# TARGET T0211 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0211.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 R 0.067 0.029 0.005 0.053 0.005 0.017 0.824 3 K 0.144 0.035 0.016 0.102 0.135 0.041 0.528 4 I 0.185 0.011 0.029 0.109 0.069 0.057 0.540 5 D 0.273 0.012 0.046 0.144 0.128 0.073 0.324 6 L 0.454 0.016 0.040 0.145 0.094 0.047 0.204 7 C 0.452 0.015 0.045 0.143 0.069 0.066 0.209 8 L 0.445 0.020 0.032 0.144 0.089 0.108 0.163 9 S 0.279 0.042 0.044 0.106 0.125 0.172 0.232 10 S 0.138 0.018 0.035 0.054 0.186 0.191 0.377 11 E 0.048 0.013 0.036 0.034 0.188 0.571 0.111 12 G 0.091 0.009 0.029 0.013 0.186 0.452 0.219 13 S 0.328 0.006 0.005 0.004 0.136 0.018 0.502 14 E 0.802 0.004 0.002 0.001 0.080 0.004 0.107 15 V 0.967 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 16 I 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 17 L 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 18 A 0.930 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.059 19 T 0.737 0.006 0.002 0.002 0.049 0.005 0.199 20 S 0.273 0.008 0.011 0.006 0.128 0.035 0.538 21 S 0.067 0.029 0.024 0.013 0.302 0.110 0.456 22 D 0.027 0.017 0.052 0.018 0.259 0.114 0.512 23 E 0.005 0.005 0.132 0.031 0.126 0.610 0.091 24 K 0.005 0.007 0.075 0.020 0.218 0.578 0.097 25 H 0.010 0.019 0.012 0.011 0.528 0.041 0.379 26 P 0.014 0.024 0.005 0.010 0.172 0.034 0.741 27 P 0.035 0.029 0.087 0.179 0.163 0.108 0.399 28 E 0.051 0.021 0.214 0.291 0.098 0.107 0.219 29 N 0.097 0.016 0.251 0.340 0.045 0.081 0.169 30 I 0.137 0.031 0.169 0.380 0.060 0.102 0.121 31 I 0.145 0.067 0.083 0.241 0.123 0.196 0.146 32 D 0.047 0.007 0.022 0.042 0.213 0.508 0.162 33 G 0.013 0.009 0.008 0.009 0.312 0.446 0.202 34 N 0.028 0.028 0.009 0.004 0.267 0.067 0.597 35 P 0.018 0.008 0.064 0.014 0.328 0.366 0.202 36 E 0.044 0.012 0.120 0.035 0.276 0.342 0.171 37 T 0.247 0.069 0.100 0.074 0.070 0.113 0.327 38 F 0.499 0.029 0.032 0.116 0.040 0.119 0.165 39 W 0.535 0.023 0.024 0.098 0.047 0.066 0.208 40 T 0.399 0.022 0.034 0.088 0.080 0.074 0.302 41 T 0.287 0.028 0.031 0.080 0.157 0.154 0.262 42 T 0.165 0.012 0.027 0.046 0.288 0.194 0.268 43 G 0.087 0.008 0.026 0.023 0.384 0.250 0.222 44 M 0.140 0.027 0.023 0.021 0.282 0.079 0.429 45 F 0.240 0.070 0.040 0.038 0.143 0.037 0.432 46 P 0.183 0.017 0.042 0.034 0.124 0.061 0.539 47 Q 0.258 0.012 0.106 0.072 0.157 0.209 0.187 48 E 0.466 0.019 0.071 0.066 0.071 0.148 0.160 49 F 0.652 0.010 0.034 0.052 0.042 0.105 0.106 50 I 0.852 0.009 0.008 0.020 0.034 0.020 0.058 51 I 0.876 0.009 0.006 0.010 0.020 0.010 0.069 52 C 0.873 0.010 0.006 0.009 0.017 0.016 0.071 53 F 0.699 0.039 0.014 0.024 0.049 0.057 0.118 54 H 0.315 0.012 0.039 0.030 0.226 0.127 0.251 55 K 0.104 0.004 0.056 0.032 0.328 0.355 0.121 56 H 0.246 0.008 0.043 0.028 0.172 0.352 0.151 57 V 0.656 0.011 0.003 0.015 0.074 0.026 0.215 58 R 0.803 0.015 0.001 0.004 0.017 0.006 0.154 59 I 0.787 0.011 0.006 0.013 0.028 0.008 0.147 60 E 0.697 0.010 0.022 0.019 0.109 0.014 0.129 61 R 0.797 0.003 0.035 0.023 0.032 0.012 0.097 62 L 0.955 0.001 0.005 0.009 0.006 0.006 0.018 63 V 0.978 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.011 64 I 0.964 0.001 0.002 0.005 0.006 0.002 0.020 65 Q 0.907 0.003 0.005 0.010 0.023 0.005 0.046 66 S 0.825 0.006 0.018 0.010 0.025 0.012 0.104 67 Y 0.845 0.003 0.010 0.009 0.040 0.020 0.073 68 F 0.915 0.006 0.004 0.007 0.016 0.011 0.040 69 V 0.850 0.005 0.008 0.010 0.022 0.011 0.095 70 Q 0.794 0.007 0.015 0.014 0.058 0.027 0.083 71 T 0.781 0.008 0.017 0.012 0.042 0.024 0.116 