008 0.003 0.045 55 D 0.575 0.006 0.002 0.002 0.052 0.015 0.349 56 A 0.106 0.005 0.022 0.003 0.157 0.623 0.084 57 N 0.013 0.002 0.017 0.001 0.087 0.861 0.019 58 G 0.035 0.001 0.020 0.001 0.499 0.365 0.080 59 K 0.317 0.037 0.010 0.003 0.141 0.047 0.444 60 T 0.761 0.083 0.008 0.003 0.041 0.015 0.089 61 S 0.833 0.005 0.008 0.002 0.046 0.011 0.094 62 E 0.926 0.005 0.004 0.002 0.012 0.005 0.045 63 V 0.941 0.012 0.003 0.002 0.007 0.004 0.031 64 Q 0.831 0.010 0.005 0.005 0.023 0.024 0.101 65 G 0.585 0.007 0.012 0.006 0.141 0.112 0.138 66 A 0.284 0.009 0.023 0.007 0.191 0.285 0.201 67 G 0.412 0.012 0.028 0.005 0.178 0.235 0.130 68 V 0.615 0.039 0.015 0.004 0.052 0.040 0.235 69 V 0.664 0.062 0.010 0.003 0.064 0.024 0.175 70 G 0.590 0.012 0.010 0.002 0.113 0.061 0.212 71 E 0.401 0.043 0.009 0.002 0.144 0.031 0.370 72 T 0.260 0.034 0.008 0.001 0.114 0.008 0.574 73 P 0.188 0.018 0.006 0.001 0.123 0.038 0.627 74 T 0.242 0.140 0.005 0.001 0.091 0.046 0.476 75 I 0.098 0.074 0.001 0.001 0.230 0.010 0.586 76 P 0.023 0.007 0.002 0.001 0.045 0.024 0.899 77 P 0.014 0.015 0.029 0.004 0.107 0.737 0.095 78 N 0.020 0.006 0.052 0.009 0.286 0.466 0.161 79 T 0.078 0.009 0.057 0.015 0.330 0.076 0.435 80 A 0.407 0.042 0.024 0.028 0.103 0.060 0.336 81 Y 0.810 0.028 0.008 0.019 0.023 0.010 0.103 82 Q 0.887 0.012 0.002 0.010 0.015 0.006 0.068 83 Y 0.844 0.008 0.002 0.010 0.017 0.013 0.105 84 T 0.715 0.014 0.004 0.009 0.039 0.031 0.188 85 S 0.538 0.010 0.012 0.017 0.102 0.130 0.192 86 G 0.392 0.006 0.036 0.025 0.182 0.203 0.156 87 T 0.534 0.020 0.038 0.036 0.085 0.063 0.224 88 V 0.636 0.054 0.029 0.024 0.038 0.033 0.186 89 L 0.587 0.034 0.015 0.009 0.067 0.038 0.251 90 D 0.370 0.057 0.011 0.006 0.165 0.082 0.308 91 T 0.083 0.010 0.002 0.001 0.486 0.006 0.411 92 P 0.075 0.009 0.020 0.004 0.264 0.426 0.204 93 F 0.066 0.016 0.028 0.005 0.169 0.583 0.134 94 G 0.268 0.024 0.034 0.007 0.330 0.105 0.232 95 I 0.491 0.020 0.014 0.008 0.088 0.032 0.347 96 M 0.814 0.036 0.006 0.004 0.025 0.020 0.096 97 Y 0.813 0.021 0.005 0.004 0.031 0.029 0.095 98 G 0.801 0.003 0.003 0.002 0.073 0.034 0.085 99 T 0.865 0.004 0.003 0.001 0.021 0.012 0.094 100 Y 0.914 0.005 0.003 0.001 0.013 0.008 0.056 101 G 0.915 0.005 0.002 0.001 0.013 0.005 0.059 102 M 0.955 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.036 103 V 0.894 0.059 0.001 0.001 0.008 0.003 0.035 104 S 0.448 0.014 0.002 0.001 0.014 0.009 0.514 105 E 0.049 0.001 0.014 0.001 0.082 0.813 0.040 106 S 0.006 0.001 0.006 0.001 0.041 0.938 0.008 107 G 0.051 0.002 0.013 0.001 0.523 0.274 0.137 108 E 0.120 0.008 0.003 0.001 0.127 0.014 0.728 109 H 0.900 0.045 0.001 0.001 0.008 0.002 0.043 110 F 0.934 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.054 111 N 0.939 0.001 0.001 0.001 0.020 0.003 0.035 112 A 0.896 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.097 113 I 0.957 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.032 114 I 0.782 0.015 0.001 0.001 0.015 0.001 0.188 115 K 0.399 0.002 0.001 0.001 0.041 0.003 0.554 116 P 0.291 0.003 0.059 0.010 0.165 0.080 0.393 117 F 0.498 0.007 0.163 0.032 0.105 0.075 0.119 118 R 0.620 0.013 0.127 0.086 0.024 0.022 0.108 119 L 0.833 0.014 0.021 0.026 0.012 0.013 0.081 120 A 0.646 0.061 0.011 0.022 0.043 0.031 0.186 121 T 0.177 0.005 0.005 0.005 0.185 0.013 0.611 122 P 0.026 0.003 0.055 0.010 0.122 0.651 0.134 123 G 0.009 0.005 0.095 0.010 0.142 0.621 0.119 124 L 0.045 0.026 0.172 0.026 0.217 0.199 0.315 125 L 0.060 0.052 0.022 0.020 0.082 0.056 0.707 126 H 0.015 0.005 0.008 0.005 0.025 0.014 0.928