# TARGET T0212 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0212.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.68939 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.192 0.113 0.028 0.008 0.219 0.010 0.022 0.132 0.106 0.097 0.073 2 S 0.083 0.227 0.062 0.014 0.241 0.023 0.038 0.146 0.093 0.047 0.025 3 A 0.237 0.127 0.052 0.008 0.260 0.007 0.024 0.102 0.057 0.075 0.052 4 L 0.212 0.107 0.052 0.041 0.190 0.040 0.052 0.094 0.064 0.074 0.075 5 D 0.048 0.116 0.064 0.209 0.087 0.153 0.113 0.080 0.046 0.051 0.033 6 N 0.064 0.123 0.065 0.057 0.113 0.037 0.043 0.075 0.088 0.271 0.065 7 S 0.210 0.153 0.034 0.011 0.409 0.013 0.019 0.014 0.019 0.064 0.056 8 I 0.203 0.109 0.004 0.001 0.666 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 9 R 0.275 0.051 0.005 0.002 0.622 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 0.033 10 V 0.222 0.110 0.007 0.001 0.642 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 11 E 0.233 0.103 0.010 0.001 0.608 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.037 12 V 0.281 0.155 0.031 0.002 0.475 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.046 13 K 0.111 0.292 0.112 0.019 0.363 0.008 0.014 0.017 0.011 0.020 0.034 14 T 0.246 0.167 0.043 0.017 0.326 0.023 0.028 0.050 0.032 0.016 0.052 15 E 0.091 0.116 0.039 0.032 0.186 0.038 0.073 0.155 0.113 0.102 0.054 16 Y 0.161 0.197 0.086 0.031 0.232 0.018 0.028 0.092 0.041 0.067 0.047 17 I 0.066 0.350 0.114 0.033 0.184 0.017 0.019 0.114 0.052 0.030 0.022 18 E 0.078 0.166 0.064 0.031 0.147 0.045 0.068 0.178 0.112 0.065 0.046 19 Q 0.087 0.132 0.040 0.016 0.169 0.028 0.095 0.185 0.119 0.080 0.050 20 Q 0.142 0.088 0.042 0.016 0.177 0.021 0.066 0.097 0.087 0.176 0.088 21 S 0.089 0.247 0.180 0.037 0.166 0.023 0.046 0.051 0.042 0.079 0.040 22 S 0.071 0.324 0.257 0.024 0.200 0.009 0.016 0.038 0.020 0.016 0.022 23 P 0.041 0.223 0.124 0.021 0.089 0.019 0.032 0.198 0.170 0.058 0.024 24 E 0.032 0.091 0.047 0.022 0.056 0.040 0.124 0.246 0.199 0.113 0.028 25 D 0.089 0.131 0.045 0.017 0.140 0.017 0.043 0.131 0.128 0.197 0.064 26 E 0.089 0.083 0.021 0.008 0.132 0.011 0.029 0.158 0.198 0.223 0.047 27 K 0.149 0.127 0.033 0.019 0.235 0.026 0.070 0.110 0.082 0.106 0.042 28 Y 0.188 0.204 0.027 0.009 0.502 0.005 0.007 0.019 0.008 0.011 0.019 29 L 0.284 0.090 0.009 0.006 0.501 0.010 0.016 0.031 0.008 0.008 0.038 30 F 0.290 0.082 0.017 0.007 0.517 0.010 0.008 0.014 0.004 0.010 0.040 31 S 0.375 0.047 0.012 0.010 0.387 0.011 0.030 0.024 0.010 0.023 0.070 32 Y 0.159 0.269 0.033 0.008 0.465 0.008 0.008 0.014 0.004 0.009 0.022 33 T 0.425 0.047 0.005 0.001 0.448 0.001 0.003 0.004 0.002 0.008 0.056 34 I 0.372 0.061 0.003 0.003 0.521 0.008 0.005 0.003 0.001 0.002 0.020 35 T 0.170 0.096 0.005 0.002 0.704 0.003 0.003 0.004 0.002 0.001 0.010 36 I 0.558 0.024 0.003 0.002 0.341 0.004 0.007 0.006 0.002 0.005 0.046 37 I 0.126 0.122 0.015 0.029 0.303 0.103 0.122 0.072 0.025 0.043 0.041 38 N 0.326 0.132 0.063 0.015 0.315 0.008 0.008 0.014 0.005 0.031 0.082 39 L 0.039 0.048 0.025 0.211 0.036 0.131 0.073 0.116 0.086 0.179 0.055 40 G 0.006 0.064 0.152 0.463 0.022 0.111 0.023 0.067 0.049 0.038 