# TARGET T0211 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0211.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.03664 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.138 0.093 0.048 0.101 0.078 0.077 0.099 0.095 0.103 0.088 0.081 2 R 0.109 0.125 0.066 0.154 0.138 0.120 0.119 0.072 0.049 0.031 0.017 3 K 0.108 0.124 0.076 0.196 0.175 0.129 0.101 0.046 0.026 0.012 0.006 4 I 0.022 0.012 0.010 0.026 0.033 0.047 0.117 0.161 0.215 0.201 0.154 5 D 0.031 0.071 0.077 0.225 0.202 0.139 0.113 0.061 0.042 0.022 0.015 6 L 0.023 0.038 0.036 0.072 0.066 0.079 0.148 0.151 0.168 0.133 0.086 7 C 0.021 0.022 0.022 0.058 0.070 0.092 0.155 0.152 0.162 0.136 0.110 8 L 0.020 0.034 0.027 0.073 0.082 0.095 0.165 0.146 0.155 0.121 0.084 9 S 0.050 0.061 0.038 0.135 0.121 0.118 0.144 0.109 0.094 0.070 0.060 10 S 0.114 0.087 0.062 0.116 0.099 0.103 0.127 0.088 0.086 0.062 0.056 11 E 0.256 0.180 0.073 0.180 0.112 0.082 0.065 0.025 0.015 0.009 0.005 12 G 0.267 0.188 0.077 0.169 0.102 0.062 0.051 0.027 0.024 0.018 0.015 13 S 0.022 0.032 0.025 0.069 0.085 0.093 0.176 0.155 0.156 0.109 0.078 14 E 0.029 0.113 0.099 0.290 0.221 0.141 0.075 0.019 0.008 0.003 0.002 15 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.018 0.086 0.177 0.252 0.254 0.200 16 I 0.002 0.002 0.003 0.017 0.031 0.059 0.156 0.195 0.207 0.177 0.150 17 L 0.001 0.002 0.004 0.007 0.009 0.016 0.069 0.125 0.251 0.265 0.251 18 A 0.002 0.003 0.004 0.020 0.027 0.046 0.120 0.168 0.228 0.223 0.159 19 T 0.008 0.022 0.013 0.057 0.072 0.088 0.195 0.190 0.174 0.116 0.064 20 S 0.027 0.048 0.028 0.108 0.136 0.128 0.178 0.140 0.113 0.062 0.031 21 S 0.170 0.200 0.059 0.172 0.136 0.085 0.076 0.045 0.029 0.017 0.012 22 D 0.114 0.140 0.045 0.161 0.167 0.125 0.116 0.060 0.041 0.020 0.009 23 E 0.242 0.100 0.040 0.114 0.114 0.102 0.114 0.070 0.052 0.031 0.020 24 K 0.456 0.216 0.056 0.128 0.066 0.035 0.024 0.009 0.005 0.002 0.001 25 H 0.026 0.037 0.015 0.063 0.091 0.136 0.195 0.163 0.133 0.091 0.049 26 P 0.238 0.223 0.054 0.121 0.088 0.068 0.071 0.049 0.040 0.028 0.019 27 P 0.196 0.045 0.020 0.073 0.089 0.105 0.167 0.115 0.093 0.059 0.038 28 E 0.149 0.094 0.040 0.135 0.118 0.102 0.128 0.093 0.066 0.047 0.027 29 N 0.032 0.072 0.033 0.113 0.119 0.142 0.160 0.123 0.098 0.069 0.039 30 I 0.027 0.023 0.016 0.057 0.063 0.086 0.129 0.158 0.165 0.160 0.116 31 I 0.018 0.019 0.015 0.038 0.056 0.077 0.158 0.160 0.181 0.156 0.122 32 D 0.041 0.109 0.084 0.227 0.154 0.101 0.121 0.073 0.051 0.024 0.016 33 G 0.175 0.075 0.024 0.101 0.111 0.107 0.122 0.092 0.076 0.065 0.052 34 N 0.189 0.389 0.098 0.186 0.081 0.032 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 35 