# TARGET T0211 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0211.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.03664 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.205 0.218 0.297 0.110 0.048 0.037 0.044 0.008 0.028 0.003 0.001 2 R 0.207 0.350 0.256 0.067 0.054 0.023 0.020 0.003 0.016 0.003 0.001 3 K 0.112 0.410 0.342 0.034 0.024 0.047 0.007 0.001 0.020 0.001 0.001 4 I 0.052 0.685 0.153 0.017 0.028 0.024 0.002 0.001 0.037 0.001 0.001 5 D 0.091 0.301 0.291 0.024 0.021 0.161 0.023 0.001 0.085 0.001 0.002 6 L 0.170 0.345 0.310 0.059 0.040 0.047 0.005 0.002 0.018 0.001 0.004 7 C 0.084 0.424 0.244 0.033 0.087 0.050 0.010 0.003 0.061 0.003 0.001 8 L 0.189 0.208 0.392 0.090 0.020 0.068 0.009 0.002 0.019 0.002 0.002 9 S 0.103 0.205 0.285 0.071 0.227 0.048 0.019 0.010 0.015 0.016 0.001 10 S 0.201 0.191 0.246 0.126 0.161 0.022 0.011 0.009 0.017 0.014 0.001 11 E 0.279 0.092 0.308 0.250 0.031 0.011 0.015 0.002 0.009 0.001 0.001 12 G 0.043 0.005 0.048 0.034 0.041 0.001 0.030 0.594 0.002 0.204 0.001 13 S 0.041 0.119 0.737 0.027 0.040 0.015 0.006 0.002 0.007 0.002 0.003 14 E 0.027 0.335 0.556 0.022 0.017 0.030 0.003 0.001 0.007 0.001 0.002 15 V 0.004 0.782 0.177 0.001 0.013 0.011 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 16 I 0.006 0.874 0.065 0.001 0.007 0.018 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 17 L 0.008 0.453 0.404 0.002 0.005 0.105 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 18 A 0.031 0.519 0.214 0.024 0.077 0.085 0.006 0.001 0.042 0.001 0.001 19 T 0.058 0.464 0.159 0.052 0.227 0.016 0.003 0.001 0.015 0.005 0.001 20 S 0.161 0.162 0.166 0.148 0.276 0.016 0.010 0.012 0.012 0.036 0.001 21 S 0.283 0.112 0.255 0.111 0.149 0.015 0.013 0.014 0.009 0.039 0.001 22 D 0.426 0.060 0.135 0.185 0.034 0.046 0.055 0.013 0.041 0.003 0.001 23 E 0.771 0.055 0.066 0.078 0.010 0.006 0.006 0.003 0.003 0.002 0.001 24 K 0.493 0.047 0.126 0.264 0.004 0.029 0.023 0.004 0.009 0.001 0.001 25 H 0.030 0.283 0.327 0.011 0.013 0.020 0.011 0.001 0.304 0.001 0.001 26 P 0.033 0.004 0.920 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.006 0.001 0.020 27 P 0.363 0.005 0.571 0.010 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 28 E 0.547 0.094 0.191 0.093 0.034 0.017 0.006 0.007 0.006 0.003 0.001 29 N 0.178 0.126 0.192 0.213 0.052 0.101 0.076 0.006 0.053 0.002 0.001 30 I 0.278 0.290 0.194 0.123 0.030 0.048 0.010 0.002 0.024 0.001 0.001 31 I 0.196 0.373 0.150 0.119 0.026 0.080 0.006 0.002 0.046 0.002 0.001 32 D 0.090 0.194 0.192 0.239 0.063 0.057 0.089 0.007 0.061 0.007 0.001 33 G 0.063 0.030 0.063 0.102 0.126 0.011 0.138 0.381 0.004 0.081 0.001 34 N 0.016 0.249 0.427 0.006 0.075 0.037 0.006 0.001 0.180 0.003 0.001 35 P 0.738 0.005 0.155 0.050 0.001 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.030 36 E 0.426 0.112 0.189 0.167 0.033 0.031 0.022 0.005 