# TARGET T0211 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0211.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.004 0.929 0.002 0.005 0.017 0.001 0.001 0.002 0.023 0.007 0.004 0.007 2 R 0.001 0.020 0.845 0.004 0.015 0.023 0.001 0.001 0.013 0.034 0.025 0.005 0.014 3 K 0.011 0.036 0.430 0.006 0.046 0.047 0.007 0.005 0.065 0.152 0.095 0.033 0.069 4 I 0.041 0.015 0.293 0.056 0.034 0.054 0.024 0.023 0.088 0.152 0.067 0.073 0.079 5 D 0.060 0.017 0.342 0.021 0.033 0.031 0.030 0.031 0.096 0.064 0.034 0.090 0.151 6 L 0.115 0.035 0.208 0.022 0.040 0.028 0.049 0.061 0.094 0.058 0.031 0.076 0.182 7 C 0.071 0.024 0.315 0.023 0.038 0.018 0.021 0.029 0.102 0.055 0.033 0.137 0.135 8 L 0.038 0.021 0.292 0.031 0.066 0.017 0.010 0.014 0.046 0.157 0.132 0.051 0.126 9 S 0.010 0.037 0.375 0.013 0.044 0.006 0.002 0.002 0.019 0.248 0.127 0.048 0.068 10 S 0.001 0.016 0.591 0.004 0.028 0.003 0.001 0.001 0.009 0.222 0.056 0.007 0.063 11 E 0.001 0.007 0.078 0.009 0.053 0.010 0.001 0.001 0.001 0.282 0.542 0.010 0.005 12 G 0.002 0.008 0.153 0.016 0.039 0.004 0.001 0.001 0.003 0.232 0.505 0.009 0.026 13 S 0.021 0.009 0.535 0.024 0.004 0.002 0.005 0.003 0.030 0.200 0.024 0.038 0.106 14 E 0.116 0.008 0.250 0.020 0.001 0.002 0.068 0.088 0.183 0.042 0.005 0.080 0.136 15 V 0.191 0.004 0.019 0.002 0.001 0.001 0.159 0.400 0.119 0.004 0.001 0.028 0.073 16 I 0.146 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.154 0.595 0.054 0.001 0.001 0.023 0.015 17 L 0.127 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.183 0.494 0.135 0.001 0.001 0.016 0.032 18 A 0.132 0.007 0.106 0.009 0.001 0.002 0.135 0.105 0.320 0.019 0.005 0.043 0.116 19 T 0.018 0.016 0.509 0.010 0.002 0.002 0.014 0.007 0.136 0.139 0.018 0.063 0.066 20 S 0.001 0.023 0.557 0.004 0.013 0.003 0.001 0.001 0.025 0.261 0.070 0.006 0.036 21 S 0.001 0.025 0.194 0.002 0.084 0.007 0.001 0.001 0.005 0.263 0.407 0.004 0.008 22 D 0.001 0.029 0.274 0.001 0.120 0.013 0.001 0.001 0.003 0.186 0.359 0.006 0.008 23 E 0.001 0.029 0.305 0.001 0.118 0.022 0.001 0.001 0.001 0.310 0.197 0.003 0.014 24 K 0.001 0.057 0.324 0.002 0.047 0.039 0.001 0.001 0.002 0.281 0.220 0.007 0.020 25 H 0.001 0.026 0.610 0.001 0.013 0.021 0.001 0.001 0.001 0.269 0.043 0.006 0.009 26 P 0.001 0.030 0.818 0.004 0.015 0.017 0.001 0.001 0.001 0.078 0.026 0.002 0.009 27 P 0.001 0.015 0.271 0.006 0.225 0.089 0.001 0.001 0.002 0.140 0.222 0.005 0.024 28 E 0.017 0.042 0.118 0.003 0.252 0.112 0.003 