# TARGET T0212 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0212.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.68939 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.220 0.241 0.260 0.110 0.071 0.032 0.029 0.011 0.018 0.007 0.001 2 S 0.252 0.333 0.206 0.077 0.065 0.025 0.011 0.004 0.023 0.004 0.001 3 A 0.150 0.338 0.294 0.072 0.066 0.030 0.012 0.004 0.030 0.002 0.001 4 L 0.155 0.317 0.339 0.069 0.028 0.050 0.005 0.002 0.031 0.002 0.001 5 D 0.156 0.347 0.175 0.116 0.101 0.023 0.032 0.006 0.031 0.012 0.001 6 N 0.102 0.110 0.132 0.276 0.119 0.039 0.163 0.023 0.021 0.013 0.002 7 S 0.030 0.464 0.233 0.103 0.125 0.012 0.010 0.004 0.018 0.001 0.001 8 I 0.001 0.703 0.215 0.002 0.041 0.017 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 9 R 0.001 0.561 0.389 0.001 0.006 0.031 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 10 V 0.001 0.879 0.060 0.001 0.030 0.009 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 11 E 0.001 0.573 0.371 0.001 0.004 0.040 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 12 V 0.004 0.751 0.153 0.002 0.028 0.039 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 13 K 0.009 0.591 0.211 0.006 0.062 0.046 0.005 0.001 0.068 0.001 0.001 14 T 0.255 0.152 0.427 0.025 0.082 0.034 0.004 0.004 0.006 0.006 0.005 15 E 0.721 0.076 0.036 0.134 0.011 0.009 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 16 Y 0.298 0.266 0.205 0.075 0.055 0.036 0.020 0.004 0.035 0.004 0.002 17 I 0.280 0.348 0.179 0.031 0.022 0.046 0.010 0.001 0.079 0.002 0.002 18 E 0.587 0.052 0.286 0.024 0.009 0.026 0.004 0.001 0.004 0.002 0.004 19 Q 0.484 0.108 0.169 0.125 0.049 0.028 0.020 0.004 0.011 0.001 0.001 20 Q 0.382 0.081 0.116 0.367 0.013 0.020 0.006 0.002 0.012 0.001 0.001 21 S 0.154 0.175 0.307 0.191 0.079 0.035 0.020 0.008 0.019 0.010 0.001 22 S 0.055 0.179 0.459 0.012 0.088 0.021 0.019 0.003 0.141 0.023 0.001 23 P 0.394 0.004 0.504 0.031 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.048 24 E 0.569 0.038 0.144 0.145 0.021 0.016 0.022 0.024 0.010 0.012 0.001 25 D 0.341 0.046 0.152 0.273 0.029 0.026 0.091 0.019 0.014 0.010 0.001 26 E 0.282 0.122 0.141 0.244 0.056 0.030 0.081 0.027 0.011 0.005 0.001 27 K 0.087 0.590 0.146 0.092 0.051 0.014 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 28 Y 0.020 0.630 0.207 0.017 0.071 0.030 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 29 L 0.010 0.860 0.064 0.004 0.045 0.008 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 30 F 0.009 0.750 0.064 0.010 0.139 0.014 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 31 S 0.006 0.726 0.122 0.006 0.125 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 32 Y 0.002 0.713 0.054 0.003 0.213 0.005 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 33 T 0.001 0.843 0.112 0.001 0.029 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 34 I 0.001 0.893 0.067 0.001 0.019 0.006 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 35 T 0.003 0.677 0.257 0.001 0.004 0.036 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 36 I 0.013 0.463 0.394 0.002 0.005 0.091 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 37 I 0.178 0.524 0.151 0.042 0.027 0.047 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 38 N 0.057 0.192 0.211 0.101 0.076 0.157 0.105 0.003 0.094 0.003 0.001 39 L 0.163 0.184 0.206 0.302 0.070 0.017 0.027 0.007 