0.004 41 E 0.058 0.055 0.022 0.014 0.074 0.015 0.051 0.328 0.148 0.191 0.043 42 Q 0.049 0.150 0.063 0.026 0.131 0.021 0.044 0.329 0.077 0.088 0.021 43 A 0.171 0.062 0.018 0.020 0.173 0.036 0.044 0.330 0.055 0.045 0.046 44 A 0.140 0.174 0.031 0.009 0.408 0.011 0.013 0.144 0.025 0.026 0.020 45 K 0.150 0.185 0.039 0.004 0.371 0.004 0.009 0.179 0.020 0.017 0.023 46 L 0.282 0.063 0.015 0.014 0.213 0.021 0.035 0.217 0.035 0.036 0.069 47 E 0.044 0.090 0.035 0.042 0.104 0.068 0.156 0.312 0.087 0.043 0.019 48 T 0.174 0.129 0.038 0.009 0.250 0.009 0.036 0.136 0.063 0.111 0.044 49 R 0.162 0.272 0.045 0.012 0.325 0.011 0.014 0.043 0.022 0.054 0.039 50 H 0.316 0.097 0.028 0.023 0.389 0.013 0.021 0.014 0.010 0.034 0.054 51 W 0.302 0.117 0.015 0.004 0.518 0.004 0.005 0.006 0.004 0.004 0.021 52 I 0.154 0.185 0.012 0.001 0.617 0.002 0.003 0.006 0.001 0.003 0.016 53 I 0.364 0.092 0.010 0.001 0.453 0.001 0.003 0.003 0.001 0.009 0.064 54 T 0.064 0.259 0.049 0.005 0.547 0.007 0.006 0.008 0.004 0.027 0.023 55 D 0.028 0.116 0.725 0.011 0.042 0.001 0.004 0.046 0.017 0.003 0.006 56 A 0.001 0.003 0.006 0.016 0.001 0.036 0.129 0.653 0.139 0.014 0.002 57 N 0.001 0.803 0.160 0.024 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 58 G 0.010 0.006 0.009 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.408 0.551 59 K 0.038 0.597 0.086 0.003 0.202 0.002 0.009 0.029 0.013 0.012 0.010 60 T 0.500 0.042 0.005 0.002 0.338 0.001 0.003 0.004 0.008 0.013 0.084 61 S 0.068 0.247 0.051 0.097 0.307 0.072 0.060 0.038 0.036 0.015 0.009 62 E 0.271 0.107 0.010 0.002 0.508 0.002 0.007 0.027 0.008 0.009 0.048 63 V 0.425 0.072 0.019 0.006 0.326 0.006 0.005 0.011 0.004 0.025 0.100 64 Q 0.092 0.068 0.032 0.087 0.100 0.090 0.174 0.068 0.035 0.155 0.100 65 G 0.030 0.126 0.316 0.296 0.067 0.044 0.007 0.018 0.019 0.050 0.025 66 A 0.052 0.080 0.054 0.085 0.071 0.086 0.139 0.093 0.144 0.145 0.050 67 G 0.028 0.093 0.172 0.257 0.057 0.088 0.028 0.041 0.052 0.146 0.038 68 V 0.197 0.154 0.041 0.011 0.312 0.016 0.050 0.074 0.045 0.044 0.054 69 V 0.118 0.141 0.077 0.053 0.152 0.047 0.056 0.072 0.075 0.134 0.074 70 G 0.035 0.152 0.203 0.160 0.078 0.071 0.030 0.068 0.072 0.107 0.024 71 E 0.113 0.125 0.121 0.025 0.179 0.013 0.029 0.085 0.070 0.174 0.066 72 T 0.025 0.524 0.227 0.007 0.148 0.002 0.007 0.032 0.014 0.007 0.006 73 P 0.058 0.418 0.119 0.005 0.306 0.006 0.016 0.032 0.013 0.010 0.017 74 T 0.272 0.134 0.057 0.002 0.334 0.005 0.015 0.026 0.028 0.051 0.075 75 I 0.023 0.539 0.286 0.007 0.119 0.002 0.005 0.007 0.003 0.003 0.006 76 P 0.005 0.239 0.694 0.023 0.032 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 P 0.004 0.018 0.009 0.018 0.009 0.094 0.493 0.242 0.105 0.005 0.003 78 N 0.017 0.018 0.014 0.014 0.015 0.012 0.010 0.024 0.099 0.648 0.130 79 T 0.073 0.370 0.082 0.005 0.357 0.003 0.010 0.018 0.027 0.043 0.013 80 A 0.294 0.109 0.016 0.003 0.429 0.006 0.023 0.023 0.022 0.031 0.045 81 Y 0.200 0.191 0.035 0.012 0.459 0.009 0.009 0.008 0.011 0.018 0.048 82 Q 0.293 0.086 0.011 0.005 0.471 0.008 0.011 0.015 0.009 0.024 0.069 83 Y 0.338 0.104 0.022 0.007 0.368 0.006 0.009 0.013 0.011 0.035 0.085 84 T 0.155 