0.001 0.009 0.091 0.259 0.060 0.032 29 N 0.015 0.077 0.251 0.006 0.227 0.076 0.005 0.001 0.017 0.080 0.098 0.028 0.119 30 I 0.015 0.038 0.270 0.004 0.107 0.047 0.004 0.001 0.016 0.118 0.286 0.036 0.057 31 I 0.004 0.016 0.099 0.003 0.049 0.027 0.001 0.001 0.005 0.161 0.609 0.014 0.012 32 D 0.001 0.018 0.170 0.001 0.031 0.008 0.001 0.001 0.002 0.262 0.487 0.006 0.014 33 G 0.001 0.018 0.370 0.001 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.420 0.162 0.004 0.006 34 N 0.001 0.021 0.589 0.002 0.008 0.012 0.001 0.001 0.001 0.308 0.049 0.002 0.008 35 P 0.001 0.008 0.119 0.003 0.141 0.196 0.001 0.001 0.001 0.137 0.377 0.003 0.015 36 E 0.003 0.010 0.104 0.007 0.160 0.308 0.001 0.001 0.002 0.116 0.258 0.022 0.008 37 T 0.006 0.018 0.124 0.005 0.132 0.432 0.004 0.001 0.007 0.093 0.076 0.007 0.095 38 F 0.056 0.023 0.171 0.019 0.046 0.376 0.039 0.004 0.028 0.047 0.037 0.084 0.070 39 W 0.107 0.018 0.127 0.040 0.045 0.277 0.052 0.004 0.026 0.040 0.043 0.056 0.164 40 T 0.090 0.012 0.135 0.014 0.066 0.248 0.027 0.005 0.028 0.060 0.071 0.155 0.089 41 T 0.096 0.033 0.136 0.012 0.051 0.181 0.019 0.008 0.024 0.088 0.094 0.033 0.225 42 T 0.020 0.012 0.209 0.028 0.089 0.135 0.002 0.001 0.007 0.157 0.254 0.040 0.047 43 G 0.009 0.006 0.213 0.014 0.073 0.050 0.001 0.001 0.003 0.261 0.313 0.024 0.032 44 M 0.003 0.035 0.396 0.011 0.037 0.015 0.001 0.001 0.010 0.282 0.111 0.010 0.089 45 F 0.002 0.009 0.597 0.005 0.013 0.015 0.001 0.001 0.007 0.238 0.038 0.057 0.019 46 P 0.013 0.013 0.450 0.004 0.028 0.061 0.004 0.001 0.021 0.138 0.078 0.011 0.178 47 Q 0.106 0.018 0.183 0.064 0.026 0.073 0.022 0.008 0.088 0.069 0.053 0.222 0.067 48 E 0.295 0.004 0.075 0.046 0.007 0.054 0.061 0.012 0.045 0.050 0.015 0.037 0.298 49 F 0.526 0.004 0.041 0.010 0.002 0.017 0.109 0.027 0.047 0.005 0.002 0.127 0.083 50 I 0.664 0.001 0.010 0.005 0.001 0.005 0.087 0.015 0.011 0.002 0.001 0.029 0.170 51 I 0.536 0.001 0.020 0.020 0.002 0.010 0.125 0.018 0.019 0.003 0.002 0.168 0.076 52 C 0.496 0.001 0.033 0.007 0.002 0.009 0.052 0.026 0.039 0.012 0.008 0.041 0.273 53 F 0.215 0.032 0.134 0.033 0.018 0.029 0.023 0.010 0.037 0.066 0.090 0.144 0.169 54 H 0.030 0.009 0.297 0.023 0.045 0.023 0.003 0.002 0.010 0.187 0.243 0.047 0.081 55 K 0.008 0.006 0.110 0.046 0.040 0.013 0.001 0.001 0.005 0.352 0.341 0.033 0.044 56 H 0.020 0.005 0.171 0.086 0.067 0.015 0.003 0.002 0.006 0.230 0.237 0.048 0.111 57 V 0.094 0.015 0.200 0.006 0.010 0.011 0.010 0.003 