72 L 0.823 0.003 0.008 0.012 0.030 0.021 0.102 73 K 0.918 0.006 0.003 0.007 0.014 0.007 0.045 74 I 0.883 0.018 0.003 0.008 0.013 0.006 0.069 75 E 0.684 0.010 0.006 0.012 0.044 0.021 0.224 76 K 0.383 0.019 0.023 0.027 0.166 0.070 0.311 77 S 0.173 0.035 0.029 0.030 0.223 0.107 0.403 78 T 0.117 0.017 0.034 0.031 0.294 0.121 0.387 79 S 0.048 0.010 0.028 0.040 0.248 0.153 0.474 80 K 0.028 0.024 0.031 0.065 0.320 0.146 0.385 81 E 0.024 0.015 0.024 0.068 0.287 0.056 0.527 82 P 0.025 0.008 0.077 0.221 0.112 0.130 0.426 83 V 0.049 0.017 0.096 0.318 0.079 0.070 0.371 84 D 0.064 0.034 0.073 0.431 0.052 0.055 0.291 85 F 0.028 0.011 0.059 0.708 0.023 0.054 0.117 86 E 0.022 0.003 0.060 0.740 0.033 0.064 0.078 87 Q 0.028 0.002 0.054 0.751 0.035 0.066 0.064 88 W 0.044 0.005 0.041 0.756 0.025 0.070 0.059 89 I 0.111 0.014 0.028 0.625 0.049 0.083 0.089 90 E 0.197 0.008 0.031 0.480 0.062 0.098 0.125 91 K 0.179 0.006 0.033 0.490 0.096 0.095 0.102 92 D 0.231 0.010 0.037 0.480 0.056 0.099 0.086 93 L 0.298 0.023 0.033 0.308 0.062 0.103 0.173 94 V 0.346 0.015 0.028 0.207 0.101 0.128 0.174 95 H 0.315 0.010 0.024 0.155 0.102 0.173 0.221 96 T 0.288 0.015 0.021 0.102 0.156 0.180 0.238 97 E 0.214 0.012 0.025 0.075 0.172 0.308 0.194 98 G 0.323 0.012 0.026 0.033 0.227 0.164 0.214 99 Q 0.496 0.029 0.022 0.018 0.102 0.050 0.283 100 L 0.682 0.028 0.023 0.014 0.063 0.041 0.149 101 Q 0.574 0.013 0.035 0.019 0.069 0.083 0.207 102 N 0.476 0.010 0.057 0.018 0.108 0.114 0.217 103 E 0.567 0.003 0.024 0.012 0.123 0.068 0.203 104 E 0.749 0.010 0.009 0.004 0.048 0.015 0.166 105 I 0.877 0.020 0.001 0.002 0.011 0.001 0.088 106 V 0.832 0.017 0.001 0.002 0.009 0.003 0.136 107 A 0.662 0.013 0.006 0.007 0.027 0.031 0.254 108 H 0.079 0.005 0.020 0.010 0.163 0.619 0.105 109 D 0.018 0.002 0.023 0.009 0.304 0.563 0.081 110 G 0.120 0.008 0.014 0.015 0.378 0.144 0.321 111 S 0.335 0.022 0.019 0.028 0.158 0.115 0.323 112 A 0.632 0.016 0.009 0.029 0.046 0.014 0.253 113 T 0.826 0.006 0.006 0.022 0.032 0.006 0.101 114 Y 0.950 0.003 0.004 0.011 0.010 0.002 0.020 115 L 0.925 0.002 0.003 0.032 0.004 0.002 0.033 116 R 0.899 0.001 0.004 0.065 0.008 0.002 0.021 117 F 0.926 0.001 0.003 0.054 0.002 0.003 0.010 118 I 0.857 0.001 0.005 0.097 0.007 0.007 0.026 119 I 0.794 0.004 0.008 0.132 0.019 0.011 0.032 120 V 0.665 0.014 0.014 0.127 0.035 0.034 0.111 121 S 0.273 0.014 0.047 0.090 0.049 0.248 0.280 122 A 0.078 0.009 0.122 0.108 0.151 0.467 0.065 123 F 0.053 0.006 0.208 0.070 0.282 0.265 0.116 124 D 0.055 0.008 0.208 0.080 0.234 0.258 0.157 125 H 0.149 0.034 0.106 0.094 0.140 0.305 0.172 126 F 0.285 0.026 0.063 0.058 0.141 0.216 0.210 127 A 0.428 0.016 0.046 0.047 0.160 0.113 0.191 128 S 0.583 0.017 0.025 0.016 0.059 0.050 0.250 129 V 0.548 0.010 0.042 0.032 0.081 0.138 0.148 130 H 0.631 0.013 0.033 0.047 0.075 0.072 0.128 131 S 0.709 0.013 0.021 0.030 0.053 0.027 0.147 132 V 0.817 0.019 0.009 0.024 0.022 0.012 0.096 133 S 0.767 0.017 0.009 0.029 0.026 0.022 0.130 134 A 0.644 0.012 0.029 0.068 0.041 0.124 0.082 135 E 0.417 0.010 0.031 0.083 0.090 0.293 0.077 136 G 0.334 0.006 0.052 0.142 0.110 0.220 0.136 137 T 0.532 0.017 0.028 0.142 0.060 0.043 0.177 138 V 0.679 0.023 0.029 0.102 0.032 0.027 0.108 139 V 0.570 0.018 0.050 0.154 0.031 0.048 0.129 140 S 0.407 0.014 0.060 0.184 0.077 0.098 0.161 141 N 0.279 0.011 0.054 0.169 0.149 0.136 0.201 142 L 0.194 0.014 0.029 0.104 0.156 0.119 0.385 143 S 0.086 0.017 0.012 0.043 0.011 0.068 0.764 144 S 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996