# TARGET T0212 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0212.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.68939 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.669 0.196 0.075 0.041 0.015 0.004 0.001 2 S 0.559 0.262 0.112 0.049 0.015 0.003 0.001 3 A 0.631 0.232 0.085 0.040 0.011 0.002 0.001 4 L 0.308 0.288 0.226 0.131 0.041 0.006 0.001 5 D 0.534 0.288 0.125 0.041 0.010 0.001 0.001 6 N 0.298 0.363 0.213 0.098 0.024 0.003 0.001 7 S 0.216 0.436 0.248 0.083 0.014 0.001 0.001 8 I 0.020 0.069 0.179 0.360 0.295 0.075 0.002 9 R 0.038 0.314 0.409 0.192 0.042 0.005 0.001 10 V 0.005 0.013 0.040 0.193 0.431 0.304 0.015 11 E 0.023 0.184 0.355 0.312 0.108 0.017 0.001 12 V 0.014 0.040 0.083 0.235 0.340 0.270 0.019 13 K 0.036 0.186 0.327 0.283 0.119 0.044 0.005 14 T 0.047 0.132 0.198 0.271 0.235 0.104 0.012 15 E 0.179 0.332 0.282 0.150 0.044 0.011 0.001 16 Y 0.101 0.152 0.207 0.264 0.202 0.070 0.004 17 I 0.174 0.159 0.205 0.240 0.171 0.049 0.003 18 E 0.474 0.355 0.127 0.036 0.008 0.001 0.001 19 Q 0.606 0.219 0.107 0.051 0.015 0.002 0.001 20 Q 0.387 0.267 0.186 0.114 0.038 0.007 0.001 21 S 0.464 0.253 0.146 0.093 0.036 0.008 0.001 22 S 0.670 0.220 0.074 0.028 0.007 0.001 0.001 23 P 0.750 0.170 0.049 0.022 0.007 0.002 0.001 24 E 0.873 0.101 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 25 D 0.770 0.164 0.049 0.013 0.003 0.001 0.001 26 E 0.574 0.275 0.112 0.032 0.006 0.001 0.001 27 K 0.274 0.377 0.221 0.098 0.026 0.004 0.001 28 Y 0.127 0.146 0.204 0.272 0.207 0.042 0.002 29 L 0.043 0.148 0.272 0.292 0.178 0.061 0.007 30 F 0.027 0.033 0.061 0.184 0.306 0.328 0.061 31 S 0.042 0.137 0.269 0.281 0.160 0.082 0.029 32 Y 0.048 0.064 0.082 0.165 0.217 0.316 0.107 33 T 0.030 0.128 0.233 0.287 0.158 0.109 0.055 34 I 0.031 0.049 0.072 0.179 0.235 0.342 0.092 35 T 0.019 0.101 0.226 0.316 0.212 0.108 0.017 36 I 0.016 0.026 0.042 0.143 0.330 0.408 0.035 37 I 0.034 0.184 0.320 0.309 0.120 0.031 0.002 38 N 0.101 0.219 0.230 0.248 0.159 0.041 0.001 39 L 0.333 0.330 0.229 0.088 0.017 0.002 0.001 40 G 0.640 0.241 0.084 0.029 0.006 0.001 0.001 41 E 0.786 0.154 0.046 0.012 0.002 0.001 0.001 42 Q 0.598 0.265 0.096 0.033 0.006 0.001 0.001 43 A 0.464 0.278 0.152 0.075 0.026 0.005 0.001 44 A 0.217 0.166 0.172 0.224 0.160 0.057 0.004 45 K 0.181 0.289 0.256 0.169 0.073 0.028 0.003 46 L 0.100 0.094 0.125 0.223 0.274 0.163 0.022 47 E 0.135 0.241 0.260 0.212 0.102 0.042 0.008 48 T 0.186 0.294 0.234 0.160 0.079 0.036 0.010 49 R 0.048 0.086 0.155 0.239 0.260 0.176 0.036 50 H 0.035 0.095 0.171 0.267 0.244 0.157 0.032 51 W 0.030 0.053 0.077 0.153 0.267 0.347 0.072 52 I 0.030 0.093 0.190 0.302 0.253 0.116 0.015 53 I 0.024 0.025 0.040 0.136 0.334 0.397 0.044 54 T 0.050 0.141 0.222 0.308 0.207 0.068 0.005 55 D 0.157 0.303 0.265 0.182 0.074 0.018 0.001 56 A 0.246 0.307 0.247 0.144 0.046 0.009 0.001 57 N 0.589 0.258 0.103 0.039 0.009 0.001 0.001 58 G 0.636 0.237 0.086 0.031 0.009 0.001 0.001 59 K 0.552 0.300 0.103 0.035 0.009 0.002 0.001 60 T 0.202 0.261 0.265 0.197 0.067 0.009 0.001 61 S 0.362 0.398 0.165 0.059 0.014 0.003 0.001 62 E 0.086 