0.031 0.112 0.026 0.197 0.286 58 R 0.192 0.018 0.132 0.013 0.002 0.009 0.022 0.015 0.058 0.023 0.010 0.312 0.194 59 I 0.140 0.009 0.069 0.005 0.001 0.008 0.023 0.009 0.042 0.008 0.003 0.027 0.657 60 E 0.104 0.002 0.022 0.649 0.001 0.004 0.008 0.003 0.008 0.007 0.001 0.176 0.017 61 R 0.357 0.003 0.032 0.032 0.004 0.022 0.038 0.009 0.025 0.023 0.005 0.084 0.367 62 L 0.469 0.001 0.041 0.011 0.007 0.035 0.070 0.044 0.046 0.011 0.007 0.087 0.169 63 V 0.458 0.006 0.026 0.002 0.003 0.031 0.105 0.090 0.056 0.006 0.005 0.153 0.060 64 I 0.349 0.005 0.039 0.008 0.006 0.086 0.047 0.042 0.038 0.008 0.017 0.027 0.327 65 Q 0.330 0.002 0.076 0.189 0.005 0.089 0.018 0.008 0.018 0.030 0.023 0.175 0.037 66 S 0.360 0.008 0.059 0.044 0.013 0.140 0.022 0.002 0.010 0.044 0.031 0.037 0.230 67 Y 0.371 0.004 0.058 0.006 0.045 0.218 0.020 0.005 0.010 0.032 0.062 0.059 0.109 68 F 0.300 0.014 0.063 0.007 0.042 0.225 0.038 0.022 0.026 0.032 0.050 0.076 0.105 69 V 0.177 0.007 0.066 0.022 0.067 0.304 0.019 0.009 0.019 0.031 0.055 0.040 0.185 70 Q 0.176 0.005 0.065 0.175 0.028 0.196 0.015 0.007 0.017 0.054 0.053 0.137 0.072 71 T 0.173 0.010 0.094 0.071 0.030 0.180 0.022 0.004 0.030 0.041 0.065 0.062 0.217 72 L 0.229 0.008 0.103 0.012 0.029 0.162 0.031 0.009 0.041 0.034 0.035 0.074 0.233 73 K 0.239 0.014 0.097 0.023 0.018 0.106 0.031 0.010 0.033 0.027 0.023 0.268 0.111 74 I 0.137 0.016 0.089 0.009 0.021 0.129 0.018 0.006 0.033 0.032 0.059 0.045 0.406 75 E 0.093 0.016 0.225 0.120 0.010 0.095 0.010 0.002 0.020 0.101 0.054 0.153 0.102 76 K 0.028 0.013 0.280 0.014 0.012 0.078 0.006 0.001 0.017 0.170 0.058 0.146 0.177 77 S 0.009 0.019 0.463 0.008 0.019 0.076 0.002 0.001 0.011 0.157 0.077 0.024 0.134 78 T 0.001 0.015 0.430 0.005 0.041 0.152 0.001 0.001 0.006 0.174 0.121 0.029 0.025 79 S 0.001 0.010 0.536 0.005 0.035 0.148 0.001 0.001 0.002 0.116 0.114 0.009 0.024 80 K 0.002 0.029 0.404 0.002 0.048 0.202 0.001 0.001 0.002 0.173 0.107 0.012 0.017 81 E 0.001 0.014 0.496 0.002 0.021 0.157 0.001 0.001 0.003 0.243 0.034 0.014 0.015 82 P 0.003 0.007 0.356 0.002 0.061 0.398 0.001 0.001 0.005 0.050 0.087 0.003 0.028 83 V 0.008 0.013 0.181 0.002 0.074 0.517 0.001 0.001 0.006 0.075 0.088 0.025 0.010 84 D 0.006 0.012 0.154 0.001 0.054 0.588 0.001 0.001 0.006 0.056 0.083 0.008 0.030 85 F 0.001 0.004 0.079 0.001 0.030 0.792 0.001 0.001 0.003 0.032 0.051 0.002 0.006 86 E 0.001 0.001 0.042 0.001 0.023 0.859 0.001 0.001 0.001 0.022 0.048 0.003 0.002 87 