P 0.057 0.038 0.017 0.076 0.092 0.112 0.176 0.129 0.135 0.099 0.070 36 E 0.366 0.240 0.077 0.162 0.076 0.039 0.023 0.008 0.005 0.003 0.002 37 T 0.016 0.055 0.029 0.136 0.149 0.156 0.204 0.116 0.077 0.040 0.021 38 F 0.013 0.011 0.007 0.026 0.034 0.059 0.117 0.153 0.202 0.193 0.185 39 W 0.012 0.019 0.010 0.067 0.100 0.121 0.176 0.151 0.141 0.110 0.093 40 T 0.013 0.021 0.023 0.064 0.070 0.076 0.150 0.159 0.174 0.139 0.111 41 T 0.056 0.044 0.023 0.104 0.121 0.134 0.174 0.119 0.101 0.070 0.054 42 T 0.038 0.054 0.021 0.094 0.092 0.102 0.171 0.150 0.131 0.096 0.051 43 G 0.125 0.084 0.034 0.131 0.118 0.124 0.130 0.090 0.074 0.054 0.035 44 M 0.040 0.048 0.031 0.078 0.082 0.098 0.188 0.134 0.128 0.097 0.077 45 F 0.028 0.030 0.018 0.065 0.063 0.076 0.162 0.153 0.158 0.142 0.107 46 P 0.032 0.056 0.030 0.131 0.149 0.144 0.161 0.106 0.095 0.060 0.036 47 Q 0.019 0.020 0.016 0.061 0.074 0.092 0.182 0.173 0.175 0.121 0.067 48 E 0.012 0.022 0.025 0.101 0.130 0.176 0.219 0.139 0.092 0.055 0.029 49 F 0.004 0.008 0.012 0.026 0.025 0.035 0.122 0.183 0.234 0.223 0.128 50 I 0.005 0.010 0.017 0.059 0.063 0.084 0.164 0.173 0.171 0.155 0.100 51 I 0.003 0.008 0.024 0.032 0.034 0.048 0.125 0.159 0.237 0.204 0.125 52 C 0.008 0.031 0.037 0.140 0.166 0.148 0.199 0.133 0.088 0.036 0.013 53 F 0.009 0.015 0.014 0.037 0.039 0.048 0.140 0.178 0.229 0.180 0.111 54 H 0.035 0.064 0.065 0.247 0.240 0.153 0.108 0.048 0.027 0.010 0.004 55 K 0.162 0.158 0.081 0.223 0.149 0.098 0.077 0.030 0.015 0.006 0.002 56 H 0.116 0.139 0.090 0.256 0.156 0.106 0.072 0.035 0.018 0.008 0.003 57 V 0.063 0.076 0.037 0.088 0.091 0.117 0.190 0.133 0.110 0.063 0.031 58 R 0.158 0.273 0.113 0.262 0.113 0.048 0.024 0.006 0.002 0.001 0.001 59 I 0.013 0.009 0.011 0.019 0.024 0.031 0.088 0.121 0.233 0.240 0.211 60 E 0.083 0.093 0.110 0.256 0.186 0.122 0.101 0.030 0.013 0.004 0.002 61 R 0.041 0.103 0.096 0.354 0.200 0.120 0.058 0.018 0.007 0.003 0.001 62 L 0.007 0.011 0.035 0.033 0.039 0.064 0.153 0.174 0.207 0.172 0.105 63 V 0.025 0.058 0.114 0.233 0.184 0.127 0.127 0.059 0.040 0.021 0.012 64 I 0.004 0.009 0.026 0.024 0.027 0.034 0.116 0.146 0.229 0.228 0.158 65 Q 0.024 0.086 0.124 0.339 0.215 0.111 0.065 0.021 0.010 0.004 0.002 66 S 0.062 0.091 0.088 0.132 0.108 0.105 0.162 0.105 0.081 0.044 0.022 67 Y 0.068 0.054 0.065 0.134 0.127 0.127 0.164 0.102 0.086 0.048 0.024 68 F 0.050 0.115 0.103 0.217 0.159 0.129 0.131 0.049 0.030 0.013 0.005 69 V 0.015 0.021 0.051 0.065 0.061 0.060 0.112 0.135 0.196 0.166 0.117 70 Q 0.091 0.095 0.154 0.252 0.168 0.115 0.082 0.028 0.011 0.004 0.001 71 T 0.062 0.136 0.118 0.258 0.171 0.113 0.087 0.033 0.015 0.006 0.002 72 L 0.015 