0.286 0.335 0.217 0.065 0.010 0.001 63 V 0.016 0.032 0.093 0.308 0.401 0.143 0.007 64 Q 0.166 0.378 0.287 0.128 0.033 0.007 0.001 65 G 0.166 0.227 0.220 0.214 0.119 0.049 0.005 66 A 0.140 0.255 0.262 0.194 0.100 0.043 0.005 67 G 0.051 0.084 0.158 0.257 0.269 0.155 0.025 68 V 0.090 0.141 0.180 0.205 0.182 0.163 0.038 69 V 0.083 0.104 0.125 0.197 0.253 0.200 0.037 70 G 0.089 0.132 0.180 0.229 0.205 0.128 0.037 71 E 0.116 0.236 0.243 0.198 0.125 0.070 0.013 72 T 0.098 0.178 0.241 0.232 0.170 0.070 0.011 73 P 0.065 0.081 0.117 0.230 0.319 0.170 0.016 74 T 0.221 0.295 0.219 0.147 0.079 0.034 0.005 75 I 0.066 0.118 0.208 0.327 0.219 0.060 0.002 76 P 0.375 0.379 0.173 0.058 0.012 0.002 0.001 77 P 0.593 0.257 0.096 0.041 0.011 0.002 0.001 78 N 0.808 0.146 0.034 0.009 0.002 0.001 0.001 79 T 0.581 0.267 0.108 0.037 0.007 0.001 0.001 80 A 0.240 0.360 0.240 0.118 0.035 0.007 0.001 81 Y 0.084 0.145 0.223 0.292 0.207 0.047 0.003 82 Q 0.125 0.341 0.321 0.163 0.042 0.008 0.001 83 Y 0.028 0.052 0.104 0.253 0.324 0.212 0.026 84 T 0.054 0.163 0.242 0.255 0.190 0.080 0.016 85 S 0.030 0.078 0.116 0.191 0.230 0.263 0.093 86 G 0.048 0.125 0.197 0.263 0.191 0.120 0.057 87 T 0.026 0.067 0.093 0.162 0.232 0.304 0.117 88 V 0.063 0.165 0.221 0.252 0.163 0.093 0.043 89 L 0.031 0.043 0.065 0.146 0.259 0.331 0.126 90 D 0.096 0.196 0.252 0.241 0.140 0.058 0.018 91 T 0.099 0.115 0.139 0.200 0.217 0.176 0.054 92 P 0.243 0.242 0.208 0.156 0.084 0.047 0.020 93 F 0.243 0.199 0.167 0.155 0.112 0.083 0.041 94 G 0.206 0.164 0.131 0.129 0.112 0.137 0.122 95 I 0.108 0.133 0.116 0.134 0.146 0.185 0.177 96 M 0.086 0.088 0.091 0.127 0.156 0.220 0.232 97 Y 0.086 0.134 0.151 0.178 0.164 0.170 0.117 98 G 0.072 0.096 0.125 0.156 0.184 0.219 0.148 99 T 0.054 0.128 0.198 0.241 0.192 0.137 0.049 100 Y 0.047 0.054 0.087 0.163 0.281 0.288 0.081 101 G 0.062 0.145 0.201 0.259 0.208 0.106 0.019 102 M 0.038 0.060 0.103 0.214 0.326 0.235 0.024 103 V 0.084 0.213 0.273 0.255 0.136 0.036 0.003 104 S 0.307 0.345 0.223 0.099 0.023 0.003 0.001 105 E 0.626 0.264 0.080 0.024 0.005 0.001 0.001 106 S 0.774 0.177 0.038 0.010 0.002 0.001 0.001 107 G 0.349 0.317 0.227 0.086 0.019 0.001 0.001 108 E 0.448 0.392 0.121 0.031 0.007 0.001 0.001 109 H 0.059 0.305 0.374 0.204 0.051 0.006 0.001 110 F 0.009 0.026 0.078 0.276 0.428 0.177 0.007 111 N 0.016 0.210 0.409 0.290 0.066 0.008 0.001 112 A 0.007 0.023 0.056 0.199 0.392 0.302 0.020 113 I 0.020 0.130 0.313 0.355 0.153 0.028 0.001 114 I 0.031 0.079 0.141 0.262 0.330 0.146 0.010 115 K 0.126 0.363 0.332 0.138 0.032 0.008 0.001 116 P 0.097 0.368 0.321 0.166 0.041 0.006 0.001 117 F 0.029 0.054 0.107 0.249 0.337 0.208 0.016 118 R 0.032 0.182 0.319 0.289 0.140 0.035 0.003 119 L 0.038 0.037 0.053 0.152 0.315 0.352 0.052 120 A 0.086 0.248 0.291 0.243 0.100 0.028 0.003 121 T 0.134 0.206 0.207 0.231 0.152 0.063 0.006 122 P 0.258 0.243 0.225 0.166 0.076 0.029 0.004 123 G 0.495 0.274 0.134 0.065 0.025 0.006 0.001 124 L 0.415 0.255 0.175 0.100 0.040 0.013 0.002 125 L 0.408 0.238 0.167 0.115 0.057 0.014 0.001 126 H 0.587 0.218 0.113 0.054 0.021 0.007 0.002