0.017 0.005 0.001 40 G 0.075 0.033 0.112 0.028 0.157 0.006 0.031 0.201 0.002 0.352 0.001 41 E 0.304 0.116 0.161 0.295 0.048 0.025 0.018 0.011 0.014 0.007 0.001 42 Q 0.128 0.436 0.225 0.053 0.100 0.017 0.015 0.002 0.022 0.003 0.001 43 A 0.264 0.226 0.367 0.048 0.030 0.043 0.006 0.002 0.009 0.002 0.003 44 A 0.099 0.581 0.099 0.034 0.153 0.010 0.003 0.001 0.017 0.002 0.001 45 K 0.064 0.497 0.271 0.010 0.020 0.078 0.006 0.001 0.052 0.001 0.001 46 L 0.112 0.320 0.405 0.016 0.011 0.093 0.003 0.001 0.037 0.001 0.001 47 E 0.312 0.297 0.155 0.110 0.047 0.036 0.016 0.003 0.020 0.003 0.001 48 T 0.114 0.374 0.191 0.054 0.221 0.012 0.017 0.005 0.008 0.004 0.001 49 R 0.145 0.435 0.151 0.095 0.102 0.024 0.019 0.005 0.019 0.003 0.001 50 H 0.042 0.647 0.119 0.043 0.081 0.023 0.010 0.001 0.033 0.001 0.001 51 W 0.034 0.531 0.312 0.013 0.065 0.020 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 52 I 0.019 0.731 0.174 0.004 0.028 0.027 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 53 I 0.024 0.625 0.256 0.007 0.014 0.048 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 54 T 0.043 0.594 0.179 0.050 0.072 0.037 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 55 D 0.020 0.208 0.461 0.016 0.165 0.075 0.011 0.002 0.035 0.007 0.001 56 A 0.770 0.040 0.021 0.134 0.008 0.008 0.006 0.004 0.007 0.003 0.001 57 N 0.103 0.013 0.036 0.672 0.004 0.007 0.144 0.004 0.016 0.002 0.001 58 G 0.007 0.001 0.018 0.013 0.019 0.001 0.099 0.801 0.001 0.040 0.001 59 K 0.090 0.305 0.429 0.084 0.040 0.030 0.009 0.002 0.007 0.003 0.001 60 T 0.031 0.497 0.385 0.014 0.032 0.027 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 61 S 0.173 0.465 0.092 0.127 0.113 0.013 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 62 E 0.010 0.619 0.234 0.011 0.104 0.012 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 63 V 0.008 0.635 0.234 0.005 0.029 0.053 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 64 Q 0.022 0.669 0.196 0.041 0.039 0.011 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 65 G 0.009 0.057 0.070 0.003 0.508 0.001 0.012 0.037 0.006 0.296 0.001 66 A 0.062 0.114 0.637 0.076 0.062 0.013 0.003 0.004 0.003 0.009 0.017 67 G 0.022 0.115 0.172 0.023 0.351 0.008 0.059 0.125 0.010 0.114 0.001 68 V 0.021 0.478 0.408 0.006 0.026 0.037 0.002 0.001 0.019 0.001 0.002 69 V 0.063 0.326 0.359 0.076 0.005 0.082 0.007 0.001 0.081 0.001 0.001 70 G 0.045 0.081 0.151 0.015 0.444 0.004 0.014 0.101 0.001 0.144 0.001 71 E 0.109 0.455 0.214 0.097 0.067 0.030 0.004 0.003 0.018 0.002 0.001 72 T 0.010 0.207 0.186 0.002 0.034 0.011 0.024 0.001 0.523 0.003 0.001 73 P 0.174 0.004 0.638 0.007 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.161 74 T 0.082 0.186 0.428 0.149 0.019 0.094 0.010 0.003 0.024 0.001 0.003 75 I 0.007 0.341 0.541 0.003 0.012 0.032 0.003 0.001 0.059 0.001 0.001 76 P 0.007 0.020 0.925 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.029 0.001 0.002 77 P 0.180 0.002 0.746 0.010 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 78 N 0.087 0.028 0.069 0.257 0.036 0.026 0.199 0.275 0.018 0.005 0.001 79 T 0.056 0.184 0.608 0.058 0.038 0.028 0.009 0.003 0.013 0.003 0.001 80 A 0.082 0.474 0.297 0.061 0.046 0.017 0.006 0.003 0.011 0.001 0.001 81 Y 0.035 0.558 0.190 0.025 0.119 0.030 0.005 0.002 0.033 0.002 0.001 82 Q 0.027 0.695 0.193 0.011 0.031 0.028 