0.145 0.078 0.050 0.246 0.039 0.037 0.035 0.035 0.107 0.071 85 S 0.131 0.231 0.111 0.060 0.260 0.019 0.032 0.040 0.030 0.043 0.043 86 G 0.143 0.073 0.030 0.025 0.166 0.035 0.029 0.042 0.111 0.227 0.120 87 T 0.078 0.350 0.129 0.007 0.383 0.003 0.006 0.013 0.010 0.009 0.012 88 V 0.250 0.165 0.022 0.002 0.447 0.003 0.007 0.026 0.013 0.019 0.047 89 L 0.117 0.272 0.066 0.010 0.429 0.013 0.020 0.020 0.015 0.013 0.024 90 D 0.385 0.039 0.013 0.004 0.226 0.003 0.009 0.010 0.014 0.075 0.221 91 T 0.032 0.337 0.404 0.025 0.153 0.005 0.005 0.014 0.011 0.008 0.006 92 P 0.079 0.182 0.076 0.027 0.148 0.052 0.130 0.192 0.062 0.034 0.018 93 F 0.055 0.137 0.070 0.077 0.092 0.047 0.108 0.114 0.135 0.123 0.042 94 G 0.048 0.100 0.118 0.279 0.096 0.139 0.021 0.044 0.030 0.074 0.050 95 I 0.250 0.089 0.013 0.009 0.329 0.011 0.029 0.053 0.045 0.094 0.077 96 M 0.212 0.144 0.072 0.031 0.328 0.028 0.018 0.044 0.025 0.042 0.057 97 Y 0.088 0.055 0.033 0.069 0.090 0.068 0.162 0.075 0.079 0.216 0.065 98 G 0.046 0.167 0.326 0.191 0.091 0.035 0.011 0.021 0.018 0.066 0.029 99 T 0.172 0.158 0.045 0.019 0.323 0.015 0.026 0.059 0.052 0.071 0.061 100 Y 0.204 0.183 0.051 0.014 0.366 0.014 0.015 0.033 0.043 0.030 0.048 101 G 0.239 0.143 0.032 0.008 0.407 0.008 0.012 0.024 0.015 0.037 0.076 102 M 0.258 0.151 0.039 0.003 0.440 0.002 0.005 0.012 0.007 0.035 0.047 103 V 0.081 0.386 0.083 0.008 0.333 0.011 0.014 0.028 0.011 0.023 0.022 104 S 0.054 0.199 0.547 0.024 0.101 0.005 0.007 0.032 0.014 0.006 0.011 105 E 0.011 0.011 0.023 0.061 0.007 0.149 0.160 0.398 0.144 0.027 0.009 106 S 0.002 0.460 0.207 0.235 0.019 0.017 0.034 0.011 0.005 0.007 0.003 107 G 0.014 0.011 0.010 0.020 0.006 0.006 0.001 0.002 0.010 0.688 0.232 108 E 0.032 0.519 0.086 0.003 0.291 0.002 0.011 0.018 0.018 0.017 0.004 109 H 0.461 0.045 0.007 0.001 0.430 0.002 0.004 0.002 0.003 0.005 0.041 110 F 0.116 0.249 0.043 0.019 0.536 0.012 0.006 0.002 0.001 0.003 0.012 111 N 0.403 0.038 0.005 0.002 0.458 0.001 0.003 0.003 0.001 0.007 0.079 112 A 0.187 0.185 0.014 0.001 0.587 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 113 I 0.242 0.127 0.012 0.001 0.564 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.039 114 I 0.140 0.234 0.219 0.032 0.321 0.008 0.005 0.004 0.002 0.007 0.028 115 K 0.028 0.315 0.221 0.062 0.155 0.037 0.086 0.061 0.019 0.008 0.008 116 P 0.258 0.149 0.049 0.006 0.281 0.012 0.028 0.043 0.047 0.031 0.096 117 F 0.082 0.258 0.079 0.027 0.311 0.022 0.014 0.052 0.058 0.053 0.042 118 R 0.281 0.102 0.022 0.003 0.427 0.003 0.011 0.034 0.023 0.034 0.062 119 L 0.178 0.203 0.036 0.008 0.300 0.014 0.027 0.078 0.063 0.045 0.049 120 A 0.144 0.098 0.049 0.031 0.182 0.035 0.103 0.061 0.053 0.139 0.104 121 T 0.056 0.341 0.327 0.024 0.170 0.005 0.007 0.023 0.015 0.013 0.020 122 P 0.026 0.165 0.081 0.054 0.059 0.118 0.155 0.156 0.137 0.034 0.016 123 G 0.032 0.059 0.048 0.071 0.050 0.050 0.062 0.097 0.160 0.300 0.071 124 L 0.131 0.123 0.033 0.013 0.184 0.025 0.065 0.137 0.109 0.114 0.066 125 L 0.119 0.175 0.047 0.023 0.201 0.029 0.048 0.108 0.080 0.099 0.071 126 H 0.112 0.161 0.088 0.040 0.188 0.028 0.043 0.111 0.074 0.095 0.059