0.017 0.036 0.034 0.033 0.051 0.126 0.162 0.219 0.192 0.115 73 K 0.059 0.150 0.161 0.324 0.187 0.071 0.032 0.009 0.004 0.002 0.001 74 I 0.015 0.026 0.044 0.037 0.042 0.048 0.128 0.151 0.213 0.181 0.114 75 E 0.045 0.120 0.125 0.243 0.178 0.114 0.098 0.040 0.022 0.010 0.005 76 K 0.092 0.102 0.085 0.157 0.156 0.124 0.146 0.069 0.042 0.020 0.007 77 S 0.181 0.169 0.128 0.186 0.128 0.081 0.062 0.029 0.019 0.011 0.006 78 T 0.178 0.132 0.116 0.157 0.134 0.098 0.092 0.040 0.030 0.016 0.007 79 S 0.416 0.130 0.059 0.090 0.059 0.051 0.077 0.047 0.034 0.024 0.014 80 K 0.335 0.253 0.108 0.134 0.082 0.037 0.029 0.011 0.006 0.003 0.001 81 E 0.447 0.220 0.086 0.097 0.047 0.037 0.031 0.015 0.010 0.006 0.003 82 P 0.269 0.151 0.098 0.193 0.122 0.074 0.055 0.020 0.011 0.006 0.002 83 V 0.278 0.136 0.113 0.107 0.083 0.079 0.101 0.052 0.032 0.014 0.005 84 D 0.138 0.277 0.186 0.244 0.100 0.035 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 85 F 0.067 0.054 0.086 0.085 0.079 0.113 0.176 0.132 0.107 0.069 0.033 86 E 0.185 0.131 0.236 0.206 0.122 0.062 0.040 0.011 0.005 0.001 0.001 87 Q 0.075 0.116 0.472 0.225 0.068 0.025 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 88 W 0.057 0.048 0.171 0.134 0.127 0.158 0.162 0.072 0.040 0.022 0.009 89 I 0.018 0.020 0.190 0.064 0.070 0.105 0.232 0.129 0.093 0.056 0.023 90 E 0.015 0.056 0.433 0.236 0.131 0.064 0.044 0.013 0.005 0.002 0.001 91 K 0.023 0.049 0.337 0.181 0.147 0.115 0.082 0.035 0.018 0.010 0.003 92 D 0.124 0.158 0.358 0.171 0.095 0.046 0.030 0.009 0.005 0.002 0.001 93 L 0.022 0.027 0.117 0.061 0.072 0.088 0.216 0.135 0.131 0.090 0.041 94 V 0.082 0.148 0.217 0.201 0.145 0.077 0.072 0.030 0.016 0.008 0.004 95 H 0.070 0.096 0.185 0.172 0.140 0.111 0.105 0.054 0.039 0.020 0.008 96 T 0.144 0.133 0.188 0.158 0.119 0.090 0.086 0.037 0.024 0.013 0.008 97 E 0.188 0.198 0.124 0.220 0.131 0.065 0.045 0.016 0.008 0.003 0.001 98 G 0.309 0.105 0.057 0.082 0.076 0.083 0.106 0.067 0.057 0.039 0.020 99 Q 0.059 0.158 0.150 0.300 0.174 0.085 0.049 0.014 0.007 0.003 0.001 100 L 0.004 0.005 0.010 0.011 0.019 0.035 0.120 0.150 0.226 0.219 0.200 101 Q 0.054 0.188 0.179 0.307 0.166 0.062 0.029 0.008 0.003 0.001 0.001 102 N 0.215 0.175 0.088 0.165 0.145 0.091 0.070 0.027 0.014 0.007 0.003 103 E 0.276 0.141 0.128 0.187 0.118 0.075 0.044 0.015 0.008 0.004 0.003 104 E 0.126 0.191 0.162 0.279 0.133 0.061 0.034 0.008 0.004 0.002 0.001 105 I 0.005 0.007 0.010 0.015 0.023 0.044 0.132 0.159 0.209 0.218 0.179 106 V 0.053 0.119 0.111 0.219 0.177 0.129 0.102 0.037 0.024 0.015 0.013 107 A 0.039 0.050 0.061 0.076 0.077 0.086 0.152 0.117 0.139 0.110 0.094 108 H 0.160 0.121 0.084 0.202 