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 83 Y 0.028 0.542 0.156 0.023 0.158 0.054 0.004 0.001 0.031 0.002 0.001 84 T 0.068 0.561 0.180 0.052 0.095 0.019 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 85 S 0.067 0.287 0.176 0.074 0.356 0.007 0.006 0.005 0.008 0.015 0.001 86 G 0.072 0.111 0.158 0.136 0.192 0.014 0.077 0.149 0.023 0.067 0.001 87 T 0.012 0.502 0.354 0.005 0.087 0.012 0.003 0.001 0.020 0.002 0.001 88 V 0.036 0.316 0.535 0.011 0.005 0.071 0.003 0.001 0.020 0.001 0.003 89 L 0.041 0.379 0.448 0.017 0.039 0.047 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 90 D 0.084 0.155 0.372 0.089 0.029 0.175 0.038 0.006 0.046 0.003 0.003 91 T 0.065 0.348 0.381 0.008 0.082 0.018 0.009 0.001 0.084 0.003 0.001 92 P 0.533 0.008 0.359 0.031 0.001 0.032 0.001 0.001 0.002 0.001 0.034 93 F 0.194 0.203 0.226 0.245 0.069 0.011 0.022 0.007 0.020 0.002 0.001 94 G 0.058 0.021 0.068 0.015 0.161 0.003 0.039 0.231 0.002 0.401 0.001 95 I 0.178 0.352 0.228 0.135 0.053 0.031 0.004 0.001 0.015 0.001 0.002 96 M 0.049 0.435 0.226 0.050 0.088 0.070 0.023 0.004 0.049 0.006 0.001 97 Y 0.055 0.340 0.384 0.071 0.059 0.044 0.013 0.003 0.028 0.002 0.002 98 G 0.057 0.076 0.100 0.021 0.408 0.005 0.025 0.089 0.004 0.214 0.001 99 T 0.135 0.415 0.202 0.089 0.103 0.030 0.005 0.003 0.013 0.002 0.003 100 Y 0.076 0.390 0.198 0.091 0.160 0.017 0.023 0.007 0.029 0.009 0.001 101 G 0.097 0.301 0.225 0.043 0.236 0.018 0.020 0.020 0.015 0.023 0.001 102 M 0.079 0.413 0.226 0.058 0.128 0.047 0.014 0.005 0.027 0.003 0.002 103 V 0.051 0.511 0.266 0.058 0.046 0.036 0.004 0.001 0.025 0.001 0.001 104 S 0.043 0.215 0.533 0.016 0.138 0.028 0.003 0.003 0.008 0.010 0.001 105 E 0.697 0.094 0.065 0.087 0.021 0.011 0.006 0.003 0.011 0.004 0.001 106 S 0.103 0.024 0.066 0.656 0.011 0.009 0.103 0.006 0.022 0.002 0.001 107 G 0.010 0.003 0.063 0.009 0.029 0.002 0.078 0.696 0.001 0.109 0.001 108 E 0.101 0.312 0.480 0.044 0.034 0.016 0.002 0.001 0.005 0.002 0.001 109 H 0.045 0.487 0.343 0.032 0.024 0.033 0.005 0.001 0.029 0.001 0.001 110 F 0.027 0.580 0.189 0.035 0.118 0.026 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 111 N 0.029 0.517 0.176 0.048 0.072 0.080 0.018 0.001 0.058 0.001 0.001 112 A 0.007 0.750 0.089 0.004 0.130 0.007 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 113 I 0.007 0.534 0.372 0.004 0.007 0.054 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 114 I 0.006 0.532 0.345 0.002 0.012 0.030 0.002 0.001 0.069 0.001 0.001 115 K 0.010 0.286 0.534 0.001 0.034 0.027 0.007 0.001 0.096 0.002 0.004 116 P 0.048 0.011 0.763 0.007 0.001 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 117 F 0.028 0.448 0.252 0.015 0.171 0.029 0.015 0.004 0.034 0.002 0.001 118 R 0.036 0.454 0.313 0.010 0.013 0.115 0.007 0.001 0.050 0.001 0.002 119 L 0.067 0.484 0.291 0.039 0.025 0.063 0.004 0.001 0.025 0.001 0.001 120 A 0.106 0.293 0.279 0.115 0.082 0.066 0.016 0.005 0.030 0.006 0.001 121 T 0.015 0.360 0.269 0.002 0.053 0.016 0.011 0.001 0.270 0.003 0.001 122 P 0.147 0.003 0.643 0.015 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.171 123 G 0.117 0.025 0.112 0.039 0.097 0.009 0.074 0.417 0.006 0.102 0.001 124 L 0.305 0.203 0.297 0.101 0.028 0.032 0.008 0.002 0.020 0.002 0.003 125 L 0.202 0.199 0.316 0.161 0.015 0.060 0.014 0.003 0.026 0.001 0.001 126 H 0.157 0.245 0.248 0.127 0.087 0.045 0.041 0.012 0.029 0.011 0.001