Q 0.001 0.001 0.017 0.001 0.017 0.921 0.001 0.001 0.001 0.010 0.028 0.001 0.004 88 W 0.003 0.002 0.019 0.001 0.017 0.915 0.001 0.001 0.001 0.011 0.027 0.002 0.003 89 I 0.003 0.003 0.021 0.001 0.010 0.921 0.001 0.001 0.001 0.010 0.019 0.003 0.007 90 E 0.003 0.002 0.011 0.001 0.011 0.940 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 0.002 0.007 91 K 0.003 0.001 0.011 0.001 0.011 0.933 0.001 0.001 0.002 0.009 0.020 0.004 0.005 92 D 0.003 0.002 0.017 0.001 0.006 0.917 0.001 0.001 0.002 0.007 0.033 0.002 0.009 93 L 0.005 0.004 0.032 0.002 0.013 0.848 0.001 0.001 0.002 0.020 0.055 0.006 0.012 94 V 0.009 0.007 0.046 0.002 0.012 0.773 0.001 0.001 0.003 0.035 0.079 0.016 0.016 95 H 0.011 0.005 0.133 0.001 0.017 0.552 0.001 0.001 0.002 0.063 0.177 0.008 0.031 96 T 0.007 0.010 0.220 0.002 0.019 0.289 0.001 0.001 0.004 0.142 0.264 0.018 0.024 97 E 0.006 0.008 0.142 0.004 0.027 0.176 0.001 0.001 0.002 0.125 0.463 0.017 0.029 98 G 0.009 0.007 0.228 0.005 0.036 0.071 0.001 0.001 0.004 0.243 0.333 0.032 0.030 99 Q 0.011 0.022 0.419 0.007 0.048 0.076 0.002 0.001 0.005 0.169 0.133 0.031 0.077 100 L 0.054 0.046 0.284 0.014 0.036 0.063 0.007 0.001 0.008 0.127 0.093 0.052 0.214 101 Q 0.049 0.027 0.325 0.021 0.030 0.054 0.005 0.001 0.006 0.118 0.114 0.164 0.086 102 N 0.064 0.010 0.255 0.042 0.037 0.055 0.006 0.001 0.005 0.147 0.117 0.017 0.245 103 E 0.059 0.005 0.222 0.025 0.023 0.042 0.005 0.001 0.008 0.141 0.049 0.362 0.058 104 E 0.049 0.025 0.181 0.015 0.013 0.027 0.010 0.001 0.019 0.053 0.020 0.026 0.561 105 I 0.025 0.015 0.163 0.005 0.003 0.009 0.007 0.002 0.023 0.027 0.003 0.648 0.072 106 V 0.013 0.017 0.367 0.019 0.003 0.003 0.004 0.001 0.016 0.011 0.006 0.016 0.524 107 A 0.019 0.041 0.478 0.053 0.022 0.012 0.003 0.001 0.016 0.080 0.049 0.146 0.079 108 H 0.006 0.008 0.227 0.020 0.038 0.015 0.001 0.001 0.004 0.333 0.263 0.027 0.059 109 D 0.002 0.005 0.243 0.008 0.028 0.010 0.001 0.001 0.003 0.401 0.265 0.011 0.025 110 G 0.002 0.006 0.354 0.004 0.028 0.058 0.001 0.001 0.004 0.280 0.165 0.048 0.049 111 S 0.006 0.018 0.321 0.011 0.027 0.131 0.002 0.001 0.016 0.225 0.141 0.029 0.072 112 A 0.021 0.034 0.369 0.012 0.031 0.112 0.011 0.004 0.043 0.104 0.027 0.061 0.172 113 T 0.038 0.015 0.219 0.090 0.034 0.171 0.054 0.025 0.072 0.061 0.033 0.134 0.054 114 Y 0.078 0.015 0.112 0.054 0.032 0.083 0.116 0.005 0.057 0.069 0.043 0.022 0.313 115 L 0.140 0.005 0.203 0.045 0.021 0.058 0.114 0.023 0.131 0.017 0.008 0.178 