0.014 0.002 0.001 37 T 0.241 0.400 0.146 0.126 0.048 0.016 0.003 0.002 0.017 0.001 0.001 38 F 0.152 0.417 0.129 0.054 0.118 0.037 0.034 0.004 0.051 0.004 0.001 39 W 0.137 0.396 0.286 0.038 0.044 0.065 0.004 0.002 0.027 0.002 0.001 40 T 0.160 0.474 0.132 0.062 0.103 0.038 0.008 0.002 0.018 0.003 0.001 41 T 0.224 0.341 0.144 0.085 0.107 0.041 0.015 0.003 0.033 0.006 0.001 42 T 0.152 0.245 0.201 0.289 0.050 0.016 0.021 0.003 0.022 0.002 0.001 43 G 0.049 0.010 0.038 0.027 0.076 0.006 0.171 0.403 0.004 0.217 0.001 44 M 0.133 0.250 0.283 0.193 0.039 0.056 0.015 0.004 0.023 0.004 0.002 45 F 0.070 0.301 0.325 0.010 0.083 0.027 0.037 0.003 0.134 0.009 0.001 46 P 0.276 0.013 0.573 0.030 0.001 0.056 0.002 0.001 0.002 0.001 0.045 47 Q 0.205 0.276 0.241 0.118 0.058 0.042 0.027 0.007 0.024 0.001 0.001 48 E 0.091 0.581 0.188 0.037 0.064 0.020 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 49 F 0.014 0.758 0.144 0.004 0.047 0.015 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 50 I 0.014 0.836 0.088 0.003 0.015 0.021 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 51 I 0.021 0.734 0.134 0.004 0.022 0.045 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 52 C 0.041 0.595 0.186 0.018 0.020 0.076 0.004 0.001 0.058 0.001 0.001 53 F 0.081 0.344 0.256 0.052 0.094 0.100 0.021 0.003 0.044 0.003 0.002 54 H 0.248 0.230 0.223 0.140 0.085 0.031 0.015 0.004 0.017 0.006 0.001 55 K 0.158 0.375 0.188 0.086 0.126 0.019 0.025 0.004 0.013 0.005 0.001 56 H 0.072 0.451 0.187 0.083 0.042 0.067 0.032 0.005 0.057 0.001 0.002 57 V 0.011 0.677 0.177 0.008 0.076 0.015 0.004 0.001 0.031 0.001 0.001 58 R 0.012 0.427 0.403 0.009 0.026 0.088 0.010 0.001 0.023 0.001 0.001 59 I 0.032 0.400 0.442 0.002 0.017 0.083 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 60 E 0.840 0.013 0.008 0.136 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 R 0.014 0.608 0.037 0.010 0.315 0.003 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 62 L 0.022 0.778 0.137 0.003 0.025 0.014 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 63 V 0.025 0.801 0.072 0.005 0.035 0.021 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 64 I 0.036 0.625 0.201 0.010 0.022 0.069 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 65 Q 0.180 0.386 0.232 0.070 0.040 0.058 0.007 0.001 0.023 0.002 0.001 66 S 0.164 0.325 0.137 0.042 0.250 0.020 0.038 0.006 0.008 0.008 0.001 67 Y 0.161 0.395 0.110 0.051 0.218 0.013 0.017 0.009 0.021 0.005 0.001 68 F 0.171 0.395 0.206 0.045 0.062 0.069 0.015 0.003 0.029 0.003 0.001 69 V 0.106 0.590 0.181 0.027 0.029 0.038 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 70 Q 0.415 0.311 0.119 0.071 0.040 0.023 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 71 T 0.057 0.668 0.145 0.022 0.072 0.017 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 72 L 0.040 0.629 0.205 0.035 0.043 0.016 