0.150 0.120 0.087 0.035 0.020 0.012 0.009 109 D 0.393 0.185 0.056 0.132 0.083 0.057 0.048 0.020 0.013 0.008 0.005 110 G 0.187 0.106 0.034 0.111 0.108 0.115 0.128 0.073 0.061 0.048 0.029 111 S 0.189 0.220 0.086 0.212 0.124 0.076 0.053 0.017 0.012 0.006 0.004 112 A 0.021 0.016 0.011 0.038 0.051 0.075 0.168 0.144 0.191 0.154 0.133 113 T 0.062 0.069 0.056 0.193 0.175 0.155 0.161 0.064 0.038 0.018 0.010 114 Y 0.012 0.021 0.024 0.089 0.125 0.148 0.227 0.139 0.110 0.067 0.037 115 L 0.005 0.004 0.011 0.018 0.020 0.031 0.103 0.154 0.234 0.245 0.176 116 R 0.003 0.007 0.021 0.058 0.080 0.114 0.210 0.178 0.157 0.114 0.059 117 F 0.002 0.004 0.023 0.015 0.014 0.023 0.096 0.165 0.232 0.250 0.176 118 I 0.002 0.004 0.019 0.021 0.023 0.034 0.126 0.191 0.234 0.212 0.135 119 I 0.003 0.007 0.029 0.021 0.016 0.023 0.095 0.142 0.238 0.249 0.178 120 V 0.007 0.015 0.048 0.064 0.071 0.086 0.171 0.158 0.190 0.123 0.068 121 S 0.032 0.048 0.059 0.096 0.095 0.117 0.217 0.140 0.113 0.056 0.027 122 A 0.050 0.052 0.061 0.108 0.108 0.099 0.163 0.130 0.122 0.074 0.033 123 F 0.050 0.049 0.038 0.118 0.127 0.136 0.185 0.116 0.094 0.055 0.032 124 D 0.056 0.073 0.065 0.149 0.153 0.144 0.135 0.089 0.069 0.043 0.024 125 H 0.040 0.049 0.041 0.080 0.085 0.106 0.175 0.153 0.134 0.091 0.045 126 F 0.062 0.038 0.033 0.067 0.055 0.069 0.134 0.137 0.150 0.142 0.114 127 A 0.026 0.033 0.048 0.070 0.076 0.091 0.154 0.135 0.153 0.129 0.085 128 S 0.054 0.093 0.088 0.188 0.150 0.110 0.112 0.073 0.063 0.041 0.030 129 V 0.032 0.031 0.031 0.053 0.051 0.058 0.107 0.130 0.187 0.176 0.145 130 H 0.046 0.055 0.049 0.119 0.144 0.156 0.193 0.108 0.073 0.037 0.020 131 S 0.116 0.157 0.112 0.209 0.142 0.096 0.082 0.037 0.024 0.015 0.009 132 V 0.040 0.031 0.029 0.051 0.054 0.061 0.108 0.123 0.171 0.176 0.155 133 S 0.125 0.192 0.096 0.203 0.139 0.089 0.073 0.035 0.025 0.014 0.010 134 A 0.105 0.074 0.043 0.077 0.076 0.089 0.137 0.113 0.118 0.095 0.072 135 E 0.252 0.206 0.089 0.171 0.111 0.069 0.052 0.023 0.014 0.007 0.005 136 G 0.396 0.124 0.056 0.112 0.081 0.064 0.062 0.035 0.031 0.022 0.018 137 T 0.132 0.148 0.061 0.144 0.130 0.105 0.095 0.061 0.051 0.042 0.031 138 V 0.093 0.146 0.075 0.149 0.126 0.104 0.111 0.066 0.058 0.042 0.030 139 V 0.059 0.038 0.034 0.067 0.072 0.085 0.146 0.129 0.140 0.124 0.106 140 S 0.156 0.152 0.105 0.182 0.138 0.089 0.084 0.040 0.027 0.017 0.010 141 N 0.201 0.196 0.124 0.210 0.117 0.065 0.044 0.019 0.013 0.007 0.004 142 L 0.098 0.043 0.036 0.054 0.053 0.069 0.118 0.105 0.137 0.151 0.136 143 S 0.244 0.228 0.108 0.147 0.096 0.061 0.056 0.025 0.019 0.010 0.005 144 S 0.414 0.189 0.062 0.112 0.068 0.044 0.043 0.026 0.020 0.013 0.008