0.058 116 R 0.108 0.001 0.062 0.421 0.006 0.020 0.099 0.054 0.075 0.061 0.006 0.019 0.068 117 F 0.143 0.002 0.014 0.003 0.003 0.014 0.279 0.229 0.192 0.003 0.002 0.074 0.042 118 I 0.085 0.001 0.007 0.006 0.001 0.016 0.272 0.428 0.134 0.002 0.001 0.010 0.037 119 I 0.045 0.006 0.048 0.047 0.004 0.079 0.208 0.341 0.125 0.004 0.008 0.027 0.057 120 V 0.042 0.008 0.109 0.126 0.003 0.084 0.108 0.169 0.205 0.046 0.019 0.041 0.039 121 S 0.006 0.034 0.423 0.024 0.011 0.070 0.012 0.015 0.095 0.192 0.043 0.022 0.053 122 A 0.002 0.012 0.389 0.008 0.072 0.121 0.004 0.006 0.021 0.203 0.126 0.006 0.028 123 F 0.007 0.030 0.238 0.007 0.190 0.154 0.003 0.004 0.017 0.150 0.150 0.023 0.028 124 D 0.008 0.016 0.143 0.012 0.367 0.086 0.004 0.003 0.009 0.138 0.168 0.008 0.038 125 H 0.041 0.014 0.141 0.009 0.193 0.082 0.007 0.002 0.024 0.143 0.244 0.062 0.039 126 F 0.060 0.020 0.145 0.039 0.112 0.064 0.010 0.004 0.031 0.142 0.241 0.027 0.105 127 A 0.126 0.011 0.205 0.011 0.041 0.041 0.009 0.008 0.036 0.136 0.152 0.142 0.080 128 S 0.184 0.027 0.212 0.016 0.021 0.032 0.012 0.010 0.031 0.106 0.052 0.091 0.205 129 V 0.188 0.019 0.198 0.021 0.015 0.030 0.009 0.005 0.044 0.058 0.033 0.089 0.290 130 H 0.132 0.007 0.113 0.338 0.007 0.012 0.008 0.007 0.021 0.061 0.020 0.152 0.123 131 S 0.151 0.007 0.133 0.044 0.010 0.009 0.017 0.005 0.047 0.043 0.023 0.245 0.266 132 V 0.207 0.012 0.114 0.008 0.007 0.010 0.022 0.010 0.032 0.023 0.006 0.078 0.471 133 S 0.158 0.026 0.160 0.012 0.004 0.008 0.025 0.012 0.060 0.017 0.009 0.398 0.111 134 A 0.170 0.010 0.117 0.008 0.007 0.009 0.033 0.016 0.033 0.029 0.036 0.070 0.461 135 E 0.096 0.012 0.144 0.190 0.012 0.016 0.014 0.012 0.022 0.095 0.174 0.130 0.084 136 G 0.090 0.008 0.145 0.052 0.018 0.021 0.016 0.004 0.018 0.187 0.189 0.117 0.135 137 T 0.159 0.013 0.197 0.008 0.007 0.027 0.029 0.008 0.036 0.075 0.023 0.162 0.256 138 V 0.120 0.039 0.154 0.010 0.006 0.023 0.050 0.006 0.038 0.019 0.014 0.118 0.402 139 V 0.151 0.024 0.182 0.058 0.008 0.029 0.044 0.002 0.024 0.040 0.024 0.149 0.263 140 S 0.075 0.009 0.230 0.033 0.014 0.041 0.012 0.001 0.011 0.148 0.038 0.246 0.141 141 N 0.026 0.015 0.279 0.013 0.030 0.058 0.007 0.001 0.007 0.204 0.061 0.073 0.226 142 L 0.008 0.030 0.486 0.003 0.030 0.058 0.005 0.001 0.007 0.140 0.084 0.049 0.101 143 S 0.001 0.022 0.792 0.001 0.012 0.026 0.001 0.001 0.008 0.027 0.053 0.015 0.042 144 S 0.001 0.001 0.980 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.004