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 73 K 0.017 0.588 0.232 0.006 0.040 0.055 0.008 0.001 0.051 0.001 0.001 74 I 0.034 0.570 0.311 0.009 0.016 0.037 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 75 E 0.055 0.391 0.425 0.015 0.023 0.058 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 76 K 0.200 0.275 0.360 0.045 0.035 0.054 0.011 0.002 0.016 0.001 0.001 77 S 0.207 0.232 0.190 0.109 0.164 0.039 0.020 0.009 0.022 0.005 0.001 78 T 0.256 0.295 0.104 0.226 0.074 0.013 0.006 0.002 0.021 0.002 0.001 79 S 0.174 0.216 0.264 0.161 0.117 0.025 0.012 0.008 0.012 0.011 0.001 80 K 0.256 0.175 0.197 0.239 0.050 0.023 0.020 0.006 0.029 0.004 0.001 81 E 0.029 0.319 0.462 0.002 0.080 0.012 0.010 0.001 0.080 0.005 0.001 82 P 0.110 0.016 0.721 0.008 0.001 0.043 0.001 0.001 0.002 0.001 0.098 83 V 0.152 0.399 0.217 0.061 0.116 0.024 0.008 0.003 0.018 0.002 0.001 84 D 0.037 0.153 0.561 0.007 0.045 0.139 0.006 0.001 0.048 0.003 0.001 85 F 0.922 0.010 0.008 0.044 0.002 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 86 E 0.955 0.006 0.008 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 Q 0.895 0.008 0.013 0.071 0.004 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 88 W 0.858 0.010 0.029 0.072 0.004 0.006 0.013 0.003 0.004 0.001 0.001 89 I 0.818 0.045 0.047 0.066 0.006 0.008 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 90 E 0.754 0.056 0.078 0.080 0.006 0.012 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 91 K 0.708 0.071 0.146 0.035 0.016 0.006 0.008 0.002 0.006 0.002 0.001 92 D 0.702 0.023 0.079 0.116 0.005 0.029 0.030 0.004 0.011 0.001 0.001 93 L 0.422 0.171 0.248 0.074 0.017 0.042 0.005 0.002 0.017 0.001 0.001 94 V 0.412 0.217 0.118 0.183 0.021 0.031 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 95 H 0.192 0.342 0.211 0.095 0.092 0.026 0.010 0.003 0.025 0.004 0.001 96 T 0.316 0.360 0.114 0.084 0.063 0.026 0.006 0.003 0.025 0.002 0.001 97 E 0.168 0.281 0.175 0.263 0.037 0.022 0.019 0.002 0.031 0.002 0.001 98 G 0.033 0.015 0.052 0.014 0.174 0.002 0.044 0.370 0.002 0.294 0.001 99 Q 0.161 0.353 0.317 0.047 0.057 0.034 0.006 0.001 0.021 0.002 0.002 100 L 0.135 0.271 0.436 0.039 0.018 0.063 0.007 0.001 0.027 0.002 0.001 101 Q 0.250 0.284 0.236 0.130 0.026 0.038 0.010 0.001 0.021 0.003 0.001 102 N 0.140 0.211 0.267 0.109 0.126 0.037 0.068 0.016 0.017 0.007 0.001 103 E 0.180 0.319 0.208 0.085 0.086 0.027 0.052 0.010 0.030 0.003 0.001 104 E 0.121 0.379 0.391 0.031 0.017 0.035 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 105 I 0.062 0.571 0.249 0.012 0.017 0.046 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 106 V 0.092 0.455 0.286 0.027 0.012 0.077 0.003 0.001 0.048 0.001 0.001 107 A 0.156 0.224 0.452 0.060 0.035 0.044 0.006 0.003 0.014 0.004 0.001 108 H 0.180 0.275 0.124 0.163 0.094 0.036 0.051 0.012 0.050 0.015 0.001 109 D 0.057 0.032 0.075 0.194 0.039 0.030 0.494 0.035 0.027 0.016 0.001 110 G 0.085 0.029 0.112 0.039 0.173 0.004 0.038 0.291 0.002 0.227 0.001 111 S 0.207 0.198 0.244 0.183 0.086 0.037 0.013 0.006 0.013 0.010 0.002 112 A 0.153 0.292 0.207 0.068 0.184 0.037 0.019 0.011 0.019 0.009 0.001 113 T 0.196 0.378 0.097 0.172 0.130 0.013 0.003 0.001 0.009 0.002 0.001 114 Y 0.044 0.578 0.110 0.037 0.180 0.020 0.009 0.002 0.019 0.001 0.001 115 L 0.013 0.735 0.172 0.005 0.049 0.017 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 116 R 0.064 0.720 0.127 0.017 0.041 0.018 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 117 F 0.008 0.804 0.067 0.001 0.103 0.006 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 118 I 0.017 0.846 0.089 0.002 0.009 0.015 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 119 I 0.028 0.536 0.310 0.004 0.006 0.077 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 120 V 0.205 0.378 0.157 0.110 0.020 0.076 0.005 0.001 0.049 0.001 0.001 121 S 0.059 0.329 0.151 0.038 0.356 0.019 0.015 0.004 0.015 0.012 0.001 122 A 0.329 0.158 0.098 0.139 0.137 0.030 0.039 0.020 0.025 0.022 0.002 123 F 0.313 0.204 0.155 0.116 0.095 0.040 0.022 0.008 0.033 0.013 0.002 124 D 0.347 0.093 0.103 0.214 0.035 0.077 0.079 0.010 0.035 0.005 0.002 125 H 0.279 0.175 0.099 0.244 0.054 0.046 0.059 0.013 0.027 0.004 0.002 126 F 0.185 0.294 0.144 0.145 0.070 0.053 0.064 0.010 0.030 0.003 0.002 127 A 0.133 0.429 0.183 0.066 0.136 0.015 0.014 0.004 0.014 0.004 0.001 128 S 0.092 0.436 0.153 0.035 0.233 0.022 0.009 0.004 0.010 0.006 0.001 129 V 0.121 0.631 0.093 0.061 0.047 0.020 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 130 H 0.091 0.471 0.141 0.071 0.100 0.036 0.024 0.002 0.061 0.002 0.001 131 S 0.096 0.344 0.279 0.051 0.108 0.059 0.030 0.007 0.019 0.003 0.003 132 V 0.045 0.630 0.165 0.043 0.064 0.028 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 133 S 0.042 0.399 0.258 0.028 0.229 0.017 0.003 0.003 0.012 0.010 0.001 134 A 0.359 0.299 0.096 0.090 0.089 0.021 0.011 0.005 0.023 0.006 0.001 135 E 0.172 0.231 0.231 0.222 0.046 0.016 0.048 0.004 0.024 0.006 0.001 136 G 0.063 0.017 0.051 0.031 0.121 0.003 0.147 0.451 0.002 0.112 0.001 137 T 0.087 0.495 0.317 0.022 0.046 0.017 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 138 V 0.054 0.507 0.360 0.006 0.011 0.047 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 139 V 0.180 0.526 0.129 0.077 0.014 0.038 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 140 S 0.261 0.303 0.187 0.040 0.161 0.013 0.010 0.003 0.011 0.010 0.001 141 N 0.154 0.110 0.124 0.123 0.074 0.112 0.215 0.010 0.073 0.003 0.003 142 L 0.366 0.176 0.236 0.172 0.015 0.020 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 143 S 0.236 0.215 0.265 0.135 0.063 0.032 0.014 0.008 0.019 0.012 0.001 144 S 0.385 0.123 0.171 0.122 0.083 0.012 0.029 0.023 0.011 0.040 0.001